Shewanella oneidensis: SO_1602
Help
Entry
SO_1602 CDS
T00099
Symbol
pfaA
Name
(GenBank) omega-3 polyunsaturated fatty acid synthase subunit PfaA
Organism
son
Shewanella oneidensis
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
ketoacyl-synt
PP-binding
Ketoacyl-synt_C
Acyl_transf_1
KR
KAsynt_C_assoc
adh_short
PKS_DH_N
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AAN54658
UniProt:
Q8EGK0
LinkDB
All DBs
Position
complement(1678567..1686162)
Genome browser
AA seq
2531 aa
AA seq
DB search
MSHTPSQPQPSTDKKADKRLNKRLKDMPIAIVGMASIFANSRYLNKFWDLICDKIDAITD
VPASHWAIDDYYDVDKSKADKSYCKRGGFMPEVDFNPMEFGLPPNILELTDSSQLLSLVV
AKEVLQDANLPDDYDRDRIGITLGIGGGQKLSHSLNARLQYPVLKKVFKSSGLSDEDSEL
LIKKFQDQYVHWEENSFPGSLGNVIAGRIANRFDLGGMNCVVDAACAGSLAAMRMALTEL
TEGRSDMMITGGVCTDNSPYMYMSFSKTPAFTTNEQIQPFDIDSKGMMIGEGIGMVALKR
LDDAERDGDRIYAVIKGVGASSDGKFKSIYAPRPEGQAKALERAYDDAGFAPHTVGLIEA
HGTGTAAGDVAEFTGLSSVFSQDNAQLQHIALGSVKSQVGHTKSTAGTAGVIKAALALHH
KVLPPTINVSKPNPKLEIDRSPFYLNTEARPWIQRSDDTPRRAGISSFGFGGTNFHLVLE
EYRPDHTRDDAYRQRSVAQILLFAANDKTLLLNELKAVLQQASSAKAELSEAHFIQFAKP
YALREITPQSARLGFIAKDYAQLQTLLTQAIAQLEANNAESWQLPSGISYRAKALVNEQT
KIAALFAGQGAQYLNMGLELANNFPELRRHIHASDKVFSTHGKPALSSVLYPIPAFDDES
IKAQETALTNTLYAQSAIGALSMAQYALFTQAGFAPDMLAGHSFGELSALCAAGVISMDD
YIKLAFERGQAMAQSSQDTDAGVMYAVILKQKQDIEVINGCLAQFEGVKVANYNSPTQLV
IAGASAATQQAAKAISELGFKAIALPVSGAFHTPLVAHAQKPFSAAIDKAQFNTPKIALY
ANGTGQLHPIDANAIKAALKDHMLQSVHFSEQLEAMYAAGARVFVEFGPKNILQKLTENT
LAAQLNELCIISINPNPKGDSDSQLRSAAVQLAVAGVKLREIDPYQAELIAPAATSAMNI
KLNATNYISPATRSKMVDSLQSGKITSQVQYVDRIVEKVVEKVVEKPVIVEKILEKVVEV
EKPVAQNSNNIQQQTPAQPASFTAGQTNQDALSAFFAAQTQAAQLHQQFLAIPQQYGDTV
SALMAEQAKMASLGIAIPESLQRSMELFHQHQAQTLKSHSDFMQLQTSSSQAVLALLGQM
PASQVQAPIQAAAPVAVAVTKPVVPAQAPVVQGLAAEPKVTAVPVSEPTVQQPQVALAQV
AQTKVTQPPLAQPQVQTVAAQTSALQVKPALQQIEHAMLSVVADKTGYPVEMLELSMDME
ADLGIDSIKRVEILGTVQDELPNLPELSPEDLAECRTLGEIVALFSQAAPVTSATTVSHA
TQSAVAASAAVSNDEIERTMMAVVADKTGYPVEMLELSMDMEADLGIDSIKRVEILGTVQ
DELPNLPELSPEDLAECRTLGEIVALFSQAVPVAAQTFAAMAATNPQVVASAVTPIAAVS
DGEIEHTMMAVVADKTGYPVEMLELSMDMEADLGIDSIKRVEILGTVQDKLPNLPELSPE
DLAECRTLGEIAALFSQAAPVTAAATVSHATQSAIAARAAVSNDEIERTMMAVVADKTGY
PVEMLELSMDMEADLGIDSIKRVEILGTVQDQLPNLPELSPEDLAECRTLGEIVALYAGS
QSSSEALQQNHAATIQETQEAIAKTVEETIDLPPHSEVMLKKLPAAAELARIIATSDVQL
TANSYVVIGDDGHNAGVIAEKLHAQGVKVAVVRSPKTVVTSASPLDSHIASFTLEAIDDE
SICEVINQIEALGQIAGFIHLQPQHKSVADKGAGLVLVDEAKASVEQAFLFAKFLQPLLT
ERDYCRFVTVSCIDGGFGYIGMDESVGALISQSELNQAALFGLTKTLNHEWPGVVCRALD
IAPNLDAKTVANAVVQEYYLQDAPVEVGIDSNFDRVTLVAGTAALRHPPAVLSNADKILV
TGGAKGVTFECALSLAKRCQAHFFLAGRSAHQVIPAWAEGKKSNELKAAAIAHLQSLGDK
PTPKQVDALVWPVQSSLEISHALAAFDAIGASAEYLSVDVNDPAAIASTIAPINALSPIT
GIIHGAGVLADKHIQDKTLNEFERVYGTKVTGLNNLLSTLDLSQVKLIALFSSAAGFYGN
TGQSDYAMSNDILNKAALQLAQQLPQAKVMSFDWGPWDGGMVNPALKKMFIDRGVYVIPL
KAGAELFASQLLSDTGAQLLVGTDMQGNTANAVEVASAKKPEADLATALDPQPMAQTVPQ
SIRVMRSLDPKRMSFIEDHCINGHAVLPTVCAIDWMREAAKAHLGTAVSVSDYRLLKGVI
FDEALLARNAPIELELMLTPLADAAQQSTEALAALISFEGRPQYQAVLVAQTDDMPDAQR
FEVGELHSLIQEMAQQPAIANRESLYSDGTLFHGPRLQGISEVLTFDDQHLMAKVELPQV
ALDDCGKFAPKLEDKGTQPFAEDLLLQAMLVWARLKYQAASLPSTIGEFVSYAPLSFGEK
AVLVLDVLKHSSRSLEANIALYHQDGRLSCEMKRAKVTISKTLNQAFLANKPQQLAQVQA
SIQNMAEVSVK
NT seq
7596 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagccataccccttcacagcctcaaccttcaaccgataaaaaagccgataaaaggcta
aataaacgcttgaaagatatgcccattgccatcgttggtatggcgagtatctttgcaaac
tcacgctatttaaataagttttgggatttaatttgcgacaagattgatgccattaccgac
gtgccagccagccattgggcgattgatgactattacgacgtggataaatccaaggccgat
aaaagttactgcaagcgcggtggctttatgccagaggtcgacttcaatcctatggagttt
ggtctgccgcccaatattttggaactcaccgacagctcacaattgctttccctcgtcgta
gccaaagaagtgctgcaggatgccaatctgccagacgattacgaccgtgaccgcatcggt
atcacccttgggattggcggcgggcaaaagctaagccatagcctcaacgcgcgcctgcaa
tatcctgtgcttaaaaaagtatttaaaagcagtggcctgagcgatgaagatagcgagctg
ctgatcaaaaaattccaagaccaatatgtccactgggaagaaaactccttccccggctcc
cttggcaacgtgattgccggacgcatcgccaaccgtttcgatttaggtggaatgaactgc
gtcgtcgatgccgcctgcgcaggatcgcttgccgccatgcgtatggcgctcaccgaactg
accgaaggtcgcagcgacatgatgatcaccggcggtgtctgtaccgacaactcgccttac
atgtatatgagtttctcaaagacacccgcctttaccaccaacgagcaaatccaacccttc
gatatcgactctaagggcatgatgattggcgaaggcatcggcatggtcgccttaaaacgc
ctcgacgatgccgagcgcgatggcgaccgtatttatgcggtaatcaaaggcgtaggcgcc
tcatcggacggtaaatttaagagcatttatgcgccgcgccccgaaggccaagccaaggca
ctagagcgcgcctatgatgacgcgggctttgcgccgcacactgttggcttgattgaggcc
cacggcacaggcacagccgcaggcgatgtagcggaatttactggtttaagctcagtgttt
tctcaggataacgcgcagttacagcatatcgccttaggctcagtcaaatctcaggtgggc
cacactaaatccaccgcgggcacggcgggtgtgattaaggccgcgctggcactgcaccat
aaagtattgccacccacgattaacgtcagcaagcccaatcctaagcttgagattgatcgc
tcgcccttttatctcaataccgaggcgcgcccttggatccaacgcagtgatgatacgccg
cgccgcgctgggataagctccttcggttttggtggcacaaacttccatttagtactcgaa
gaataccgcccagatcacacgcgcgatgacgcctatcgtcaacgcagcgtggcacaaatc
ctactgtttgcggctaacgataaaaccttgctactgaacgagttaaaagctgttttacaa
caagcaagctcagctaaggcggagctttctgaggcgcattttattcagtttgctaaaccc
tacgccctgcgagaaattacgccgcaatcggcccgtcttggctttatcgccaaagactat
gcccagttacagactctgttaacccaagcgatagcgcagcttgaagccaataacgctgag
agctggcaattaccttctgggatcagctaccgcgccaaggccttagtcaatgagcaaacc
aagatcgccgcgctatttgctggtcaaggcgcgcagtacctgaatatgggactggagctt
gccaataacttccccgagcttcgccgccatatccacgccagcgataaagtgtttagtacc
catggtaagcctgcgctttcaagcgtgctctatcctattccagcctttgatgatgagtcg
ataaaagcgcaggaaacggcattaaccaacactctgtatgcccaaagcgccatcggcgcg
ctctcaatggcgcagtacgccctgtttactcaggcaggtttcgccccagatatgctggct
ggtcatagcttcggtgagctttcggccctgtgcgccgcaggggttatctcaatggatgac
tacatcaaacttgcctttgagcgtggacaggcgatggcgcagtcatcccaagataccgat
gcgggtgttatgtatgcagtgatccttaagcaaaaacaagatattgaggtaatcaacggt
tgccttgcgcagtttgaaggcgtcaaagttgccaactacaactcacccactcagctggtg
attgcaggcgctagtgccgccacccaacaggcggctaaggccattagcgagttaggcttt
aaggcgattgccctgcccgtttctggcgcctttcacacgccattggttgcccatgcacaa
aagccctttagtgcagccatcgataaggctcagttcaacacgccaaagattgccttatat
gccaatggcacaggccagctgcatcctatcgatgccaacgccatcaaagctgccttgaaa
gatcatatgttgcaatcggtgcactttagcgagcagctagaagccatgtatgccgcaggc
gcacgggtgtttgtcgagttcggcccaaaaaacattctgcaaaagttaactgaaaatacc
ctcgcggcgcagttaaacgagctgtgtattatcagcattaaccctaatcccaagggcgat
agtgacagccaactgcgcagcgccgcagtgcaactggcggtggcgggggtaaaactccgc
gagattgatccgtatcaagcagagttaattgccccagcagcaacatcggccatgaatata
aaactcaatgccaccaactacatcagcccagcgacccgcagcaaaatggtcgattcgctg
caatcgggcaaaattaccagccaagtgcagtatgtggatcgcatcgttgaaaaagtggtt
gagaaagttgttgaaaaaccagtgattgtcgaaaaaattctagaaaaggttgtcgaagtg
gaaaagcccgtggcacaaaatagcaataatattcaacagcaaacgcctgcacagccagcc
agctttaccgctggacagacgaatcaagatgccctgagcgccttttttgccgcccaaacc
caggcagcgcaattacatcaacaatttttggccattccgcagcaatacggcgatacagtc
agcgcactgatggcagagcaagccaaaatggcaagccttgggatcgctattccagagagc
ctacaacgctcaatggaactgttccatcagcaccaagcgcaaaccctaaaaagtcatagt
gactttatgcaattgcaaaccagcagtagccaagcagtactggcattattaggtcaaatg
ccagcgtctcaggttcaagcccccattcaagccgctgcaccagtggcagtagcagtgaca
aaacctgtcgttccagcacaggcccccgtggttcaagggttggccgcagagcctaaagtg
actgctgtgcctgtgagcgagcccacagttcagcaacctcaagtagcactggcacaagta
gcacagacaaaagtaactcagccaccattagcgcaaccacaagtacaaactgtggccgca
caaaccagtgcgcttcaagtaaagcctgccttgcagcaaatcgagcacgctatgctctca
gtggtggcagacaagaccggctatccggttgaaatgttagaacttagcatggatatggaa
gcggacttagggatcgactccattaagcgcgtagaaattctaggcacagtgcaggatgaa
ttaccgaacctgccagaactcagcccagaagatttagccgagtgccgcaccctaggggaa
attgtggcgctatttagccaagcagctcctgtaacatctgcgaccactgttagccatgct
acacaaagtgccgtagccgcaagcgcggcggtttccaatgatgagattgagcgcactatg
atggcggtcgtggccgacaagactggctatcccgttgaaatgctggaactcagcatggat
atggaagccgaccttggcattgactccattaagcgcgtggaaattctaggcacagtgcag
gacgaattacccaacctgccagaactgagcccagaagatttagccgagtgccgtacccta
ggggaaattgtggcgctatttagccaagccgtcccagtggcagcacaaacctttgcagcc
atggcagcaacgaatcctcaggttgtcgcctctgccgtcacgccaattgcggccgtatcc
gatggcgagattgagcacactatgatggcggttgtggccgataaaaccggttatcccgtt
gaaatgctggaactcagcatggacatggaagccgaccttggaattgactccattaaacgg
gtggagattttaggcacggtgcaagataagctgccaaatctgccggaactcagcccagaa
gatttagccgagtgccgaaccttaggggaaattgcggcgctctttagccaagcggctcct
gtaacagctgcggccacagttagccatgcgacacaaagtgcaatagctgcaagggcggcg
gtttctaatgatgaaattgagcgcactatgatggcggttgtggccgataaaaccggttat
cccgttgaaatgcttgagctaagcatggacatggaagccgaccttggtatcgattccatt
aagcgcgtggaaattctaggcacagtacaagaccaactgccaaacttgccagaactcagc
ccagaagatttagccgagtgtcgtaccttgggtgaaattgtcgccctctatgctggttcg
caatcatcaagtgaggcgctacaacaaaaccatgctgcgacaattcaagagactcaagag
gctattgcaaaaaccgtcgaggaaaccatcgacctgccgccccatagtgaggtgatgcta
aaaaagttgccagcggcggctgagttagcgcgcatcatcgcaactagcgatgttcaactg
acggcaaacagttacgtcgttatcggcgacgatggccacaacgcgggggtgattgccgaa
aagcttcacgcccaaggtgttaaggtcgcggttgtacgctcacctaaaacggttgtgacc
agcgcatcgccactcgatagccatattgccagcttcacgctggaggctattgatgatgaa
agcatttgtgaggtcatcaatcagattgaagcgcttggccaaatcgccggttttattcat
ctgcagccacagcataaatccgttgccgataaaggtgctggcttagtgctggtagatgaa
gccaaagcttcggtcgagcaagccttcttgttcgccaaattcttacaaccgcttttaact
gaacgtgactattgccgctttgtcaccgtcagctgtatagacggtggctttggctatatc
ggcatggacgagtcggtaggtgccctcatcagccagagtgaactcaaccaagcggcgctc
tttggactcactaaaaccttaaatcacgagtggccgggagtggtctgccgcgcgctggat
atcgcgccaaacttggacgctaaaacggtcgccaatgcggtggtgcaggaatactacctt
caagatgcgccggtcgaagtcggtattgatagcaactttgatcgcgtgacattagttgca
ggcaccgctgcacttcgccatccacccgccgtccttagcaatgcagataaaatactggtc
acgggcggtgctaaaggtgtcacttttgaatgcgccttaagcttagcaaaacgctgtcag
gcacattttttcctcgctggccgtagcgcccaccaagtgatccctgcatgggcagaggga
aaaaagagcaacgaactcaaagccgcagccattgcgcacctgcaaagccttggtgataaa
cccacaccaaaacaagtggacgccttagtatggcccgtgcagagcagccttgagatcagc
catgctttagccgcctttgatgccattggcgccagcgctgagtacttaagtgtggatgtc
aacgaccctgcggccattgccagcaccattgcgcccattaacgcactatcgcctatcact
gggattattcacggtgcgggagttctagccgataaacatattcaagacaagaccttaaat
gaatttgaacgtgtctatggtactaaggtcaccgggcttaataatctgctgtcaacgctg
gatcttagccaagtaaaactgattgcactgttctcttcggcggcgggtttttacggcaat
accggccagagcgactacgccatgtctaacgacattctcaataaagccgcgctgcaactt
gcgcagcaattaccacaagccaaggtgatgagcttcgactggggtccttgggatggcggc
atggtcaatccagcgctgaaaaaaatgtttattgaccgcggggtttatgtcattccactc
aaagcgggtgccgagttatttgccagccaattattgagtgatacaggcgcacagctgttg
gtcggaaccgatatgcagggcaataccgccaatgccgttgaagttgcatcagcaaaaaag
cctgaagcggatctagccacagcgttagatccgcagcctatggcccaaacggtgccgcag
agcattcgcgtcatgcgcagcctcgaccctaaacgcatgagctttattgaggatcattgc
atcaatggtcatgcggtgttgccaacggtatgcgccatcgattggatgcgtgaggccgcc
aaggcccatttaggtacggcggtgagtgtcagcgattatcgactgctcaagggagtaatc
ttcgatgaggcgctgcttgcacgcaatgcgcctattgagctcgaattgatgctcacgccg
cttgctgacgctgcacaacaatcgactgaggcgttagccgcgctgataagctttgaaggt
cgcccgcagtatcaggcggtgttagtggcgcagacggatgatatgccagacgcgcagcgt
ttcgaggttggcgagttgcattctctgatacaggagatggcacagcaacccgctatcgcg
aaccgcgagtcgctctacagcgatggcaccttgttccatggcccgagactgcaaggcata
agcgaagtgctcacctttgatgaccaacatcttatggccaaagtagaactgccacaggtg
gccttagacgactgcggcaagtttgcgccaaagcttgaggataagggtacacaacccttt
gccgaagatctgttattgcaggccatgctcgtgtgggctcgccttaaatatcaagcggca
agcttacccagcacgattggcgagtttgtttcctatgcgcccttgagctttggtgaaaag
gcagtattagtgctggatgtgcttaagcactcgtcccgctcgcttgaggcgaatattgcc
ctctaccatcaggatggccgtttaagctgcgagatgaaacgagcaaaagtcacgatcagt
aagacgcttaaccaagcatttttggctaataaacctcaacaactggcgcaagtgcaggca
tcaatccaaaacatggccgaggtaagtgttaagtga
DBGET
integrated database retrieval system
