Shewanella halifaxensis: Shal_3094
Help
Entry
Shal_3094 CDS
T00654
Name
(GenBank) diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)
Organism
shl
Shewanella halifaxensis
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
EAL
GGDEF
PAS_3
PAS_9
5TM-5TMR_LYT
PAS
PAS_4
PAS_8
PAS_11
Cas10-Cmr2_palm2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ABZ77642
UniProt:
B0TQ50
LinkDB
All DBs
Position
complement(3774461..3777514)
Genome browser
AA seq
1017 aa
AA seq
DB search
MDQGLILSLIQNTALLLAIVLVYDAFPRTQKRSLAILWRVGSGFFVAVITISLMLMPWQY
SDGIFLDSRTVILSVCGLFFGGIPTLVAVVLSCLYRLSEGGIAVWSGVGTIVTSGLIGYL
WGKYRKGDIEDISISELLAFGLMTNSVALLWGLTMPTEMAIDLLKQITIPLLIIFPTTTV
LLGLLLSRRIEIEREQKLKLQDHLLFKSHFKAGNMGIAITNKDHEWIKVNPNFCEMLKYS
EQELLGLSWPELMLQQDFHLYKHHFNQMLKGDINEFELDIRLISKDEAIVYTYMTVACQR
SQSKVELVITGLQNHTLQKEAEIEKLASQEQLSLVLGSSELGFWDWDIHSDIIERNEHSA
KLLGCDVETLNREQKRWTNAIHSEDRATVLKSIDAILNGETDQYKLEYRIHNQSNETLWI
LDLGKVMSRDESGSPIRMCGIHTDITDRKQVEDSLKLAASVYNNSSEAMSVQDGQGFIIN
INAAFTDITGYSEAEVKQQNIKILQCNRNNLRTYEQMNLAVEEHGRWEGEVWLRRKNGEE
FVVWLTLNALFDAKDQVLHRVALFSDITEKKQAEQIIWKQANYDPLTGLPNRRMLLDYLS
AEILKSDCREQHFAIMFIDLDYFKEVNDTLGHDMGDMLLSEAAKRLKACIRDTDVVARLG
GDEFTVVLPNITDIKGVDNVAKHILARIAEPFNLGEETAYISASIGITLYPDDASTIEGL
LKHADQAMYAAKDEGRNRFHYFTASMQRYAKHRMRLIQDLRHAIVNNEFELFYQPIVSLQ
QESKLKAEALIRWRHPKRGLVSPIEFITVAEETGLIIEIGNWVFQQAARQSALWRDRFGV
EVQISINKSPVQFRDEGESFESWAALLKTLNLSNNNICIEITEGLLLDGNSAISSKLAQY
RQSGIQVSLDDFGTGYSSLAYLKKFEIDYLKIDQSFTRNLDSNSDDFTLCEAIIVMAHKL
GMKVIAEGVETDYQRKVLSDAGCDYGQGYLFSRPVPVEEFEQAFLYTTNKVIEKTTA
NT seq
3054 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggatcaaggcttaattctctctctcatacaaaataccgccttattacttgcgatagta
ctcgtctatgacgcctttccgcgtactcaaaagcgttcattagctattttatggcgtgtc
ggcagcggttttttcgttgccgttatcaccatctccctcatgttaatgccctggcagtac
agtgatggtattttcttagattcaagaaccgttattctaagtgtttgtggtctgtttttt
ggaggtatccccactctagtcgcagtggttctaagttgcctatataggttgagtgaaggt
ggaatcgccgtatggtcaggcgtaggtaccatagtgacatcaggccttattggttacctg
tggggaaagtatcgtaaaggtgatatagaggatatcagtatcagtgagttactggccttt
ggtcttatgactaatagtgtggcattactctggggcttgaccatgccaactgaaatggct
atcgacctattaaaacagatcactattcccttgttgataatctttcctaccacgactgtt
ttattggggttgttattatctcggcgcatcgaaattgagcgagagcaaaagctcaagtta
caggatcacctactgtttaagtcgcactttaaggctggcaatatgggaattgccataacg
aacaaagatcatgaatggattaaggtgaatccaaatttttgtgagatgctcaaatattcc
gagcaagaattattggggttatcttggccggagttaatgctacagcaagattttcacctc
tataagcatcattttaatcagatgctgaaaggtgatattaacgaattcgagctcgatatt
cgtctaatttcaaaagatgaggccatcgtatacacctatatgacggtcgcctgccaaaga
tcccagtccaaagtcgagttggttattacggggttacagaatcacaccttacaaaaagaa
gccgagatagagaagcttgcgagtcaggagcagctaagtttagtactgggtagcagtgag
ttaggcttttgggactgggacattcatagcgatattatagagcgtaacgagcacagtgct
aaactgctaggttgtgatgtcgagaccttaaatcgcgaacagaaacggtggaccaatgct
attcattctgaagacagagctacggtattaaagtcgattgatgcgatcttaaatggtgaa
acggatcaatataagctggagtaccgtatccataaccagagcaatgagaccttgtggatc
cttgatttgggtaaggtgatgagccgtgacgaaagtggtagcccgattagaatgtgcggc
atacatacagatataaccgatagaaaacaggttgaagactcactaaagttagcggcttct
gtgtataacaacagtagtgaagccatgagcgtacaagatggacaaggctttattattaac
atcaatgcggcatttactgatattactggctacagcgaagccgaagttaagcagcaaaat
attaaaatcctacagtgtaatcgtaataatcttcgtacttatgagcagatgaacctagca
gtagaggagcacggtcgctgggagggagaggtctggcttagacgtaaaaatggtgaagag
tttgtggtttggttaacgcttaatgcgttatttgatgctaaggatcaggttctacaccga
gtcgcactgttttctgatatcacagaaaaaaaacaagctgaacaaattatctggaaacag
gcgaattacgatccgttaactgggctacctaaccgacgtatgttgctcgattatcttagt
gcagaaatattaaaatcagattgtcgcgagcagcattttgcaataatgttcatcgattta
gattactttaaagaagttaacgataccttaggccatgacatgggagatatgttgctctct
gaagcggcaaagcgccttaaagcctgtataagagatactgatgtcgtggcgagattgggc
ggtgatgaatttactgtggtgctacccaatatcaccgatattaaaggtgtggataacgtc
gcgaaacatatattagcgcgcattgcagagccctttaacttaggtgaagagacggcatat
attagtgcaagtattggtattacactttaccccgatgatgcctcaaccattgaaggcctg
ctaaagcatgccgatcaggcaatgtatgcagccaaagatgaggggcgaaatcgctttcat
tactttacggcctctatgcagcgatacgctaaacatagaatgcgtttaattcaagatctg
cgtcatgcgatagtaaataatgagtttgagttattttatcagccgattgttagtttgcag
caagagagtaaattaaaggccgaagccctcattcgctggcgtcatccgaaacgcggttta
gtttctcccatcgagttcattacggttgcagaggaaaccggacttattattgagatcggt
aactgggtcttccagcaggcggctcgacagagtgccttatggcgggacagatttggtgtt
gaggtgcagatcagtattaacaaatctccggtccaatttagagatgaaggagagagcttt
gagtcttgggctgctctgttaaaaacattgaatttaagtaataacaacatctgtattgag
atcaccgagggcttattgctcgatggtaacagtgcgatttcatcaaagcttgctcaatat
cgacagtctggtatacaggtctcattggatgattttggaactggatactcctcactggct
tatcttaagaaatttgagatagactatttgaagatagaccaatcctttacacgaaactta
gacagtaatagtgatgattttaccttgtgcgaagcgattattgtgatggcgcataaattg
ggtatgaaagtgattgcagagggggttgagacggactaccaacgtaaggtgttaagcgat
gccggctgtgattatggccaaggatacctattttcaaggcccgtcccggttgaagagttt
gagcaggcctttctctatacgacaaacaaagtaatagaaaagactacggcctga
DBGET
integrated database retrieval system