Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid): 113556421
Help
Entry
113556421 CDS
T06065
Name
(RefSeq) TATA-binding protein-associated factor 172
KO
K15192
TATA-binding protein-associated factor [EC:5.6.2.-]
Organism
rmd
Rhopalosiphum maidis (corn leaf aphid)
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rmd00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
rmd03021
]
113556421
Transcription machinery [BR:
rmd03021
]
Eukaryotic type
RNA polymerase II system
Other transcription-related factors
Others
113556421
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DUF3535
SNF2-rel_dom
Helicase_C
HEAT
HEAT_EF3_N
ResIII
TOR1L1_N
HEAT_2
ARM_ECM29
mTOR_dom
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
113556421
NCBI-ProteinID:
XP_026817148
LinkDB
All DBs
Position
4:complement(40277479..40292358)
Genome browser
AA seq
1780 aa
AA seq
DB search
MTSRLDRLFILLETGSSSVTRKAAANQLGQVVRLHPHELKPLLERISTYLRHSSWETRIA
ASQAIEAVIKQIPQWCPSGLPPVKLEPYSDLQVDEKENNGKLCFDTFDLTAIMNCSALMA
SPDIEQDNPVTSENDAEKIIKDQQKIINKTLGLEIIGSEIITSDDIMISSIPSQPNLKRQ
LSDVVKTDTDLNKSSRETNCDRRKARQNELNNKIMRSVSLDGGYTEASNSYKKIKLIDNN
EEIENDWPFKDFINTLLKDLFNTKWEIRHGAATAIREIIKHHGRGAGKACNLPSDQMENH
HQAWLEDVGLRLLCVLALDHFGDFLGDQVVAPVRETCAQALGFVVKLMSEENVLNIIHVL
IQLIQHSDWTTRHGGLLGLKYLLVVRKDIIEKILQLSFPYISKALKDTVDDVSAVAASAL
LPIVDSMIKCDEKWASDVISILWQMLAVQDDLTASCYNFMTLLAALFSLPSGKLLTNEPI
IHVLPRLWSFLTHNATQVRLATMKSLMTLTSTPQLSYADNIEDIKLLQDAMRHIFQRAMS
EPDIEIQQIIKKVWTNLIINSSLTALLNAACPYIGLWLAMTMQSEKIPFDSSSIIQHILT
GPNKVDNVSSFASETNIDVKYYIGGSEAIPAEQREKNAIRARHLGAEMLGLLSCYIIKPA
PNICYTNEDESPVTCYTKLLISNLESNVAMQQKITSMVISEWCKLQKLDSLASKILAEKV
TDCMNRMIYYDEMSFSITKLIQDAHDFLSSLKHYKLTTPQHLNQIVTLEHIELLTGPETG
ILISSQKLKPKIFDQLEDRRLSLNQAHKLIHSELMSLTTSTKASLAGALTMLQCLPEKIR
PIVKPLMESIKKESNEMLQRWSADHLAILMDLCINRSSCPNTTIINNLCSFLCVDPEFTP
KIGTDDRVKYQLILMHQKLLQNAEKLLMKRTGQRGSGRPPIHCDINVEIVLSDKDQEQKL
SNNIQKRGASYALQTICSYFSEHLESKLPRLIEIVYNSIKNIQFPINDPNMNTLKEKDEE
AQELIKNLQVFEVVCSKMHKCFVPKLLELLPIFSKLLVHPYSAVRHISARCLAASVELGS
VITMTTIINDVLPLLDAPDNDVKRKGAIEAVVCIVDKLQFDIVPYIVLLIIPLLGRLCDQ
EESVRKMSSQCFATLIQLMPLDGSVPVPPNLSDETNILIQSQRLFLDQLFNPNQISDFKV
PIMINAKLRSYQQTGINWLAFLNKYKLHGILCDDMGLGKTIQSLCILASDHYNKNEKHKE
TGSPDSVPLPSIVVCPPTLIGHWTHEVQKFIPKNILRPLQYSGLPVERQKLRTYADDYNL
FIVSYDIVRKDIDFFSKIKFNYCILDECHIIKNGKTKASQAIKQLKANHRLVLSGTPIQN
SVLELWSLFDFLMPGFLGTEKQFAAKYSKPILASRDAKCSSKEQENGVLAMEALHRQVLP
FVLRRMKEDVLSDLPAKITQDYYCDLSPIQQQLYEDFSKTHIHKHLSDTETDKKSHPPNK
NNILQALRYLQNVCNHPKLVLTPQHPQYSNITKQILESNSSLTDIQHAAKLPALKQLLMD
CGIGLVSNDETVISQHRALIFCQLKSMLNIIENDLFKAHMPNVSYLRLDGSVPVSQRYSL
VNRFNADPSIDTLIMTTQVGGLGLNLTGADTVIFVEHDWSPMKDLQAMDRAHRIGQKKVV
NVYRLITRSTLEEKIMNFQKFKLKTANTVISSENSSLQTMGTDKLLDLFSLDDPSKEKKK
TNSSYGSIKSVLETLPELWDAKIYDDEYDLNGFIQTLNNT
NT seq
5343 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgacttcaagattagatagactgttcatattattagaaacgggaagtagttcagttaca
agaaaagcagcagcaaatcaactgggacaagtggtgaggctacatcctcatgaacttaaa
cctttattagaacgtatatctacatatttacgacattcatcatgggaaactcgtatagca
gcttcacaagccattgaagctgtaattaaacaaattcctcaatggtgtcccagtggttta
cctcctgttaaattagaaccttatagcgatttacaagtagatgaaaaagaaaataatgga
aaattatgttttgatacatttgatttaactgctataatgaactgttctgctttgatggct
tccccagatattgaacaagataatccagtaacatcagaaaatgatgctgaaaaaattatt
aaagatcaacaaaaaattattaacaaaactttgggacttgaaattattggttcagaaatt
attacttcagatgatataatgatttcatcaattcctagtcaacccaacttaaaaagacaa
ttgagtgatgtagtaaaaacagatactgatttaaataaaagttcgagagaaactaattgt
gatagacgaaaagctcgccaaaatgagctgaataacaaaataatgagatcagtatcttta
gatggtggttatactgaagcttcaaattcatacaaaaaaattaaattaattgataataat
gaagagattgaaaatgattggccctttaaagattttataaatactttacttaaagactta
ttcaatactaaatgggaaatacgtcatggtgctgcaacagctattcgtgaaattattaaa
caccatggtcgaggtgctggaaaagcttgtaatttaccttcagaccaaatggaaaaccat
catcaagcatggttagaagatgtgggactaagacttttatgtgttcttgcattggaccat
tttggagattttcttggtgatcaagtagtagctcctgttagagaaacatgtgctcaagct
ttaggttttgttgttaaattaatgtctgaagaaaatgttttaaacataattcatgtactt
atacaacttattcaacactctgattggacaaccagacatggtggattattaggactgaag
tatttattagttgttagaaaagatatcattgaaaaaatattacagttatcttttccatat
atatctaaagctcttaaggatacagtagatgatgttagtgctgtagctgcatctgcttta
ttgccaatagttgattctatgattaaatgtgatgaaaaatgggcatctgatgtaatatcc
attttgtggcaaatgttggctgttcaagatgatttaactgcatcttgttataacttcatg
actttattagctgcattgtttagccttccgtctggtaaattattaacaaacgaaccaatc
attcatgttttacctcggctttggtcatttttaacacataatgcaactcaagtacgatta
gcaactatgaaatccttaatgacattaacttcaactccacaattatcgtatgctgataat
attgaggatataaaattacttcaagatgctatgaggcatatttttcagagagcaatgtct
gaaccagatatagaaatacaacaaattataaaaaaagtttggactaatttaataataaat
agtagcctaacagctcttttaaatgctgcttgtccatacataggattgtggttggcaatg
accatgcaatcagaaaaaataccttttgattcatctagtattattcaacatattctaact
ggacctaataaagtagataatgtatctagctttgcaagcgagacaaatatagatgtcaaa
tactatatcggcggaagtgaggctatccctgctgaacaaagagaaaaaaatgccattaga
gcaagacatttaggtgcagaaatgttaggtttattatcttgttatattataaaacctgca
ccaaatatttgttatacaaatgaagatgaatcacctgtaacatgctatacaaaattatta
atcagtaatttagaatctaatgtagctatgcaacaaaagattacttctatggtaatatca
gaatggtgtaaattacaaaaattagatagtttagcttcaaaaatattagctgaaaaagta
acagattgtatgaatcgtatgatttactatgatgaaatgtcattttctataacaaagctt
atacaagacgctcacgattttctttcatcattgaaacattataaattgacaactccacaa
catttaaaccagattgtaactttggaacacattgaacttcttactggaccagaaactgga
atattgatttcatcacaaaaactcaaaccaaaaatatttgatcaacttgaagataggcgt
ctttcattgaatcaggcacataagcttatacattctgaactcatgtctttaactacatcg
actaaagcttcattagcaggtgcattaacaatgcttcaatgtttaccagaaaaaatacga
cctattgttaaaccattaatggaatctattaaaaaagaatcaaatgaaatgttacaacgc
tggtcagctgatcatttagctattttgatggatttatgtattaatcgttcttcatgtcct
aacacaactataataaacaacctatgttcttttttatgtgttgatccagaatttacacct
aaaataggtactgatgatagagtaaaatatcaattaattctcatgcatcagaaattatta
caaaatgcagaaaaattattaatgaaacgtactggacagcgaggatcgggaagaccacca
atacactgtgatataaatgtagaaattgtgttaagcgacaaagatcaggaacaaaaactt
agcaataatatacaaaaaagaggagcatcatatgctttacaaactatttgctcatatttt
agtgaacatttagaaagtaaattgccaaggctaattgaaatagtttataacagcataaaa
aatatacaatttccaataaatgatccaaatatgaatactttaaaagaaaaagatgaagaa
gcacaagaattaataaaaaacttacaagtgtttgaagtagtctgttcaaaaatgcacaaa
tgttttgttccaaagcttctggagttattgccaattttttccaaacttcttgttcatcca
tattctgctgttagacatattagtgcccgctgtttagctgcatcggtcgagttaggttcc
gtaattacaatgacaactattataaatgatgttttgcctctcctcgatgctcctgacaat
gatgttaaacggaaaggagctattgaagcagtggtgtgtattgttgacaagttgcaattt
gacattgttccttacattgtcttattaatcattccacttttaggtcgattatgtgatcaa
gaagaaagtgttcgtaaaatgtcttcacagtgttttgctactctgattcagttaatgcca
ctcgatggcagtgtacctgttcctccaaatttaagtgatgaaacaaatatattaattcaa
tcacaaagactatttttagatcaactttttaatcctaatcaaataagtgattttaaagtg
ccgattatgataaatgctaaattaagatcttatcaacagacaggaataaattggttagct
tttttaaataagtataaattacatggaattttatgtgatgatatgggcttaggaaaaacc
atacaatcactatgtatacttgctagtgatcattacaataaaaatgaaaagcataaggaa
actggtagtccagattcagttcctttgccatctatagttgtatgtcctcctacattaatt
ggacattggactcatgaagtacaaaaatttattccaaaaaacatattgagaccattacaa
tactctggattacctgtagaaagacaaaaattaagaacttatgcagatgattataattta
tttatagtgtcttatgatattgtacgtaaagatatagattttttttcaaaaataaaattc
aattattgcatattagatgaatgtcatataataaaaaatggaaagactaaagcaagtcaa
gccattaaacaattaaaagcaaaccatcgtttagtattatctggcactccaattcaaaat
agtgtattagaattatggtcattatttgattttttaatgcccggatttttgggaacagaa
aaacaatttgctgccaaatatagcaaaccaattttagcaagtcgtgatgcaaagtgttca
tcaaaggaacaagaaaatggtgttttagcaatggaagctttgcatcgtcaagttttacca
ttcgttctgcgtagaatgaaagaagatgttttaagtgatttaccagctaaaattactcag
gattactattgtgatttgagtcctattcaacaacaactttatgaagatttttcaaaaaca
catatacacaaacatttatcagatactgaaactgataaaaaatctcatcctcctaataaa
aataatattcttcaagcactgcgttatttacaaaatgtatgtaatcatccaaaattagtg
cttactccacaacatcctcagtattctaatataactaaacaaattttagaatctaattct
agtctaactgatattcaacatgctgcaaaattaccagccttaaaacaacttttaatggac
tgtggtattggattagtcagtaatgatgaaactgtcataagtcaacacagagctttaata
ttttgtcaacttaaatccatgttaaatatcattgaaaatgatctctttaaggctcatatg
ccaaatgtaagttaccttcgtcttgatggtagtgtgcctgtttcacaacgatattcactt
gttaatcgttttaatgctgacccgtccattgatactcttataatgaccactcaagtggga
ggattgggtctaaatttaactggagcagatactgtaatttttgtagaacatgattggagt
cctatgaaagatctacaagcaatggatcgagcacatcgtattggtcagaaaaaagtagta
aatgtataccgtttaattacaagatcaacgctagaagaaaaaataatgaactttcaaaag
tttaagctgaagactgctaacacagtaatatcttctgagaattcaagtcttcaaacaatg
ggaactgataaattattagatttattctcattggatgatccgtcgaaagaaaaaaagaaa
accaattcttcatatggttccattaaatctgttcttgaaactttgccagaactctgggat
gccaaaatttatgatgatgaatatgatttaaatggttttattcagactctaaataatacc
tga
DBGET
integrated database retrieval system
