Candidatus Paraimprobicoccus trichonymphae: RsTaC01_0603
Help
Entry
RsTaC01_0603 CDS
T09783
Name
(GenBank) ribonuclease J
KO
K12574
ribonuclease J [EC:3.1.-.-]
Organism
ptrh
Candidatus Paraimprobicoccus trichonymphae
Pathway
ptrh03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ptrh00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
RsTaC01_0603
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
ptrh03019
]
RsTaC01_0603
Messenger RNA biogenesis [BR:
ptrh03019
]
Prokaryotic type
Bacterial mRNA degradation factors
RNA degradosome components
Ribonucreases
RsTaC01_0603
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNase_J_b_CASP
RNase_J_C
Lactamase_B
RMMBL
Lactamase_B_2
Anti-Pycsar_Apyc1
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BED92743
UniProt:
A0AA48KXT3
LinkDB
All DBs
Position
680043..681794
Genome browser
AA seq
583 aa
AA seq
DB search
MSDLSVNNDGPRAVSFEPNGTGYIRKNIIKIHPKVKVIFLGGLNQIGKNITLFEYNNEIF
ILDCGMAFPDSEMFGIDLVIPDFSYLVSNKNKISGLIVTHGHEDHIGAIPYLLNKINIPI
YGTALTIGLIQSKLKERRMLGNAKLNTITVGQSIILGNFKIEFIHVNHSIPDAVGLAIHS
PAGIIVHTGDFKIDCTPARGEMIDLAKFAEFGKRGVLALMADSTNADRDGYTATEKIINQ
SFENLFQKAGNKRIVIATFASNIGRIKQIIDCAIKYKRKVAFSGRSMLNYIAIAKQLNYI
EVPDAVIIDIELVTKYTYSEIVLVSTGSQGEPMSALYRMAYSEHKKITVGPNDFIIISAT
PIPGNEKTVNSIINELMKLGCEVIHESMYEIHVSGHACQEELKIIHGLVKPKYFIPVHGE
FKHLRKHAEIAKNMGTPSENIYVGNSGDVIEISQKGIKKVSEITLEPIYVDGSGVGDVGS
IVLNDRKHLGQDGLIVSVVTLNRADKHIVSGPDIVSRGFVYVKESEKLIREARYTVTKAI
EFCIAQNTKDWNNIRTKIRDDLYKLFYSRTKRNPVILPVIMEV
NT seq
1752 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagtgatttaagcgtaaataatgatggacctagagctgttagctttgaaccaaatggt
actggatatatcagaaaaaatataattaaaattcatcctaaagtaaaagttatattttta
ggtggtcttaatcagataggtaagaatattactttatttgaatacaataatgagattttt
attttagattgtggtatggcttttccagatagtgaaatgtttggaatagatttagttata
cctgatttttcttatttagttagtaacaaaaataaaatttctggtttaatagtcacacat
ggtcatgaagatcatataggtgctataccgtatttattgaataaaattaatattccgata
tatggtactgctttaactataggtttaatacaaagtaagttaaaagaacgtagaatgctt
ggaaatgcaaagctaaatactataactgtcggacaatctataattttaggaaattttaaa
attgaatttatacatgttaaccattctatacctgatgctgtgggattggctatacattca
cccgcaggtattatagttcatacaggagattttaaaatagattgcacacctgcaagaggt
gaaatgatagatttggcaaaatttgctgaatttggcaaaagaggtgttttggctcttatg
gctgattcaacaaatgctgatagagatggttatactgctactgaaaaaataattaatcaa
tcatttgaaaatttatttcaaaaagctggtaataagagaatagtaatagcaacttttgct
tcgaatattggaagaattaagcaaattatagattgtgctattaaatataaaagaaaagta
gctttttcaggtcgtagtatgttaaattacatagctattgccaagcagttaaattatata
gaagttcctgatgctgtgattatagatattgaactagttactaaatacacttatagtgaa
atagtattagtttctactggaagtcagggtgaaccaatgtctgctttgtacagaatggct
tattctgagcataaaaaaattacagtggggccaaatgattttattataatttctgctact
cctattcctggaaatgaaaaaacagtgaatagtattattaatgaattaatgaaattaggt
tgcgaagttatccatgagtcaatgtatgaaattcacgtttctggtcatgcatgtcaagaa
gagcttaaaataattcatggtttggttaagcctaagtattttattcctgtacacggtgag
ttcaaacatttaagaaaacacgctgaaatagctaaaaatatgggaacgccaagtgaaaat
atatatgtaggaaatagtggtgacgttatagagatttctcaaaaaggtattaaaaaagtc
agtgaaataactttagaaccgatatatgtcgatggatctggtgttggagatgtaggaagc
atagttttaaacgacagaaaacatttaggtcaagatggtttgatagtttctgttgtaact
ttaaaccgtgcagataaacacatagtttccggtcctgatatagtttctcgaggatttgtc
tatgtaaaagaatctgaaaaattaattcgggaagctagatatacagtcacaaaagcgatt
gaattttgtattgcacaaaatactaaagattggaataatataagaactaaaattagagat
gatttgtacaagttgttttattctagaaccaaaagaaatcctgttattttacctgttata
atggaagtttga
DBGET
integrated database retrieval system