Schistosoma haematobium (urinary blood fluke): MS3_00005232
Help
Entry
MS3_00005232 CDS
T05004
Symbol
POLR1A_1
Name
(RefSeq) DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA1
Organism
shx
Schistosoma haematobium (urinary blood fluke)
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_4
RVT_1
CLIP_1
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
24588905
NCBI-ProteinID:
XP_012792750
UniProt:
A0A922LJQ6
A0A094ZJ95
LinkDB
All DBs
Position
3:21134962..21176508
Genome browser
AA seq
2178 aa
AA seq
DB search
METCRAVNTNLKVIISQDLKITSHSHLIAANILRILLSVHRVNIKTVLTCHTVFVQTKVE
FCTQPSVSFLKKDSDQLAKVQITEIMLIPCVNLLGNSENFHKPRTNFLSVGYRLSNRIFN
QKGRSCIANLLTAVDRWTTIHDRKGKTDVIYVELSKAFDRVNHISLISKLKRLGTRSLLI
DWLTSYIKNRPFKVKVNFTFYQVMECLSGVPQGSALGPFLLLIHINDIPQQSTETKDFLP
HSKRIRTLWNVSDGTYIYTGNNRELPVGQTHNDLGVIANQDFETIAHYLFIRPKHEHYIK
MASPCLKGDNELLKRFKQILGTAKLPYDNGPAKLNLFPLLYRRTTGDLIIVFKKLLVTNF
HLDTLKTFTSPEQITCQLTIDIHTKSPTNGTHYINTFENIARLAMNCTNVGQIAGLRYGF
YSPDEIKRLSVRKVTNDLAFDKFTGRGVDGGLHDVNFGVIGYSETCAHCGMDFTDCPGHC
GHIEFSKPVFNPFMFDVLYKIVKSFCFGCFRLYSAEYLASALYLLGAPVSKLPGKLKALE
IKELEGLSGDDLRQVAIRNLATRPRAPCKLCGSGSWGLRHISKQQLVLHPISIAGGNRSK
ARMKEELEEDCSDLLEGCKVDDQRMEQKLSMFIDMSDGSEVSKAETIYTANLSTARNMLS
EAIKSQQHSKEICFPPEMIRIMLRCLWAHDGDLLVLLFPMLKAARLNHTFPTDVFFMDNV
LLSPSLCRWPRHVGNLVYEHPETAVYVRIVKRAQCLHNIVEFIRQRNEVSNSADVNKPPE
PKSTTSDGDLIDDAQSDGALKLATVLLQAAVNGIYDMSMAITPLGLESRSGISSNAVRLP
GLRQRLERKEGLFRMHMMGKRVNFACRSVISPDPNLSVTEVGVPLFFAFRLTFPTPVTKF
NLVHLRQLVMNGPNNYPGATSIQFSNGIITMLPPNDTPQAKKKREMLALRLKPLISGKDN
IPIVVNRHLLDGDMLIMNRQPTLHRPSMQAHRVRIIKCSGAKTLRLHYSNCKAYNADFDG
DEMNGHFVQSYAAKAELETLASVPHQYLVPKDGTPLAGLIQDHVIAAVKLTMRDRFFEHA
DYLDLVYHALRPLFAINRQTSSGPPSIITVKPAICWPKCLWTGKQVISTLLINLTPSGLL
PLNATLLGRRTKAELWSGVAPGEPTPLSDVDLVICDGYLASGMLDKSHIGSSSTGLIHCV
YEAYGPESASCLLNGISLLANRFLKFIAFTMGLKDILLSHRADEERQRRFSNLKDLGLCA
FADTFSLKPDELTEHNVKRLYRHAQFPSSTDQSSQKRLAQLDMAIKDRLKRAQDAVCDSA
IPGGLYVGFPENNLQLMVHVGAKGGMVNAQQMSVALGQIELEGRRVPLMLSGKTLPSFPP
YDVRPRAGGMCTARFLTSLPAQELFFHSMAGRDGLVDTAVKTSRSGYLQRSAIKHLEDLS
ISYDGTVRDSGSNIIQFRYGDDGVDVCQAGFLQPIGLHFFADNVNLMKMRWHSDKINTDN
PAYAHLFEKNTLPKPIQIMADQVGVKRQCILHKTVSKHKLVKLLNSSKMAHKALKLMETE
EKASGKDKIMNEIIPEPPCATAAELRDLCLAKIINAQAPPGDPVGLLAAQSVGEPSTQMT
LNTFHFAGRGEMNVTLGIPRLREILMSGSSNISTPCMEVPIWPTKEAQQLSEQIAKKFYK
LKLSETLKLPIGQKVNYVSDSCTFEFNLQPKSVYSDQSHVTPVRVLRFLERILFPDLAHR
LNEELKDQGKTSLIKSFALSAMARQQQAGQNKNSEEPAEDADIVNQPGIGRTRAQDEWNE
DDGHEAIRRRRLEANAEEEDITGGDNNRRKNGSDLDELVDLDLDDEYDAEAAELHEIGQD
REKDDGDDEQQDDNGKWPWNELSPSSKLKMLLGNPSRSEHKTTTSKGTNSDEFIQWTGDP
ELNQSDVDDERELIQENMERNIEQENAISHDEARKRITFVTSLHARFSGYDFDRKNSSPK
WARLTICMFDPNEGRISIDLETLIMRLINRSVVSSVSGIEKTIIDRSKPNQWMFRVEGIN
MIEMMRYPQVFDLSRLYTNNITVMNETYGIEAARAALQREVSGVFGHYGIHVNSRHLSLI
SDYLTKFGVYQAFNRRSMSSHPSLLQQMTFETVANVLKNSLQNDSMDNLISPSASLVTGR
IVHYAGTNCFELLQKLAC
NT seq
6537 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggagacatgtagagcagtaaacactaatctaaaagtcattattagtcaagacttgaaa
atcacttcacactcccatctgatagctgctaatattttaagaatcctcttgtcagtacat
agagtaaatattaagactgttttgacttgtcatacagtatttgttcaaactaaagttgag
ttctgcacacaaccatcggtatccttcttaaaaaaggacagtgaccagttagcaaaggtt
caaataacggaaataatgctgattccctgtgtcaatttactgggaaactccgaaaatttt
cacaagcctagaacaaatttcttgtcagttggctaccgattatcgaatcgaatcttcaac
cagaagggtcgttcttgtatagccaacctgctgactgcggtggacagatggacaaccatc
catgatcgcaaggggaagactgatgtcatttacgttgaactttcaaaagctttcgatagg
gtcaaccatataagtcttatcagtaagctcaaacgactgggtaccaggtcacttctaatt
gattggctcacttcatatataaaaaatcgaccttttaaggtcaaggtgaacttcactttc
tatcaggttatggaatgtcttagtggggtcccccagggttcagcactaggaccttttctt
ctcttgattcatataaacgatattccacaacagagtacggaaacaaaggatttcctccct
cactccaaaaggataaggacactctggaacgtatccgacggtacatatatatatacgggg
aataaccgtgaactacctgttggacagacacacaatgacttgggagtcattgctaaccaa
gactttgagactattgcacactacctattcattcgtcctaaacatgagcactacataaaa
atggctagtccctgtctaaagggagacaatgaactgttgaaacggttcaagcagattctc
ggaacagcaaagctcccgtatgataatggaccagccaaactaaacctatttccattgcta
tatcgaagaactacaggcgacttgatcatagttttcaaaaaactcttagtgacaaatttt
catctggacactctaaaaacgttcacaagcccagaacaaattacgtgtcagctgaccatc
gatattcacaccaaatcaccaacgaatggaactcattacatcaacacattcgagaacatc
gcacgccttgcaatgaattgtactaacgtgggccaaatagctggccttcgatatggattc
tacagccctgatgaaatcaaaaggttgtcagttcgcaaggtaacaaatgacctggctttc
gacaaatttactggtcgtggagtagatggagggcttcatgacgtaaatttcggggtcatt
ggctacagtgagacctgtgcacactgcggcatggattttacagattgtccgggtcactgt
ggccatattgagttttcgaaaccagtattcaaccctttcatgtttgatgtattgtacaaa
attgtgaagtctttctgctttgggtgttttcgcttatacagtgcagagtatcttgcttca
gccttatatctacttggagcaccagtcagtaagcttcccggcaaactgaaagctcttgaa
attaaagagttggaagggttatcaggcgatgatttgcgccaagtggcgattagaaactta
gctacaaggccccgtgccccttgtaagttgtgcggtagcgggtcttggggtctaaggcac
attagtaaacaacagttagttctccacccaatatctattgctggcggtaaccgttcaaag
gcaagaatgaaagaggaattggaagaagactgtagtgaccttcttgaaggttgcaaagta
gatgaccaacgcatggaacaaaagttatctatgttcatcgatatgtctgatggaagtgaa
gttagcaaagcagaaactatttacacggcaaacttatccactgctcggaatatgctgtct
gaagcaataaaaagtcaacaacactccaaagaaatatgtttcccgcctgagatgatccgt
ataatgctgaggtgtctctgggcccatgacggggatcttttagtactattatttcctatg
cttaaagctgcaagattaaaccacacatttcctaccgacgtattttttatggataatgtt
ctgttgtctccttctctttgtcgttggccacggcatgttgggaatttggtttatgagcat
ccggaaactgctgtttatgtccgtattgtaaaacgagcccaatgtttacacaatatcgta
gagtttatccgtcaacgcaatgaagtgagcaattctgctgatgtaaataaacctccagaa
ccaaagtccacaactagtgatggtgatctgattgatgatgcacaatcagatggtgcactt
aaacttgcaactgtgcttcttcaagcagctgttaatggaatatacgatatgagtatggca
atcacacctctaggactagagtccagaagtggaatcagcagtaacgcagttcgactaccc
ggcctaagacaacgtttagaaagaaaagaaggtctcttccgtatgcacatgatgggaaaa
cgtgttaatttcgcatgccgttctgttattagtccggatccgaatctcagtgttactgag
gttggagtaccgttatttttcgcattccgtttaacattcccaacaccagtaacaaaattc
aatttagttcatttacgtcaattagtaatgaatggaccaaataactatccaggagctaca
agtattcagttttcaaatggtatcattactatgctgccgccaaacgatactccacaggct
aaaaaaaaacgtgaaatgttagctttgcggttaaaaccacttatttcgggtaaagataac
atacctatcgttgttaatcgtcatctacttgatggtgatatgcttattatgaacagacaa
ccaacccttcatcggccttcaatgcaagcacatcgtgttcgaataataaagtgttctgga
gcaaagactctccgattacactattcaaattgtaaagcttacaatgcagatttcgatggg
gacgaaatgaatggtcattttgttcaaagttatgcagcaaaagctgaacttgaaacatta
gcttctgttccacatcaatatttagtacctaaagatggaacaccacttgctgggcttata
caggatcatgttatagcagcagttaaattaacaatgcgtgatcggtttttcgagcatgct
gattatttggatcttgtatatcatgctcttcgacctttatttgctataaacagacaaaca
tcttcgggcccaccatctattataacagttaaacctgcaatatgttggccgaaatgtctc
tggactggaaaacaagttatttcaacattgttaataaatctcacaccttcaggtttatta
ccactaaatgctacccttttaggtcgacgaactaaagctgaactttggtctggagttgct
cccggtgaaccaacaccattatccgatgtagatttagttatatgtgatggttatcttgca
tctggcatgttagacaaatcacatatcggttcaagcagtacaggtttgatacattgtgta
tatgaagcatatggtcctgaatctgcttcatgtttattaaatgggattagtttactagcc
aataggtttttaaaattcattgccttcacaatgggtttgaaagatattttactttcacat
agagcagatgaagaaagacaacgtcgtttcagtaatcttaaagatcttggcctctgtgct
tttgcagacacattcagtttaaaaccagacgaactaaccgaacataatgtgaaacgttta
tatcgtcatgcacaattcccttcatctactgaccagtcttctcaaaagcgtcttgctcag
ttggacatggcaattaaagatcgactaaaaagggcgcaagatgcagtatgtgactctgcg
atcccaggaggcttatatgtcggttttccagagaataatttacaactcatggttcatgtt
ggtgctaaaggtggtatggttaatgctcaacaaatgtctgtcgctcttggtcagattgaa
ttagaaggtcgtcgtgtcccactaatgctaagtggcaaaacactaccttcatttccacct
tacgatgttcgtccacgtgctggtggtatgtgtactgctcgatttctcacttcactacct
gcacaagagttgtttttccactcgatggcaggtagagatggtcttgttgatacagctgta
aaaactagtcgatcaggttacttacagaggtcagctattaaacatctagaggatttaagc
ataagttatgatggaacagtgagagattcaggatctaatataattcaatttcgatatgga
gacgatggagtggatgtatgtcaagctggatttttacaacctattggtttacatttcttt
gctgataatgtaaatctaatgaaaatgcgttggcattctgataaaatcaatactgataat
ccagcatatgctcatttgtttgaaaaaaacacacttcctaaacctatacaaataatggca
gaccaagttggtgttaagagacaatgtattctacataaaactgtatcaaagcataaactt
gtcaagcttctcaacagtagtaagatggctcataaagcattaaaactaatggaaacagaa
gagaaagcatccggaaaagataagataatgaatgaaataatccctgaaccaccatgtgct
acagcggctgaattaagagatttatgtttagccaaaattattaacgctcaagcaccacct
ggtgatcctgtaggtttattggctgcacaatcagttggtgaaccttctactcagatgaca
ttgaatacttttcattttgctggacgtggtgaaatgaatgtaactctgggaataccacgc
ttacgagagatcctcatgtccggatcatccaatataagtacaccatgcatggaagttcct
atatggcctaccaaagaagctcaacaacttagcgaacaaatagctaagaaattttataag
ctgaaattatctgagactttaaaattacctattggtcaaaaagtgaactatgtatccgat
tcgtgtacatttgaatttaatttacaaccgaaatcagtctattctgatcaaagtcatgta
acacctgttcgtgttttacgttttcttgaacgtattctattcccagatttagctcatcgt
ttaaatgaagaattaaaagatcaaggaaaaactagtcttataaaaagctttgccttatct
gctatggctcgtcagcaacaagctggtcaaaataaaaactcggaagaaccagctgaggat
gctgatattgtgaatcaaccaggtattggtcgtactcgtgcacaagacgaatggaatgaa
gatgatggacatgaagctatcagacgccggcgtctcgaagcaaatgccgaagaggaagat
attactggtggtgataataatcgtcgtaaaaatggatctgatctggatgaattggtcgat
ttagacttagacgatgaatatgatgctgaagcagccgaactacatgaaattggacaagat
cgtgagaaagatgacggtgacgatgaacaacaagacgataatggtaaatggccttggaat
gaattatctccatcaagtaaattaaagatgcttcttggcaatccttcaagatctgaacat
aaaaccactacttcaaaaggtacaaattctgatgaatttatccaatggactggtgatcct
gaattaaatcagtcagatgtagatgatgaacgggaattaatccaagaaaatatggaacga
aatatagaacaagagaatgctataagtcatgatgaagctcgcaaacggataacgtttgtt
accagcctgcatgctcgtttcagtggttacgatttcgacagaaaaaattcatcgccgaaa
tgggcacgtcttacaatttgtatgttcgatccaaacgaaggacgtatatctattgaccta
gaaactttaattatgcgccttattaatcgaagcgttgtatcctcggtatccggtatcgaa
aagaccattattgatcgttcaaaaccaaatcaatggatgttccgagttgaaggtataaac
atgattgagatgatgcgttatccacaagtgtttgatttgagtcgactctatactaacaac
atcactgtaatgaatgaaacatacggtattgaagctgctcgggcagcacttcaaagagaa
gtatctggggtctttggtcattatgggattcatgtgaattcacggcatttatcactaatt
agtgattatcttacaaaatttggcgtttatcaggcttttaatagacgttcaatgagttca
catccatcactgcttcagcaaatgaccttcgagactgttgcaaatgttttaaaaaattca
ttacaaaatgattctatggacaatttaatttctccttctgcaagtttagttactggtcga
atagttcattatgccggaacaaattgttttgaactactccaaaagttggcttgttaa
DBGET
integrated database retrieval system