Shewanella japonica: SJ2017_1375
Help
Entry
SJ2017_1375 CDS
T04959
Name
(GenBank) Omega-3 polyunsaturated fatty acid synthase PfaA
Organism
sja
Shewanella japonica
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
PP-binding
ketoacyl-synt
Ketoacyl-synt_C
Acyl_transf_1
KR
KAsynt_C_assoc
PKS_DH_N
PS-DH
adh_short
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ARD21699
LinkDB
All DBs
Position
complement(1624862..1633225)
Genome browser
AA seq
2787 aa
AA seq
DB search
MSQAPTNPETSSQDNNESQDTRLNKRLKDMPIAIVGMASIFANSRYLNKFWDLISEKIDA
ITEVPDTHWRAEDYFDADKSTPDKSYCKRGGFIPEVDFNPMEFGLPPNILELTDTSQLLS
LVIAKEVLADAGVTSEYDTDKIGITLGVGGGQKINASLTARLQYPVLKKVFKSSGLSDAD
SDMLIKKFQDQYIHWEENSFPGSLGNVIAGRIANRFDLGGMNCVVDAACAGSLAAMRMAL
TELVEGRSEMMITGGVCTDNSPSMYMSFSKTPAFTTNETIQPFDIDSKGMMIGEGIGMVA
LKRLEDAERDGDRIYSVIKGVGASSDGKFKSIYAPRPEGQAKALKRAYDDAGFAPETVGL
IEAHGTGTAAGDVAEFNGLKSVFGENDSTKQHIALGSVKSQVGHTKSTAGTAGVIKAALA
LHHKVLPPTINVSKPNPKLNVEDSPFFINTETRPWMPRPDGTPRRAGISSFGFGGTNFHL
VLEEYSPEHSRDEKYRQRQVAQSLLISADNKAELIAEINKLNADISALKGTDNSSIEQAE
LARIAKLYAVRTLDTSAARLGLVVSSLNELTTQLGLALKQLSNDAEAWQLPSGTSYRSSA
LITINANQKTTKGKKAANTPKVAALFAGQGSQYVNMGIDVACHFPEMRQQLIKADKVFAS
FDKTPLSQVMFPIPAFEKADKDAQAALLTSTDNAQSAIGVMSMSQYQLFTQSGFSADMFA
GHSFGELSALCAAGVISNDDYYQLSYARGASMAASAVDKDGNELDKGTMYAIILPANEND
AANSDNIAKLESCISEFEGVKVANYNSATQLVIAGPTQSCADAAKAIAALGFKAIALPVS
GAFHTPLVGHAQKPFAKAIDKAKFTASKVDLFSNATGDKHPSDAKSIKAAFKQHMLQSVR
FTDQLNNMYDAGARVFVEFGPKNILQKLVEATLGNKAEAVSVISINPNPKGNSDVQLRVA
AMQLSVLGAPLSSIDPYQAEIAAPAVPKGMNVKLNATNHISAPTRAKMEKSLATGQVTSQ
VVETIVEKVIEKPVEKVVEKIVEKEVIKTEYVEVATSGATTVSNVAPQAIAPHASAQAAP
ASGSLEAFFNAQQQAADLHQQFLAIPQQYGDTFTHLMAEQSKMVAAGQAIPESLQRSIEL
FHQHQAQTLQSHTLFLEQQAQASQNALNMLTGQTPVTAPVVNAPIVNSPVVEAVKVAPPV
QTPVVNTPVVPAVKATPVAQPAAMAAPTPPVEPIKAPAPVAAPVVSAPVVPTPAGLSAQT
ALSSQKVLDTMLEVVAEKTGYPTEMLELSMDMEADLGIDSIKRVEILGTVQDELPTLPEL
SPEDLAECRTLGEIVDYMGSKLPAAGAMNSDTANATHTAVSAPAASGLSAETVLNTMLEV
VAEKTGYPTEMLELSMDMEADLGIDSIKRVEILGTVQDELPTPPELSPEDLAECRTLGEI
VSYMGSKLPAAGAMNSKLPASAAEVAQPQTAPVQAASGLSAETVLNTMLEVVAEKTGYPT
EMLELSMDMEADLGIDSIKRVEILGTVQDELPTLPELSPEDLAECRTLGEIVDYMNSKLP
AAGSAPVASPVQSATPVSGLSAETVLNTMLEVVAEKTGYPTDMLELSMDMEADLGIDSIK
RVEILGTVQDELPTLPELSPEDLAECRTLGEIVDYMGSKLPAAGAMNTKLPAEGANTQAA
AGAAQVAATQTSGLSAEQVQSTMMTVVAEKTGYPTEMLELSMDMEADLGIDSIKRVEILG
TVQDELPTLPELNPEDLAECRTLGEIVSYMGGKLPAAGAMNTKLPAEGANTQAAAGASQV
AASTAETALSAEQVQSTMMTVVAEKTGYPTEMLELSMDMEADLGIDSIKRVEILGTVQDE
LPGLPELNPEDLAECRTLGEIVSYMGAKLPAAGAMNKKQASVETQSAPAAELATDLPPHQ
EVALKKLPAADKLVDGFSKDACIVINDDGHNAGVLAEKLVATGLTVAVIRSPESVTSAQS
PLSSDIASFTLSAVNDDAISDVIAQISKQHKIAGFVHLQPQLTAQGALPLSDAGFVAVEQ
AFLMAKHLQKPFAELAKTERVSFMTVSRIDGGFGYLNTAELAKAELNQAALSGLTKTLGH
EWPTVFCRALDITPSFEAVELAQAVIAELFDVDTATAEVGISDQGRHTLSATATAQTRYQ
TTSLNSEDTVLVTGGAKGVTFECALTLAKQTQSHFILAGRSEHLAGNLPTWAKSVIAAAP
NVSEVNTSQLKAAAIGFIQSQGNKPTPKQIDALVWPITSSLEIDRSLAAFKAVGASAEYI
SMDVSSDAAIKQSLAGVKPITGIIHGAGVLADKHIQDKTLAELGRVYGTKVSGFAGIINA
IDASKLKLVAMFSSAAGFYGNTGQSDYSMSNEILNKTALQLAANYPQAKVMSFNWGPWDG
GMVSSALKKMFVERGVYVIPLDKGANLFAHSLLSESGVQLLIGSSMQGSSSADKTGAAVK
KLNADSSLNAEGSLILSFTTPANRVVNNAVTVERVLNPVAMPFLEDHCIAGNPVLPTVCA
IQWMRETAQQLCGLPVTVQDYKLLKGIIFETKEPQVLTLTLTQTESGLKALIASRMHRDP
MDSLLRPQYQANLVINEAVINGQTLTTQPTIVADAQQLASAGKVISTDSELYSNGSLFHG
PRLQGIKQVLIADDTQLVCNVELPHISSADCAGFAPNLSIGGSQAFAEDLLLQAMLVWAR
INHDAASLPSTIGKLTTYSPFASGDKGYLVLSVLKSTSRSLTADIALYHQDGRLSCTMSS
AKTTISKSLNEAFLAPAKAIADLQESV
NT seq
8364 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagccaagcccctacaaatcctgagacaagctctcaagataataacgagtcgcaagat
acaagactgaataaacgtcttaaagacatgcccattgccattgtcggcatggccagtatc
tttgccaactctcgttacctgaataagttttgggacttaatcagcgaaaaaattgatgct
attaccgaagtacctgatacccactggcgcgctgaagattactttgatgctgacaagagc
accccagataagagctactgtaaacgcggtggttttatccctgaagtggactttaaccca
atggaatttggcctgccgccaaatatcctagaactgaccgatacttcgcaattattgtca
ttagtgattgccaaagaagtgctagcagatgctggtgtcacttctgaatatgacactgat
aaaatcggtattactttaggtgtgggcggtggccaaaaaattaatgccagcctaacagca
cgtctgcaataccctgtgcttaaaaaagtatttaaaagcagcggcctaagcgatgccgac
agcgacatgcttatcaaaaaattccaagaccaatacattcactgggaagaaaactcgttc
ccaggatcgcttggtaatgttattgctggtcgtattgctaaccgctttgacttaggcggc
atgaactgtgtggttgatgcggcatgtgcaggttcacttgcggcaatgcgtatggcgtta
accgaactggttgaaggccgcagcgaaatgatgatcactggtggcgtatgtaccgataac
tcgccatcgatgtacatgagtttttcaaaaaccccagcgtttaccaccaatgaaacgatt
cagccatttgatatcgactcaaaaggcatgatgattggtgaaggcattggcatggtggca
ttaaaacgtcttgaagatgctgagcgtgacggtgaccgtatttactcagtcattaaaggg
gtcggcgcttcatctgatggtaagttcaaatcaatttatgcacctcgacctgaaggccaa
gctaaagcgctgaagcgtgcttatgatgacgccggctttgcacctgaaaccgttggctta
attgaagctcacggaacaggcactgcagcgggtgatgtggcagaatttaatggtcttaaa
tctgtatttggtgagaatgactcaacaaagcaacacattgctttaggttcagttaagtca
caagtgggccatactaaatcaactgcgggaaccgcgggtgtgattaaagcggcgttagca
ctgcatcataaagtgctgccgccaaccatcaacgtctctaagcctaaccctaagcttaat
gttgaggattcaccgtttttcattaacactgaaactcgcccttggatgcctcgccctgat
ggcacaccacgccgagctggtataagttcgttcggttttggtggcacaaacttccactta
gtactagaagaatacagcccagagcacagccgtgatgagaaatatcgtcagcgccaagta
gcacaaagcttattgattagcgctgacaataaagctgagctcattgcagaaatcaacaag
cttaacgctgacatcagcgcgcttaaaggcacagataacagcagcatcgaacaagctgaa
cttgcccgcattgctaaactatatgctgttcgcactttagatacttcagcagcccgtttg
ggtcttgtggtctcaagccttaatgaattaaccactcaacttggtttagcgttaaagcag
ctaagtaacgacgctgaagcatggcaattaccatcaggtacgagctatcgctcatctgcg
ctcatcacgattaatgccaaccaaaagacgactaaaggtaaaaaagcagctaacacaccg
aaagtagcagcattatttgcaggtcaaggttctcagtacgtcaacatggggattgatgtt
gcttgtcacttccctgaaatgcgccagcaattaatcaaagccgacaaggtatttgcaagc
tttgataaaacgccattatcgcaagtgatgttcccaattccagcctttgaaaaagcagat
aaagatgcgcaagcagctttactcaccagcactgataacgcgcaaagcgccattggtgta
atgagcatgagccaataccaactgtttactcaatcaggttttagcgcagatatgtttgca
ggtcacagctttggtgagctttcagctctttgcgctgctggcgttatttctaatgacgac
tactaccaattatcctatgctcgcggcgcttcaatggccgcatcagcagttgataaagat
ggcaatgaattagataaaggcacgatgtacgccattatcttgccagctaatgaaaatgat
gcagcaaatagcgataacatcgctaaattagaaagctgcattagcgagtttgaaggcgtt
aaggtggctaactacaactcagccactcagctagttattgcaggcccaacacaaagctgc
gccgatgcagctaaagccattgccgctttaggctttaaagctatcgcgctacctgtttct
ggcgccttccacacaccacttgtggggcatgcgcaaaagccatttgctaaagccattgat
aaagctaagttcacggcgagcaaagtcgacctgttctcaaatgccactggtgacaaacac
ccaagtgacgctaaatcaattaaagccgctttcaagcaacatatgctgcaatcagttcgt
tttactgatcagctgaacaatatgtacgatgcgggagcgcgcgtatttgtcgagttcggc
cctaagaacattctgcaaaaactggttgaagcgaccctaggtaataaagctgaagcggta
tccgttatcagtatcaatccaaaccctaagggcaacagtgatgtgcaacttcgtgttgca
gctatgcaacttagcgttttaggtgcgccactctcaagcattgacccttatcaagctgaa
atcgcagctcctgcggtaccaaaaggcatgaacgttaaactcaatgcaaccaaccacatc
agtgcacctactcgtgccaagatggaaaaatcattagcaacaggccaagtaacctctcaa
gttgtcgaaacaattgttgagaaagttatcgaaaaacctgttgaaaaagtagtagagaag
atcgtggaaaaagaagtcattaaaactgaatatgttgaagttgccacatctggcgcaaca
acagtgtctaacgttgcgcctcaagcaatagcacctcatgcatcagctcaggctgctcct
gcttctggcagtttagaagcgttctttaatgcacaacagcaagccgctgatctgcatcag
caattcttagcgattccgcagcaatatggtgacacctttactcacttgatggcagagcaa
agtaaaatggttgctgcaggccaagccattcctgaaagcttgcaacgctcgattgagtta
ttccatcagcatcaagcgcaaacgctacaaagtcacaccctgtttttagaacaacaagct
caggcaagccaaaatgcattaaacatgctaacgggtcaaacacctgttactgctcctgtt
gttaacgcaccaattgttaattcaccagtagttgaagcggtgaaagtagcacctcctgta
caaactcctgtcgtaaacacgccagtagtaccagcagtaaaggccacacctgtagctcaa
cctgctgcgatggccgctccaaccccacctgttgaaccaattaaagcacctgctcctgta
gccgctcctgtagtaagtgcacctgtagttcctacccctgctggcttaagcgcacaaaca
gccctgagctcacaaaaagttctggatactatgttagaagtggttgcagaaaaaaccggt
tacccaactgaaatgcttgaacttagcatggacatggaagcagacttaggcatcgattca
attaaacgtgttgaaatattaggtactgttcaagacgaactaccaacactgccagaactc
agtcctgaagatttagctgagtgtcgtacattgggcgaaatcgttgactatatgggtagt
aaactaccggccgcaggcgctatgaacagcgacactgcaaatgcaactcacacagccgtt
tccgcccctgccgcttcaggtcttagcgcagaaacagtactcaacactatgcttgaagtg
gttgcagaaaaaacaggttatccaactgaaatgcttgaactaagcatggacatggaagcc
gatttaggcatcgattcaattaaacgtgttgaaatattaggtactgttcaagacgaactg
ccaacaccgccagagctaagccctgaagatttagctgagtgtcgtacactgggtgaaatc
gtatcttatatgggtagtaaactacccgccgcaggcgctatgaactctaaacttcctgca
agtgccgctgaagtagctcaaccccaaaccgcgccagttcaagctgcatctggccttagc
gctgaaacagttctgaataccatgctagaagtcgttgcagaaaaaaccggttacccaact
gaaatgcttgaactcagcatggacatggaagccgatttaggcatcgattcaattaaacgt
gttgaaatattaggtactgttcaagacgaactgccaacactgccagagctaagccctgaa
gatttagctgagtgtcgtactcttggtgaaatcgttgactacatgaactctaagctaccc
gctgctggttctgccccagttgcatcaccagttcagtctgcgactccggtatctggtctt
agcgctgaaacagttttgaataccatgctagaagtcgttgctgaaaagactggttatccg
actgatatgcttgaattaagcatggatatggaagccgatttaggcatcgattcaatcaag
cgtgttgagatattaggtactgttcaagacgagctgccaacactacctgaactcagccct
gaagatttagctgagtgtcgtactcttggcgagatcgttgactatatgggtagtaaacta
cccgccgcaggcgctatgaacactaagcttcctgctgaaggcgctaatacacaggccgcc
gcaggcgctgctcaagtagcagctactcaaacatcaggtttaagtgcggaacaagttcaa
agcactatgatgacagtggttgctgagaagaccggttacccgactgaaatgcttgaatta
agcatggatatggaagcggatttaggcatcgattcaatcaagcgagttgagatcttaggt
acagttcaagatgaacttccgacgctaccagaacttaaccctgaagatttagctgagtgt
cgtacacttggtgagatcgtttcgtacatgggtggtaaactacccgccgcaggcgctatg
aacactaagctacctgctgaaggcgctaatacacaggccgcagcaggcgcttctcaagta
gctgcctcaaccgcagaaacagccctgagcgctgagcaagttcaaagcaccatgatgact
gtggttgctgaaaaaaccggttacccaactgaaatgcttgaattgagcatggatatggaa
gcggatttaggcatcgattcaatcaagcgtgttgaaattttagggacggttcaagacgag
cttccgggcttacctgaattaaatcctgaagatttagcagagtgtcgcaccctaggcgaa
atcgtatcttatatgggcgctaaactgccagccgcaggcgctatgaacaaaaagcaagcg
agcgttgaaactcaatctgcacccgcagcagagttagcaactgacttacctcctcatcag
gaagttgcgctaaaaaagctaccagcggcggataagttagttgacggtttttcaaaagac
gcctgtatcgttatcaatgatgacggccataacgcaggtgttttagctgaaaaattagta
gcaacaggcctaaccgtcgccgttattcgtagccctgagtcagtgacatctgcgcaatca
ccgcttagcagtgatattgccagcttcactttatctgcggtcaatgacgacgcgattagc
gatgtcattgctcaaattagcaagcagcataagatcgccggttttgttcacctacaacct
caactaacagcacaaggagctttgcctttaagtgatgctggttttgtagcagtagagcaa
gctttcttgatggctaaacacctacagaaaccatttgctgagctagcaaaaactgagcgt
gtcagctttatgactgtcagccgcatcgatggtggctttggttacttaaacacggctgaa
cttgccaaagcagagctaaaccaagctgcattatcaggtttaactaaaacattaggtcat
gagtggccaactgtgttctgtagagcattggatattaccccaagctttgaagctgtcgag
ttagcacaagccgttattgcagagctatttgatgttgatacagcaacagctgaagtgggt
attagcgaccaaggtcgtcatactttatcagctacggcaactgctcaaacccgttaccaa
accacatctttaaacagtgaagatactgtattggtgactggcggtgctaaaggcgtcaca
tttgaatgtgcccttactcttgccaaacaaactcagtcgcactttattttagcgggtcgc
agtgagcatttagccggtaatttaccgacttgggcaaagagtgtcatagcggctgcgcct
aacgttagtgaagtaaacacaagtcagttaaaagcagcagcaatcggatttattcaatct
caaggtaacaagccaacacctaagcaaattgatgccttagtttggccgattaccagcagt
ttagaaattgatcgctcattagcagcatttaaagctgtcggtgcaagtgctgagtacatc
agcatggatgtcagctcagatgcagccatcaagcaatctcttgcaggtgttaaaccgatt
acaggcatcattcatggtgcaggtgtactcgctgataaacatattcaagacaaaacctta
gctgagttaggccgtgtatatggcactaaagtgtcgggctttgcaggtatcatcaatgcg
attgatgcaagcaagttaaaactggttgctatgttctcatcagcagccggcttctatggc
aatactggccaaagtgactactcaatgtctaatgagatcctcaacaagacagcacttcaa
cttgcagctaactacccgcaagctaaagtaatgagctttaactggggcccttgggatggc
ggaatggtcagttcagcattgaagaaaatgtttgttgagcgcggcgtatacgttattcca
ctcgataaaggcgcaaacttgtttgctcacagcctattgtctgagtcgggcgtacagtta
ttaattggttcaagcatgcagggctcaagctcagcagataaaacaggcgcagctgtaaaa
aagcttaatgcggactcttcgcttaatgccgagggttcgctgattctttcttttactact
cctgctaaccgtgttgtcaacaacgcggttactgttgaacgtgtactaaacccagtagca
atgcccttccttgaagatcattgcatcgcgggtaatccagtactaccgacagtgtgcgcc
atacaatggatgcgtgaaacagcgcaacaattgtgtggtctgcctgtgactgttcaagat
tataaattgctgaaaggcattattttcgagactaaagagccgcaagtattaacgctaaca
ttgacgcaaactgaatcaggcttaaaagcactgatcgcgagtcgtatgcatcgcgatcca
atggatagcttgctaagacctcagtatcaagcaaaccttgtgatcaatgaagccgtcatt
aacggtcaaactttaacaacacagccaactatcgttgcggatgcacaacagttagcaagt
gcaggtaaagtgattagcactgacagcgaactttattcaaacggtagcttatttcatgga
ccacgcctgcaaggcatcaagcaagtcttgattgctgatgacacacaactggtttgcaac
gtggaattaccacatattagttccgcagattgcgcaggctttgcgcctaatctgtccata
ggtggcagccaagcatttgctgaagatttgctactgcaagccatgttagtgtgggcacga
attaaccatgatgctgcaagcttaccatcgactattggtaagttaacgacttattcacca
tttgcatcaggcgataaaggttacttggtgttatctgtgcttaagagtaccagccgttcg
ttaacagctgatattgcactttatcaccaagatggtcgcttgagttgcactatgagcagt
gcaaaaacaacaattagcaaaagcttaaatgaggcatttcttgcccctgctaaagcaatt
gctgacttgcaggagtctgtgtga
DBGET
integrated database retrieval system