Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid): 113550062
Help
Entry
113550062 CDS
T06065
Name
(RefSeq) CCR4-NOT transcription complex subunit 1-like isoform X1
KO
K12604
CCR4-NOT transcription complex subunit 1
Organism
rmd
Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid)
Pathway
rmd03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rmd00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
113550062
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
rmd03019
]
113550062
Messenger RNA biogenesis [BR:
rmd03019
]
Eukaryotic type
mRNA surveillance and transport factors
mRNA cycle factors
P-body specific factors
113550062
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Ccr4-NOT complex
113550062
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Not1
CNOT1_CAF1_bind
CNOT1_TTP_bind
NOT1_connector
ARM_Cnot1
DUF3819
CNOT1_HEAT
CNOT1_1st
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
113550062
NCBI-ProteinID:
XP_026807468
LinkDB
All DBs
Position
1:complement(70299164..70322309)
Genome browser
AA seq
2455 aa
AA seq
DB search
MNLDSLSYTLSQISYLVANLSKKNYKSSVQELVDAIQLQGFEADRHLLRCLLSHIDLKEI
EGPRNISHKDYYQVQLLAQQCTTLLNKPSLTSILCFALDNPLNIQKPLKSSIQPLKPSIQ
LFVQLSRILHLSLVQEVVFGLVCLESANYSTFALQFVKQKLPELIKSYINSDINTEQVTG
GGLHDSSPEVLHLILSHVFAVDDQIFGISKEVKEVLLKNLRRDFPLEVAPVLLAPLIYSD
NPDRPMDKINQDMSSISNSMLDPSLADLVMEMGYSICSSLEECRRNLLSVISGNGSSVIF
GPSSIAKVLSMMIRTHTGLDTQSNLTYWPGDNANHDLEKSSINCTTWNVEVFVHTIKDLN
PSLSWSDVIKELDHNDFIIKDRQGLVLLFTALRLGLKAQGYHADNFPVEMIYRHWSNSEA
QMSLVQLILQNSDVFCFADYPYRSVSIDLLKVTPEADNKDINNWRSIELVDLMLYLAERG
LYYQVQECLKFPAQKCPDLLALALIQSNGPLSMVRHEMISGLIPIFLGNHSNAGVILHHA
WNHQNVGLRHTLVQAMSDWYVRSDHDHVKLSRILDIAQDLKALSLLLSVQQFVFVIDLAC
LASRREYLKLDKWLSDKIREHGENFVSACVKFLQKRCPQLAGSSTKDEHLSKYTPLSSET
VLTILNCLRNVTGTISQELSDAILQMVTNCTNMYMSKVVSARINSTAPPPAILRASQHHR
LNEGPSSQVLVDQLTGLATSLASLGLNSSAQSSSTFSLPGSLGQLVQTPGSPSRNNIGNT
SGHGGFSIMTPSSSNAPGPAVSSQLSGPSNMLGRLPPHQINPSAIVKANHPIDNSLFVDG
NMPVSVPKDIEDEANSYFQRIYNLAPHHSLSIDEVLEMLKRFQESPVKREREVFCCMLRN
LFEEYRFFPAYPEKELITTAHLFGGIIEHGLVSNYKALGLALRFILDALKKSPSSKMYNF
GITALDRFKHRLKDYHQYCSHIYAIPHFQQFPQHLIEYVEYGKTSNEPPSRVTDLAGASS
NIISQGSFMPNSLNAFKAQSITTTTATTTVSSSSSKLTTTNAVLPSRPSIANTTNIDTLL
VATEQEDKMIAPAENVQDKIAFIFNNLSQVNLQTKCDEIREIITHECLPWLSQYLVMKRV
SIELNFHTLYSNFLDCLNNEALNSLIILETFRNIRVLLKSDKGMANFSDRSLLKNLGHWL
GMITLAKNKPILLDDIDLKMLLVEAYNKGHQELLFTVPFIAKILESCAKSKVFRPRNPWT
MSVMNCLAELHEEPDLKLTLKFEVEVLCKALNIELKDLTAGYVLKDPEIAKKLEPQLSNA
EKSKPRPQSAPEPPKMSVPTPQRQTPIIQTIVASQAQQQQNNNATVPSVNSNTRFNDELV
GHVVAAGGVTTLTSTGSMGISGTPGMSPPLPLVEPKFNYVTFNTTNSSQIMSMIVINSQI
PLFHSQPTLKTYVRNAIERSIQEWINPVVERSVKIAVITTEHIVKKDFGMDPDDTHLRKA
AHCMVRNLTSGLAMITCREQVIQTLTTNLKQHFMSVLISPSQSQKEMIDQACTMCANDNL
ELACAFVQKTATEKAVIEIDKYLKIEYDRRSMSRMEGRRYCDPLVLGGQAEYLPETLRNK
VGLPPPQMIGVYEEFARNIPGFQPLDREAVSLFIPKSGFPPDEMTVVYEKLISDIESLLQ
LYIGNQRILSNTTQPSNLHSVMEAMTTLRRSRDIVTAGNVVNKTVESYLDGLSSSANHDL
DMSIRYRDIHLNIFRAFQDPRAYNLQWTNKTLTKALMESRDELRFNIDAIDVLIRAGMVN
ISMYDMHLAMSMDNGANYVAMAYIKQFLQNYLIDNRSNSPITEHHLQATIDALNGIVLSG
RPVPDGLTALLEAIRSPQTENNASERMASGSSSSSAHIQHGMLQGRDFDDPPGLLEKTEF
LLKEWLTIYSSAPNRDPGKTFSVYIHQMNVQGILKSDDIITRFFRLSTQMMVELCYRQIP
DQTQSPSTVRAKLFHTIDAYVKLIVLLVKHSGDATAITTKTNLLNKVLGIVVGVLLQDHD
VQATDFHQLPYHRILITLFLDLNAPDPVLESINYPILAAFCHTFHLLRPRKVPGFAYAWL
ELISHRIFIGRLLGLTPQQKRQRAYDQTPVTDVQGWNFYAQLLIDLFKYLAPFLRNAELA
KPVHLLYKGTLRVLLILLHDFPEFLCEFHYGFCDVIPPNCIQMRNLILSAFPRNMRLPDP
FTPNLKVDVLQEISLAPKISPDFQCYIQPASFKKDLDLYLKTRAPVTFLSEIRTTMQQSC
CEPGMRYNLSLLNAIVLYVGTQAIQHIRSKGLVPNTSTIAHSAHMDIFQNLSVDLDTEGR
YLFLNAIANQLRFPNSHTHYFSCTLLYLFAEANSEAIQEQITRVLLERLIVNRPHPWGLL
ITFIELIKNPAYKFWNHEFVHCAPEIEKLFESVARSCMVHKQPNTSTDSGDLPDL
NT seq
7368 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaacctggattcattgtcatatacgttgtcgcaaatcagctatctcgttgctaatttg
tcgaaaaagaattataagtcaagcgttcaagaattagtggatgcaatccaattgcaagga
ttcgaagcagatcgacatttattgcgctgtcttctttctcacatagatcttaaagagatt
gaaggaccgcggaatatatcgcataaggattactaccaagttcaattgttggcacaacag
tgtacaactcttttaaataagccttccctcacttcgattttgtgttttgcacttgacaat
ccacttaatatacaaaagcctcttaaatcatcaatacagccattaaaaccatcaatacag
ctatttgtccagctgagtaggatattgcatcttagtctcgttcaagaagttgtttttgga
ctcgtttgtttggaatcagcaaactattcaacatttgcattacaatttgtaaaacaaaaa
ttgccagaattaatcaaatcttatattaactcagatattaatactgagcaagttactgga
ggaggattgcatgattctagtcctgaagtattacatttaatattaagtcacgtatttgct
gttgatgatcaaatatttggcataagcaaagaagtcaaagaagttttattaaaaaattta
cgccgtgattttccgctcgaagttgctcctgtattattggctcctttaatatattctgat
aatccagatcgcccaatggataaaataaatcaagatatgtcatctatttccaattcaatg
ttggatccatcactagctgatttagttatggaaatgggctattctatttgttcatctcta
gaagaatgccgtcgaaatttgttatcggtaattagtggaaatggttcttcagtcattttt
ggcccttcatcaattgcaaaagtgttatcaatgatgatacgaacacatactgggcttgac
actcaatcaaatttgacatactggcctggcgacaatgcaaaccatgatctagagaaaagc
tctattaattgtacaacatggaatgttgaagtttttgttcatacaatcaaagacttgaat
ccatcattgtcttggtcagatgttatcaaagaacttgaccataatgattttattattaaa
gatagacaaggtttagttcttctttttactgctttgcgacttggcttaaaagcccaagga
tatcatgcagataactttcccgttgaaatgatttatcgacattggtcaaattctgaagca
cagatgtcacttgtccaacttatattacaaaattctgatgttttttgttttgctgattat
ccataccgttctgtatcaatcgatttgctgaaagtaaccccagaagcagataataaagat
attaataattggcgttcaattgagcttgttgatttaatgttgtatttggctgaacgtggt
ctttattatcaagtgcaagagtgtttaaagtttccagctcaaaaatgtcccgatttattg
gcccttgctctaattcagtctaatggtcctttgagtatggtcaggcatgaaatgataagt
ggtcttataccaatatttcttggaaatcacagcaatgcaggtgtcatattgcaccatgca
tggaatcaccagaatgtcgggctcagacatactttagtgcaagccatgagtgattggtat
gtgcgtagtgatcatgaccatgtaaaactttcccgcattttagatatagctcaagattta
aaggcattatctctattgttaagtgttcagcagtttgtatttgtcattgatttagcttgt
ttagcttcacgacgagaatacttgaagcttgataaatggttatcagataaaattcgtgaa
catggcgaaaattttgtttctgcttgtgttaaatttttgcaaaaaagatgccctcagtta
gctggatcttcaaccaaagatgaacatttgtctaaatacactcctttgtcatctgagact
gttctaacaatcttaaattgtctacgcaatgttactggaactatttcacaagaactctca
gatgctattttgcaaatggtaacaaattgtaccaatatgtatatgtcaaaagtagtatca
gcacgtattaattcaacagctccgccaccagctatcctccgtgcttcacaacatcatcga
ctaaatgaagggccatcatcacaagtattagttgaccaacttactgggttggctactagt
cttgctagtcttggattaaattcttcagcacaatcaagttctacatttagtttacctggc
tccttagggcagttagttcaaacacctggatcgccatctcgtaataatatcggtaataca
tctggacatggaggtttctctattatgaccccttcatcttcaaatgctccaggtcctgca
gtttccagtcaattatctggaccatctaatatgcttggccgattaccacctcaccagatc
aatccatcagcaatagtgaaagctaatcatcctatcgacaacagtttatttgttgatggt
aacatgccagtctctgtacctaaagacatagaagatgaagcaaatagttatttccaacgt
atttataatttggcaccccatcattcactatcaattgatgaagtactagaaatgttaaaa
agatttcaagaatctccagttaaacgtgaaagggaagttttttgttgtatgttgagaaac
ttgtttgaagagtatagatttttcccagcatatcctgaaaaagaattaataacaacagct
catctttttggtggtattatagagcatggtcttgtttcaaattataaagctttgggtctt
gcgttacgttttattttggatgcattaaagaagagtccaagttctaaaatgtataatttt
ggtataactgcattggatcgttttaaacatcgtttgaaggattatcatcaatattgttct
cacatttatgcaattcctcatttccaacagttcccacaacatcttatagagtatgttgag
tatggtaaaacttcaaatgaaccaccatctagagtaacagatttagctggagcaagtagt
aatattatatcacaaggatcattcatgccaaattctcttaatgctttcaaagcccaaagt
atcactactaccacagctactactacagtatcatcttcatcttctaaacttactactact
aatgctgtgttaccatccaggccatcaattgcaaacacaacaaacatcgatactttgtta
gtggccacagaacaagaggacaaaatgattgcacctgctgaaaatgttcaagataaaatt
gcttttatctttaacaacttaagtcaagtgaatctgcaaactaagtgtgatgaaattaga
gaaattatcacccatgaatgtttaccatggttatcacaatatttggttatgaaacgtgtc
agtattgaattgaatttccatactttgtactctaactttttggattgtttgaataatgaa
gccttgaattcattaataatattggaaacattcaggaatataagagttttgttaaaaagt
gacaaaggaatggccaatttttctgataggtcactattaaagaatttaggtcattggttg
ggaatgataacattagcaaaaaataaacctatactattggacgatattgacctaaaaatg
ttattggtagaagcatataataagggacatcaagaattactatttactgtgccatttatt
gctaagatactagaatcatgtgctaaaagcaaagtatttagaccaagaaatccatggaca
atgtctgtaatgaactgtttagctgaacttcatgaagaaccagatttgaaattaactttg
aaatttgaagttgaagtattatgtaaagctttaaacatagaacttaaggatttgactgct
ggatatgttcttaaagatccagaaatagcaaagaaattagaacctcaattatctaatgca
gaaaaatctaaacctcgacctcaaagtgctccagagcctccaaaaatgtctgttcctaca
ccccaacgccaaacaccaattattcaaacaatcgttgcttcccaagctcagcaacaacag
aataataatgcaacagttccatcagtaaattctaatactcgattcaatgatgaacttgtt
ggccatgtagtggctgctggtggagttacaactttaacatctactggtagtatgggcatt
agtggtacaccaggcatgtctccaccactacctttggttgagcctaagtttaattatgtt
acattcaatactactaattcatcacagataatgtctatgattgttattaactctcaaatt
ccgctgtttcatagtcaaccaacattaaagacttatgtacgaaatgccatagaacggtca
atccaagaatggataaatcctgttgtcgagagatcagtaaaaattgcagtaattaccaca
gaacacattgttaaaaaagattttggtatggacccagatgacacccatttacgtaaagca
gcgcattgtatggtaagaaatttaacttctggtttggcaatgattacatgtcgagaacaa
gtcattcaaacattgacaactaatctgaagcaacattttatgagcgttttgatttctcca
tcacaatctcaaaaggaaatgattgatcaagcttgtaccatgtgtgcgaatgataattta
gaattagcatgtgcatttgtccaaaaaactgcaactgaaaaagccgtaatagaaattgac
aaatacttaaaaattgaatatgataggcgcagtatgtcaagaatggaaggtcgtcgttat
tgtgatccactagtattaggtggccaagcagaatatctgccagaaactctacgtaataaa
gttggtttaccaccacctcagatgattggagtgtatgaggaatttgcaaggaacatacct
ggttttcaaccattagatcgggaggctgtttcgttgttcattcccaaatctggttttcca
cctgatgagatgacagtagtttatgaaaaactcattagtgacattgagtcacttttacaa
ttatatattggcaaccaacgaatactttctaacacaacacaaccatcaaatttacatagt
gttatggaagcaatgacaacattaagaagatcacgtgatattgttactgcaggaaatgtt
gttaataaaaccgtagaaagttatttagacggtcttagttcatcagcaaaccatgatttg
gatatgagtatcagataccgtgatatacatctcaatatatttagagcttttcaagatcct
cgtgcttacaatttacaatggactaataaaactctgaccaaagctctcatggaatctaga
gatgagttacgttttaacattgatgctattgatgttttaatacgtgctggaatggtgaat
attagcatgtatgacatgcacttggctatgtctatggataatggtgcaaattatgtagcc
atggcatacataaaacaatttttacaaaactatttgatagataatcgttctaattcacct
ataactgaacatcatctccaagctactattgatgcattgaatggcattgtgcttagtggt
cgccctgttcctgatgggttgacagcacttctggaagcaattagatcaccacaaacagaa
aataatgcttcagaaagaatggctagtggcagtagtagttcttcagcacacattcaacat
ggaatgctacagggtagagactttgatgatcctcctggattgttggaaaaaactgagttt
ttacttaaggaatggttgaccatttatagttcagcacccaatagagatccaggaaaaact
tttagtgtatacattcatcaaatgaatgtccaaggaattttaaaatctgatgacatcata
actcgatttttccgcctcagtacacagatgatggttgaactatgttatagacagatacct
gatcaaactcagtctccttccactgtccgtgctaaacttttccatacaattgatgcctat
gttaaactcatcgtgctactagttaaacattctggtgatgcaactgccataactactaaa
acaaatcttttgaataaagttcttggaattgttgttggtgttttgcttcaagatcatgac
gtccaagccactgactttcaccaattaccataccataggattttaatcactcttttcctt
gatttgaatgcacctgatccagtattagaatcaatcaattatcctatacttgctgcattt
tgtcatacttttcatctacttcgaccaagaaaagttccaggctttgcatatgcgtggctg
gaacttatatctcacaggatattcattggtcgtcttttgggattaactccacaacaaaaa
cgacagcgtgcttacgatcaaactccggttactgatgttcagggttggaatttctatgct
caattactcattgacctgttcaaatacctggctccattcttaagaaatgctgaacttgcc
aagcctgttcatttgttatataagggaacattgcgagtgctcctcattttgctacatgat
tttcccgaattcttgtgcgagttccactatggcttttgtgatgtgatacctccaaattgc
attcagatgagaaatttgatattatctgcattcccacgtaacatgcgtttaccagatcca
tttacaccaaacttaaaagttgacgtgcttcaagaaatatctttggctccaaaaattagt
ccagattttcaatgttacatccaaccagctagctttaaaaaagatttagatttatatttg
aaaactcgagctccagttacatttttgtcggagatccgtactacgatgcaacagagttgt
tgtgaaccaggaatgcgttataatctttcacttttaaacgcaattgttctgtatgttggt
acccaagctattcagcatattcgcagcaagggtttagttccaaatacttctactattgct
cattctgcgcacatggatattttccaaaatttatctgtggaccttgacacagaaggtcgc
tatttgtttttaaatgctattgcaaaccaattacgttttcctaatagtcacacacattac
tttagctgtactcttttgtatctattcgctgaggctaacagtgaagctattcaagaacaa
ataacaagagttcttttggaaaggttgattgttaacagacctcatccttggggcttattg
atcacatttattgagctaataaaaaatccagcatacaagttttggaaccacgaatttgta
cattgcgctccagaaattgaaaagttatttgaatctgttgcccgttcttgcatggtacac
aaacaacccaacacttcaacagatagtggagatttaccagatttataa
DBGET
integrated database retrieval system