Rickettsia massiliae MTU5: RMA_0190
Help
Entry
RMA_0190 CDS
T00605
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta prime chain
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
rms
Rickettsia massiliae MTU5
Pathway
rms03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rms00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
RMA_0190 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
rms03021
]
RMA_0190 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
rms03400
]
RMA_0190 (rpoC)
Enzymes [BR:
rms01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
RMA_0190 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
rms03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
RMA_0190 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
rms03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
RMA_0190 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
RPOC_hybrid
Peptidase_M23
RnfC_N
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ABV84484
UniProt:
A8F0P8
LinkDB
All DBs
Position
188111..192235
Genome browser
AA seq
1374 aa
AA seq
DB search
MFMSVVNFCGQLSNTQQFDQIRINIASPDQVRSWSFGEVTKPETINYRTFKPEKDGLFCA
RIFGPVKDYECLCGKYKRMKNRGITCEKCGVEVTVSRVRRERMGHIELAAPVAHIWFLKS
LPSRISTLLDMTMRDIEKILYFENYVVVDPGLSILQKGELLTEEELQKAKDKYGEDAFTA
SIGAEVIQQMLKELDFSKLKQELYEELQTTSSEVKKKKLVKRLKLVEDFLESENKPEWMI
MDVLPVIPPEIRPLVMLDGGRFATSDLNELYRRVINRNNRLKKLIESKAPDIIVRNEKRM
LQEAVDALFDNGRRGRAAKNANKRPFKSLSDMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVG
PELKLHQCGLPKKMALELFKPFIYSKLELYGIATTIKAAKKMVEAEKSEVWDVLEEVIRE
HPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPLLIEGKAIQLHPLVCTAFNADFDGDQMAVHIPLSIEAQL
EARVFMMSTNNILSPANGRPIIVPDKDIVLGLYYLTLAFDNEVGAGMMFSDLAEMEHALY
NKFITIHTKIKYRRNQLNAEGKMVPVIIDTTYGRLMVGELLPSNPNIEFKFINKQLTKKD
ISLVIDLVYRHCGQKATVIFADQLMKLGFKYACSSGISFGMDDMVVPESKSTHINETQLE
IQEFEQQYSNGLITYGEKYNKVVDAWSRCTDRVANDMMKEIATPPVNDDPNHQRINAIYM
MAISGARGSFQQIKQLGGMRGLMTKSNGQIIQTPIISNFKEGLTEFECFNSANGMRKGQI
DTALKTASSGYLTRKLVDVAQDCIITEKDCGTDKGIEVKSVIEGGEVIVPLAEKILGRTA
AIDIFHPVTNDLILNKGELISEAKLEQIESAGLDRIMIKSVLTCESTTGICSICYGRDLA
TGTLVSEGEAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHIGGAATKGAEVSSVDASYDAKVKIISRN
VVINSEERKIVMSRNCELLLLDNNGNEKARHKIPYGARLLVDDGDMVIKTQKLAEWDPYT
IPIITEKSGKVLFKDMVEGITIRDVTDEATGIPSKVIIESKQYSRGAELRPRIQLLGAKG
EVITLSNGLEARYYLPVGAVLSVEDGVQISVGDIIARIPKESTTTKDITGGLPRVAELVE
ARRPKDHAVIAEIDGRVEFGKDYKSKRRIIIHPIDETMSIEYMVPKGKHVVVNEGDFVKK
GDLLIDGNPVLQDILKVMGVEVLANYIVKEVQAVYRLQGVKIDDKHIEVIIRQMLQKVEV
TDSGGTTLLAGEKIDRHEFDEINAKAMKNGLKPAEAQLILQGITKASLQTRSFISAASFQ
ETTRVLTEAAIAGKVDKLRGLKENVIVGRLVPAGTGYFMDKMRKAAIKLDEENV
NT seq
4125 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atttttatgagcgtagtaaatttttgcggacaattaagtaatactcaacaatttgatcag
ataaggattaatatagcaagtcccgatcaggtacgttcttggtctttcggtgaagtaaca
aaacctgaaacaattaactatcgaacttttaaacctgagaaagatgggttattttgtgca
agaatttttggtccggtcaaagattatgaatgtctctgcggtaaatataagcggatgaaa
aaccgtggaattacgtgtgagaaatgcggcgttgaagttacggtttctagagtaagacgt
gaaagaatggggcatattgaacttgcagctcctgttgctcatatttggtttttaaagtcg
ctaccttcaagaattagtacacttcttgatatgacaatgcgagatatagaaaagattctt
tattttgaaaattatgtagtagttgacccagggctatcgattttacaaaaaggcgaactc
ttaacagaggaagaattacagaaagcaaaagataagtacggtgaagatgcatttactgcc
tctataggtgcagaagtaatacaacaaatgcttaaagagcttgatttttcaaagttaaag
caagaattatacgaggaattacaaaccacttcttcagaagtcaaaaagaaaaaattagta
aagcgtttaaaattagtagaggattttttagagtcggaaaacaagccggaatggatgatt
atggatgttttaccggttattcctcctgaaattagaccgcttgttatgcttgacggcgga
agatttgctacttcagacttaaatgaactttatagaagggtaattaatagaaataatcgt
ttaaagaaattaatagagtcaaaagctcctgatataatagtcagaaacgaaaaaagaatg
ttacaagaagcggtggatgcgttatttgataacggtcgtcgcggtagagcagcgaaaaat
gctaataagcgtccatttaagtcattaagtgatatgcttaaaggtaagcaggggcgtttc
cgtcagaacttgctaggtaagagagttgattactcaggacgttcagttatcgtggtagga
cctgagcttaaacttcaccagtgcggtttacctaaaaaaatggctctggagttatttaag
ccgtttatttattctaagcttgagttgtacggcatcgctacaactattaaagccgctaaa
aaaatggtggaagctgaaaaatccgaagtgtgggatgtgcttgaagaggtaattagagag
catccggttttacttaatagggctccgacgttacataggcttggtattcaagcatttgaa
ccgctattaattgaaggtaaagcaatccagcttcatccgcttgtgtgtactgcgttcaat
gcggattttgatggtgatcagatggcagtacatatcccgttatcgattgaagcacagctt
gaagctagggtatttatgatgtctacgaataatatcttaagccccgcaaacggtcgtcct
atcattgtaccggataaagatatagtgcttggtttatattatctaacccttgcatttgat
aatgaagtaggcgcagggatgatgttctcagatttagctgagatggaacatgctttatat
aataaatttataactattcatacaaagataaaatatcgcagaaatcagttaaatgccgaa
ggtaaaatggtccctgttatcattgatactacttacggtaggttaatggttggtgagtta
ttgccttctaaccctaatatagaattcaagtttattaataaacaactaactaaaaaagac
atatcattagttatagatttagtttatcgtcactgcggtcaaaaagctacggtaattttt
gccgatcagctaatgaaactaggttttaaatatgcttgttcttcaggtatttcatttgga
atggacgatatggtagtaccggaatctaagagtactcatatcaacgaaactcagcttgaa
atacaagaatttgaacaacaatattcaaacggtttaattacttacggagagaaatataat
aaagtagtcgatgcttggtccagatgtaccgatagagtagcaaacgacatgatgaaagag
attgctacgccgccggttaatgatgatccaaatcatcagagaataaatgctatatatatg
atggctatttccggagcaagaggttctttccagcaaattaagcagctaggcggtatgcga
ggtttaatgaccaaatcaaacggtcaaattatacaaactcctattatctctaactttaag
gaaggattaactgaatttgagtgttttaattctgctaacggaatgcgtaaagggcaaata
gatacggctttaaaaacggcaagctcaggttacttaacaagaaaattagtagatgttgca
caagattgtattattactgaaaaagattgtggaactgataaaggaattgaagttaagagt
gttattgaaggcggagaagtgatagtacctttagctgaaaagattttaggtcgtactgct
gctattgatatatttcatccggtaactaatgatctaattctcaataaaggcgagcttatt
agtgaagcaaagttagagcagattgagtcggcgggactcgacagaattatgataaaatcc
gtattaacctgtgaaagtactaccggtatatgtagcatatgttacggtagggatcttgct
accggtacattagtatcggagggtgaagcaatcggggttattgctgctcaatctatcggt
gaaccgggtacgcagcttacaatgagaactttccatatcggaggagcggcaacaaaaggt
gctgaggtttcttccgtagacgcttcctatgacgcaaaagtgaaaattataagccgtaac
gttgttattaattccgaagaacgcaaaattgttatgagccgaaattgtgaattattattg
cttgataataacggtaatgaaaaggctcgtcataaaattccatacggtgctagattactt
gttgatgacggtgatatggtgattaaaactcaaaaactagcagagtgggatccttatact
ataccgattatcacggagaagtcaggtaaagttttattcaaagatatggttgagggtatt
actattcgtgacgtaactgacgaagctaccggaataccgagtaaagttattattgaatca
aagcaatattcacgcggtgcagaattacgcccgcgtatacagcttttaggtgctaaaggt
gaagttatcaccttatcaaacggtttagaagctagatattacttgccggttggagcagtt
ttaagcgtagaagacggagtacaaatatcggtaggtgatatcattgcacgtataccgaaa
gaatcaaccactactaaagatattaccggtggtttaccaagagttgccgagcttgtagaa
gcaagacgccctaaagatcatgcagttattgccgaaattgacggtagagtagaattcggt
aaagactataaatctaaaagacgtattattatacatccgattgatgaaacaatgtctatt
gagtatatggtaccaaaaggcaagcatgttgtagttaacgaaggtgactttgttaaaaaa
ggtgatttattgattgacggtaatccggtacttcaagatattttaaaagtaatgggcgta
gaggttcttgcaaattatattgttaaggaggttcaagccgtttatcgtctacaaggtgta
aagattgatgataagcacatagaagttattatccgtcagatgttacaaaaagtagaggtt
acggattcaggtggaactacgttattagcaggtgaaaaaatagatagacatgaatttgat
gagataaatgcaaaagctatgaaaaacggtttaaaacctgctgaagcacaattaatatta
caaggtattactaaagcttctctgcaaactagatcgtttatctctgcggcatcattccaa
gagactactagagttttaactgaagcagctattgccggtaaagtcgataagttgcgagga
ctaaaagaaaacgtgatagttggacgattagtacctgccggaaccggttactttatggat
aaaatgcgtaaagcagccataaagcttgatgaagagaatgtataa
DBGET
integrated database retrieval system