Schistosoma mansoni: Smp_129390
Help
Entry
Smp_129390 CDS
T01095
Name
(RefSeq) putative vacuolar protein sorting-associated protein (vps13b)
Organism
smm
Schistosoma mansoni
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
VPS13_DH-like
ATG2-VPS13_C
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
8345416
NCBI-ProteinID:
XP_018650939
LinkDB
All DBs
Position
3:8589128..8621563
Genome browser
AA seq
1852 aa
AA seq
DB search
MEHSAYFVLLCILQLQCYLQYWDPFCHYGGNFVTYTVFALSDSQINQYMLSKNNQQGPYG
PISSSPTSSKGENNHVLQSNGLVTRSSSSNLSGSYGDESVHSSEPPTQPAAAVWRILVDL
RVRTSSTTSNPSVNANYPIALARLTPMVLIGAIQIDTIHYPNNHIVGHDCLFRCQISNIK
ISLIEHQSTEHQNVGGFELSRCNLKDLDFLYKSNLSSFTNIHYSCDESIQFEIGQFSLLT
ADVNWSRMQQTMINNNLICCLSKQKLDILCKSLNIFISSDRLISLMILNKRIQQYISEFA
NILFQTENYQSSISDYTTSNNNSNLGWTLINYSNQFIVLDQLPLVKYLSANKTNQSPVEV
DNSFNELFHVFIKPRQSVYWRPIVYPGPITSSGHAFRIKLRIGIPSNNGDNKVFLWSHPV
ELPWPLSLHKQHNDILCALSLKWEETIPCTTEVINGTFQIPELYLIICCTEPSGLPGKII
LHSNVVVRNLLPVCLTCSLSTSTSNSLGKERSVTTGTVNKDLSKASNQHKTVDKNSQFTQ
QLFQIPTGPTMEFISTSADISSVYKSTHGCDLCICFKVNNDFYSDNQVQENNTLWSDPLN
FKIPLPDQLNSRTETSHRTLIQLTLNNENNTSSGSSIFYAVITVEYYTTSFITPPICIIT
VSPLFEILNCIPIPLKLESKAIIPQQIINTNSSSIEIISPALFNHENWLTCQQNKNIRDL
SNSYLHVLAKPIRLAYHYNLLLTGTLPNGESVLSHPIRLTGHEILKKLATTYMNYNNSIL
KHHHNNNSGEIFLKKSIQLNNSLPIISTLGIIPKFSFVNNSMNDYLDYLRNDNERKLIYS
SFLQYSLRIVLRSQLLLINCSGIDLHLKFSSLSNDCSSYTDNNCEIPLQDNKCLVLSKTQ
RHFQLGVSLNNEIFWSETITIQPLNSSNESVEDNRKKNNDKDISALKLNEVIEISKEDND
NIPILWWNLSHTIDKSLFNTELLYCMQITLASVVQSPWSEVFPLHRVPNISHNKIHRNPF
SSMPIFLSQVSIPIVSENSALNVYPSLLITTIKHKSTGQIIIQVDKNSILQNLNPFSIHI
YNYTNSSIYSVELLDQLLSSSAKDLSTTKLFNDSMRNILKNTFLNWYPHKIYANSQLSII
PQCLLELLYMDKVNRSCNINDNNNTEGICLNFLHPSQFTKLELNLDVQQNDHVKDLIHIN
LKELCTSIHKTKGLWEKEKLINDHLLIKLYFSMNENSFGLIIHLHAMLRLYLSCHSAPLH
FTSFKLINIENGYLNNNSKNNVDPYHHHQQQHDSNILSGSLIYWDSVKYLLTMHCITQIL
FRSGWLVGSLDLLGNVTGLLYSLINGLNDLIYLRSSNEDDENKDGENVTMIHLSDTNLFI
RQQNIDFPSSTMAMSIGSVASDSTTFPLKYNRNVGFLYRLTQGLNSLTRRATGGLLLSIS
GIASSLARNLDYLSFDPHYEQHQDHIRRHHTPKGFSEGIQQGLSSLGLCLLSAIAGVADQ
PLQAIFKTMDNTTVSSDNIFNSSVDNQSTPNFLLSTLGGFGRGLVGVVTKPVAGAAELIA
QTSKGLLHGTNNSVEMIIPSKYGEPYVSSEIGLRLQYQNVDVMILNYWGSIALRYVQPNI
STSNYYDNQELSICSWFITEIYNHNNENYSIAQSHILNDTILWISASLDQNIVYASVITN
EIDNSYFSWFKHFPNEVLKRFIDKVIRFDSKFVEIIDKSVNDKLSLVNTYNTSESDMSNS
LNNWPFGISISDSWKWIDHIQFTSSNDIDCLKSIIQKFWLIDERLEKSTHQNSTELNSGS
LQEQHTIPDSNSVDSKSDMNSADLFSSDRHNSRWKRVREYLIGMSSNDLIHI
NT seq
5559 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggaacattcagcctattttgttttactctgtattcttcagcttcagtgttatttacaa
tactgggacccattttgccattatggcgggaatttcgtgacatataccgtattcgctctt
agtgacagtcaaataaatcaatatatgttatcaaaaaataatcaacaaggtccttatgga
cccatatcatccagtcctacttcctctaaaggagaaaacaatcatgtcttgcaatcaaat
ggtctagtcacacgttcatcatcctctaatttaagcggttcctatggtgatgaatcagtg
cattcatcagagccaccaactcaaccagcagcagctgtttggagaattcttgttgattta
cgagtgcgtactagttcaactacttctaatccgtcagtcaatgcaaactatccaattgct
ttggcacgcttaacacctatggttttaattggtgctattcaaattgataccatacattac
cctaataatcatatagtgggtcatgattgtttatttagatgtcaaatatcgaacataaaa
atctcattaattgaacatcaatctacagaacatcaaaatgttggcggtttcgaattgagt
cgatgtaatctaaaagacttagattttctttataagtcaaatttgtcttctttcacaaat
atacactattcttgtgatgaaagtattcaatttgaaattggtcaattttctctattgaca
gctgatgtaaattggtctaggatgcaacaaactatgattaataacaatctaatttgttgt
ttatctaaacagaaacttgatattctttgcaaatcattaaatatcttcatcagttcagat
cgtttaataagtctgatgattttaaataaaagaatacaacagtatattagtgaatttgca
aatattctgtttcaaactgaaaattatcaatcatctatcagtgattatactacatcaaac
aataattctaatttaggttggacgttaatcaattattctaatcagtttatagttctggat
caattacctttggtaaaatatctgtctgcaaacaaaacaaaccaatctcctgtagaagtt
gacaattctttcaatgagttatttcatgtatttattaaacctagacaatctgtatattgg
agaccgattgtttatcctggaccaattacatcttctggacatgcatttcgtataaagtta
cgaattggaattccttctaataacggagataataaggtatttctatggtctcatccagtt
gagttaccgtggcctctttccctgcacaaacagcataatgatattttgtgtgctttatcc
ttaaaatgggaggaaaccattccgtgtactactgaagttattaatggtacttttcaaatt
cctgaactttatttaattatctgttgtactgaacccagtggattacctggaaaaatcatc
ctacactctaatgtcgttgtacgtaacttgctacctgtatgcttaacttgttcactgagt
acttcaactagtaatagcctgggtaaagaacgttcagtcacaactggaacagtaaacaag
gatttatctaaagcttcgaatcaacataaaactgtcgataaaaattctcaatttacacaa
caattatttcaaattccaactggtccgaccatggaatttatttcaacatctgctgacatt
tcatcagtttataaaagtactcatggatgtgatttatgcatatgttttaaagtaaataat
gatttctattctgataatcaagtacaagagaataatacattgtggtcagatccgctgaat
tttaagataccattacctgatcagctgaactcacggactgaaacaagtcatagaactctt
attcaacttaccttaaataatgaaaacaatacatcaagtggttcctctatattctatgct
gtcattactgttgaatattatactacaagttttattactccaccaatttgcataatcact
gtatcaccattattcgagattttgaattgtataccgattccattaaaattggagagtaaa
gcaattatccctcagcaaataatcaatacgaactcatcatcaattgaaatcatttcacct
gcattattcaatcatgaaaactggttaacatgtcaacaaaataaaaatatacgagatttg
tccaattcataccttcatgtattagctaaacctattcgattggcttatcattataattta
cttttgacaggcactctaccaaatggtgaatcagtactctcacacccaatacgtttaact
ggtcatgaaattttgaaaaagttagctactacttatatgaattataacaattcaatatta
aaacatcatcataataataattcaggtgaaattttcttaaagaaatctatacagttaaat
aattcattaccaattatatcaacattaggcattatacctaaattctcatttgtcaataat
tcaatgaatgattacttggattatttacgtaatgataatgaaagaaaattaatttactcg
agttttttacagtacagtctacgaattgttttacgttcgcaattattattaataaattgt
tcaggaatcgatttacatttgaaattttcatctttgagtaatgattgttcctcgtatact
gataataactgtgaaataccccttcaagataataaatgtttggtcttatcgaaaacgcaa
cgtcattttcagttaggtgtttcattgaataatgaaatattttggtctgaaacaatcacc
atacaaccattgaattcatcgaatgaatcagtagaggataatcgaaaaaagaataatgat
aaagatatatctgcattaaagttaaatgaagttattgaaatttcaaaggaagataacgat
aatatccccattttatggtggaatttaagtcatactattgacaaatcattgttcaataca
gaattgttgtattgtatgcaaattacacttgcttcagttgttcaatcaccatggtcagaa
gtatttccacttcacagagtaccaaatatttcgcataataaaattcatcgaaatccattt
tcttctatgccaatatttcttagtcaagtgtcgattccaatagtttcggaaaattcagct
ctcaatgtatacccaagtctacttataactacaataaaacacaaatctacaggtcaaata
atcatacaagtagataaaaattcgattttacaaaatttaaatccattttcaatacatatt
tacaattatactaattcatctatatactctgttgaactattagatcaattattatcatca
tcagctaaagatttatctacgacaaaactattcaacgattcaatgaggaacatcttgaag
aatacatttttgaattggtatcctcataaaatttatgctaattcacaattgtcaattata
ccacaatgtttattagaattattgtatatggataaagttaatcgtagttgtaatattaat
gataataataatactgaagggatatgtttaaattttttacatccatctcaattcactaaa
ctcgaattaaatctagatgtacaacagaatgatcatgtaaaagatcttattcatataaat
cttaaagaattatgtacttctattcataaaacaaaaggtttatgggaaaaagaaaaatta
atcaatgatcatttattgattaaattatacttttcaatgaatgaaaattcatttggttta
attatacatttacatgcaatgttacgtttgtatttatcttgtcattcagctccattgcat
ttcacttcatttaaactgattaatattgagaatgggtatcttaataataatagtaaaaat
aatgttgatccttatcaccatcatcaacaacaacatgattcaaatattttatctggttca
ttaatttattgggattccgtaaaatatttattaacaatgcattgtattactcaaatatta
tttcgctctggttggttagttggcagtttagatttattaggtaatgtaactggtttattg
tattctttgattaatggtcttaatgatttaatatatttacgttcatcaaatgaggatgat
gagaataaggatggtgaaaatgttacaatgattcatttgtctgatacaaatctatttata
cgtcaacaaaatattgatttcccgtcttctactatggcaatgtctattggttctgttgca
tctgattcaactacgtttccattgaaatataatcgaaatgttggatttttatatcgtctt
actcaagggcttaattcacttacacgtcgagcgactggtggattattgttgtctatcagt
ggcatagcctctagtttagctagaaacttagattatctttcttttgatcctcattatgaa
cagcatcaagatcatattcgacgacatcatacacctaaaggatttagtgaaggaattcaa
caaggattaagtagtttaggtttgtgtttattgagcgctatagccggagtggctgaccaa
ccattacaagctatttttaaaacaatggacaatacaactgtttcatcagataatattttc
aattcatctgttgacaatcaatcaactccgaatttcttgttatctactcttggtggtttt
ggtcgtggtcttgtcggagtggtcactaaacctgttgctggagctgcagaattaattgct
caaactagtaaaggtttgttgcatggtacaaacaactcagtagagatgattatacctagt
aaatatggagaaccatatgtttcatctgaaatcggtttacgtttacaatatcaaaatgta
gacgttatgatactcaattactggggatcaatcgcactcagatatgtacagccaaacatt
tcaacttctaattattatgacaatcaagaattatcaatctgctcttggtttattactgaa
atttataatcacaataatgaaaattattctatagctcagtcacatattttaaatgataca
attctttggatatcagcatcattagatcagaatattgtttacgcatctgttatcacaaat
gaaattgataattcttacttttcatggtttaaacactttcctaatgaagttttaaagcgt
ttcattgacaaagtcatcagatttgactctaaattcgtggaaataattgataaatctgtt
aatgacaagctttcattagtaaatacttataatacttctgaaagtgatatgagtaattca
ctcaacaattggcccttcggtatttctatcagtgattcttggaaatggattgatcatatc
caattcacttcatcaaatgacatagactgtttaaaatcaattattcaaaaattctggttg
atagatgaaagattggaaaaatcgacacatcaaaatagtacagagttaaattctggttca
cttcaagaacaacatactattcctgatagtaattctgttgattcaaaatcagatatgaat
tccgcagatcttttttcatctgatcgacataattctaggtggaaacgtgttagggaatat
ttgataggtatgagttctaacgatcttattcatatctaa
DBGET
integrated database retrieval system
