KEGG   Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid): 113550062
Entry
113550062         CDS       T06065                                 
Name
(RefSeq) CCR4-NOT transcription complex subunit 1-like isoform X1
  KO
K12604  CCR4-NOT transcription complex subunit 1
Organism
rmd  Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid)
Pathway
rmd03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:rmd00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    113550062
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis [BR:rmd03019]
    113550062
Messenger RNA biogenesis [BR:rmd03019]
 Eukaryotic type
  mRNA surveillance and transport factors
   mRNA cycle factors
    P-body specific factors
     113550062
  mRNA degradation factors
   3'-5' decay
    Ccr4-NOT complex
     113550062
SSDB
Motif
Pfam: Not1 CNOT1_CAF1_bind CNOT1_TTP_bind NOT1_connector ARM_Cnot1 DUF3819 CNOT1_HEAT CNOT1_1st
Other DBs
NCBI-GeneID: 113550062
NCBI-ProteinID: XP_026807468
LinkDB
Position
1:complement(70299164..70322309)
AA seq 2455 aa
MNLDSLSYTLSQISYLVANLSKKNYKSSVQELVDAIQLQGFEADRHLLRCLLSHIDLKEI
EGPRNISHKDYYQVQLLAQQCTTLLNKPSLTSILCFALDNPLNIQKPLKSSIQPLKPSIQ
LFVQLSRILHLSLVQEVVFGLVCLESANYSTFALQFVKQKLPELIKSYINSDINTEQVTG
GGLHDSSPEVLHLILSHVFAVDDQIFGISKEVKEVLLKNLRRDFPLEVAPVLLAPLIYSD
NPDRPMDKINQDMSSISNSMLDPSLADLVMEMGYSICSSLEECRRNLLSVISGNGSSVIF
GPSSIAKVLSMMIRTHTGLDTQSNLTYWPGDNANHDLEKSSINCTTWNVEVFVHTIKDLN
PSLSWSDVIKELDHNDFIIKDRQGLVLLFTALRLGLKAQGYHADNFPVEMIYRHWSNSEA
QMSLVQLILQNSDVFCFADYPYRSVSIDLLKVTPEADNKDINNWRSIELVDLMLYLAERG
LYYQVQECLKFPAQKCPDLLALALIQSNGPLSMVRHEMISGLIPIFLGNHSNAGVILHHA
WNHQNVGLRHTLVQAMSDWYVRSDHDHVKLSRILDIAQDLKALSLLLSVQQFVFVIDLAC
LASRREYLKLDKWLSDKIREHGENFVSACVKFLQKRCPQLAGSSTKDEHLSKYTPLSSET
VLTILNCLRNVTGTISQELSDAILQMVTNCTNMYMSKVVSARINSTAPPPAILRASQHHR
LNEGPSSQVLVDQLTGLATSLASLGLNSSAQSSSTFSLPGSLGQLVQTPGSPSRNNIGNT
SGHGGFSIMTPSSSNAPGPAVSSQLSGPSNMLGRLPPHQINPSAIVKANHPIDNSLFVDG
NMPVSVPKDIEDEANSYFQRIYNLAPHHSLSIDEVLEMLKRFQESPVKREREVFCCMLRN
LFEEYRFFPAYPEKELITTAHLFGGIIEHGLVSNYKALGLALRFILDALKKSPSSKMYNF
GITALDRFKHRLKDYHQYCSHIYAIPHFQQFPQHLIEYVEYGKTSNEPPSRVTDLAGASS
NIISQGSFMPNSLNAFKAQSITTTTATTTVSSSSSKLTTTNAVLPSRPSIANTTNIDTLL
VATEQEDKMIAPAENVQDKIAFIFNNLSQVNLQTKCDEIREIITHECLPWLSQYLVMKRV
SIELNFHTLYSNFLDCLNNEALNSLIILETFRNIRVLLKSDKGMANFSDRSLLKNLGHWL
GMITLAKNKPILLDDIDLKMLLVEAYNKGHQELLFTVPFIAKILESCAKSKVFRPRNPWT
MSVMNCLAELHEEPDLKLTLKFEVEVLCKALNIELKDLTAGYVLKDPEIAKKLEPQLSNA
EKSKPRPQSAPEPPKMSVPTPQRQTPIIQTIVASQAQQQQNNNATVPSVNSNTRFNDELV
GHVVAAGGVTTLTSTGSMGISGTPGMSPPLPLVEPKFNYVTFNTTNSSQIMSMIVINSQI
PLFHSQPTLKTYVRNAIERSIQEWINPVVERSVKIAVITTEHIVKKDFGMDPDDTHLRKA
AHCMVRNLTSGLAMITCREQVIQTLTTNLKQHFMSVLISPSQSQKEMIDQACTMCANDNL
ELACAFVQKTATEKAVIEIDKYLKIEYDRRSMSRMEGRRYCDPLVLGGQAEYLPETLRNK
VGLPPPQMIGVYEEFARNIPGFQPLDREAVSLFIPKSGFPPDEMTVVYEKLISDIESLLQ
LYIGNQRILSNTTQPSNLHSVMEAMTTLRRSRDIVTAGNVVNKTVESYLDGLSSSANHDL
DMSIRYRDIHLNIFRAFQDPRAYNLQWTNKTLTKALMESRDELRFNIDAIDVLIRAGMVN
ISMYDMHLAMSMDNGANYVAMAYIKQFLQNYLIDNRSNSPITEHHLQATIDALNGIVLSG
RPVPDGLTALLEAIRSPQTENNASERMASGSSSSSAHIQHGMLQGRDFDDPPGLLEKTEF
LLKEWLTIYSSAPNRDPGKTFSVYIHQMNVQGILKSDDIITRFFRLSTQMMVELCYRQIP
DQTQSPSTVRAKLFHTIDAYVKLIVLLVKHSGDATAITTKTNLLNKVLGIVVGVLLQDHD
VQATDFHQLPYHRILITLFLDLNAPDPVLESINYPILAAFCHTFHLLRPRKVPGFAYAWL
ELISHRIFIGRLLGLTPQQKRQRAYDQTPVTDVQGWNFYAQLLIDLFKYLAPFLRNAELA
KPVHLLYKGTLRVLLILLHDFPEFLCEFHYGFCDVIPPNCIQMRNLILSAFPRNMRLPDP
FTPNLKVDVLQEISLAPKISPDFQCYIQPASFKKDLDLYLKTRAPVTFLSEIRTTMQQSC
CEPGMRYNLSLLNAIVLYVGTQAIQHIRSKGLVPNTSTIAHSAHMDIFQNLSVDLDTEGR
YLFLNAIANQLRFPNSHTHYFSCTLLYLFAEANSEAIQEQITRVLLERLIVNRPHPWGLL
ITFIELIKNPAYKFWNHEFVHCAPEIEKLFESVARSCMVHKQPNTSTDSGDLPDL
NT seq 7368 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgaacctggattcattgtcatatacgttgtcgcaaatcagctatctcgttgctaatttg
tcgaaaaagaattataagtcaagcgttcaagaattagtggatgcaatccaattgcaagga
ttcgaagcagatcgacatttattgcgctgtcttctttctcacatagatcttaaagagatt
gaaggaccgcggaatatatcgcataaggattactaccaagttcaattgttggcacaacag
tgtacaactcttttaaataagccttccctcacttcgattttgtgttttgcacttgacaat
ccacttaatatacaaaagcctcttaaatcatcaatacagccattaaaaccatcaatacag
ctatttgtccagctgagtaggatattgcatcttagtctcgttcaagaagttgtttttgga
ctcgtttgtttggaatcagcaaactattcaacatttgcattacaatttgtaaaacaaaaa
ttgccagaattaatcaaatcttatattaactcagatattaatactgagcaagttactgga
ggaggattgcatgattctagtcctgaagtattacatttaatattaagtcacgtatttgct
gttgatgatcaaatatttggcataagcaaagaagtcaaagaagttttattaaaaaattta
cgccgtgattttccgctcgaagttgctcctgtattattggctcctttaatatattctgat
aatccagatcgcccaatggataaaataaatcaagatatgtcatctatttccaattcaatg
ttggatccatcactagctgatttagttatggaaatgggctattctatttgttcatctcta
gaagaatgccgtcgaaatttgttatcggtaattagtggaaatggttcttcagtcattttt
ggcccttcatcaattgcaaaagtgttatcaatgatgatacgaacacatactgggcttgac
actcaatcaaatttgacatactggcctggcgacaatgcaaaccatgatctagagaaaagc
tctattaattgtacaacatggaatgttgaagtttttgttcatacaatcaaagacttgaat
ccatcattgtcttggtcagatgttatcaaagaacttgaccataatgattttattattaaa
gatagacaaggtttagttcttctttttactgctttgcgacttggcttaaaagcccaagga
tatcatgcagataactttcccgttgaaatgatttatcgacattggtcaaattctgaagca
cagatgtcacttgtccaacttatattacaaaattctgatgttttttgttttgctgattat
ccataccgttctgtatcaatcgatttgctgaaagtaaccccagaagcagataataaagat
attaataattggcgttcaattgagcttgttgatttaatgttgtatttggctgaacgtggt
ctttattatcaagtgcaagagtgtttaaagtttccagctcaaaaatgtcccgatttattg
gcccttgctctaattcagtctaatggtcctttgagtatggtcaggcatgaaatgataagt
ggtcttataccaatatttcttggaaatcacagcaatgcaggtgtcatattgcaccatgca
tggaatcaccagaatgtcgggctcagacatactttagtgcaagccatgagtgattggtat
gtgcgtagtgatcatgaccatgtaaaactttcccgcattttagatatagctcaagattta
aaggcattatctctattgttaagtgttcagcagtttgtatttgtcattgatttagcttgt
ttagcttcacgacgagaatacttgaagcttgataaatggttatcagataaaattcgtgaa
catggcgaaaattttgtttctgcttgtgttaaatttttgcaaaaaagatgccctcagtta
gctggatcttcaaccaaagatgaacatttgtctaaatacactcctttgtcatctgagact
gttctaacaatcttaaattgtctacgcaatgttactggaactatttcacaagaactctca
gatgctattttgcaaatggtaacaaattgtaccaatatgtatatgtcaaaagtagtatca
gcacgtattaattcaacagctccgccaccagctatcctccgtgcttcacaacatcatcga
ctaaatgaagggccatcatcacaagtattagttgaccaacttactgggttggctactagt
cttgctagtcttggattaaattcttcagcacaatcaagttctacatttagtttacctggc
tccttagggcagttagttcaaacacctggatcgccatctcgtaataatatcggtaataca
tctggacatggaggtttctctattatgaccccttcatcttcaaatgctccaggtcctgca
gtttccagtcaattatctggaccatctaatatgcttggccgattaccacctcaccagatc
aatccatcagcaatagtgaaagctaatcatcctatcgacaacagtttatttgttgatggt
aacatgccagtctctgtacctaaagacatagaagatgaagcaaatagttatttccaacgt
atttataatttggcaccccatcattcactatcaattgatgaagtactagaaatgttaaaa
agatttcaagaatctccagttaaacgtgaaagggaagttttttgttgtatgttgagaaac
ttgtttgaagagtatagatttttcccagcatatcctgaaaaagaattaataacaacagct
catctttttggtggtattatagagcatggtcttgtttcaaattataaagctttgggtctt
gcgttacgttttattttggatgcattaaagaagagtccaagttctaaaatgtataatttt
ggtataactgcattggatcgttttaaacatcgtttgaaggattatcatcaatattgttct
cacatttatgcaattcctcatttccaacagttcccacaacatcttatagagtatgttgag
tatggtaaaacttcaaatgaaccaccatctagagtaacagatttagctggagcaagtagt
aatattatatcacaaggatcattcatgccaaattctcttaatgctttcaaagcccaaagt
atcactactaccacagctactactacagtatcatcttcatcttctaaacttactactact
aatgctgtgttaccatccaggccatcaattgcaaacacaacaaacatcgatactttgtta
gtggccacagaacaagaggacaaaatgattgcacctgctgaaaatgttcaagataaaatt
gcttttatctttaacaacttaagtcaagtgaatctgcaaactaagtgtgatgaaattaga
gaaattatcacccatgaatgtttaccatggttatcacaatatttggttatgaaacgtgtc
agtattgaattgaatttccatactttgtactctaactttttggattgtttgaataatgaa
gccttgaattcattaataatattggaaacattcaggaatataagagttttgttaaaaagt
gacaaaggaatggccaatttttctgataggtcactattaaagaatttaggtcattggttg
ggaatgataacattagcaaaaaataaacctatactattggacgatattgacctaaaaatg
ttattggtagaagcatataataagggacatcaagaattactatttactgtgccatttatt
gctaagatactagaatcatgtgctaaaagcaaagtatttagaccaagaaatccatggaca
atgtctgtaatgaactgtttagctgaacttcatgaagaaccagatttgaaattaactttg
aaatttgaagttgaagtattatgtaaagctttaaacatagaacttaaggatttgactgct
ggatatgttcttaaagatccagaaatagcaaagaaattagaacctcaattatctaatgca
gaaaaatctaaacctcgacctcaaagtgctccagagcctccaaaaatgtctgttcctaca
ccccaacgccaaacaccaattattcaaacaatcgttgcttcccaagctcagcaacaacag
aataataatgcaacagttccatcagtaaattctaatactcgattcaatgatgaacttgtt
ggccatgtagtggctgctggtggagttacaactttaacatctactggtagtatgggcatt
agtggtacaccaggcatgtctccaccactacctttggttgagcctaagtttaattatgtt
acattcaatactactaattcatcacagataatgtctatgattgttattaactctcaaatt
ccgctgtttcatagtcaaccaacattaaagacttatgtacgaaatgccatagaacggtca
atccaagaatggataaatcctgttgtcgagagatcagtaaaaattgcagtaattaccaca
gaacacattgttaaaaaagattttggtatggacccagatgacacccatttacgtaaagca
gcgcattgtatggtaagaaatttaacttctggtttggcaatgattacatgtcgagaacaa
gtcattcaaacattgacaactaatctgaagcaacattttatgagcgttttgatttctcca
tcacaatctcaaaaggaaatgattgatcaagcttgtaccatgtgtgcgaatgataattta
gaattagcatgtgcatttgtccaaaaaactgcaactgaaaaagccgtaatagaaattgac
aaatacttaaaaattgaatatgataggcgcagtatgtcaagaatggaaggtcgtcgttat
tgtgatccactagtattaggtggccaagcagaatatctgccagaaactctacgtaataaa
gttggtttaccaccacctcagatgattggagtgtatgaggaatttgcaaggaacatacct
ggttttcaaccattagatcgggaggctgtttcgttgttcattcccaaatctggttttcca
cctgatgagatgacagtagtttatgaaaaactcattagtgacattgagtcacttttacaa
ttatatattggcaaccaacgaatactttctaacacaacacaaccatcaaatttacatagt
gttatggaagcaatgacaacattaagaagatcacgtgatattgttactgcaggaaatgtt
gttaataaaaccgtagaaagttatttagacggtcttagttcatcagcaaaccatgatttg
gatatgagtatcagataccgtgatatacatctcaatatatttagagcttttcaagatcct
cgtgcttacaatttacaatggactaataaaactctgaccaaagctctcatggaatctaga
gatgagttacgttttaacattgatgctattgatgttttaatacgtgctggaatggtgaat
attagcatgtatgacatgcacttggctatgtctatggataatggtgcaaattatgtagcc
atggcatacataaaacaatttttacaaaactatttgatagataatcgttctaattcacct
ataactgaacatcatctccaagctactattgatgcattgaatggcattgtgcttagtggt
cgccctgttcctgatgggttgacagcacttctggaagcaattagatcaccacaaacagaa
aataatgcttcagaaagaatggctagtggcagtagtagttcttcagcacacattcaacat
ggaatgctacagggtagagactttgatgatcctcctggattgttggaaaaaactgagttt
ttacttaaggaatggttgaccatttatagttcagcacccaatagagatccaggaaaaact
tttagtgtatacattcatcaaatgaatgtccaaggaattttaaaatctgatgacatcata
actcgatttttccgcctcagtacacagatgatggttgaactatgttatagacagatacct
gatcaaactcagtctccttccactgtccgtgctaaacttttccatacaattgatgcctat
gttaaactcatcgtgctactagttaaacattctggtgatgcaactgccataactactaaa
acaaatcttttgaataaagttcttggaattgttgttggtgttttgcttcaagatcatgac
gtccaagccactgactttcaccaattaccataccataggattttaatcactcttttcctt
gatttgaatgcacctgatccagtattagaatcaatcaattatcctatacttgctgcattt
tgtcatacttttcatctacttcgaccaagaaaagttccaggctttgcatatgcgtggctg
gaacttatatctcacaggatattcattggtcgtcttttgggattaactccacaacaaaaa
cgacagcgtgcttacgatcaaactccggttactgatgttcagggttggaatttctatgct
caattactcattgacctgttcaaatacctggctccattcttaagaaatgctgaacttgcc
aagcctgttcatttgttatataagggaacattgcgagtgctcctcattttgctacatgat
tttcccgaattcttgtgcgagttccactatggcttttgtgatgtgatacctccaaattgc
attcagatgagaaatttgatattatctgcattcccacgtaacatgcgtttaccagatcca
tttacaccaaacttaaaagttgacgtgcttcaagaaatatctttggctccaaaaattagt
ccagattttcaatgttacatccaaccagctagctttaaaaaagatttagatttatatttg
aaaactcgagctccagttacatttttgtcggagatccgtactacgatgcaacagagttgt
tgtgaaccaggaatgcgttataatctttcacttttaaacgcaattgttctgtatgttggt
acccaagctattcagcatattcgcagcaagggtttagttccaaatacttctactattgct
cattctgcgcacatggatattttccaaaatttatctgtggaccttgacacagaaggtcgc
tatttgtttttaaatgctattgcaaaccaattacgttttcctaatagtcacacacattac
tttagctgtactcttttgtatctattcgctgaggctaacagtgaagctattcaagaacaa
ataacaagagttcttttggaaaggttgattgttaacagacctcatccttggggcttattg
atcacatttattgagctaataaaaaatccagcatacaagttttggaaccacgaatttgta
cattgcgctccagaaattgaaaagttatttgaatctgttgcccgttcttgcatggtacac
aaacaacccaacacttcaacagatagtggagatttaccagatttataa

DBGET integrated database retrieval system