Rodentibacter haemolyticus: IHV77_01995
Help
Entry
IHV77_01995 CDS
T07810
Symbol
hrpA
Name
(GenBank) ATP-dependent RNA helicase HrpA
KO
K03578
ATP-dependent RNA helicase HrpA [EC:
5.6.2.6
]
Organism
rhae
Rodentibacter haemolyticus
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rhae00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
rhae03019
]
IHV77_01995 (hrpA)
Enzymes [BR:
rhae01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.6 RNA 3'-5' helicase
IHV77_01995 (hrpA)
Messenger RNA biogenesis [BR:
rhae03019
]
Prokaryotic type
Bacterial mRNA degradation factors
Other RNA degradation factors
Others
IHV77_01995 (hrpA)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DUF3418
OB_NTP_bind
HA2_C
Helicase_C
DEAD
AAA_22
AAA_19
T2SSE
nSTAND3
ResIII
HA2_N
AAA_30
AAA_25
NACHT
AAA_23
baeRF_family7
TsaE
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
QPB42919
LinkDB
All DBs
Position
complement(391810..395784)
Genome browser
AA seq
1324 aa
AA seq
DB search
MKKRIIKQKLNPLQQTLLSQLNDVMSVDMRRLSGRIQGIGKIKNQAAQQAVATEIEQQIQ
QAKLRVQQRQSAVKNPIVFPDSLPVSQRKAEIEKLLSKHQVIVVAGETGSGKTTQLPKMC
LELGLGNWGMIGHTQPRRIAARSVATRIAEELQTEVGELVGYKVRFNDQIGNNTQIKLMT
DGILLAEIQTDRFLNQYSCLIIDEAHERSLNNDFILGYLKQLLPCRPDLKLIITSATIDV
ERFSKHFDNAPIIEVSGRTYPVEVRYRPIGEEEEQDQLQGILNAVDELQAEGRGDILIFM
NGEREIRDTAEALQKQNLKHTEILPLFARLSAQEQNKIFHPSGLNRIVLATNVAETSLTV
PGIKYVIDPGTARISRYSYRTKVQRLPIEPISQASANQRKGRCGRVSDGICIRLYSEEDF
HSRPEFTDPEILRTNLASVILQMTALGLDDIEDFPFVDAPDKRHIQDGVKLLEELGAFEY
FSPRKKIRRDTSNIEEESEEKSASNSPLQRKLTSIGKQLAQLPVDPRLAKMLLSAVNFGC
VYEVMVIVSALSIQDPRERPIEKQQAADEKHRRFADKKSDFLAFLNLWNYLQIQQKELSK
NQFRRQCQKDFLNYLRIREWQDIYQQIRLAVREMGLPINSEKAEYQQIHTALLSGLLSHI
GLKETEKQQYLGARNAHFAVFPNSVLFKKQPKWIMAVELVETSKLWGRMVAEIEPEWIEP
LAPHLTKKSYSEPRWSKSRGSVIADEKVSLYGVPIVAARAVNYGAIDPSLSREIFIQSAL
VEGDWNTRHPFFKQNQRLIREVEELEHKSRRRDILVDERTLFEFYDQRIGTEVVSQKHFD
TWWKKASKQNPDLLNFKRAFLMNDEAERVSKLDFPNFWHQGHLKFKLTYQFEPGTEADGV
TVHIPLPLLNQVEMTGFDWQIPGLREELVIALIKSLPKSYRRNFVPAPNYAQAFLNRVIP
SEKPLLDTLIYELRRMTGVMVEAEHWNWQQIPSHLKMTFRVVDERGKKIAESMDLDTLKF
ELKEHVQESISAVADDGIEQSGAHIWNFADLPQFYEQKKQGFSVKAFPAIVDEKDAVGVK
LFETEFEQSVAMQQGLRRLLLLNVPSPIKYLHEKLPNKSKLGLYFTPFGRVLELIDDCIA
CAVDKLINDFGGFVWNEEGFEKLRDFVRENLNEVTVDIAQKVEQILTFTHALNQRLKGKM
DFTMAFAFSDIKAQLGGLVYQGFVQKSGYDRLQDLLRYLQAIDKRIDKLLQDVNRDRAAM
LRVEQVQQSYQQLLAKLPKSKPIPNEIAEIRYMIEELRVSLFAQQLGTKYQVSDKRILNL
ISGF
NT seq
3975 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaaaagagaataataaagcaaaaattaaatcctttacaacagactcttctctctcaa
ttaaatgatgtgatgtcggtggatatgcgccgtttatccgggcgtattcagggcatcggc
aaaattaaaaatcaagcggcacagcaagcggtggctacagagatagaacagcaaattcaa
caagccaaattacgtgtgcaacaacgtcaaagtgcggttaaaaatccgattgtttttccg
gatagtttaccggtgagtcagcgtaaagccgaaattgaaaaattgctatcaaaacaccaa
gtgattgtggtcgcgggggaaaccggctcgggcaaaaccacgcagttacctaaaatgtgt
ttagaacttgggttgggcaattggggtatgattggacatacgcagcctcgccgtattgca
gcccgttctgtcgctacgcgtattgcggaagagttgcaaacggaagttggtgaactggtg
gggtataaagtccgttttaacgatcaaatcggcaacaatacccaaattaagctgatgacc
gacgggattttgctcgctgaaattcaaacggatcgttttcttaaccaatattcctgcttg
atcattgatgaagcccatgagcgtagtttgaataacgatttcattctcggctacctgaaa
cagcttcttccgtgccgcccggatcttaaattaatcattacgtccgcaacgattgatgta
gaacgtttttctaagcattttgataatgcgcctattattgaagtttccggcagaacctat
cccgtagaagtacgatatcgcccgattggtgaggaggaagagcaagatcaattgcaaggt
attttaaatgctgtggacgagctccaagctgaggggcgtggggatattttgatttttatg
aacggcgagcgggaaatccgcgataccgctgaagcattacaaaaacaaaatctaaaacat
acggaaattttaccgctctttgcccgcctttctgcacaggaacaaaataaaatttttcat
ccgagcggattaaatcgcattgtacttgccacgaacgtagcggaaacctcgcttaccgta
ccggggattaaatacgttatcgatcccggcaccgcacgcatttcccgttatagctaccgt
accaaggtgcaacgtcttcctattgaacctatttcgcaggcttcggctaatcaacgtaag
ggacgttgcggacgggtgagtgacgggatttgtattcgtctttactcggaagaggatttt
cattcccgcccggaatttaccgatccggaaattttgcgtactaacctggcatcagtgatc
ctacaaatgacagcgttaggtttggatgacattgaagacttcccgtttgtcgatgcaccg
gataagcggcatattcaagacggcgtgaagttattggaagagttaggggcgtttgaatat
ttctccccccgtaaaaaaattcgtagagatacctctaatattgaggaagaaagcgaggaa
aagagtgcctctaactcacctttacaacgcaaattaacctctataggtaaacaacttgct
cagctccctgttgatcctagattggcgaaaatgcttctaagtgcggtcaatttcggttgc
gtttatgaagtgatggttattgtctctgcattatctattcaagatccgcgtgaacgcccg
atagaaaaacagcaggcggcagatgaaaaacaccgtcgttttgccgataaaaagtcagat
ttcttagcgtttttaaatctttggaattatcttcaaatacaacaaaaagaacttagtaaa
aatcagttccgtcgccaatgccaaaaagattttctaaattatctacgtattcgcgaatgg
caggatatttatcaacaaatccgcctcgccgtacgtgaaatggggctgccgattaattcg
gagaaggcggaatatcagcaaattcataccgcacttttaagcggtttactttctcacatc
ggcttaaaagaaacggagaaacaacaatatcttggtgcacgtaatgcgcattttgcggtt
tttccaaattccgtacttttcaaaaaacaaccgaaatggatcatggcggtcgaattggtg
gaaacctccaaactttggggccgaatggtggcagaaatcgaaccggaatggattgaaccc
ttagcaccgcatttaacgaaaaaatcctattctgagccacgttggtcaaaatctcgaggt
tcggtgattgccgatgaaaaagtgagtttatacggcgtacccattgttgctgcaagagcg
gtgaattatggtgcgattgatcctagcctaagccgtgagatttttattcagtcggcatta
gtggaaggggattggaatacccgacatccgttttttaagcaaaatcaacgcttgattcgc
gaagtggaagaactggaacataaaagtcgtcgccgtgatattttggtcgatgaacgcaca
ttgtttgagttttatgatcagcgtatcggtacagaagtcgtatcgcaaaagcattttgat
acttggtggaaaaaagcctcgaaacagaatccggatctccttaattttaaacgtgctttc
ttgatgaatgatgaggcggagcgagtcagtaaattggattttccgaatttctggcatcaa
ggtcatttaaaattcaaactcacttatcaatttgagccgggtacggaagcggacggtgtg
acggtacatattccgttgcctttgctcaatcaggtagaaatgacggggtttgattggcaa
attccgggcttgcgtgaagaattagtgattgcactgattaaatccctgccaaaatcttac
cgccgtaattttgtaccggcgccgaattatgctcaggcttttttaaatcgtgttataccg
tcggaaaagccattattagatacgctgatttatgaattacgccgtatgacgggcgtaatg
gtcgaagctgaacattggaattggcagcaaattccaagtcatttaaaaatgactttccgc
gtggtagatgaaagaggtaagaaaattgccgaatctatggatttggatacgctgaaattt
gagttaaaagaacacgtgcaagaaagtatttctgcggtggcggatgacggcattgagcaa
agcggcgcacatatttggaatttcgccgatctgccgcaattttacgaacagaaaaaacag
ggattcagtgtaaaagcctttccggcgattgtggatgaaaaagatgccgtaggggttaaa
ctttttgaaaccgaatttgaacaatctgtggcaatgcagcaaggattacgccgcttattg
ttacttaacgtgccgtccccgatcaaatatttacacgaaaaattgccgaataaatccaaa
ttaggtttgtatttcaccccatttgggcgggtattggagttaattgacgattgtattgct
tgcgcagtggataagctcatcaatgattttggcggttttgtgtggaatgaggaaggattt
gaaaaacttcgggattttgtgcgggaaaatttgaatgaagtcacggttgatattgcccaa
aaggtggaacaaattctaacattcactcacgctttgaatcaacgcttaaagggaaaaatg
gattttactatggcgtttgctttttcagatattaaagctcaacttggcggcttggtatat
caaggctttgtacaaaagagcggttatgatcgattgcaggatttattgcgttatttgcag
gccattgataaacgcattgacaagcttttacaagatgtcaaccgtgatcgcgcagcaatg
ttacgtgtggagcaagttcagcaatcttatcagcaacttcttgccaaattaccgaaatct
aaaccgattcctaatgaaatcgcagagatcagatatatgattgaagaattgcgcgtaagt
ttatttgcgcagcaactgggaacaaaatatcaggtttctgacaagcgaattttaaattta
atttcggggttttaa
DBGET
integrated database retrieval system