Ruoffia tabacinasalis: VQP54_00960
Help
Entry
VQP54_00960 CDS
T10899
Name
(GenBank) PD-(D/E)XK nuclease family protein
KO
K16899
ATP-dependent helicase/nuclease subunit B [EC:
5.6.2.4
3.1.-.-]
Organism
rtf Ruoffia tabacinasalis
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
rtf00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
rtf03400
]
VQP54_00960
Enzymes [BR:
rtf01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
VQP54_00960
DNA repair and recombination proteins [BR:
rtf03400
]
Prokaryotic type
DSBR (double strand breaks repair)
HR (homologous recombination)
AddAB pathway proteins
VQP54_00960
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
ADDB_N
PDDEXK_1
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
WWL40526
LinkDB
All DBs
Position
196087..199434
Genome browser
AA seq
1115 aa
AA seq
DB search
MGLQIITGDLSVNKKRVIIEKLLHILETNPNATIYYIVPDHLKFDMETFVLNTIEEVKGQ
EEAAMMSLQVVSFTRLAWFMIRPQSPNHQTISDVGLTMIIRQLLSELKDELIVLRGQINH
QGFIDKLLSLFNELIEGNITPEDLSRITTDTHNDVSDISEGIPNLEQQKIVEIQLIYTKF
IERIDLLDVSQYSTLEQLEAFIKSEGQLDDHYAIIDHYYYFNAQQMSLLMQLSASFSDVW
LTLPITHSLANSQTFQPILDTIRYTYHQVKALAQFNQIKVSPDWDINKPLHTIGTDLLTT
AKLFKDIQEIGTSIDDEKTKYLSPPIEVWQADTIQTELRHVSNQIHHLVATEGYRYQDIV
VMTREFERYQVIAKPYFDANDIPIFIDNVAKMNQHPFVLLLESLLNLKLYNWKYDDVMGF
LKSGLIIPKFLKDTPIEQQEKIKDQEVNYFENIILANGYFGYRLIQPNFTWHFEDESKLV
QDSDRTTHYTMKELAERWRQWIISDVSQAFKAWESPMTGQKAGAWLYQLMLDLGVRDEFV
KQRDISIDTGEVESSRRDEQVWQVFVDLLDEFNEIYQDQTISYALFVELLIAGLCESSYH
IIPATLDQVTLTSVESPQVQPFKIAFYIGMDDKTLPLNRPTYSLLDEASRELLQKDLLPH
QYLMKLNEQQYSQELLLAYQLLLNASERIYFSYATSVNNQSMQLSPYIMQIVKQLKLPSY
IFTHDLVSELEHLHPSTFGKYSMEQNLLLQLSHYLTQDEGLLNNLHKQVFLVMDDYDGEE
KETRQSIEAIVEAVAKFNELPTNIAPEIAIQLFGKDINASVSKIEQYFQDPFSHFLLHGL
KIKERKLFELDYARSGDYFHDFLDSFTRLLIDEKLDLRQVDMSDLKQLFNQVKGKLEQDE
RFNIMFSHAKFNAIKTQMDEQLFRFIKFSQAQQKRTKMTSIQSEAVFGISPSPDQLKGFI
YPLNSGGHLSISGKIDRVDTAKTSNNTFIQIVDYKSGKKEFNVVDTYYGLDLQVLTYLSV
ALSNYSDTKAFGAFYQPLIHSYTAFKEASLPESLEAMEELQLSENTFNGFVSVDEEQLTY
IDSSIEVTNNSLIYPVKLKKVDFTMPTVEYLRKKS
NT seq
3348 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgggattacaaattataactggagatctttcagtaaataaaaaacgggttattattgaa
aaattattacatattcttgaaaccaatccgaatgcaacgatttattatattgttcctgac
catttgaagtttgatatggagacttttgtcctaaataccatcgaagaggtcaaagggcag
gaagaagcagcgatgatgtcattacaagtggttagtttcacgcgactagcatggtttatg
attcgacctcaaagtcccaatcatcaaacaatttctgatgttggtttaacgatgattatt
agacaattgcttagtgaattaaaagatgaactcattgtattaagaggtcaaattaaccat
caaggtttcattgataagttattatcattatttaatgagttaatcgaaggaaatattaca
cctgaagatttgtcacgcataacgactgatacacataacgatgtttcagatataagtgaa
ggtatacctaatctagaacaacaaaaaatcgtcgagatacaactgatttatacgaaattt
attgagagaattgaccttttagatgtctcacaatatagcactttagagcaattagaagcc
tttattaaaagtgaaggacaattagatgaccattacgcgattattgatcattattattat
tttaatgcgcaacagatgagccttttaatgcagctttcagcctctttcagtgatgtatgg
ctcacattgcctattactcattcattagccaatagccaaacgtttcagccgattctggat
acaattcgctatacataccatcaagtaaaggcgttagcacagtttaatcaaattaaggtg
tcaccggattgggacattaataaaccacttcatacaattggaactgatttactaacgaca
gcgaagctatttaaagatattcaagaaattgggacgagtatagatgatgagaaaacgaag
tacttaagcccaccgattgaagtttggcaggcggataccattcaaacggagttacgtcat
gtaagtaaccaaattcaccatttagtagctactgagggttaccgatatcaagacattgtt
gttatgacacgtgaatttgaaagatatcaagtgatagcaaaaccgtattttgatgcgaac
gatatacctatttttatcgataatgttgctaagatgaatcagcatccttttgttctatta
cttgaaagcttattgaatttaaaactttataattggaaatacgatgatgtgatgggcttc
ttgaagtcaggtttaattattcctaaatttctaaaagacacaccaatagagcaacaagag
aagattaaagaccaagaagtaaattactttgaaaacattattttagctaatggttatttt
ggttaccgtttaattcaaccaaattttacctggcattttgaagatgaatccaaacttgtt
caagacagtgatcgtacaactcactatacaatgaaagaacttgctgagagatggagacaa
tggataatttctgacgtcagccaagcctttaaagcttgggaaagtcctatgacgggccaa
aaggctggagcatggctctatcaattgatgcttgatttaggcgttcgtgatgagtttgtt
aaacaacgcgatatttctatcgatacgggtgaagtagaatcttctcgccgagatgagcaa
gtgtggcaagtattcgttgatctattagatgagtttaatgagatttatcaggaccaaacc
atttcatatgctttatttgttgagttattaatcgctggtttatgtgaatcaagttaccat
ataatccctgcaacactcgatcaagttacgttaacgagtgtcgaaagtccgcaggtacag
ccatttaagattgctttctatattggtatggacgacaaaaccttaccgctgaatcgacca
acctattctttattagatgaagcatctagagagttacttcaaaaagatttactccctcat
caatacttaatgaagcttaacgaacaacaatatagccaagaattattattagcgtaccaa
ttattactgaacgcttccgaacgaatttactttagctatgctacgagtgtaaataatcaa
agtatgcaattaagtccatatatcatgcaaatagtgaaacaattgaaactaccaagttac
atatttacgcacgatttagtttctgaattggaacatcttcacccaagtacttttggaaaa
tatagtatggaacaaaatttattactacaattatcacattacctcactcaagatgaaggt
ctacttaataatctgcataaacaagtatttttagttatggatgactatgatggcgaagag
aaagaaacgcgtcaatccatcgaagcgattgttgaagcagtggcgaaattcaatgaatta
ccaactaatatcgctccagaaattgcgattcaattatttggtaaagatatcaacgcttca
gtttcaaaaattgaacaatatttccaagatccttttagccatttcttattacatggttta
aagataaaagaaagaaaattatttgaacttgattatgcacggtctggggattatttccat
gactttttagattcatttactagactattaattgatgagaaattagatttaagacaagtt
gatatgagcgatttaaagcaattatttaaccaggtcaaaggaaaattagaacaagacgaa
cgatttaatattatgtttagtcatgcgaagtttaatgcgattaaaacgcaaatggacgag
caactgtttcgttttataaaatttagtcaagcacaacaaaaacgaacgaagatgacttca
attcaatctgaagcagtatttggaatttcaccatcccctgaccaattaaaaggattcatt
tacccattaaatagtggcggacatctaagtattagcgggaagattgaccgggttgataca
gctaaaacttcaaacaatacttttatacaaattgtcgattataaatcaggtaaaaaggaa
tttaatgtagttgatacgtattatgggctcgatttacaagtattaacttatttaagcgtt
gctttaagcaattactcagatacaaaggctttcggtgcattttaccaaccattaattcac
tcctacacagcttttaaagaggcatcgctgccagaatctttagaagctatggaagagtta
caattatctgagaatacctttaatggttttgtcagtgttgatgaagaacaattaacctat
attgattcaagtatagaagtaacgaataatagtcttatttatcctgtgaagttaaaaaag
gtggactttacaatgcctacagtcgagtatttacggaagaagagttag
DBGET
integrated database retrieval system
