Schizosaccharomyces osmophilus (fission yeast): SOMG_01929
Help
Entry
SOMG_01929 CDS
T09274
Symbol
not1
Name
(RefSeq) CCR4-Not complex scaffold subunit 1
KO
K12604
CCR4-NOT transcription complex subunit 1
Organism
som
Schizosaccharomyces osmophilus (fission yeast)
Pathway
som03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
som00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
SOMG_01929 (not1)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
som03019
]
SOMG_01929 (not1)
Messenger RNA biogenesis [BR:
som03019
]
Eukaryotic type
mRNA surveillance and transport factors
mRNA cycle factors
P-body specific factors
SOMG_01929 (not1)
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Ccr4-NOT complex
SOMG_01929 (not1)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Not1
CNOT1_CAF1_bind
CNOT1_TTP_bind
DUF3819
CNOT1_HEAT
ARM_Cnot1
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
80875411
NCBI-ProteinID:
XP_056035258
UniProt:
A0AAF0AUL5
LinkDB
All DBs
Position
1:4236183..4242467
Genome browser
AA seq
2094 aa
AA seq
DB search
MSDMRDKSSSMSDSNHSLPLENKTTAPNDSKIESIVKAQILFLLSTLREDQYDTKLEQIR
QLINKNAPGVYHHFLRRLVQGNSYRIFGTGKSSDGLATYKLLLDELKSLTKSWALARRFS
DAISGSDSEVFEDFDIETFLNHFQFSPLERTNILIGLTTSIKPSLSKKASALLKEDFQPL
LNQLSNPNLQPYMEKVDLDMLREGLFTSDYDRVPLIQVPKFDLVVEKRLANCRPLAALFG
NLKNSKATLKTMKEAITKKYPPESVTESDVAFLINSLVAIHDYGSWDTVLMGKAIVSAFE
HLDWESMLPMFDNPKFMVTGSPSLILFMTIFTNAFKLKQRIFTLDFLWNLWKNPLSQLSI
ISHIILTPISLFDIKGYNITPIVSAEDLDGYSEELVNYAKGYEQSNLNCLELVRVLLRLL
TEVVTYETSLFLNFLDEKISAELLLLGTLQLSMPWNQVQESLAFQWCSDFFSNFPQHKFV
FHRIEHTNPQFLFAFLRSLWLKDSLSIGQIVSFIVENNFVEHVNSIQPNRFALEIAALAC
ARKAINFQAWLDGRLSEFEDAESLNIFLVEVLDFLMVHAALQKSPTENKEQVIPLSIDVV
NILLTTLMDNVSISEEVSEHIKDVQILCLQVYPRLFALGHDRDDLIINVNGTNSFSPDVE
AEVESFFQALYERKLSIGKIVLTLQTFKKSEDPRDLDLFACLQHSLFDEYRFFPDYPLEA
LALTAVLFGSLIQFDLLSFVPLGVALRYVYQALLMPTDTKMFRFGMQALVQFQDKLPKYI
NYCNLILGIPSLQLTRPDIYNSIKEMIASAETSTLEAEKEVVIPETSALPSPKLPSYSFV
SIRVPALSFPSVSGEIQESVCDNILFALNNLSQLNFNEKLQTVKESLKPPYLAWFSHYIV
TQRVSREANFLTLYSKFLEELKSNDLYKIVFRDTLQAALDILDLDSETLSSIEKSSLKNL
GSWLGSITLARNKSITTMNVSFKDLLLEGVDSERIDRVLPFVCKVLEKVTSSDVFKPPNP
WLMGILRLLVELYQFADFRLNMKFEIELLLQNINVKIEEIEPSELYRNHLIRKADLERDL
PEDVGSQDLRSDANIIMQYIAAASPQIIVSDAVTQIFGKSKAAIKNSMHLIIQQSVLEII
SAVVRRSVGISAITTESLIQKDFAAESNPSSLLLAARQMAKTLAGNLAMVTCREPLQMLM
INNLRTMILQDVENVHAAVAQAIDELVLQNLFIASSIVETVASETAIAEIDAEIEPMIVE
RVHHRKTNPNVPFVDPAGAANLHLNLPGILKLSSDLAPQQFQLYENFDRLSLFTIMSNSG
YGNVSEARSEVAEGSETPNESVNVPMEDEVNQAALNYARNLLMVIAQILQLSSQVPFTSM
QEVPAEHEFHDLVNQFLTGVAAINHPIADHVFLLCAQECCRILLTESASPFILEVFCAIL
EYICQASKKTAISVSLYWNFSSDIEKLNLPVILSLIRFGILTTAEVDYHVARGIDGEQGK
GPVTTFAIGLLNTAVSGENPMALPGNFVNSISSLYKHSPIFAGEVKEAYDQLFESMGKIA
SPAQDILAVLDNKEQLNDQMIIIFVSWVHLLRNSATDDALKAAFVYQLHKQGILGDLELA
IQFFRCNLEAVLVAFLEAASANAPDYCNVDAFASLIVNVVKYSEAKSEESTSLTKSVFFR
KIMALITGIFAELHNAMDEFVHQKTFFRLFSSILSELDESNDAFESNFSDIFIIILRSLL
AVQPNYFPAFTFAWLSLISHAYLLPKILMANNEEINSLYSEILAAFLKFLSLKDGYDKAQ
FKLLYNGFLRIVLVLLHDFPGFLATHCYHLIPHIPLECVQLRNMILSAFPNDMHLPDPFA
QGLKVGRLPEVACAPLISDNILSSLDDFGSQLSLDTCLISNKPADVGKLYLEAFSSLESS
EELNEWANLFILWLIRFATKDLQLKQAPQFQPKSPECVIISTLNKHCNSRCRYFLLTAIA
NQLRYPSSYTYYASCFFLYLFKSSSNIPQELLIKEQMTMVLLERIICNRPHPWGLLITFT
ELLKNEDYNFWKHPYIRRNDEIRRLFDSLHEHIMAPSANIMNAREEGTEIMGQV
NT seq
6285 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcggatatgagagataaatcaagttcaatgtcggattcaaatcattcattaccatta
gaaaacaagactactgctcctaacgactctaaaatcgagagtattgtgaaagctcaaatc
ctcttcttgctatccactttacgggaagaccagtatgatacaaaacttgagcaaatcagg
cagcttatcaataagaacgcgccaggtgtatatcatcatttccttcgtcgtttagtgcaa
ggtaattcctatcgtatctttggtactgggaagtcatctgacggtctagcgacatacaag
ttgttgctagatgagcttaagtcattaacaaaatcttgggctttagcaaggcggttcagc
gatgctatttcggggtctgattcagaagtttttgaagacttcgatattgagacgttttta
aaccactttcagttttcccctttagaacgcacaaatatattaattggtttgactacctcc
ataaaaccgtctctttccaagaaggcctcggctttgttaaaggaagatttccagccttta
ttgaatcagctctctaatcctaatcttcaaccgtacatggaaaaggttgatttagacatg
ttgagggaaggtctgtttacttcagattatgaccgtgtaccgctgattcaagttcctaaa
tttgatttagtggttgaaaagcgtctagctaattgccgccctcttgctgccctgtttggt
aatttaaagaattcgaaagctaccttaaaaaccatgaaagaagccataaccaagaaatat
cctcccgaatccgttaccgaatcagatgtcgcttttctcataaattctctagttgcgatt
catgactatggttcatgggacacagtcttgatgggaaaggcaattgtatcagcctttgag
catttagattgggaatcgatgcttcccatgttcgataatcctaaatttatggttactgga
agccctagtctcatcctattcatgactattttcactaatgctttcaaactcaagcaacga
attttcacattggattttctttggaatctttggaagaaccccttatcccagctatctatt
atttcgcatattattttgacacctatttctttatttgacatcaaagggtataatataacc
cctatcgtttctgctgaagatttggatggttacagtgaagaacttgttaattatgctaag
ggttacgaacagagtaaccttaattgtttagaacttgttcgtgtgcttcttcgattatta
actgaagtcgttacttacgaaacttccttatttctgaattttctggatgaaaaaatttcc
gctgaacttttacttttgggaactcttcagttatctatgccatggaatcaagttcaagag
tcactagccttccaatggtgttcggattttttcagtaactttccccaacacaagtttgtt
tttcataggattgagcatacgaatccccaatttctctttgcatttttgcgaagcttatgg
cttaaagacagcctgtcgattggccaaattgtcagttttattgttgaaaataattttgtc
gagcatgtcaatagtattcagcctaatcgttttgctttagagattgcagctcttgcttgt
gctcgtaaggcaattaattttcaagcatggctcgatggaaggttatccgaatttgaagat
gctgaaagcctcaatatttttctggttgaagtcttagactttttaatggtccatgctgct
ttgcaaaaatcaccaaccgagaataaggaacaagtcataccgttatctattgatgtcgtt
aatattcttttaactacgctaatggataatgttagcatttcagaggaagttagcgagcac
ataaaggatgtacagattctttgccttcaggtttacccccgtcttttcgcccttgggcat
gatcgtgacgatcttataataaatgttaatggtacgaattccttctctcccgatgtggaa
gctgaagtagaatcgtttttccaagcattatacgagcgcaagttatccattggtaaaatt
gtgctcactctgcaaacttttaagaaatccgaggatcctcgtgatttggatttattcgct
tgtctgcaacacagtctttttgatgagtataggttcttccctgattatcctctggaagct
ttggcactaactgcggttttatttggcagtttaattcaattcgatctcctttcttttgta
ccactgggtgttgctttgcgttatgtgtatcaagctcttttaatgcctacagataccaag
atgttcagatttggtatgcaagccttagtgcaatttcaggacaagcttccaaagtatata
aattattgtaatctgattctcggaatcccttctttacaactaactcgacctgacatttat
aactctattaaagagatgattgcttccgcagaaacttcaaccttggaagctgaaaaggag
gttgtgataccggaaacttctgctcttccgagtcccaaattgccttcttattcatttgtt
tccattagggtaccagcattatcttttcccagtgttagcggggaaattcaggagtcagtt
tgcgacaacattcttttcgctttgaataatctatcgcaacttaattttaatgagaaatta
cagactgtcaaagaaagtttaaaacctccttatttagcatggttttctcactatatagtt
acgcaacgtgttagtcgggaagccaattttcttactttatatagtaagtttttggaagaa
ttaaaaagtaacgacttatataaaatcgttttccgagatactttgcaagcggcgttggac
atcttagatttggacagtgagacattgtcttccatcgagaagtctagtttgaaaaacctg
ggatcatggttgggaagtataactttggctaggaacaaatctatcactacgatgaatgtc
tcattcaaggatctattactcgagggtgtcgacagtgagagaattgaccgggtacttcct
tttgtatgcaaagtactggagaaggttacatcgtcagatgtgttcaaaccaccgaatcct
tggttgatgggaattctgaggttactggttgaattatatcaatttgctgacttccgtttg
aacatgaagtttgaaatagagttattattgcaaaatattaacgtgaaaattgaagaaatt
gagccttcggaattgtacaggaatcatttgatccgtaaagccgatttagagagggatctt
ccagaagatgttggaagccaagacttgcggagcgatgcaaatatcataatgcaatatatc
gcagcagcttcacctcaaataatcgtttctgatgctgttactcagatatttggaaaatct
aaagccgcaataaaaaacagtatgcacctaatcatacagcaatcagtcttggagattata
tctgctgttgttaggcggtctgtgggtatatcagccataaccactgagagcttaatacaa
aaagactttgcagctgaatcgaatccttcaagtttattgttggctgctaggcaaatggct
aaaacactagccggaaatttggccatggttacatgtcgggagcccttacaaatgctgatg
attaacaatttgcgcacaatgattttacaggatgtagaaaacgtacatgcggccgttgct
caagccatagatgagcttgtgcttcaaaatctgttcattgccagctctattgttgagact
gtggcatccgaaactgccattgctgagattgatgcagaaattgaacctatgattgttgaa
cgtgttcatcatagaaaaaccaacccaaatgttccttttgttgatcctgctggtgcagca
aatttacatcttaatttgcctggaatattgaagctttcttctgatttagctccccagcaa
tttcaactatacgaaaattttgatcgcctaagcctgtttaccattatgagtaactctgga
tacggcaatgtgagcgaggctcgatcagaagttgctgagggttcagaaacaccaaatgaa
agcgtgaatgttcctatggaagatgaagtaaatcaggctgcattaaattacgcccgaaat
cttttgatggtaatagcacagattttacaactgtccagtcaagtaccgtttactagtatg
caagaggtacctgctgagcatgagttccacgatttggtcaatcaattcctgacgggtgtt
gctgcaatcaaccatcctattgctgatcatgtctttcttttgtgtgcacaggaatgttgt
cgaattcttttaaccgaaagtgcttctccctttattctagaagtgttctgcgcaatttta
gaatacatatgtcaagcttctaaaaagaccgctataagtgtttcgttgtattggaacttt
tctagtgatattgagaagctgaatcttcctgtcatccttagtctaattcgttttggtatc
ttgacaactgccgaggtagactaccatgttgctcggggtattgacggtgaacaaggtaaa
ggtcccgttactacattcgctataggattactgaacactgctgttagcggagaaaatcct
atggcattgccgggtaattttgtgaactctatcagtagtctttataaacacagccctata
tttgctggcgaggtgaaggaagcttacgaccagttgtttgagtccatgggtaaaattgcc
tctccagcacaggatattttggcagtgcttgataataaggagcaactgaatgatcaaatg
ataattatattcgtttcttgggttcatctgttacgcaactctgcaactgatgatgctctt
aaggctgcttttgtttatcaacttcataaacagggaattctaggtgatttggaattggca
atacagttcttccgctgcaatttggaagctgttctagttgctttcctggaagctgcatca
gcgaatgcaccagattactgtaatgtagatgcttttgcatctctaatagtaaatgttgtg
aaatactccgaagctaaaagtgaagagagtacgagcttgaccaagagtgtctttttccga
aagattatggctcttattacagggatttttgccgaattgcataatgcaatggatgaattt
gttcatcaaaagacgttctttagattattttcgagtattctatccgaacttgatgaaagc
aacgatgcgtttgaatcaaatttttcggatatattcatcataattcttcgcagtcttctt
gctgtccaacccaattacttccctgcctttacatttgcatggttaagtttgatttcacat
gcttatcttttgcccaagattctaatggctaataatgaagagatcaatagtctgtatagt
gaaattttagccgcatttttgaaatttttaagcttaaaggatggatatgacaaggcacag
tttaagttgttatataatggatttttacgtatcgttcttgtcttgctgcacgatttccct
ggctttttggcaactcattgctatcatttgattcctcatattcctttggaatgcgtacaa
ctgcggaatatgattttgagtgctttccctaacgatatgcatttacccgatccttttgca
caaggcttaaaagtaggaagattgccggaggtggcttgtgctcctttgatttctgataat
atcctgtcttctttggatgattttggatctcaattaagcctagatacttgtttgatttct
aataaaccagctgacgtcggcaagttataccttgaagctttttcaagtcttgagtcttct
gaagaactgaatgaatgggctaatttatttattttgtggcttattcgattcgctacaaag
gatttacagttgaagcaggcacctcagttccaaccgaaatctcccgagtgcgtgattatt
agtacacttaataagcattgcaactctagatgccgttacttcttgttgacagctattgca
aatcaactacgttatccaagtagttatacatattatgccagctgtttctttttatacctc
ttcaaaagttcctcaaatattccccaagagctgcttataaaggaacagatgacgatggtt
ttattagaaagaattatatgcaatcgtcctcatccatggggacttttaatcactttcact
gaacttttaaagaatgaagattataatttttggaaacatccttatatccgacgaaatgac
gaaattagaagattgtttgatagtcttcatgaacatattatggccccctcggcaaacata
atgaatgcaagagaagaaggaacagagattatgggtcaagtctaa
DBGET
integrated database retrieval system