Spiroplasma culicicola: SCULI_v1c00860
Help
Entry
SCULI_v1c00860 CDS
T03047
Symbol
rnr
Name
(GenBank) ribonuclease R
KO
K12573
ribonuclease R [EC:
3.1.13.1
]
Organism
scq
Spiroplasma culicicola
Pathway
scq03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
scq00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
SCULI_v1c00860 (rnr)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
scq03019
]
SCULI_v1c00860 (rnr)
03016 Transfer RNA biogenesis [BR:
scq03016
]
SCULI_v1c00860 (rnr)
Enzymes [BR:
scq01000
]
3. Hydrolases
3.1 Acting on ester bonds
3.1.13 Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
3.1.13.1 exoribonuclease II
SCULI_v1c00860 (rnr)
Messenger RNA biogenesis [BR:
scq03019
]
Prokaryotic type
Bacterial mRNA degradation factors
RNA degradosome components
Ribonucreases
SCULI_v1c00860 (rnr)
Transfer RNA biogenesis [BR:
scq03016
]
Prokaryotic type
tRNA degradation factors
SCULI_v1c00860 (rnr)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNB
S1
OB_RNB
CSD2
S1CSD-TOTE-2
OB_RNR_1st
S1_RRP5
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AHI52427
UniProt:
W6A607
LinkDB
All DBs
Position
88838..90931
Genome browser
AA seq
697 aa
AA seq
DB search
MREKILQKLEKDERVHLNDLLKLSNSDQELVTNALKELQAEYQIAWTKENVVYKIGDKYK
IGSIKINDKGFGFVKDLNDIENDYFVAPNAINGAISTDEVVFTLEKEADGRLKANVEEIA
LRTKTYLIGEIHESKDGRFLDFVANEPGFKNYRIVMVNSKDYKLKKDLIIKVKILDVRER
KLFTRIQKIIGDANKAIDRIISIAYEFDIKPDFNKQTIDNAQMVAKPIDYNDPLVKRRKK
IITDKNLVTIDGADSKDLDDAVYVEKTATGYKLFVAIADVSYYVTPFSPLDNTALFRGNS
VYLANKVIPMLPEKLSNGVCSLNPNEDKLCMVAEMDFDMNGNMIHKKVYESVMNSKARLT
YNEVNELFSKGTSSRSQEIIDMLMVAKELHELIDAERSARGAIEFDVPEPKIILDKDSNV
IDIVPRGRGVSEKLIENFMVSANEAVAQVIFEKELPYVYRNHGIPKEENLIEWHTMIRNL
GINVKLTDLDKINPKTIRSALKQIEEQVTDQTERDVINVTLLRFMEKAAYELDNIGHFGL
ASRCYTHFTSPIRRYSDLMVHRFLKQYLIDKDLRDFKLEQNTKFINKACNIINETEKQAV
NAEREVNKVCMAEYMTHHIEKEYTGVVAAVLKFGLFIQLENCVEGLIHISELPDYTFDEK
ANIMVDKQNKMFRLGQKVKIKVKNADVKKRIIDFVLA
NT seq
2094 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagagaaaaaatattacagaaattagaaaaagacgaacgagtacatttaaatgattta
ttaaaactaagcaatagtgatcaagaattggtaacaaatgctttaaaagaattacaagct
gaatatcaaattgcatgaactaaagaaaatgttgtttataaaattggtgacaaatataaa
attggttctattaaaatcaatgataaaggttttggatttgtaaaggatttaaatgatatt
gaaaatgattattttgtagctccaaatgcaattaatggagcaatttcaacagatgaagtt
gtctttacattagaaaaagaagcagacggtcgtttaaaagcaaacgtcgaagaaatcgct
ttaagaaccaaaacttatttaattggagaaatccatgaaagtaaagatggtcgtttttta
gatttcgtggcaaatgaaccagggtttaaaaattatcgtattgtcatggttaactcaaag
gactataagttaaaaaaagatttaattataaaggtaaaaatccttgatgttagagagcga
aaactatttacaagaattcaaaaaattattggtgatgctaataaagccattgatagaatt
atttcaattgcttatgaatttgatattaaaccagattttaataaacaaacaatcgataat
gcacaaatggttgcaaaaccaattgattataatgatcctttagttaaaagacgtaaaaaa
ataattacagataaaaatttagtaacaattgatggagctgactcaaaagatttagatgat
gcagtttatgttgaaaaaacagcaactggatataaattatttgtagcaattgctgatgtt
agttattatgtgacaccattttctccattagataatactgctttatttagaggaaactca
gtttatctggccaataaagtaattccaatgttaccagaaaagttatcaaatggagtatgt
agtttaaatccaaatgaagataaattatgtatggttgcagaaatggattttgatatgaat
ggaaatatgattcacaaaaaagtctatgaatcagttatgaattcaaaagcacgtttaact
tataatgaagttaatgaattatttagtaaaggtacttcttcaagaagccaagaaattatt
gatatgttaatggtggccaaagaattacatgaattaattgatgcagagcgttcagcaaga
ggtgccattgaatttgatgttccagaaccaaaaattattttagataaagatagtaatgtg
attgatattgttccaagaggaagaggagtttcagaaaaactaattgaaaactttatggtt
agtgctaatgaagcagtggctcaagtaatttttgaaaaagaattaccatatgtttatcga
aaccatggaattccaaaagaagaaaacttaattgaatgacatacaatgattagaaattta
gggatcaatgttaaattaactgatctagataaaattaatccaaaaacaattcgcagtgct
ttaaaacaaattgaagaacaagttacagatcaaacagaaagagatgttattaatgttact
ttattgcgttttatggaaaaagccgcttatgaattagataacattggtcactttggattg
gcaagtagatgttatactcactttacaagtccaattagaagatatagtgatttaatggta
catagattcttaaaacaatatttaattgataaagatttaagagactttaagttagagcaa
aatactaagtttattaataaagcatgtaatataattaatgaaacagaaaaacaagcagtt
aatgctgaaagagaagttaataaagtgtgtatggctgaatatatgacccatcacattgaa
aaagaatatactggagttgttgcagctgttttaaaatttggtctatttattcaattagaa
aattgtgttgaaggattaattcatatttcagaattaccagattacacttttgatgaaaaa
gccaatattatggttgataaacaaaataaaatgtttagattaggacaaaaagttaaaatt
aaagtcaaaaatgcagatgttaagaaaagaatcattgattttgttttagcttaa
DBGET
integrated database retrieval system
