Spiroplasma kunkelii: SKUN_001627
Help
Entry
SKUN_001627 CDS
T04056
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
skn
Spiroplasma kunkelii
Pathway
skn03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
skn00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
SKUN_001627 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
skn03021
]
SKUN_001627 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
skn03400
]
SKUN_001627 (rpoC)
Enzymes [BR:
skn01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
SKUN_001627 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
skn03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
SKUN_001627 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
skn03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
SKUN_001627 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Peptidase_M23
Gp44-like_2nd
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ALA98484
UniProt:
A0A0K2JIR0
LinkDB
All DBs
Position
complement(1371546..1375298)
Genome browser
AA seq
1250 aa
AA seq
DB search
MIKNNEKNNRMIKIGLANPNDIRSWSYGEVKKPETINYKTLKPERDGLFDEKIFGPTKNF
ECACGKYKKSKNKGKICERCGVEITEAIVRRERMGHIELEEPVTHIWMLKAAPSRIALIL
DMKTKELEEVVYFVSYIVLDAGDAKSLKQKMVLDLGNAKTSAQTRQRLTKTLREILDTLE
HNKIAYEVGETMIEDLKNTSLPFSMDECAQFINRHTNARFGIGAEAVEVLLKNLNIDDEI
EKIKQDLKDKKTQLDQNKLMKRLEVLDSLKKSGSRPEWMILRAVPVIPPDIRPIIQLDGG
RFTTSEINDLYRRIIIRNERLKKVKAMGAPSVIVNNEKRMLQEAVDALLDNERKARPVTG
KDKRPLKSLTSILKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIAIGPDLKMYQCGLPRDMAITLFK
PFVISKLVKDGLAANIKVAEKLILNQDDKVWEVLEEVIKTRPVLLNRAPTLHRLGIQAFE
PKLVKGKAIRLHPLVTTAFNADFDGDQMAVHVPITEEAVAEARSLMLGNRNILGPKDGKP
IVTPTQDMVLGNYYLTYEEKGQLGEGTIFKDLNEAVIAYETGAVALHALVAIPVVGFVNK
KFKPEQMKDYIITTPGKIIFNQIFKEEFPYLNEPNVENLTALPARSLIKDNVNLVEYLAS
WKVNPPFKKKDLSNIIDRYFKQYGANKTAEMLDNMKNLGFKYSGKSGVTVSAGDVKVYDK
KQEEFKATDEKVKEINDYFKMGMLTSREKQHRIISVWSKVKDNIQTELEHVLREDPKNPI
FMMADSGARGNVSNFTQLVGMRGLMNNPKGDIIELPIKSSFREGLTVSEFFISTHGARKG
MADVALKTADSGYLTRRLVDVSQEIIITVKDCNSRRGFVVSDIIEQKHANIIVPLFDRLV
GRYNLKDIKLKNGEVIAANTLLTEEDSRRIVDNDIKEVIIRSVLTCEAEKGVCQRCYGKN
LATGMEVEIGEAVGTIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGGADITQGLPRIKELLDVTTP
KGSIAVISEIDGKISDIRDEGGIHTIYVKSDSDERKFKTQYNAVLRVKIGDKVARGQKLT
EGSINIKELLEVAKIEDVHNYILKEVQRVYRLQGIEISDKYIEIIIKQMLNKVKIIDAGD
TELLPGEIVTIKRYRNETINAVRSMKKPPTAKHVIFGIKKAPLESESFLSSASFQDTTRV
LVKAIIKGKVDCLEGLKENIMLGHLIPAGTGLKNPKDIITAGIAAKAEEY
NT seq
3753 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgattaaaaataatgaaaaaaataatcgtatgattaaaatcggcttagcaaatcctaat
gatattcgtagttgatcatatggggaagtaaaaaaaccagaaacaattaattataaaaca
ttaaaaccagaacgagatggattatttgatgaaaagatttttggtccaaccaaaaatttt
gaatgtgcttgtgggaagtacaaaaaatcaaaaaataagggaaaaatttgtgaacgttgt
ggagtagaaattactgaagcgattgttcgtcgtgaacgaatgggacatattgaattagaa
gaaccagtaacacatatttgaatgttaaaagcagcacctagtcgaattgctttaatttta
gatatgaaaacaaaagaacttgaagaagttgtttactttgtttcatatattgtattagat
gctggtgatgcaaaatcattgaaacaaaaaatggtattagatttaggaaatgctaaaaca
tcagcacaaacacgtcaacgattaacaaagacattgcgtgaaattttagatacactagaa
cataacaaaattgcttatgaagtgggagaaacaatgattgaagatttaaaaaatacttca
ttgccattttcaatggatgaatgtgctcagttcattaatcgtcatactaatgcacgattt
ggaattggagcagaagctgttgaagtattattaaaaaatctaaacattgatgatgaaatt
gaaaaaattaagcaagatttaaaagataaaaaaacacaattagatcaaaataaattaatg
aaacgtttagaagttttagattcattaaaaaaatcaggttcacgaccagaatgaatgatt
ttacgagcagtgccagtcatcccaccagatattcgtccaattattcaactagatggtggt
cgttttacaacatcagaaattaatgatttatatcgtcgaattattattcgaaatgaacga
ttaaaaaaagttaaagcaatgggagcaccaagtgttattgttaataatgaaaaaaggatg
ctacaagaagctgttgatgctttattagataatgaacgtaaggcacgaccagtaacggga
aaagataaacgaccattaaaatcattaacaagtattttaaaaggaaaacaaggtcgtttc
cgtcaaaacttattaggaaaacgagttgactattcagggcggtcagttattgcaattgga
cctgacttaaaaatgtatcaatgtgggttgccacgtgatatggccattacattatttaaa
ccatttgttattagcaaattagttaaagatggtttagcagcaaatattaaagttgcggaa
aaattaattttaaatcaagatgataaagtatgagaagttttagaagaagttattaagact
cgtccagtgttattaaatcgtgcgccaacgttacaccgattaggaattcaagcatttgaa
ccaaaattagttaaaggaaaagcaattagattacatccattagtaacaactgcttttaat
gctgactttgatggtgaccaaatggcggttcatgtcccaattacagaagaagcagttgct
gaagcacgaagtttaatgttaggaaatcgaaatattttaggaccaaaagatggtaaacca
attgttacaccaactcaagatatggtattagggaattattatttaacatatgaagaaaaa
ggacaattaggggaaggaacaatctttaaagatttaaatgaagctgttattgcatatgaa
actggagctgtcgctttacatgctttagttgctattcctgttgttggttttgtaaataaa
aaatttaaaccagaacaaatgaaagattatattattacaaccccaggaaaaattattttt
aatcaaatttttaaagaagagtttccgtacttaaatgaaccgaatgttgaaaatttaaca
gcattacctgctcgttcattaattaaagacaatgttaatttagttgaatatttagcgagt
tgaaaagttaatccaccatttaagaaaaaagatttatcaaatattattgatcgctacttt
aaacaatatggagctaataagactgctgaaatgttagataacatgaaaaatcttggtttc
aaatattcagggaaatcaggagtaacagtgtcagcgggcgatgttaaagtttatgataaa
aaacaagaagaatttaaagctacagatgaaaaagtaaaagaaattaatgattactttaaa
atgggaatgttgaccagtcgtgaaaaacaacaccgcattattagtgtatgatcaaaagtt
aaagataacattcaaactgaattagaacatgttttacgtgaagacccaaaaaatccaata
tttatgatggcggattcaggagcacgaggaaatgtttcaaactttacccaattagttggg
atgcgggggttaatgaataatccaaaaggagacattattgaattaccaattaagtcttcg
tttcgtgaaggtttaacagtgtcagaattctttatttcaacccatggggcacgaaaaggg
atggctgatgttgctttaaaaacagctgactcaggatatttaacaagacgattagttgat
gtttcacaagaaattattattacagtgaaagattgtaattctcgtcgtggttttgttgta
tcagatattattgagcaaaaacatgctaacattattgtgccattatttgaccgtttagtt
ggccgctataatttaaaagatattaaattaaaaaatggtgaagttattgctgctaataca
ttattgactgaagaagatagtcgaagaattgttgataatgatattaaggaagttattatt
cgttctgttttaacttgtgaagcagaaaaaggtgtttgtcaacgttgttatgggaaaaac
cttgctacaggaatggaagttgaaattggtgaggcagttggaacaattgctgcgcaatca
attggagaaccaggaacacaattaacaatgcgaacattccatactggtggtgttgctggg
ggagctgatattacccaagggctaccacggattaaagaattattagatgtaaccacacca
aaaggatcaattgctgttatttctgaaattgatggaaaaattagcgatattcgtgatgaa
ggtggaattcataccatttatgttaaatcagatagtgatgaacgaaaatttaaaacacaa
tataatgctgttttaagagttaaaattggtgacaaagttgctcgtggtcaaaaattgacg
gaaggttcaattaatattaaagaattattagaagttgcaaaaattgaagatgtacataat
tatattttaaaagaagtacaacgagtttatcgcttacaaggaattgaaatttctgataaa
tatattgaaattattattaaacaaatgttaaataaagttaaaattattgatgctggtgat
actgaattattaccaggagaaattgtaacaattaaacgctatcgtaatgaaacaattaac
gctgttcgttcaatgaaaaaaccgccaacagcaaaacatgttatttttggaattaaaaaa
gcaccattagaatctgagtcattcttatcatcagcgtcattccaagatacaacacgagta
ttggttaaggcaattattaaaggcaaagttgattgtttagagggtttaaaagaaaacatt
atgttaggacatttaattccggcgggaacaggattaaaaaatcccaaagatattattacg
gctggaattgcagcaaaagctgaagaatactaa
DBGET
integrated database retrieval system
