Schizosaccharomyces osmophilus (fission yeast): SOMG_03637
Help
Entry
SOMG_03637 CDS
T09274
Symbol
spp42
Name
(RefSeq) U5 snRNP complex subunit Spp42
KO
K12856
pre-mRNA-processing factor 8
Organism
som
Schizosaccharomyces osmophilus (fission yeast)
Pathway
som03040
Spliceosome
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
som00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03040 Spliceosome
SOMG_03637 (spp42)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03041 Spliceosome [BR:
som03041
]
SOMG_03637 (spp42)
Spliceosome [BR:
som03041
]
Complex B
U4/U6.U5 tri-snRNP components
U5 snRNP specific factors
SOMG_03637 (spp42)
Complex C
U5 SnRNP specific factors
SOMG_03637 (spp42)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
PROCN
PRP8_domainIV
U6-snRNA_bdg
PRO8NT
U5_2-snRNA_bdg
PROCT
RRM_4
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
80877115
NCBI-ProteinID:
XP_056037353
UniProt:
A0AAE9WBF7
LinkDB
All DBs
Position
2:complement(2499678..2506757)
Genome browser
AA seq
2359 aa
AA seq
DB search
MASVPPGNPPPPPGFEPPNQPPPPPPGYAKKKKPKAPAPGGNLEKQLSERNRKWHASQKS
KFGPKRKQGFVQTEKADLPPEHLRKIMKERGDMASKKFRADKRSYLGALKYLPHAVLKLL
ENMPMPWEEYREVRVLYHVTGAITFVNESPRVIEPHYIAQWGSMWVMMRREKRDRKNFKR
LRFPPFDDEEPPFSIDQLLDLEPLEGVRMDLDEEEDAPVYDWFYDTRALEDTPHINGPTY
RKWQLNLPQMANLHRLSYQLLSDLRDDNYFYLFNDQSFFTAKALNVAIPGGPKFEPLYKD
EAPETEDWNEFNDIYKLIIRQPIRTEYRIAYPFLYNSRARSVVLSEYHQPMNVFIPPEDP
DLPAFFWDPLINPITSRQLRSQKLSMSHEDETLNDEDEFEVPFDPFFADEDLEFEHTANA
LTLWWAPYPFNKRSGITKRAQDVPLVKQWYLEHCPPNQPVKVRVSYQKLLKSHVMNKLHT
PHPKPHTNRNLFRQLKNTKFFQSTTIDWVEAGLQVCRQGYNMLQLLIHRKGLTYLHLDYN
CNLKPTKTLTTKERKKSRFGNAFHLMREILRLTKLIVDSHVQYRLGNIDAYQLADGLHYT
FNHIGQLTGMYRYKYRLMRQIRACKDLKHLIYYRFNTGPVGKGPGCGFWAPSWRVWLFFL
RGIVPLLERWLGNLLARQFEGRHATGVAKQITKQRVDSHQDLELRAAVMNDILDMIPEGI
RQGKSKTILQHLSEAWRCWKANIPWKVPGLPAPIENMILRYVKSKADWWTSVAHFNRERI
RRGATVDKTVAKKNLGRLTRLWLKAEQERQHNYLKDGPYVTADEAVAIYTTVVHWLESRR
FQPIPFPPLSYKHDTKLLVLALERLKEAYSVKGRLNQSQREELALVEQAYDNPHEMLSQI
KRRLLTMRTFKEVGIEFMDMYSHLIPVYSVDPMEKICDAYLDQYLWFEADRRHLFPSWIK
PGDSEPPPLLVYKWCQGINNLTDVWETQNGECNVLMESSLSKSFEKVDLTLLNRLLSLLM
DTNLASYASAKNNVVLSYKDMSHTNSYGLVRGLQFSSFIWQFYGLVLDLLILGLQRATEI
AGPPESPNDFLHFKDQATESRHPIRLYTRYIDRIYIMFRFNADEARELIQRFLNENPDPT
NSNVVNYSKGKKNCWPRDARMRLMKHDVNLGRAVFWEIRNRLPRSLTTLDWEDTFPSVYS
KDNPNLLFAMAGFELRILPKVRQNEEFTLRDGVWNLTNNLTKERTAQAFIRVTDEDIKKF
SNRIRQILMSSGSTTFTKIANKWNTALIALMTYYREAAISTPELLDVLVKCESKVQTRVK
ISLNSKMPSRFPPAVFYSPKELGGLGMLSMGHVLIPQSDLRWSKQTDTGITHFRSGMTTN
GEHLIPNLYRYIQPWESEFIDSQRVWAEYAMKRQEALQQNRRLTLEDLEDSWDRGIPRIN
TLFQKDRHTLAYDKGWRIRTEFKQYQLLKNNPFWWTSQRHDGKLWQLNNYRVDVIQALGG
VEGILEHTMFKATGFPSWEGLFWEKASGFEESMKFKKLTNAQRSGLNQIPNRRFTLWWSP
TINRANVYVGFQVQLDLTGIMMHGKIPTLKISLIQIFRSHLWQKIHESVVWDLCQVFDQE
LESLQIETVQKETIHPRKSYKMNSSCADILLFAAYKWNVSRPSLLNDNRDVLDNTTTNKY
WVDVQLRFGDYDSHDIERYTRAKFLDYSTDSQSIYPSPTGVLIGIDLCYNMHSAYGNWIP
GMKPLIQQSMNKIMKANPALYVLRERIRKGLQLYASEPQEQYLSSSNYADLFSNQIQLFV
DDTNVYRVTIHKTFEGNLTTKPINGAIFIFNPRTGQLFLKVIHTSVWAGQKRLGQLAKWK
TAEEVAALIRSLPVEEQPKQIIVTRKGMLDPLEVHLLDFPNITIKGSELQLPFQAIIKLE
RINDLILRATEPQMVLFNLYDDWLQSVSSYTAFSRLILILRALNVNPEKTKLILRPDKSI
ITQANHIWPSLDDQQWLDVEPQLRDLILADYAKKNNVNVASLTNSEVRDIILGMAISAPS
LQRQQIAEIEKQGRDNDQVTAVTTKTTNIHGDEMVVTTTSAYENEKFSSKTEWRNRAISS
TNLHLRTKNVYVNSDNISEIVPYTYVLPQNLLRKFVMISDLRTQVAGMLYGRSPADNPQI
KEIHCIAMVPQLGSIKNVQIPSKLPEDLQLPILDDLEPLGWVHTQSSELPYLSSADVTTH
AKLSTQHGDWAGKSIALTVSYVPGSISLAAYGVTDEGISWGSNNMDINSDEAVGFNPEMG
QKCQLLLSDRIQGFFLTPEEDVWNYNFNGASFSGNMTYGMKLDVPLSFFALEHRPTHVIS
YTEMEGNDHFEEDMPDAFA
NT seq
7080 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcgtcggtaccaccggggaatccacctcctccgcctggatttgagcctccaaatcaa
cctcctcctccacctcctggatatgcgaaaaagaaaaaaccaaaagcaccagctcctggc
ggtaatttggaaaaacagttgagtgagcgtaaccgaaaatggcacgcttcccaaaaaagc
aagtttggacctaaaaggaaacaaggatttgttcaaacagagaaggcagatcttcctcct
gaacacttgcgcaaaattatgaaggagcgcggcgacatggcatctaaaaaatttcgtgcc
gataagcgttcttatttgggtgccctcaagtatttacctcatgctgttttaaaattgctc
gaaaatatgccaatgccatgggaagaatacagagaagtacgtgttctgtaccatgttaca
ggtgctattacgtttgtgaatgaaagccctcgtgtaattgaacctcattatatagcacaa
tgggggtccatgtgggttatgatgagaagagagaaacgtgatagaaagaatttcaagcgc
ttgcgattccctccattcgatgatgaggaacccccattttctatagatcaattattagat
ttagagcccttagaaggcgtgcggatggacttggatgaagaagaagatgcaccggtttac
gattggttttatgatacccgtgctcttgaggatacacctcatatcaatggccctacatat
agaaaatggcaactaaatctgccgcaaatggcaaatttacatcgtctttcgtatcagctt
ctgagcgatttaagagatgataattatttttacttgtttaatgatcaaagcttttttact
gctaaagctttgaatgtggcgatacctggtggacccaaattcgaaccattatacaaagat
gaagccccagaaaccgaggactggaatgaattcaatgatatttataaacttattattaga
cagccgattcgaacagaatacaggattgcttacccgtttttgtataattccagagcccgg
agtgtcgtactgagcgaatatcatcagcccatgaatgtattcattccaccagaggatcca
gatttgcctgcgtttttctgggatccattaattaatcctataacttcgcgccagttacga
tctcaaaagctatcaatgtcacacgaagatgaaacacttaatgatgaggatgaatttgag
gttccgtttgaccctttctttgctgatgaagatttggagtttgaacatactgctaatgcg
ttgacgttatggtgggccccgtatccttttaacaaacgctctggtattaccaagcgagcg
caggacgtgcccttggtaaagcaatggtacttagaacattgtcctcctaaccaaccggtt
aaagttcgtgtatcctaccagaagttgttaaagtcacatgtcatgaataagcttcacaca
cctcatccaaaaccacacacaaacaggaatttgtttaggcaattaaagaacacaaagttt
tttcagagtacaaccatcgactgggttgaagctggtcttcaggtttgtcgtcaaggttat
aacatgcttcaattattaatccaccgcaagggacttacttacttgcatttggattataac
tgtaatttaaagccaactaaaactcttactaccaaggaaagaaaaaagtcgagatttggt
aatgcttttcatttgatgcgtgaaattcttcgacttacgaaattgattgttgactctcat
gtacagtatcgtttggggaatattgatgcttatcagctagccgacggattacattatacc
ttcaaccatattggtcaactaacaggaatgtaccgttataagtaccgcttaatgagacaa
atccgagcttgtaaggatttaaaacacttaatttattatcgttttaatactggacctgtc
ggtaagggacctggctgcggattttgggctccaagttggcgtgtatggcttttctttttg
agaggtattgttcctctgttagaacgttggttgggtaatttgcttgctagacaattcgag
ggtcgtcatgccactggcgttgctaaacaaatcacaaagcagcgtgttgattctcatcaa
gatttggaattgagagcagctgtcatgaacgatattcttgatatgattcctgaaggtatt
cgtcaaggcaaaagcaaaaccattttgcagcatttgagtgaagcttggagatgttggaaa
gctaatatcccttggaaggttccgggattaccagctcctatagaaaatatgatccttcgt
tatgtaaagtccaaggccgattggtggacttctgtcgctcactttaaccgtgaacgtatt
cgccgcggtgcaactgttgacaagacagtagcaaagaagaatttaggaagactgactaga
ttgtggttgaaggccgaacaagaacgacaacacaattatcttaaagacggaccctatgtt
acagctgatgaagccgttgctatatataccactgtcgttcactggttagaaagccgccgc
ttccagccgattccctttcctccgttgtcatacaaacatgatactaaacttttagttttg
gctttggaaaggctaaaagaggcatattctgtgaaaggtcgcttaaatcaatctcaaaga
gaagaattggcattagttgaacaagcctatgacaatcctcatgagatgttatcccaaata
aagagacgtttacttacgatgagaacatttaaagaagttggcattgaatttatggatatg
tactcccatctaattccagtatattctgtcgatccaatggaaaagatctgcgatgcctat
ttagaccagtacctatggtttgaggcagaccgtcgtcatttgtttccttcttggatcaaa
cctggagattctgaacctcccccgcttcttgtatacaagtggtgccagggaattaataac
ttaactgatgtctgggaaacacaaaatggtgaatgtaatgtattaatggaatcaagttta
tcaaaatcatttgaaaaagttgatttaaccctcttaaatcgacttttgtcgttacttatg
gatactaatcttgcatcttatgcaagcgctaaaaacaatgttgttttgtcttacaaagat
atgtctcatacgaattcttatggactagtccgcggacttcaattttcaagttttatctgg
caattctatggacttgtgctggacttgctcattcttggccttcaaagagctactgaaatc
gctggccctcctgagtcgcccaatgattttctgcattttaaagaccaggctacggagtct
aggcatccaattcgtttatatacaagatatattgatcgtatttacataatgttcagattt
aatgcagacgaagctcgcgaattaatccagcgctttttgaatgagaatcctgatcctaca
aacagcaacgttgtaaactattcaaaagggaagaaaaattgctggccaagggatgcccga
atgcgtctcatgaagcatgatgttaacttaggccgtgcagtattttgggaaatacgcaat
cgtttgccccgttctttaaccaccctagactgggaggatacattcccaagtgtttacagt
aaagataaccccaatttattgtttgccatggccggatttgaacttcgaatccttcctaaa
gttagacaaaatgaggaatttactttacgagatggcgtttggaacttgacgaataatcta
acaaaagaaagaacagcacaggcattcattcgcgtcaccgacgaagacatcaagaaattc
agtaaccgtattcgtcaaattcttatgtcttctggttcaaccacatttaccaagatcgct
aacaaatggaatacagctttaattgctttaatgacttactatcgcgaggctgcgatttcg
actccggaattgttggatgtgcttgtgaaatgcgaatctaaagttcaaactcgagtgaaa
atttctctcaattctaaaatgcctagccggtttccaccagctgtgttctattcacccaaa
gaactgggaggtttaggtatgctttcaatgggccatgtgttaattccacaatctgattta
cgctggtctaaacaaactgacactggcattactcatttccgaagcggtatgactacaaac
ggcgagcatttaattcccaatttatatcgctatattcagccttgggagtctgaatttata
gattctcaacgcgtttgggcagaatatgcaatgaaaagacaggaagcattacaacagaat
cgaagattgacattagaagacttggaagattcatgggatcgtggtattccaagaatcaac
acactgttccaaaaagatagacacactcttgcgtatgacaagggttggcgtatccgaacc
gagtttaaacagtatcagttgcttaaaaataatcctttttggtggacaagccagcgtcat
gacggaaaattatggcagctgaataactaccgtgtcgatgttattcaagccctcggcggt
gttgaaggcatcttagaacatacaatgttcaaagcaactggtttcccttcatgggaaggt
ctattttgggaaaaggcttctggattcgaagagtcaatgaaatttaagaagcttactaat
gcccagcgttcaggtttgaatcaaatccccaaccgaagattcactttatggtggagtcca
acaattaaccgagccaacgtgtatgtcggttttcaggttcagttggatttgactggtatt
atgatgcacggaaagattcctactttgaagatttctcttattcaaattttccggtctcat
ctttggcaaaaaattcatgaatcagtcgtttgggatctttgccaagtatttgaccaggag
ttagaatctttgcagatagaaaccgttcaaaaggaaaccattcacccaagaaagagttat
aagatgaatagttcttgtgctgatatattattgtttgctgcatataagtggaatgtatca
cgtccatctcttcttaacgataatcgtgatgttcttgataatacgacaacaaataaatac
tgggtggatgttcagcttcgtttcggtgattatgattcccatgatatcgaaagatacact
cgtgcgaagttcttagattatagcacggattctcaaagtatttatccatcaccgacaggt
gttttgattggtatcgatttgtgctacaacatgcatagtgcctatggtaattggatccct
ggaatgaagccgctgattcaacagagtatgaataaaattatgaaggcaaaccctgccctt
tatgttttgcgtgaacgtatccgcaaaggtttgcaactctatgcctccgagccacaagag
caatatctctcttcttcaaattacgctgatttattcagcaaccagatacaactctttgtt
gatgatactaacgtctaccgtgtaacaattcataagactttcgaaggtaatttgactaca
aaacctatcaatggtgctatatttattttcaatccaaggactggtcaattatttttgaag
gttattcacacatctgtttgggcaggtcagaaacgtcttggtcagttagctaagtggaag
actgccgaggaagtcgctgctttgatccgttcattacctgttgaggaacaacctaagcag
attattgtcacacgtaagggtatgcttgatcccttagaggtacatcttcttgatttccca
aatatcacaattaaaggaagcgagcttcaacttcctttccaagctatcattaaactggag
aggataaatgatctaattcttcgagctactgagccacaaatggtactctttaatttatat
gatgattggcttcaatctgtatcatcttatactgcgttttctcgtcttatattaatcttg
agggcgctgaatgtcaaccccgagaagaccaaacttatccttcgtcccgacaagtccatc
attacccaagcaaatcacatttggcccagcttggatgatcaacaatggctagatgtcgaa
ccccagcttcgggatttaattctagcagattatgccaagaagaacaatgtgaatgttgct
agtttaacgaactcagaagttcgtgacattattttaggtatggcaatttcagcaccctct
ttgcagcgtcaacagattgctgaaattgaaaaacaaggtcgtgataatgatcaggttaca
gctgtaacaaccaaaacaaccaacattcatggtgatgaaatggttgttacaacgacctcg
gcgtacgaaaatgaaaagttttctagcaaaacagaatggagaaaccgagctatctcttct
acgaaccttcatcttcgaacaaagaatgtctatgttaattctgataacataagtgaaatt
gtaccttacacttacgtcttacctcaaaatctacttagaaaatttgtgatgatttcagat
cttcgtacgcaagttgccggaatgttatatggaagaagtcctgctgataacccccagatc
aaggagattcactgtattgctatggtccctcagctgggtagcatcaaaaatgtacaaatt
ccatctaagcttccagaagatttacaacttcctattttggatgatttagaacctttggga
tgggttcatactcaaagctccgagttaccttacttgtcttctgccgacgtaactacacac
gccaaactaagcacccaacatggggattgggctggaaaatcgattgcgttgacagtaagt
tatgtgccgggctcgatttccctagcagcgtatggtgttactgatgaaggaatcagctgg
ggtagcaacaatatggatattaacagtgatgaagctgttggattcaaccctgagatgggt
caaaaatgccagctgttgctatctgaccggattcaagggttcttcttaactccagaggag
gatgtgtggaactacaatttcaatggtgctagctttagcggtaatatgacatacggcatg
aaattggatgttccactctcattctttgctttggaacatagacctacgcatgtgataagc
tatactgagatggaaggaaacgatcattttgaagaagacatgcctgatgcgttcgcttaa
DBGET
integrated database retrieval system