KEGG   Schistosoma mansoni: Smp_105930
Entry
Smp_105930        CDS       T01095                                 
Name
(RefSeq) putative programmed cell death protein 11 (pre-rRNA processing protein rrp5)
  KO
K14792  rRNA biogenesis protein RRP5
Organism
smm  Schistosoma mansoni
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:smm00001]
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03009 Ribosome biogenesis [BR:smm03009]
    Smp_105930
Ribosome biogenesis [BR:smm03009]
 Eukaryotic type
  90S particles
   Other 90S particles
    Smp_105930
SSDB
Motif
Pfam: S1_RRP5 S1 TPR_14 TPR_19 OB_RRP5 TPR_16 Ig_GEX2_N ARM_TT21_5th BTAD TPR_CcmH_CycH
Other DBs
NCBI-GeneID: 8342977
NCBI-ProteinID: XP_018651024
LinkDB
Position
3:11386651..11422026
AA seq 1880 aa
MQNETLALGVIKSVQKLYLEVQLPHGFLGRVNIYDVSDKYTELLRESAESGIIQDDLVEL
SDMFKVGQTVRCFIKEADNSRGSGSTKRYIVSLNPKMVNKAVISKNVKPHMVFVGSVVSV
EDHGYIVDPGVARMNCFLPKDQVDVNLDIGSLIPFTPHVSDPLVNSSSKRVLKVTTRLDS
TLSVLSPDSRVNFDCMLPGTCLHASIVKKVTSTLVAEFSEYFVSISRTHYIGNKEDYQIG
AKVFVCIILVDPSTKQLTGSLLPHLVNPIPSVLNISEMLSKCPVGTRFSGSLVERVNKRA
VLVKLPKTNGLKAVIRIPKTGTKNNENFKSLVVGSKLTCRITDHDFLENVAVATTNKKLL
SLPFLSLHELKPGNKVSATVKRYSKTGIVVHLEGRIHGLIPYLHTTDINLKDHREKFKAG
EKVSCLVLQLDECANKLILTAKPGLLNAELPIFGSHEMYSALKNGNNNQLLIVGFIVKVS
EKGLLISGLDNIRGWIPRRETGLADEDILQTNFYRGQVLKMKFKREINISSENEVEKDSR
NIRSKYMLSLKFHSKKTKNMQSIFLNSVQIGQLFRATVNQVQDTGISLNLYDKNINDTVT
PVLGTGFLSFSQLSDYESNQQLLSRYIKNIKPGSTLDWNHSARNVVVIDKGKQTVILSAR
PTLVQAASDLKTNINIDVDMVDSEASDKRPGFLRTFDELQVGSQWFAWVSHHKDYGVFVH
FPAGIYGLAPKHLLSDFRTQSNTNWTELFPVGATVITKIVEVTPEKCHCLISLKMFDIYN
AKEYYVGGAIQSINYYLTEREWISQKHELLGSFRIGDHVHFKVEGLDNSVIFGKASKLSE
KNPTKQQIWVPAMVYVANSNNMDYVVSQTYSGIVCFIDHEQSRLEIVLSSWLVNSINTRK
ENISSSLKQKQQISSVVLACRSRDIVVLGLRGHAAGLLSVVPARRTFNDVVGGNAWVVGQ
RNKITFRQSFEQENSSTKLQLCTLTIYDPIEDNQIKTTSDKQNNSSSITNEENIGGILKK
SNLITFQAGEQISDLYFVSISSQTAFFAVGSIKGPHVYCHLINWDNTVKSIRTFSSHPPE
VGAKIERIATVLFSYLDDKVILKRKNMGFRSKISEITFLDKPKVSVGEIVCAQVSRLKSD
YWTVFLPGRASGRLHVTDMNHLDLDVKPLDLAETSDASALSSSSSRIFNIHENSNQIKAH
YFITCRIVDQCQSVNTNSDDIFDTNDTNEVIYFVSNKVRLLRDPVESSTVQQSVNKLPDF
DVPVDGFVKTVRPHGLVLCLSRTTDILVPFPPGLKNHLSVCGIRFKAGDHLLVCPRRLVN
DHLVGELVCDNSNNCEHLTEDCMDELVKKLLNEVSNKKHTSESQKRELIFHDNLDETSNS
LELINCEPTSNEPLIGEENMPKQSKKKKTTTKTIKEHSIVTQQHDDSHSRKRKLTDLDES
IQSSLNDEEMFNSKSTSISKSSKRKQPRLDDETNLLNNDYMNNVKIKVKSKKSVNKLPSS
FVSLNGENIFSKNLLKRYEKFMYPENENGFDGEIQTHKTFESTDSNNDEHLDIEREDKSE
SQAAKEWRLREMEMRKAMLAELTTEQQCLPKGQLHPQTTEEFELAVRNMPSNEFCWIAYM
THILSNKVDHQSVSSSLNKGVIDARAIVERGLRAISNSTSNQLTKQSRLLTSYLIMEAKE
LERLTCLQKQQQYHLSSSTSMSDLVIEINHQSKRVSQLLTQLLNLNQAPFIRKAIDTLSD
IGHHTRAEELARRQVKSCPNDVDHWLSLIRVRFRAGNVEAAREAQRNSASLLKSSLLPQL
AIGVARIEFEYGDVDRAIRLLQEQLTVHPKRKLLYEECIKLLIMNGKMKEARTVQQQAEK
NLKPVQCTTLNSFFEGQVTC
NT seq 5643 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgcagaatgaaacgttggctttgggagttataaagtctgttcagaaactttacctcgag
gtacagttaccccacggatttttgggccgagttaatatttatgatgtgagtgacaagtat
actgaacttttgagagaatctgcagagtctggtatcatacaggatgatcttgttgaactt
tcggatatgttcaaagttggtcagactgtgagatgctttattaaggaggctgataatagt
cgtgggagtggctcaactaaaagatatatcgtctcattaaatccgaaaatggtgaataaa
gctgtgatatccaagaatgttaaacctcatatggtatttgtcgggtctgtcgttagcgtg
gaggatcacgggtatatagtagatcctggtgttgctaggatgaattgtttcttacctaag
gaccaagttgatgttaaccttgatattggcagtttgattccctttactccacatgtgtca
gatcctctggtgaatagtagctccaaacgagttttgaaagtaaccactcgtttggattca
actttatctgtgttgagtcctgattctcgtgtaaactttgactgcatgcttcctggtacc
tgtctccatgcttcaattgtcaagaaggttacatcgaccttagttgcagagttttcagaa
tattttgtttcaatctcgcgcactcactacatcggaaacaaagaagattatcaaatagga
gccaaagtttttgtttgtatcatattggtagatcccagtacaaaacaattgacgggctct
cttcttcctcatctagtcaatccgatcccttccgttctcaacatttcggagatgctctct
aagtgtcctgttggtacacgtttctcaggttccttggtagagcgtgtaaataaacgcgct
gttcttgtcaaattacctaaaacaaatggactcaaagcagttatcagaatacctaaaaca
gggacaaaaaataacgaaaatttcaagtcactagttgttggatcaaaattgacatgccgt
ataactgatcatgactttttagagaacgtagctgtagctacaacaaacaagaaactgttg
agtttaccgtttttgtctcttcatgaactgaaacctgggaataaagtgtcggctaccgtt
aagcgttattcaaaaactggtattgtcgtccatctagaaggtcgaattcatggacttata
ccttatctacacacaactgatattaatcttaaggatcatagagagaaatttaaagcagga
gagaaagtttcttgtttagttttacaacttgacgaatgtgccaataaattgattttaacc
gcaaaaccgggcttattaaatgctgaacttccaatatttggaagtcacgaaatgtattct
gcactgaaaaatggcaataataatcaactattgattgtagggtttattgttaaggttagc
gaaaaaggcttactcatttctggtttggataatattcgtggatggatacctagacgtgaa
actggactagctgatgaagatattttacagacaaacttttaccgtggacaagtactgaag
atgaaatttaaacgtgagattaatatttcgtcagaaaatgaagtagaaaaagatagtcga
aatatacgttcaaagtatatgctttctttaaagttccattctaagaaaactaaaaacatg
cagtcgatatttttgaactctgtgcaaattggtcagcttttcagggctactgtaaatcaa
gtacaggacactggaatatcgcttaacctttatgacaaaaacatcaacgatactgtcaca
cctgtgcttggtacaggatttctatcatttagtcaattatctgattatgaatcaaatcaa
caacttctaagtcgatatataaaaaatataaaacctggttctacacttgattggaatcat
tctgcgcgtaatgtagtcgttattgataaaggaaaacaaactgtcattttatctgctaga
ccaacattagttcaagcagctagtgatttgaaaacaaatattaatattgatgttgatatg
gtagattcagaagcatctgacaaaaggcctggtttcctaagaacgtttgatgaattacaa
gttggtagtcaatggtttgcatgggtttcacatcacaaggactatggtgtctttgttcac
tttcctgctggaatttatggtttggcaccgaagcatcttttatccgactttcgtactcaa
tctaatacaaactggactgaattgtttccagttggtgcaaccgtaattaccaagatcgtt
gaagttactcctgaaaaatgtcattgcttgataagcttgaaaatgtttgacatatacaat
gctaaagaatattatgtgggtggggcgatacaatcaataaactattatttaactgaaagg
gaatggatttcacagaaacacgaactattaggctcttttcgtattggtgatcatgttcat
ttcaaagttgaaggattggataattctgtaatttttggtaaggcaagtaaactatcagag
aagaatcccactaagcaacaaatatgggtgccagctatggtgtatgtggcaaattcaaat
aatatggactatgtagtttctcagacgtactcaggcattgtatgctttattgatcatgaa
caatcacggttggaaattgtcttatcctcctggttggtgaacagtataaatacaaggaaa
gagaatatatctagttctttaaaacagaaacaacaaatatcgtctgttgtactggcatgt
cggagtcgtgacatagttgttcttggtttacgtggtcatgcagctgggctgttaagtgtt
gtaccagcaagacgtacatttaatgatgtagtgggtgggaatgcttgggttgttggtcaa
cgaaataaaataacttttagacaatcattcgaacaagaaaacagttcaacgaagttgcaa
ttgtgtactttaacaatttatgatccaattgaagataatcagataaagacgacttcagat
aaacaaaacaactcaagcagtataactaatgaagaaaacattggtggcatattaaaaaaa
tcaaatcttattacttttcaagcaggtgaacaaatttctgatctctactttgttagtatt
tcttctcaaacagcatttttcgctgttggctcaattaaaggtccacatgtatattgtcat
ttgatcaattgggataatactgttaaatctattaggacattttcaagtcatccacctgag
gttggtgcaaaaattgaaaggatcgcaactgttttattctcttaccttgatgacaaagta
attcttaaacgcaaaaatatgggatttcgttcgaaaatctcagaaatcacctttcttgat
aaaccaaaagtatccgttggagagatagtctgtgcacaggtatcccgtttaaaatctgac
tattggacagtttttctacctggtcgtgctagtggacgcttgcatgtcactgatatgaat
catttggatttagatgttaaaccattggatttagctgaaacgtccgatgcttctgcgtta
tcgtcttcatcatcaagaatttttaatattcacgaaaactcgaaccagattaaagcacat
tatttcattacttgtcgaattgtagatcaatgtcaaagtgtcaatacgaattctgatgat
atctttgataccaacgataccaatgaagttatatatttcgtctctaataaagtcagactg
ttacgagatcctgttgaatcaagcactgtacagcagtcagttaataaactacctgatttt
gatgtaccagttgatggatttgttaagactgttcgtccacatggacttgtattgtgttta
tctcgaactacggatattctagttccatttccccctggtttgaaaaatcacctgagtgtt
tgtggaatccgatttaaagctggtgatcatcttcttgtttgtcctaggaggctcgtcaat
gatcatctcgtcggtgaattagtttgtgataattctaataattgtgaacaccttacggag
gattgtatggatgagcttgttaaaaaattactcaatgaagtatccaataaaaaacacact
agtgaatcacaaaaacgagagttaatttttcatgataatttggacgaaacatctaacagt
ttagagttaattaattgtgaaccgacttcaaatgagcctctaattggcgaagagaatatg
ccaaaacagagcaaaaagaaaaaaaccacgacgaaaacaataaaagaacattctatcgtt
actcaacaacatgacgacagccattcacgtaaaagaaaacttactgacttagatgaatca
attcagtcgtcattaaatgatgaagagatgttcaactctaagtcaacttccatatcaaag
agttctaagagaaaacaacctcgtctagacgacgaaactaatttacttaacaatgattat
atgaataatgtaaaaattaaggtcaaaagtaaaaagtctgtaaataaattaccatcatca
tttgtatctttgaatggtgaaaatattttctctaaaaatttacttaaacgttatgaaaaa
tttatgtatcctgagaatgaaaatggatttgatggtgaaatacaaacgcataaaacattc
gaatcaacagattcaaacaatgatgaacatttggatattgagagagaagataaaagtgaa
agtcaagctgccaaggaatggcgtttacgggagatggagatgcgtaaagctatgttagca
gaattaaccactgaacaacaatgtcttcctaaaggacaattacatccacaaaccacagaa
gaatttgaattagccgttcgtaatatgccatcaaatgaattttgttggattgcttatatg
acacacatattgtcaaacaaagtagatcatcagtctgttagtagtagtcttaacaaagga
gttattgatgctagagcaattgttgaacgtggactacgtgctatatcaaattctactagt
aatcaactgacaaaacaatctcgtttactcacatcgtatttaattatggaggcgaaagaa
ttggaacgtctcacctgtcttcagaaacaacaacaatatcatttgtcatcttcaacatct
atgtcagatctagtaatagaaattaatcatcaatcaaaacgtgtttctcaattactaacc
caattgttaaatttaaatcaagctccgtttattagaaaagctatcgatactctttcagat
attggtcatcatactcgcgctgaggaattagctcgccgccaagtcaaatcttgtccaaac
gatgtagaccattggctttcacttataagagttcgatttcgagctggtaatgttgaagct
gctcgagaagctcaacgaaattcggcctcactgttaaaatcgtctcttcttccacaactt
gctattggtgttgcgagaattgaattcgaatatggcgacgttgatcgtgcaatacgcttg
ctacaagaacaattaactgttcatcctaaacgtaaacttctatatgaagaatgtatcaaa
ttattaataatgaatggcaaaatgaaagaagccagaactgttcaacaacaagctgagaaa
aatctaaaacctgtccagtgtaccacgttaaattcgttttttgaaggtcaagtgacatgt
taa

DBGET integrated database retrieval system