Candidatus Phytoplasma ziziphi: CWO85_01855
Help
Entry
CWO85_01855 CDS
T05675
Name
(GenBank) PolC-type DNA polymerase III
KO
K03763
DNA polymerase III subunit alpha, Gram-positive type [EC:
2.7.7.7
]
Organism
pzi
Candidatus Phytoplasma ziziphi
Pathway
pzi03030
DNA replication
pzi03430
Mismatch repair
pzi03440
Homologous recombination
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
pzi00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03030 DNA replication
CWO85_01855
03430 Mismatch repair
CWO85_01855
03440 Homologous recombination
CWO85_01855
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03032 DNA replication proteins [BR:
pzi03032
]
CWO85_01855
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
pzi03400
]
CWO85_01855
Enzymes [BR:
pzi01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.7 DNA-directed DNA polymerase
CWO85_01855
DNA replication proteins [BR:
pzi03032
]
Prokaryotic type
DNA Replication Elongation Factors
Elongation factors (bacterial)
DNA polymerase III holoenzyme
CWO85_01855
DNA repair and recombination proteins [BR:
pzi03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
MMR (mismatch excision repair)
DNA polymerase III holoenzyme
CWO85_01855
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DNA_pol3_alpha
RNase_T
PHP
DNA_pol3_finger
HHH_6
RNase_H_2
DUF655
AraA_N
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AYJ01267
UniProt:
A0A660HMK5
LinkDB
All DBs
Position
359593..364137
Genome browser
AA seq
1514 aa
AA seq
DB search
MSSNLILNKLIDEFNKENQTTYKFVQTMVCAKKIKWVLNFSGEKNLSNISCLNDFEQLIE
QFINKETNELIKDLKIVIHFSFTNLDNVQDESLWKNIFQYLLNKIIKNQYKEGLFSILNF
QNGYNSAIEILEIDFEKKICHIKITFNEYSFKCNEEELKVLIQELDQLLKKGYGSDLSLN
IKESKFPDAPEEKNNDKVFLTFDEIPKSYEQVKDLQPKRFWIKGYIQQVTKKETKNKQIL
FSFYLVDPKTKKDSILYRIFAKPKSEEYQKMEKDFQEGVLVEICSSLNKNYDLRYKEDFN
FRLETEYQIVNSTPFFLERIDDYPGKKRIEFHLHTKMSNLDATNSAKDYIDTAIRWGHAA
IAVTDHHGLYAYPEIDNCSKQKPIKPILGVETDFIEEKPIFVTNQEEYPEFEDFVLKKHN
YVVLDIETTGFSQRRDKIIEISAVKIENGQMTDKIFDELVNPETKLNKTIIKLTGIQDED
LENKPTIEKILPKFLEFIKGYVLVAHNLAFDIGFIKEKAKNLKIPFIEQPCIDTLRVSQR
YFEKYLKYFSLKRVAKCFKVKAELEGSHHRALYDSTITALVLIEMFKRLEEREIFYFYDL
RGRMDGKFEISYHINILAKNKIGYKNLFRLVSHSLTKDFYRKPRLLKSNLEKYREGLLVG
SGCSEGNVFKTALNKNDKELSEVISFYDYIEVQPIDSYKHIIYDLAGDNTEKGKIIIQEI
ILKIINEAQKQNKIVIATGDVHYLNPCDKIYREIYINAKLVGGGLHNLLKYSTQHLPDNY
FLTTQEMLDAFNFIEDQQLKEDLVINNTHLLNDQIDKIRIFPKKLFSLKDDNFAKNLNIP
SIKIEMKNLIENKLQKLYGKKLHPFIQQRMVKELKSIIGDYKDKNINQNITPIYFLAYLL
TKKSIESGYPVGSRGSIGSSFIATLLGITEVNPLKPHYLCPQCQYTVFPQMTQEQKESEE
YKEYIQNQGSDLNDYSEITDILSGYDLPDRNCPFCSVKFVKDGQDIPFETFLGFEGNKTP
DIDLNFAGDYQPIAHEYMRELLGHDCVFRAGTIQTVAKQTAFGYVKGFIKAKELEDKIRN
CEVARMSNIIEGVKRSTGQHPGGIVVVPRDISVYEVTPIQFPANDIESNWKTTHFDYHSF
ENNLFKMDILGHDDPILIKFFMDYVQKNQNEFSFKSYQNIPVDDPDVYKLFSNEYIDKGQ
KIATIAIPEFGTTFVQKMLKDIYKENKKINFGILVKVSGLSHGTDVWMQNAQDVLEKRGD
FDYLKKSGLNISFNDIIGCRDDIMLYLIRKNVDPLKAFEIMELVRKGKQHSKPVEWTEMI
ESIQKEKGIHKWYFESLGKIKYLFPKAHAAAYVLMAVRIAWFKVHHPLLFYSGVLSTRLD
QFDYDLMLKTPNEIDAKISILVGKNITQKNTAKEQSLINTLNIALEMLRRGFKFLPIDLN
KSEAFEFVMYNNDSLIMPFIAIDGLGEKAATHIVEERKEKLFTQSDFKKRAKLNKTISKK
IIEELKLVEKLPLE
NT seq
4545 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcttcaaatcttatattaaataaacttatagatgagtttaataaagaaaatcaaact
acttataaatttgttcaaacaatggtttgcgcaaaaaaaataaaatgggttttaaatttt
tcaggagaaaaaaatttatctaatatttcttgtttaaatgattttgaacaattaattgaa
caatttattaataaagaaacaaatgaattaattaaagatttaaaaattgttattcatttt
tcgtttacgaatcttgataatgttcaagatgaatctttatggaaaaacatttttcagtat
cttttgaataaaataattaagaaccaatataaagaaggtttattttctattttaaatttt
caaaacggatacaattcagctattgaaattttagaaatcgattttgaaaaaaaaatatgt
catataaaaattacatttaatgaatattctttcaaatgtaatgaagaagaattaaaagtt
ctaatccaagaattagatcaattattaaaaaaaggatatggttcggatttgagcttaaat
attaaagaaagcaaatttccagatgcacctgaagaaaaaaataatgataaagttttttta
acatttgatgagattcctaaatcatatgaacaagttaaagatttacaaccgaaaaggttt
tggataaaaggttatatacagcaagtcactaaaaaagaaactaaaaataaacaaatttta
ttttctttttatttagtcgatccgaaaacaaaaaaagattctatattgtatagaatcttt
gcgaaacctaaatctgaagaatatcaaaaaatggaaaaagattttcaagaaggagtttta
gttgaaatttgttcttctttaaataaaaattatgatttaagatataaagaagattttaat
tttagactcgaaactgaatatcaaattgtaaattctacacctttctttttggagagaata
gatgattatccaggaaaaaaaagaattgaatttcatttacatacaaagatgtcaaattta
gatgctacaaatagcgctaaagattatattgatacagccataagatgggggcatgcagcg
atcgctgttacagatcatcatggtctttatgcttatcctgaaatcgataattgttctaag
caaaaacctatcaaacctattttaggagttgaaacagattttattgaagaaaaacctatt
tttgttactaatcaagaggaatatcctgaattcgaagattttgttttaaaaaaacataat
tatgttgttctcgatatagaaactactggtttttcacaacgtagagataaaattatcgaa
atatcagctgttaaaatagagaacggtcaaatgacagataagatttttgatgaattagtc
aatccagaaactaaattaaataaaactattataaagcttacaggaattcaagatgaagat
ttagaaaataaacctactattgaaaaaattttgcctaaatttttagaatttattaaaggt
tatgttttagttgcgcataatttggcttttgatatagggtttatcaaggaaaaagctaaa
aatttaaaaattccttttattgaacaaccttgtatagatactttacgtgtaagccaaaga
tattttgaaaaatatttgaaatatttttctttaaagagagttgctaaatgttttaaagtt
aaagcagaattagaaggtagtcaccacagagctttatacgactctaccataacagccctt
gttttaatagagatgtttaaaagattagaagaacgagaaattttttatttttatgattta
agaggtcgtatggatggcaaatttgaaatatcttatcatattaatattttagctaaaaat
aaaataggttataaaaatttatttcgtttagtaagccattctttaactaaagatttttat
agaaaacctagattattaaagtctaatttagaaaaatatagagaaggtttattagtagga
agcggttgtagtgaaggcaatgtttttaaaacagctttaaataaaaatgataaagagtta
agcgaagttatttctttttatgattatatagaagttcaaccgatagacagttataaacat
attatttatgatttggccggcgataatacagaaaaaggaaaaattattattcaagaaata
attttaaaaattattaatgaagctcaaaaacaaaataaaattgttattgctactggcgat
gttcattatttaaatccttgtgataaaatttatagagaaatttatattaacgctaaatta
gtgggcggcggattacataatttattaaaatattcgactcaacatttacccgacaattat
tttttaactactcaagaaatgttagacgcttttaattttattgaagatcaacaattaaaa
gaagatttagtgattaataatactcatcttttaaatgatcaaattgataaaattagaatt
tttcctaaaaaacttttttccttaaaagatgataattttgccaaaaatttaaatattcca
agtattaaaattgagatgaaaaatttaattgagaataaattacaaaaattatatggaaaa
aaattacatccttttattcaacaaaggatggtcaaagaattaaaaagtattattggcgat
tataaagataaaaatattaatcaaaatattactcctatatattttttagcttatttatta
actaaaaaatcaatagaaagtggttatccagtgggttcacgtggttcaattgggtcttca
tttatagctactcttttaggaataactgaagttaaccccttaaaaccacattatctttgc
cctcaatgtcaatataccgtttttcctcaaatgactcaagaacaaaaagaaagtgaagaa
tataaagaatatattcaaaatcaaggttctgatttgaatgattattccgagataacagat
attttatctggttatgatttaccggatagaaactgtcctttttgttctgttaaatttgta
aaagatggccaagatattcctttcgaaacttttttaggtttcgaaggtaataagacaccc
gatatagatttaaattttgcgggtgattatcaacctatagctcatgaatatatgagagaa
ttgttaggacatgattgtgtttttagagctggaacgattcaaacagtagctaaacaaact
gcctttggttatgttaaaggttttatcaaagcaaaagaattagaagataaaattagaaat
tgtgaagtcgctagaatgtcgaatataatcgaaggagtaaaacgttctacaggacaacat
cctggcggcattgttgttgttccacgtgatatttctgtttatgaagttactccaattcaa
tttcctgctaatgatatagaatctaattggaaaactactcattttgattatcattctttt
gaaaacaacttatttaagatggatattttaggacacgatgatcctattttgattaaattt
tttatggattatgttcaaaaaaatcagaatgaatttagttttaaatcttatcaaaatatt
ccagttgatgatcccgatgtttataaattattttctaatgaatatattgataaaggtcag
aaaatagcaactattgctattccagaatttggtactacatttgttcaaaaaatgttaaaa
gatatttataaagaaaataaaaaaattaattttggtattttagttaaagtgtcaggtctt
tctcacggaactgatgtttggatgcaaaatgctcaagatgttttagaaaaaagaggagat
tttgattatttaaaaaaatcaggtttaaacatttcctttaatgatattattggttgtcgt
gatgatattatgttatatttgattcgtaaaaatgttgatcctttaaaagcttttgaaatt
atggaattagttcgtaaaggcaaacaacattctaaacctgtcgaatggacagaaatgatc
gaatcaattcaaaaagaaaaaggtattcataaatggtatttcgaatctttaggaaaaatt
aaatatctttttccgaaagcacatgctgccgcttatgttttaatggctgtgagaatcgca
tggtttaaagttcatcatcctcttttattttacagtggtgttttatctacaagattagat
caatttgattatgatttaatgttaaaaacgccgaatgaaattgatgcaaaaattagtatt
ttagtaggtaaaaatataacacaaaaaaacacagctaaagaacaaagtttaattaacact
ttaaatattgctttagaaatgcttcgcagaggttttaaatttttgccaattgatttaaat
aaatccgaagcttttgaatttgtaatgtataataatgattctttaattatgccttttatc
gcgatagatggtttaggtgaaaaagcagccactcatatagtcgaagaaagaaaagaaaaa
ttatttacacaatcagattttaaaaaaagagctaaattaaataaaactatttctaaaaaa
ataatagaagagttaaaattagtagaaaaattaccattagaatga
DBGET
integrated database retrieval system