Shewanella benthica: SHEWBE_2213
Help
Entry
SHEWBE_2213 CDS
T06707
Name
(GenBank) Sensory box protein
Organism
sbk
Shewanella benthica
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
EAL
GGDEF
PAS_3
Y_Y_Y
PAS_9
PAS
PAS_4
Reg_prop
Beta-prop_HVO_0234
PAS_8
Beta-prop_EML
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
SQH76179
UniProt:
A0A330M0J4
LinkDB
All DBs
Position
SHEWBE:complement(2072704..2077059)
Genome browser
AA seq
1451 aa
AA seq
DB search
MMKTITTLLLALCLFGQAHAIDQSSESSSEIPLEQKQASILLNTDTYSVAEGLSQATVTS
IVEDNDGYLWIGTVNGLNRFNGSSFKHYFSDGTQTGLPSSFIRSLIINNGDLFVGTDNGL
VKLDKNTSTFVKIGENLPINDLPIWSMSDSGNSIIIGTNNKVFVLNKDNSIVTLSFEDIS
FDGIKSVIRIDDTFIIRNYDGTIIKYKTNASIISTKSKKIIDYKGTLLSHTDNGIYTINN
DIPYQVSSFRYDTIFKSKGALYGFYKNELFEIHLDFSHTSIGRLQGIEYTLERPLISSGA
SSLYISSINMGFIEIRDLSNITNYLSIEKHNIWSLNSQRQETLTVASDSNLISIYDMNLK
LIGKYDSEIKGAKSAITLKGKLFIGSAEGLYSLDLKSKIKTKISNESFAVLRSTNDGNDL
LAGTTNGYILTVNVSENKTISLIEVDKGNPIFDIIPTTDGILIASQGGLFKIKNNSILEM
FTSDIVFSAREYKNDIYFGTAKSIFSYNINTRKLSEVYSNNKAIFSMSTWNDLLFASSIN
EVVLIHDEHITILDRNTGVQDEYNTQSSVFFNGNLILGGVNGLSSLEPENIFNYIKNSSP
PKVSIEELLVFNLPRKMINGELKKPISLSRKIELDYSDYPFTFKFSSPGKPSAEIEFNYQ
MEGLSDTWISSQGINTATYTNLSPGEYTFNVYAIDPFVKISGDVKSIKVIITPPWWLSKQ
AKFIYFMLSLIISAVIVKTILRRREVQKQIAKSEERLKLSLWGSGDEMWDWDIETGQIYR
SNIWGSLEFPRDGQRAGETGEKSNIHPMDQQRVSTALNDHFSGKSDHFEAAYRVKGKSGD
WVWILDRAKIVERDEKDNPLRMTGTIKNINNFKHAEEQLRLFERAIANISEGMFILDSEF
RFVEVNEACCELCLKPKDKFIGEQFNFDLYPDSYSAQIRTILNQQGRWSNDVESAKGDGS
SFLMELTVDAIYDEQGQLTHYVGVFSDISRRKQQEEELRKLTNNDLLTNLPNRSSLMVTL
GNLVKRDSHHTLMVLDLDNFKKINDSLGHQVGDELLIKVARRIEAAVPYHTSIYRLGGDE
FAILVDDNPDIGSSAVIANSVIEAFVTPFELTSDKVVVGMSMGIVLYPEDDQNEQALLRK
ADIAMYHAKSAGGNRYQFYSESLNRNAIRQLEVENLIRQAIKEDLFEVYYQPKIDLKSGK
MAGMEALVRLNHPEQGLIPPSEFIPLAEENGLIVEIGDIVMKKACFAAQKWRSQGIFNGR
VAVNLSSYQFALPDLQQRIESILRLTQLPAANLELEITEGTVIKEPEKAIKVMQQLSKMG
VTLALDDFGTGYSSLSYLKRFPIHTLKIDKAFVDDIDKSDRDLKMVDSIITIAHNMGLSV
VGEGVEHASQLSILKALNCEEIQGFIFSEPVTEAEFTKLLHKEFIEPDLVQNGKINPTKQ
SIIFNKSIKLA
NT seq
4356 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgatgaaaacaatcaccactctcctactggcactctgtcttttcggccaggcgcatgct
attgatcaatcatctgaatcaagcagtgaaatccctctagaacagaagcaagcttcaatt
ctccttaacactgatacctatagcgtcgcggaaggattatctcaagctacagtcacttct
atagttgaagataacgatggttatctttggattggaactgttaatgggctaaataggttc
aacggaagtagttttaaacattatttttccgatggaactcagacaggtcttccaagttct
tttatcaggagcttaataataaataatggtgatttattcgtaggcacagacaacgggtta
gtcaagctagataagaatacctctacatttgttaaaattggagaaaacctacctataaat
gacttacctatttggtcaatgagcgattctggaaacagcatcataataggaactaacaat
aaagttttcgtactcaataaagacaacagcatagttacattatcattcgaagatatttcc
ttcgatgggataaagtcagtgatacgtattgatgacactttcattattagaaattacgat
ggaacaattataaagtataaaactaatgcaagtatcatatcaacaaaatccaaaaaaata
atagattacaaagggactctactaagtcacaccgacaatgggatttacactataaataat
gatataccttatcaggtaagttcatttaggtacgacactatatttaagtctaagggggcg
ttatatggtttttataagaatgaactcttcgaaatacacctcgatttttcacatactagt
atcggtagactccaagggatcgaatacacattagaaagacctttaatttcatctggagct
agtagtctatacatttcatctataaatatgggttttattgaaataagagatttatcaaac
attacaaactatttgtctatagaaaaacataatatatggtctttgaatagtcaaaggcaa
gaaaccttaaccgtcgcgagcgattcaaatttaatttctatttacgatatgaatttaaaa
cttataggtaaatatgatagtgaaataaaaggagcaaagtctgcaattacacttaaagga
aaactgtttataggtagtgctgaaggtctgtattcgttagatcttaagtctaaaataaaa
actaaaattagtaatgaaagttttgcagttttacgtagcaccaatgatggcaacgacctc
ttagccgggactaccaatgggtatattttaaccgtcaacgtttcagaaaataaaacaata
agtctcattgaagttgacaaaggaaaccctatattcgacataattcctacaacggatggg
atcttaatagctagccaaggtggactttttaaaataaaaaacaactccatacttgaaatg
ttcactagcgatatagtgtttagtgcaagagaatacaagaacgatatatattttgggact
gctaagtcgatatttagttacaatataaacacgagaaaattatctgaagtatattcaaac
aacaaagcaatattttctatgtcaacttggaatgatttactttttgcctcttctataaat
gaggtggtcctcatccacgatgaacacattaccatattagatagaaacactggagttcag
gacgaatataacactcagtcttctgtgttttttaatggtaatcttattttaggaggggta
aatggtctgagttcattagaaccagaaaacatatttaactatattaaaaacagttcgccg
cccaaagtttcaatagaagaacttttagtttttaatctgcccagaaaaatgatcaatggc
gaattaaaaaaacctatatcgttatcaagaaaaattgaacttgattattcagattaccct
ttcacatttaaatttagttcaccgggaaagccgagtgcagaaatagaatttaattatcaa
atggaaggcctgtcagatacatggatatcttcacaaggaataaatactgcgacatataca
aacctctctccaggagaatatactttcaacgtatatgctatcgatccatttgttaaaatt
tcaggcgatgtgaaaagcattaaagttataataactcctccatggtggctttctaaacaa
gctaaatttatctatttcatgctttcactgatcatttcagcagtcattgtaaagactata
ctgagacgccgggaagtccaaaagcagattgctaaatctgaagaacgattaaaactctct
ttatgggggagtggtgatgagatgtgggattgggatatcgaaaccgggcagatatatcgt
tctaatatctgggggtcacttgaatttcctcgagatgggcagagagcaggtgaaacaggt
gaaaaaagtaatattcaccccatggatcagcagcgtgtcagtaccgcgcttaatgatcat
ttctctggcaagtcagatcacttcgaagcagcctatcgtgtgaaaggaaagtccggtgac
tgggtgtggattttagatagagcaaagattgtcgagcgtgatgagaaagataatccgctt
cgaatgacgggtaccatcaagaacatcaacaactttaaacatgccgaagaacagttgcgg
ctttttgaacgagctatcgccaacatttcagaaggtatgtttattctagacagtgagttt
agatttgtagaagtcaacgaagcctgttgtgagctgtgtttaaaacccaaagataagttt
attggcgagcaatttaacttcgacctttaccccgatagctattctgcacagatccgcact
atattgaatcaacaaggtcgatggagtaacgatgtcgagtctgctaagggagatggttcc
agcttcttgatggaactcactgtcgatgctatctacgatgaacagggacagcttactcat
tatgtaggcgtattttctgatatttcccgtcgtaaacagcaagaagaagagcttagaaag
ctgaccaacaacgatctgctgactaaccttcccaaccgttcaagtttgatggtcacctta
ggtaacttagttaaacgcgactctcatcacacactcatggtactcgatcttgataatttc
aaaaaaattaacgactctctcggacaccaggttggtgatgaattattgataaaagtcgct
agacgcatcgaagctgcagttccctaccacaccagtatctaccgcctcggaggtgatgaa
ttcgccattctcgtcgacgacaatccagatataggctcgagtgcggttatcgctaatagt
gttatcgaagccttcgtcacaccgttcgaattgacctcagataaggtcgtagttggcatg
agtatgggtatagtgctctaccctgaagatgaccaaaatgaacaagccctactgcgtaaa
gctgatatcgccatgtaccacgccaagtcagcgggtggcaatcgctatcagttctactca
gaatcactgaaccgtaacgcaattagacaactggaagtggaaaatctaatcagacaagct
atcaaggaagacctgtttgaagtttactaccaacctaagattgatcttaaaagtggtaag
atggcaggcatggaagcgctagtcaggctcaatcacccagagcaaggactgatcccaccg
agtgaatttattccattagccgaagagaatggcctgatcgtagaaattggtgacatagtc
atgaagaaagcctgcttcgcggcacaaaaatggcgcagtcaagggatcttcaatggacgc
gtagcggtcaatttatcttcatatcagttcgctctacccgatctgcaacaacgtatcgag
tcaattttacgtctaactcagcttcctgcagcgaatttagagcttgaaatcaccgaaggg
actgtcattaaagagccagagaaagcaataaaggtgatgcaacagctatctaagatggga
gtaaccctggcgttagacgattttggtacgggttactcttcactctcctaccttaaacgt
ttccctattcacacgctgaagatagataaagcctttgtggacgatatcgataagtctgat
cgtgatcttaaaatggtcgactcgattattactattgcccacaacatggggctctctgtt
gtaggcgaaggtgtagaacacgcctcacaactcagcatactaaaagcacttaattgcgag
gaaattcaggggtttatatttagcgagccggtcacagaagctgagtttaccaagctactc
cacaaggagttcatcgaaccagacttagtacaaaatggcaaaataaacccaacaaaacaa
tcgattatctttaataaatcgataaagctggcataa
DBGET
integrated database retrieval system