KEGG   Rickettsia felis: RF_1145
Entry
RF_1145           CDS       T00252                                 
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta prime chain
  KO
K03046  DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:2.7.7.6]
Organism
rfe  Rickettsia felis
Pathway
rfe03020  RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:rfe00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03020 RNA polymerase
    RF_1145 (rpoC)
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03021 Transcription machinery [BR:rfe03021]
    RF_1145 (rpoC)
   03400 DNA repair and recombination proteins [BR:rfe03400]
    RF_1145 (rpoC)
Enzymes [BR:rfe01000]
 2. Transferases
  2.7  Transferring phosphorus-containing groups
   2.7.7  Nucleotidyltransferases
    2.7.7.6  DNA-directed RNA polymerase
     RF_1145 (rpoC)
Transcription machinery [BR:rfe03021]
 Prokaryotic type
  Bacterial type
   RNA polymerase
    Core subunits
     RF_1145 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:rfe03400]
 Prokaryotic type
  SSBR (single strand breaks repair)
   NER (nucleotide excision repair)
    TCR (transcription coupled repair) factors
     DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
      RF_1145 (rpoC)
SSDB
Motif
Pfam: RNA_pol_Rpb1_1 RNA_pol_Rpb1_5 RNA_pol_Rpb1_2 RNA_pol_Rpb1_3 RNA_pol_Rpb1_4 RPOC_hybrid Biotin_lipoyl_2 Peptidase_M23 RnfC_N
Other DBs
NCBI-ProteinID: AAY61996
UniProt: Q4UKD5
LinkDB
Position
complement(1214318..1218436)
AA seq 1372 aa
MSVVNFYGQLSNTQQFDQIRINIASPDQVRSWSFGEVTKPETINYRTFKPEKDGLFCARI
FGPVKDYECLCGKYKRMKNRGITCEKCGVEVTVSRVRRERMGHIELAAPVAHIWFLKSLP
SRISTLLDMTMRDVEKILYFENYVVVDPGLSILQKGELLTEEELQKAKDKYGEDAFTASI
GAEVIQQMLKEIDFLKLKQELYEELQTTSSEVKKKKLVKRLKLVEDFLESENKPEWMIMD
VLPVIPPEIRPLVMLDGGRFATSDLNELYRRVINRNNRLKKLIESKAPDIIVRNEKRMLQ
EAVDALFDNGRRGRAAKNANKRPFKSLSDMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGSE
LKLHQCGLPKKMALELFKPFIYSKLELYGIATTIKAAKRMVEAEKPEVWDVLEEVIREHP
VLLNRAPTLHRLGIQAFEPLLIEGKAIQLYPLVCAAFNADFDGDQMAVHIPLSIEAQLEA
RVFMMSTNNILSPANGRPIIVPDKDIVLGLYYLTLAFDNEVGEGMMFSDLAEMEHALYNK
FITIHTKIKYRRNQLNAEGKMVPVIIDTTYGRLMVGELLPSNPNIEFKFINKQLTKKDIS
LVIDLVYRHCGQKATVIFADQLMKLGFKYACSSGISFGMDDMVVPESKSTHINETQLEIK
EFEQQYSNGLITYGEKYNKVVDAWSRCTDRVANDMMKEIATPPVSDDPNHQKINAIYMMA
ISGARGSFQQIKQLGGMRGLMTKSNGQIIQTPIISNFKEGLTEFECFNSANGMRKGQIDT
ALKTASSGYLTRKLVDVAQDCIITEKDCGTDKGIEVKSVIEGGEVIVPLAEKILGRTAAI
DIFHPVTNDLILNKGELINEAKLEQIESAGLDRIMIKSVLTCESTTGICSICYGRDLATG
TLVSEGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAATKGAEVSSVEASYDAKVKIISRNVV
INSEERKIVMSRNCELLLLDNNGNEKARHKIPYGARLLVDDGDMVIKTQKLAEWDPYTIP
IITEKSGKVLFKDMVEGISIRDVTDEATGIPSKVIIESKQYSRGAELRPRIQLLDAKGEV
IALSNGLEARYYLPVGAVLSVEDGVQISVGDIIARIPKESTTTKDITGGLPRVAELVEAR
RPKDHAVIAEIDGRVEFGKDYKSKRRIIIHPIDETMSIEYMVPKGKHVVVNEGDFVKKGD
LLIDGNPVLQDILKVMGVEVLANYIVKEVQAVYRLQGVKIDDKHIEVIIRQMLQKVEITD
SGGTTLLAGEKIDRHEFEEINEKAIKNGLKPAEAQLILQGITKASLQTRSFISAASFQET
TRVLTEAAIAGKIDKLRGLKENVIVGRLVPAGTGYFMDKMRKAAVKLDEENV
NT seq 4119 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgagcgtagtaaatttttacggacaattaagtaatactcaacaatttgatcaaataagg
attaatatagcaagtcctgatcaagtacgttcgtggtctttcggtgaagtaacaaaacct
gaaacaattaactatcgaacctttaaacctgagaaagatggtttattttgtgcaagaatt
tttggtccggtaaaagattacgaatgtctctgcggtaaatataagcggatgaaaaatcgt
ggtattacatgtgagaaatgcggcgttgaagttacggtttctagagtaagacgtgaaaga
atggggcatattgaacttgcagctcccgttgctcacatttggtttttaaagtcactacct
tcaagaattagtacgcttcttgatatgacaatgcgagatgtagaaaagattctttatttt
gaaaattatgtagtagttgacccagggttatcgattttacaaaaaggcgaactcttaaca
gaggaagaattacagaaagcaaaagataagtacggtgaagatgcatttactgcctctata
ggtgcagaagtaatacaacaaatgcttaaagagattgattttttaaagttaaagcaagaa
ttatacgaggaattacaaaccacttcctcagaagtcaaaaagaaaaaattagtaaagcgt
ttaaaattagtagaggattttttagagtcggaaaacaagccggaatggatgattatggat
gttttgccggttattcctcctgaaattagaccgcttgttatgcttgacggcggaagattt
gctacttcggacttaaatgaactttatagaagagtaattaatagaaataatcgtttaaag
aaactaatagagtcaaaagctcctgatataatagtcaggaacgaaaaaagaatgttacaa
gaagcggtggatgcgttatttgataacggtcgtcgaggtagagcagcgaaaaatgctaat
aagcgtccatttaagtcattaagtgatatgcttaaaggtaagcaaggtcgtttccgtcag
aacctacttggtaaaagggttgactattcaggacgttcggttatcgtggtcgggtctgag
cttaagcttcatcagtgcggtttacctaaaaaaatggcattggagctatttaagccgttt
atttattctaagcttgagttgtacggtattgctacaactattaaagccgcaaaaagaatg
gtggaagctgaaaagcctgaagtttgggatgtgcttgaagaagtcataagagagcatccg
gttttacttaatagagctccgacattgcatagattaggtattcaagcatttgaaccgcta
ttaatcgaaggtaaagcgattcagctttatccgcttgtttgtgctgcgtttaatgcagat
tttgacggtgatcagatggcggtacatattccgttatcgattgaagcacagcttgaagct
agggtatttatgatgtctacaaataatatcttaagccctgcaaacggacgtcctattatt
gtaccggataaagatatagtacttggtttatattatctaacccttgcatttgataatgaa
gtaggcgaagggatgatgttctcagatttagctgagatggaacatgccttatataataaa
tttataactattcatacaaagataaaatatcgtagaaatcagctaaatgccgaaggtaaa
atggtccctgttatcattgatactacttacggtaggttaatggtcggtgaattattgcct
tctaaccctaatatagaattcaagtttattaataaacaactaactaaaaaagacatatca
ttagttatagatttagtttatcgtcactgcggtcaaaaagctacggtaatttttgccgat
cagctaatgaaactaggttttaaatatgcttgttcttcaggtatttcttttggaatggac
gatatggtagtaccggaatctaagagtactcatatcaatgaaactcagcttgaaataaaa
gaatttgaacaacaatattcaaacggtttaattacttatggagagaaatacaataaagta
gttgatgcttggtcaagatgtaccgatagagtagcaaacgacatgatgaaagagattgct
acgccgccggttagtgatgatccgaatcatcaaaaaataaatgctatatatatgatggct
atctccggagcaagaggttctttccagcaaattaagcagttaggcggtatgcgaggttta
atgaccaaatcaaacggtcaaattatacaaactcctattatctctaactttaaggaagga
ttaactgaatttgagtgttttaattctgctaacggaatgcgtaaaggtcaaatagatacg
gctttaaaaacagcaagctcaggttacttaacaagaaaattagtagacgttgcacaagat
tgtattattaccgaaaaagattgtggaactgataaagggattgaagttaagagtgttatt
gaagggggagaagttatagtacctttagctgaaaagattttaggccgtactgctgctatc
gatatatttcatcctgtaactaatgatctaattctcaataaaggcgagcttattaatgaa
gcaaagttagagcagattgagtcggctggactcgacagaattatgataaaatccgtatta
acctgtgaaagtactaccggtatatgtagcatatgttacggtagggatcttgctaccggt
acgttggtgtcggagggtgaggcaatcggggttattgctgctcaatctatcggtgaacca
ggtacgcagcttacaatgagaactttccatatcggaggagcggcaacaaaaggtgctgaa
gtttcttccgtagaagcttcctatgacgcaaaagtgaaaattataagtcgtaacgttgtt
attaattccgaagaacgtaaaattgttatgagccgaaattgtgaattattattacttgat
aataacggtaatgaaaaggctcgtcataaaattccatacggtgctagattacttgttgat
gacggtgatatggttattaaaactcaaaaactagcggagtgggatccttatactataccg
attatcacggagaaatcaggtaaagttttattcaaagatatggttgagggtatttctatt
cgtgacgtaactgacgaggctactggaataccgagtaaagttattattgaatcaaagcaa
tattcacgcggtgcagaattacgtccgcgtatacagcttttagatgctaaaggtgaagtt
atagccttatcaaacggtttagaagctagatattacttgccggttggagcagttttaagc
gtagaagacggagtacaaatatctgtaggtgatattattgcacgtataccgaaagaatca
accactactaaagatattaccggtggtttaccgagagttgccgagcttgtagaagcaaga
cgccctaaagatcacgcagttattgccgaaattgacggtagagtagaattcggtaaagac
tataaatctaagagacgtattattatacatccgattgatgaaacaatgtctattgagtat
atggtacccaaaggcaagcatgttgtagttaacgaaggtgactttgttaaaaaaggcgat
ttattgattgatggtaatccagtacttcaagatattttaaaagtaatgggtgtagaggtt
cttgcaaattatattgttaaagaggtgcaagccgtttatcgtctacaaggtgtaaagatt
gatgataagcacatagaagttattattcgtcagatgttacaaaaagtagaaatcacggat
tcaggtggcactaccttattagcaggggaaaaaatagatagacatgaattcgaggagata
aatgaaaaagctattaaaaacggtttaaaacctgctgaagcacaattaatattacaaggt
attactaaagcttctctgcaaactagatcgtttatctctgcggcatcattccaagagact
actagagttttaactgaagcagctattgccggtaaaatagataagctacgagggctaaaa
gaaaacgtgatagttggacgattggtacctgcgggaaccggttactttatggataaaatg
cgtaaagcagctgtaaagcttgatgaagagaatgtataa

DBGET integrated database retrieval system