Ruminococcus bovis: E5Z56_00700
Help
Entry
E5Z56_00700 CDS
T05998
Symbol
rlmD
Name
(GenBank) 23S rRNA (uracil(1939)-C(5))-methyltransferase RlmD
KO
K03215
23S rRNA (uracil1939-C5)-methyltransferase [EC:
2.1.1.190
]
Organism
ruj
Ruminococcus bovis
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
ruj00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03009 Ribosome biogenesis [BR:
ruj03009
]
E5Z56_00700 (rlmD)
Enzymes [BR:
ruj01000
]
2. Transferases
2.1 Transferring one-carbon groups
2.1.1 Methyltransferases
2.1.1.190 23S rRNA (uracil1939-C5)-methyltransferase
E5Z56_00700 (rlmD)
Ribosome biogenesis [BR:
ruj03009
]
Prokaryotic type
rRNA modification factors
23S rRNA modification factors
E5Z56_00700 (rlmD)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
tRNA_U5-meth_tr
Methyltransf_31
Methyltransf_15
TRAM
Cons_hypoth95
MTS
Methyltransf_25
PrmA
Methyltransf_11
TRM5-TYW2_MTfase
Methyltransf_4
UPF0020
RrnaAD
Methyltransf_12
Ubie_methyltran
PCMT
N6_N4_Mtase
NodS
GH101_N
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
QCT05973
UniProt:
A0A4V1G4U8
LinkDB
All DBs
Position
complement(148250..149617)
Genome browser
AA seq
455 aa
AA seq
DB search
MTIKKNDRLIIDITGTTSEGYGVGKSDEGIAIFVPNSAVGDRVDVLIVKVLKRYCFGKVM
EIIKPSEYRQEVDCKVFLKCGGCCYRHITYDAELKIKEQKVKDAIARIAGLNVKINPIVG
ADLPDNYRNKAQFPLAKNKDGNVEMGFYGFHSHRVVDTDTCLLQPIIFDKVMAVVKDYLQ
TTNETIYDETTHKGLVRHLYVRYGEKTGEVMVCLVINGDKLKDETLLVNSLKENIPNLKS
VVVNSNKEKTNVITGTKNRAIYGDTYIIDNLCGLNFRISPNSFYQVNHSQAEKLYNKAKE
YANLTGEENLIDLYCGTGTIGLTMANECKSLIGVEIVPQAIKDAKLNAKLNNIKNAQFIC
GDATKCGEKLKNDNISPDVVVVDPPRKGLTEDLILSIKAMSPKRVVYVSCDPGTLARDLK
FFADNDYSPVELTPFDLFPRTSHVENVVLLTKVHK
NT seq
1368 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgactattaagaaaaatgacagattaataattgatataaccggcacaacaagtgagggt
tatggtgtaggcaaaagtgatgagggtattgcaatttttgtacctaattcagcagtaggt
gacagggtagatgtactgattgttaaggtgctaaagcgttattgctttggtaaagtgatg
gaaattattaagccatcagaatatagacaagaagtagattgtaaagttttcctaaaatgt
ggtggatgttgttaccgtcatattacctatgatgctgaattaaaaattaaggagcaaaaa
gtaaaggatgctattgcaagaattgcaggtcttaatgtaaaaatcaatcctattgtaggt
gcagatttaccggataattatagaaacaaagcacagtttcctttagccaaaaataaagac
ggtaatgttgaaatgggtttctatggttttcatagccatagggtggttgataccgatact
tgtttattgcaacctataatttttgataaggtaatggcagtggttaaggattatttgcaa
accactaatgaaactatctatgatgaaacaacccacaaaggtttagttagacatttgtat
gttagatatggggaaaaaacaggtgaagtgatggtttgtcttgttattaacggtgacaaa
ctaaaggatgaaactttgcttgttaattctctaaaagaaaatatacctaacctaaaaagt
gttgtagttaattctaataaagaaaaaacaaatgtaattacaggtacaaaaaatagagca
atctatggtgacacttatattattgacaacttatgtggacttaatttcagaatttctcca
aatagtttttatcaagttaaccatagccaagcagagaaactttataacaaagctaaagaa
tatgctaaccttactggtgaagaaaatctaattgacctttattgtggtacaggtacaatc
ggtcttacaatggctaatgaatgtaaaagtttaattggtgttgaaattgtacctcaggct
attaaagatgctaaacttaacgcaaagttaaataatattaagaacgcacagtttatttgt
ggtgatgcaacaaagtgtggagaaaagctaaagaatgacaatatttctcctgatgttgta
gttgttgacccaccaagaaaagggttaactgaggacttgatactttctattaaagcaatg
tcaccaaagagagttgtttatgtttcttgcgacccgggaactttagctcgtgatttaaag
ttctttgcagataatgattattctcctgtagaattaaccccatttgaccttttccctcgt
accagccatgtggaaaatgtagttttgctgactaaagtacacaagtga
DBGET
integrated database retrieval system
