Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid): 113549611
Help
Entry
113549611 CDS
T06065
Name
(RefSeq) 3'-5' RNA helicase YTHDC2-like
KO
K20099
ATP-dependent RNA helicase YTHDC2 [EC:
5.6.2.6
]
Organism
rmd
Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid)
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rmd00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03041 Spliceosome [BR:
rmd03041
]
113549611
Enzymes [BR:
rmd01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.6 RNA 3'-5' helicase
113549611
Spliceosome [BR:
rmd03041
]
Other splicing related proteins
Spliceosome associated proteins (SAPs)
RNA helicase-like proteins
113549611
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
OB_NTP_bind
Helicase_C
DEAD
R3H
HA2_C
AAA_19
ResIII
HA2_N
Ank_2
Ank
nSTAND3
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
113549611
NCBI-ProteinID:
XP_026806796
LinkDB
All DBs
Position
4:21551898..21563510
Genome browser
AA seq
1184 aa
AA seq
DB search
MSPPIRGLSQDSKDSLLHQLQKFISSDTISYTFPSSLTSEERKYLHLKSAELGLKSKSYG
KPGQRSITIKMDKKKVNSKACSIEISAASNDIMKKICDHVPITKQMYDELLPNPMKPYRR
MAVANCKRNLPLMCDKPMSIPRFAVDEDLLLTRKALPIWAKKGQITNAIENNPVVIITAE
TGSGKTTQIPQFIIDDSAVKNRPCRVICCQPRRIAAISMADRVSNERGESIGMSTGYQVR
LESCVSQDTTIIYCTTGVLTRTLMDRHQKDNEPNKGMLMNVSHVIVDEVHERDKHVDFLL
IALRMILPKYNHLKLILMSATADIHLFSNYFDNCPVLKVEGKIFPVRDYFLEEILDTIKY
ESPAMARIKNKTKIGYWDNDIVEKTVEAVQNLNLIEPVTTLMPDQEWLKSELDDCMHQIW
FNAEIEQIDRMIYYIMSEGIPVDYQHSDTGVTLLMLVAVHGLNDYVTTLLNMGANPNIRT
RVYNMDAATWAAEFKQFDTRDLIINNKGILAQTDIQKNENLDEVEIKERLELYKKSLPPN
IIIDAYLITYLIKHIIFKKNAGSILVFLPGFEDMSMVNKVIVEELISKDNLKITIYMLHS
MMQTSDQRRVFQPAPKGHQKVILATNIVETSVTINDVVYVIDSGRVKQKGYNAFNGISCM
NVNWISQSCAKQRAGRAGRLCAGECYRLYTREHHCHMASHDVPEILRMPLQELCMLAKVI
SNNMRVLDFLALAIQPPPTLSVTSALEYLKTIEAMDVNEDLTDLGFFMLDLSIESHYAKS
LVFAIFLKCLDPVLTIISCLANREPFNLTLNVNMKTSLGSIRKKLAGDSLSDHIVLLRLY
QAFNEGNMVDSDLFNLVSQSIMGLITQTRTQLLGQLRALELIQTRAGPNDIRDVNINSNN
WAAVKACLLAGLYPNLAKLDKSNPRPILKTKTEKSVIYHGSSVLRENYVKDLPSDWIIFE
ELSSFNTKKFIKNCTVVSSMSVALFSSAMKLPQDSVQTGGKLNKSQELVNTADVDSDDSY
EESEDNLGTLNLDGWTSFVGSSDDIAKILNMRLCLTLAYREFLKNKMISQHSSFSSVVQS
VVKILSIEDNIIGLEAPDDVGKRPKENSNKGRHSKNNDSSSFSSFRKYPYSQHTQNKSYT
DSSSSFRTSRNSYNMPNNRGTSYRHYQQNYSTPSTSQVNNNYKW
NT seq
3555 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtctcctccaataagaggtttatcacaagattctaaggattctttgttgcatcaattg
cagaaattcatttcatctgatacaatatcgtatacatttccatcttcattgacatcagag
gaacgtaaatatttgcacttaaaaagtgctgaacttggattaaaatctaaaagctatgga
aaacctggtcaacgatcaattactattaaaatggataaaaaaaaagtcaatagtaaggct
tgtagtatagaaatatctgcagcttcaaatgatataatgaaaaaaatttgtgatcatgtt
cctattactaaacaaatgtatgatgaattacttcctaatcccatgaaaccatatcgacga
atggcagttgccaattgtaaacgaaatcttcctctcatgtgtgacaagccgatgtctata
cctcgttttgctgttgatgaagatttattattaacaagaaaagctttaccaatatgggca
aaaaaaggacaaataactaatgcaattgagaataatcctgttgtaatcattacagctgag
actggatctggaaaaaccactcaaattccacaattcataattgatgatagtgctgtaaaa
aatagaccatgccgggttatatgttgtcaaccaagaagaattgcagctatttcaatggct
gatagagtgtctaacgaacgtggagaaagtattggaatgagtactggttatcaagttaga
ctagaaagctgtgttagtcaagatacaacaattatatattgtacgactggtgttttgaca
aggacacttatggatcggcatcaaaaagacaatgaacctaataaaggaatgttaatgaat
gtttctcatgtaatagtagatgaagttcatgagcgtgataaacatgttgactttcttctt
atagcattgcgtatgattttaccaaaatataaccatttgaaacttattttaatgtctgct
acagcagatatacatttgttttcaaattattttgacaactgccctgtattgaaagtggaa
ggaaaaattttccctgtgcgagattattttttagaggagattttagacacaattaaatat
gaatctccagcaatggcaagaataaaaaataaaactaaaattggttattgggataatgat
atcgtagaaaaaactgttgaagctgttcaaaatttgaatcttattgaaccagttactaca
ttgatgcctgatcaagaatggttaaaatcagaattagatgattgtatgcaccaaatttgg
ttcaatgctgaaatcgagcaaattgatagaatgatttattacattatgtcagaaggaatt
ccagtagattatcaacattcagatactggtgtaactttattgatgcttgtagcagttcat
ggattaaatgattatgttactacattattaaacatgggtgctaatccaaacatacgaaca
agggtatacaatatggatgcagctacttgggcagcagaatttaaacaatttgatactaga
gatttaataattaacaacaaaggcattcttgcgcaaacagatatccaaaaaaatgaaaat
ttggatgaagttgagattaaagaaagactagaattatataaaaaaagtttacctcctaac
attataattgatgcttatttaattacctatctcataaaacatataatttttaaaaaaaat
gctggctctattttagtctttttgcctgggtttgaagatatgtctatggttaataaagtt
atagttgaagaacttattagtaaagataatttaaaaatcacaatttatatgttacattct
atgatgcagacatccgatcaacgcagagtttttcaaccagcgcctaaaggtcaccaaaaa
gttatattagcaactaatattgtagaaacaagtgttacaattaatgatgttgtatatgtg
attgattcagggagagtaaaacaaaaaggttacaatgcttttaacggtattagttgtatg
aatgtaaattggatatcccaaagttgtgcaaaacaaagagctggtcgtgctggaagacta
tgtgctggcgagtgttatcgcctttatacgagagagcatcattgtcacatggcgtctcat
gatgtacctgaaattcttagaatgcctctacaagaactttgcatgttagcaaaagtgatt
tccaataatatgagagtattagactttttagctttagctatacaaccaccaccaacatta
tcagttacatctgctcttgaatatctaaagacaatagaagcaatggatgtgaatgaagac
ttaacagatcttggattttttatgttggatttatctattgaatctcattatgctaaatca
ctagtatttgctatatttttgaaatgcctggatcctgtattaactataattagttgctta
gctaatagagaaccatttaacttaactcttaatgtaaacatgaagacttcattaggatct
atacgtaagaaattagctggtgattcattgagtgatcatatagtcctcttgcgcctatat
caagcttttaatgaaggaaatatggttgatagtgatttatttaaccttgtttcacaatca
attatgggattaattacacaaacaagaactcaattattaggtcagttaagagcattagaa
ctaattcagactcgtgctggacctaatgatataagggatgtaaatattaactcaaataat
tgggctgctgttaaagcttgtttattagctggattgtacccaaatttggctaaactagat
aaatctaatccaagaccaattttgaaaacaaagacagaaaaaagtgtcatttatcatgga
tcaagtgttttacgtgaaaactacgttaaagatttaccatcggattggataatatttgaa
gaattgagttctttcaacactaaaaaatttataaaaaactgcacagtagtatcatctatg
tcagtggcacttttttctagtgctatgaaattacctcaagattcagttcaaacagggggt
aaattaaataaatctcaagaattagttaatacagctgatgttgatagtgatgatagttat
gaagaaagtgaagacaatttaggaacgttaaacttggatggttggactagttttgttgga
agttcagatgatattgcaaaaatattaaacatgcggttatgtcttactttagcttaccgc
gaatttcttaaaaataaaatgatctctcaacatagttcctttagtagtgttgttcaatca
gttgttaaaatattatctattgaagataacattatagggttggaggctccagatgatgtt
ggtaaacgtccaaaagaaaatagtaataaaggtcgccatagtaaaaataatgacagctct
tcattttcttcttttcgcaaatatccatatagtcaacacactcaaaataaaagttataca
gatagcagttcaagttttaggacaagtagaaatagttataacatgcccaataatagaggt
acaagttatagacattatcaacagaattattcaactccaagtacatctcaggttaacaat
aactacaaatggtaa
DBGET
integrated database retrieval system