Rhincodon typus (whale shark): 109925232 Help Entry 109925232         CDS       T06055                                  Name (RefSeq) collagen alpha-1(II) chain-like   KO K19719   collagen type II alpha Organism rtp  Rhincodon typus (whale shark) Pathway rtp04510   Focal adhesion rtp04512   ECM-receptor interaction rtp04518   Integrin signaling Brite KEGG Orthology (KO) [BR:rtp00001]  09130 Environmental Information Processing   09133 Signaling molecules and interaction    04512 ECM-receptor interaction     109925232    04518 Integrin signaling     109925232  09140 Cellular Processes   09144 Cellular community - eukaryotes    04510 Focal adhesion     109925232  09180 Brite Hierarchies   09183 Protein families: signaling and cellular processes    00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:rtp00536]     109925232 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:rtp00536]  Heparan sulfate / Heparin   Extracellular matrix molecules    109925232 SSDB OrthologParalogGFIT Motif Pfam:  Collagen COLFI VWC VWC2L_2nd Motif Other DBs NCBI-GeneID:  109925232 NCBI-ProteinID:  XP_048474795 LinkDB All DBs Position 41:3346583..3424227 Genome browser AA seq 1348 aa AA seqDB search MFRFLDSRTLLLLAAVQALLITVVRCQDRDIQDLKVNCLQDGQMYSDKDVWKPEPCRICV CDSGIILCDEIICEDLKDCPNPEIPSGECCPVCQKDRPAPSDRQRGPKGQKGEPGDIKDV VGPRGPPGPQGPPGEQGLRGPRGEKGEAGAPGPRGRDGVPGTPGNPGPPGPPGSSGMSDF GGNFASQMARGFDEKAGGAQMGVMQGPMGPMGPRGPPGPTGAPGPQGFQGSPGEPGESGA AGPMGPRGPPGPAGKPGSDGEAGKPGKAGERGPPGPQGARGFPGTPGLPGVKGHRGYPGL DGAKGEAGAVGAKGEAGAAGENGAPGPMGPRGLPGERGRPGAPGSAGARGNDGLPGPAGP PGPVGPAGAPGFPGAPGSKGEAGPTGARGPEGAQGSRGESGSPGSPGPAGAPGNPGTDGI PGAKGSAGAPGIAGAPGFPGPRGPPGPQGATGPLGPKGQQGEPGVAGFKGEAGPKGEPGP AGPQGAPGPAGEEGKRGPRGEPGAAGPNGPPGERGAPGNRGFPGQDGLAGPKGAPGERGA PGVHGPKGANGDPGRPGEPGLPGARGLTGRPGDAGPQGKVGATGAPGEDGRPGPPGPQGA RGQPGVMGFPGPKGATGEAGKAGEKGLIGAPGLRGLPGKDGETGPQGPSGPSGLAGERGE QGPPGPPGFQGLPGPPGPPGEGGKPGDQGVPGEAGAAGPTGPRGERGFPGERGSPGSQGL QGPRGLPGTPGADGPKGAAGAPGPNGAQGPPGLQGMPGERGAAGIPGPKGDRGDNGEKGP EGAPGKDGGRGATGFPGAAGRVGPPGPNGNPGPVGPPGAPGKDGPKGLRGDPGHAGRAGD PGLQGPAGAAGEKGEPGEDGPPGADGPPGPQGLSGQRGIVGLPGQRGERGFPGLPGPSGE PGKQGAPGSAGDRGPPGPVGPPGLTGPSGEPGREGNPGADGPPGRDGATGMKGAQGPMGP SGPAGARGMPGPQGPRGDKGEAGEAGERGQKGHRGFTGLQGLPGPPGPPGDQGAVGVAGP AGPRGPPGPVGPPGKDGANGLTGPIGPPGPRGRSGETGPAGPPGNAGPPGPPGPPGPGID MSAFAGLSQPEKAPDPLRYFRADQAAPFLRQHDAEVDATLKSLNNQIENIRSPEGSKKNP ARTCRDLKLCHSDWKSGDYWIDPNQGCTLDAIKVFCNMETGETCVYPNPTSIPRKNWWTS KGKDKKHVWFGETMNGGFHFSYGDGSLTANTAAIQMTFLRLLSTEASQNITYHCKNSIAY MDRASGNLKKALLLQGSNDIEIRAEGNSRFTYTVLEDGCTKHTGKWGKTVIEYRSQKTTR LPIVDVAPLDIGGSDQEFGVDIGAVCFL NT seq 4047 nt NT seq  +upstreamnt  +downstreamnt atgttcaggtttctggattcgcggacattattactgcttgctgcagtgcaagctctcctc atcactgttgtcagatgtcaagacagagatatccaggacctgaaagtgaactgtttgcaa gacgggcagatgtacagtgacaaagatgtgtggaaacccgagccttgtagaatctgtgtc tgtgattctgggattatcctttgtgacgagataatctgcgaagatcttaaagattgccct aatcctgagattccttctggagaatgctgccctgtctgtcagaaagaccgacctgctccc agcgatcggcagagaggtccgaagggacaaaaaggtgaaccaggcgatattaaagatgtt gtaggaccaaggggacctccaggcccacagggaccacctggagagcaaggcttaagggga ccacgcggagagaagggtgaagctggtgcgcctggtccacgtgggagagatggggtacct ggaactcctggaaaccctggcccacccggaccacctggatcatccggcatgtctgacttt ggcggaaacttcgcttctcaaatggcacgagggtttgatgagaaagcaggaggtgctcag atgggtgtcatgcaaggaccaatgggccccatgggacccagaggacccccaggacccaca ggtgctcccggtcctcaagggttccaaggatctcctggagaacctggtgaatctggtgct gctggtcccatgggtcctcgaggtcctcctggacctgctggtaaacctggttctgatggt gaggctggaaaacctggaaaagctggtgaacgcggacccccaggtccacagggtgctcgt ggtttcccaggaaccccaggtcttccaggtgtcaaaggtcacaggggttacccaggcctt gacggtgctaaaggtgaagccggtgctgtaggtgcaaagggtgaagcaggcgctgctgga gagaatggagctcctggtcctatgggtccacgtggtctgcctggtgagagaggtcgtcct ggagctcctggttcagctggtgcccgtggtaatgatggtctgcctggtccagccggtcct ccaggtcctgtcggtcctgctggcgctcccggtttcccaggtgctccaggttcgaaggga gaagctggtccaactggtgctcgtggtcctgagggtgctcagggttcaagaggagagtca ggaagccccggatccccaggccctgctggagctcccggtaaccctggtactgacggtatt cctggagccaaaggttctgctggtgctcctggcattgctggtgctcccggtttccctggt ccacgtggccctccaggtccacaaggcgctactggccctctcggtcctaaaggtcaacaa ggtgagcctggtgttgcaggattcaagggagaagcaggcccgaaaggagaacctggtcct gctggtcctcaaggtgctcccggcccagctggcgaagaaggcaagagaggccctcgtggt gaaccaggggctgctggtccaaatggtcctcctggcgagagaggtgctcccggtaaccgt ggtttcccaggtcaggatggtcttgcaggtcctaagggtgctcctggtgaacgtggtgct cctggtgttcatggtcctaaaggtgctaatggggatcctggtcgccctggtgaacctggt ctgccaggcgcaagaggtcttacaggtcgtcctggagatgctggtccccaaggcaaagtt ggagctactggtgcccctggtgaagatggccgccctggcccacccggtccacagggtgct aggggacagcctggcgtgatgggtttcccaggaccaaagggtgcgactggcgaggctggc aaggctggtgaaaagggtctcattggtgctcctgggttgaggggtctgcctggcaaagac ggtgaaacaggtcctcagggtccttctggtccatcaggtcttgctggtgagagaggtgaa caaggtcctcccggtcctcctggcttccagggtctgccaggtcctccaggtcctcctggt gaaggtggcaagccaggtgaccagggtgttccaggtgaggctggtgctgcaggcccgaca ggtccacgaggtgaacgaggtttcccaggtgaacgcggatctccaggttctcagggactg cagggtccacgtggtcttccaggtactcctggtgctgatggtcctaagggtgcagctggc gctcctggtcctaacggtgctcaaggtccacccggtctccagggtatgccaggcgagagg ggtgctgctggaattcccggtccaaaaggcgacagaggcgataatggtgagaaaggacct gagggcgcacctggcaaagatggcggacgaggtgcaactggttttcctggtgctgctggg agggttggtccacctggtcctaatggtaacccaggtccagtgggtcctcctggtgctcct ggtaaagacggtcctaaagggctacgtggtgatcctggtcatgctggacgcgctggtgac cctggtcttcaagggccagctggtgctgctggggagaaaggtgaacctggtgaagatggt cctcctggtgccgatggtcctcccggtccacaaggtttgtctggtcagcgtggtattgta ggtcttcctggtcagcgtggagaaagaggtttccctggtctccctggtccttctggtgag cctggcaaacaaggagcacctggttctgctggtgaccgtggcccccctggtcctgttggt ccacctggtctcactggtccttctggagagcctggacgtgagggcaaccctggcgctgat ggtcctcctggtcgtgatggtgcaactggtatgaagggtgctcaaggtccaatgggtcct tctggtcctgctggtgcccgtggtatgcctggtcctcaaggtcctcggggcgacaagggc gaagctggtgaggcaggtgaaagagggcagaaaggtcacagaggcttcactggtttgcag ggtctacctggtcctcctggtcctcctggtgatcaaggtgctgttggtgttgctggtcct gctggtcctcgcggtcctcctggtcctgttgggccacctggtaaggatggtgcaaatggt ctgactggtcccattggtccgcccggcccacgagggcgttctggtgaaactggccctgct ggtcctcctggtaatgctggtcctcctggtccccctggtcctccaggccctggtatcgat atgtctgccttcgctggcctgtcgcaacctgagaaagctcctgacccactccgatacttc cgggctgaccaggctgctccattcttgcgccaacatgatgctgaggttgatgccactctg aaatccctcaacaaccaaattgaaaatatccgcagcccagaaggaagcaagaaaaaccca gctcgtacctgccgagacctgaaactttgtcattcagactggaagagcggtgattactgg atcgatcctaaccagggctgcacactcgatgccatcaaggtcttctgtaacatggaaact ggtgagacctgcgtctatcccaacccaacgagcattccacgcaagaactggtggacaagc aagggaaaagacaagaagcatgtatggtttggcgagactatgaatggtggtttccacttc agctatggcgatggtagtttgacagccaacactgctgccatccagatgactttcctgcgt ctactgtctactgaggcctcccagaacatcacctatcactgtaagaacagcattgcctac atggatagagcttctggcaatctgaagaaggccctcctattgcaaggctcgaatgacatt gaaatcagagctgaaggaaacagcaggttcacatatactgtcttggaagatggttgcacg aaacatactggcaagtggggcaagacagtcattgaatacaggtcacagaaaacaacccgt ttgcccattgtggatgttgcacctttggatattggtggttcagatcaagaatttggtgtt gacattggcgcagtctgcttcttgtaa

DBGET integrated database retrieval system