Shewanella japonica: SJ2017_1420
Help
Entry
SJ2017_1420 CDS
T04959
Name
(GenBank) helicase
Organism
sja
Shewanella japonica
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
SNF2-rel_dom
Helicase_C
ResIII
DEAD
SWIM
bMERB_dom
AAA_14
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ARD21744
LinkDB
All DBs
Position
1682378..1685620
Genome browser
AA seq
1080 aa
AA seq
DB search
MSAKLFNLPIKISLELIAKLFSSVQLQKAQNYLIEGRVLEVHASQENHNVESYVAGSAIE
PYRQDITLVNVNHKIVMKSHCTCPVGSNCKHVAAALLALIDKKPVEEQRLSQWLMQLEKQ
DLVHATEEDEEKDRIIFTLSSDHHGIFVDFKRSKLNKKQQFNKGSKIALNDVKYHLPWWI
SPEDSQIISLLLSSSKSASKIYLEGEICALALTKMLELGTCFWEENRTPLTLTSKLAPDF
VWQETDTRHTQISMSMPELDNWEFIATNPPMFVDLDYLKVGYLDTDLSVDKLKLLQQMPP
VPLDKVDDISDKMLRHFSPKSVPVPSEIEFHEIEDPLKVSLTFTMAQLNDSPIMQPVLQI
EFLYGDISIAGRKSREKINLIKQGKVQYQIHRELELEAQALECLESLQLQAIDNSILTYN
NQHVSYFSLGLMPEMVNEWAQLTTFGIMTLEDLGYNVEFAADFDLNIVDADIEVDLDDDE
DSGWFSLSLNADIEGQSVPLLSLVARWLQQNGEPDDEQELILPGPNGRFVKIKAKTIKPL
ISVIQELFQRGGGDVLEVPRNRADLLNELSESDIRLLNGERVRHLATKLAEFKGIESVAL
PTGLNATLRDYQKQGFDWLCFLKEYQLGGILADDMGLGKTLQTLAFLLKSKQMKAQNIDS
SSTTSLTPRPSLIVCPTSLVGNWYKEAQKFTPDLKVLVIHGNKRQALLEKIEEFDVIVTT
YPLILRDEMVYSEYSFEHIILDEAQQIKNAQAKVTQALKTFKAQFRLCLSGTPLENHLGE
LKSLMDFCLPGLLGQHAYFNKEFRGPIEKQADTEKSAILLNRIAPFLLRRTKNEVMSELP
EKTIIVQTLELEKDQRNLYESIRLVMEKKLRELFAKQGVSSSHIEFLDALLKLRQACCDP
RLVKLEQAQYVEDNAKLTWLTQNVPEMVEEGRKILIFSQFTGMLALIEQEFINMGIPYSK
LTGQTRQRQDEIDAFQEGDVPVFLISLKAGGTGLNLTAADTVIHFDPWWNPAAEKQATDR
AHRIGQLNPVFVYKLIAQGTVEEKIQEMQQHKQSLADSILAGSAKSQWQGNADDLLALLR
NT seq
3243 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcggccaaattgtttaatcttcctatcaaaataagcttagagttgattgctaagtta
ttttcatcagttcaattacaaaaagcgcagaattatctcattgaaggccgagtgcttgaa
gtgcacgcaagccaagaaaatcataatgttgaatcttatgtggctggctctgcgatcgag
ccttatcgccaagacattactctggtaaatgtaaatcacaaaatcgtgatgaaatcacat
tgtacttgccctgtcggctccaactgtaagcatgttgcagccgccttgttagcgctaatt
gataaaaaaccagttgaagaacaacgattaagccagtggttgatgcagcttgaaaagcaa
gatttagtgcacgccacagaagaagatgaagaaaaagatcgaattattttcacgctttct
agcgaccatcatggcatttttgtcgactttaagcgcagtaagctaaataaaaaacaacag
tttaataagggcagtaaaattgccttaaatgatgttaaatatcatctaccttggtggatc
agccctgaagatagtcagattattagcttgctgttatcttcttcaaaaagtgcttcaaaa
atataccttgagggcgaaatttgcgctcttgcattaacaaaaatgcttgagcttggtacg
tgtttctgggaagagaatcgcacacctttaacgttaacttctaaactggctcctgatttt
gtttggcaagaaactgacacccgtcatactcaaattagcatgagtatgccagagctagat
aattgggagtttatcgctaccaacccaccaatgttcgttgacttagattatttaaaagtt
ggctatttagacacggatttatcagtagataaattaaagctgctgcagcaaatgccgcca
gtgccattagataaggtggatgatattagcgataaaatgctgcgtcatttttcacctaaa
agtgtgccagttcccagtgagattgaatttcatgagatagaagatccgctcaaagtctcg
ctaacctttacgatggcacagctaaatgacagtcctatcatgcagcctgtgctacaaatc
gagtttctgtatggtgatatcagcattgctggtagaaaaagccgagaaaaaattaatctt
atcaaacaaggtaaggtgcaatatcaaatacatcgagagcttgagttagaagctcaagca
cttgaatgtcttgaaagcctacagttacaggcgattgataacagtatcctgacctataac
aatcaacatgttagctattttagccttggtttaatgccagagatggttaacgagtgggcg
caactcacgacttttggcattatgaccttagaagatttaggctataacgtggagtttgct
gctgactttgacttaaacattgttgatgcagatattgaggtagatttagatgacgatgaa
gatagtggttggttttcgttatcgttaaatgctgatatcgaagggcagagtgtgccgctg
ttgagccttgttgcccgttggctccagcaaaatggtgagcctgatgatgagcaagagctt
attttacccgggccaaatggacggtttgtcaaaattaaagccaaaacaattaagccgcta
atttcggtgattcaggagttatttcagcgaggcggtggtgatgttctcgaagtcccacgt
aaccgagctgatttgcttaatgaattgtcagaaagcgatattagattactcaatggtgaa
agagtcaggcatttagcgacaaaattagccgagtttaaagggattgagtcagttgcattg
cccacagggcttaatgccactttgcgagactatcaaaaacaagggtttgattggttgtgc
tttttaaaagaatatcaactgggcggtattcttgctgatgatatgggcttaggtaagacg
ttacagacattggcatttttattaaaatccaaacagatgaaagcgcaaaatattgactcg
agcagcacgacgtcattaacaccaagaccgagtcttatcgtttgtcctactagtttagtg
ggtaactggtataaagaagcgcaaaagtttactcccgatttaaaagtgttggttattcat
ggcaacaagcgtcaagcattactcgaaaaaatcgaagagtttgatgtcattgtcaccaca
taccctctgattttacgtgatgaaatggtgtatagcgaatatagctttgagcacattatt
ttagatgaagcacaacaaatcaaaaatgcgcaagcaaaagtgacccaagcgttaaagact
tttaaagctcaattccgtttgtgtttgtcaggcacaccgttagaaaatcatttaggtgaa
ttaaagtcgttaatggatttttgtttaccaggattattaggccaacatgcttactttaat
aaagagtttcgtggcccaattgagaaacaagcagatactgaaaagtcagctattttgcta
aaccgaattgcgccatttttactacgtcgtactaaaaacgaagtgatgtcggagttacct
gaaaaaaccatcatagtacaaacccttgaactggaaaaagatcaacgtaacttatatgaa
agtatccgcttagtgatggagaaaaaactgcgagaactctttgcaaaacaaggtgtttca
agcagtcatattgagtttttagatgcgttattaaaactacgccaagcctgttgcgatcct
agactggttaagttagaacaagcccaatacgttgaagataatgcgaagttaacttggctg
acgcaaaacgtgccagaaatggttgaagaaggccgaaagatccttatctttagccagttc
acaggtatgctggcattgattgaacaagagtttattaatatggggattccatatagtaaa
ttaaccggccaaactcgacagcgccaagatgaaatcgatgcgtttcaagagggagatgtg
ccggtatttttaatcagtttaaaagcgggcggaacagggcttaatttaaccgctgcagac
acggtgattcactttgatccatggtggaaccccgcagcagaaaaacaagcgaccgaccga
gcgcaccgcattggtcagctaaatccagtatttgtttataagctaattgctcaaggtaca
gttgaagagaaaattcaagaaatgcagcaacataaacaaagtcttgctgatagtattctc
gctggaagtgccaagagtcagtggcaaggcaatgccgatgacttactggcactattgaga
taa
DBGET
integrated database retrieval system