Spathaspora passalidarum: SPAPADRAFT_143625
Help
Entry
SPAPADRAFT_143625 CDS
T03101
Name
(RefSeq) hypothetical protein
KO
K12604
CCR4-NOT transcription complex subunit 1
Organism
spaa
Spathaspora passalidarum
Pathway
spaa03018
RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
spaa00001
]
09120 Genetic Information Processing
09123 Folding, sorting and degradation
03018 RNA degradation
SPAPADRAFT_143625
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03019 Messenger RNA biogenesis [BR:
spaa03019
]
SPAPADRAFT_143625
Messenger RNA biogenesis [BR:
spaa03019
]
Eukaryotic type
mRNA surveillance and transport factors
mRNA cycle factors
P-body specific factors
SPAPADRAFT_143625
mRNA degradation factors
3'-5' decay
Ccr4-NOT complex
SPAPADRAFT_143625
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
Not1
CNOT1_CAF1_bind
CNOT1_HEAT_N
CNOT1_TTP_bind
DUF3819
ARM_Cnot1
CNOT1_HEAT
NOT1_connector
ARMC9_ARM
DUF2420
BACK
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
18870558
NCBI-ProteinID:
XP_007377516
JGI:
143625
UniProt:
G3AUI9
LinkDB
All DBs
Position
Unknown
AA seq
1942 aa
AA seq
DB search
MSFKELLIEIGPEHLLPEKLLPSLLQIKPQEIDQAIALILAEVLIPGSQGLNQGLTFANN
LPESNAKGAQLQASFRAIEAGGQLNINWYEVFNYVSQYLFESSQRNIQPSLASITQFLSS
LDFKQEPIDIFLNYEWWFNKTLLYILHTLDSSQGGYDISLSKNLAYCFEEDKNEPPQQQQ
QSPQPPPRNILKFINIGKLELQVITKIQQQQQQQQQLSEQDRKLNVFLNQLFEHDYRVFP
EYILAAALTVVEKSQFINDLIDTLFSLLMDGDSVALPKVLKLLKESGLVLGKLCDYYKIR
KTVEAGGKIMRSASSIGLVQDILDVFWQADIKLAVKLLVEASLYGYDYKSVIESKLKDNQ
LKAQFYQALLEAVDERAQKDYEKGQQQQQQQGQPQPIPTNHVFLKIPIVYYLLEKLKSSN
GLIDSEKLKNLQLSLLTTYPRLINFGNGHDEAILANEEKSPFFPQNVELEMKTYYSKMYN
KEVEIKDIVDMLVKMKVSDEPHHQDVFACMIHSLLDEYKFFSEYPLSALASTSLLFGALL
EKDLIQGTTLTVALNFIWESCNQPQDSHLFKFAVQSLYNFKSRLHEYPIYCKHLLECRSL
SAHAKMYQIVKDAANGIPCAAGTGGASQSQTGTPEPTGPKYQSITVVDKTIGYTKQEEPT
ESVRDKLLFSVNNMTSDDLRLNEIKEFLTENYFAWFSNYLVVDRAKAEPNNHELYSKLVK
EFDNVIFFEYVLNTSLKEVDYIVRNFKDSRNERNQLKNLGAWLGRITLADDKPLRRDHIV
LKFLLVESYDFKSLSLMIPFVCKVLDQAQHSKIFRPPNPWILGILKVLAELYECADLKLQ
LKFEIEVLLNSFHMKITDIEPSTLIRSHNPNPTALAAMFGIHPETVTLANEISRLNLESQ
PLENVQVPFPQPQIVESKFPGQVQVPLPAEQQQQPQQAQVPVLDTSFSTLLGTSIFTQHA
NLRRAFQASLSRAVRECALPILSRVSEAVLTTTEALIRKDFSTERDVTKLRNSYQKLAQQ
LSHSMVLCSGRKLLAETIEATLLQLLGNNPNEIPMVELNNAINANVGLCVDIVDKIASDN
IAELIDEKMQKYLYVREHHPPSEPFVEEGTSEYSLRLPEPLGLNSNGLSAQQLRIYETFG
DNANIRPAEVAGAAATTVGAVAGTAAAAAVAVDSAIQPAVVPPPQQQVVPEEAGVSFEQL
FAAITANCEKAVQLVSEVTETRLSDLPPTHPIMTCLTQALAIAQSNTLKYPELLLKAAQY
AVNCLFTQTHENPMCNEIYVVVLDKLCEYSPSTAKDVTWWLVHSSDQRKFNMPVILSLVK
VQLVQPTKLDTSIGKLINESQNPVVVKFAAGLLYNIFSSEEVRPIALRSEFGYTIDALSK
YHGDETEEHKVAQEAVNKLFAKLDEEKKVDGGDVTNQLYGQLGYIFSEWIKLLNHGEDCH
ELQDEFIHGLIEEEILTNPRYFQVFFKAGIEISVTAFATEHEIRSRTQHETYLAVDSLAK
LIVKIVLSIEGEGQAMDYFKKILSVILLVLINDHEAARSANVGATSGNWNERAYFRFFSS
LLSIWSDVGEATSQLDQEFFVFIGEVFYSIQPIILPGLTFAWVSLISHRMFLPKLLELPE
KQGYPTVVKLLMAVLKFQSVYGKDANNHDVINVIFKAVNRVFIGILHDYPEFLVECHYQL
VTAIPSGYTQLRNIVLSAVPANVSVPDPFTQGLKVERLPEINDSPVINYLPVEDLVKAGL
KKPVENFLRIPSSALIRTIYSGFKLSQPKDGDVHYNVKLINALVLHVGISAVDERNTPAS
IGGGRGFNTKSSQVTLLVDLMNYGSVEFKFHMINAIANQLRYPNSHTHWFIGIILHFFSS
NSIWGNANVKVEVQEIITRVLLERRIVCKPHPWGLTIVFTELVKNGDYGFFELSFVKNSV
EEIKNIFDALAINVKGGNPGDV
NT seq
5829 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcattcaaggaattattaattgaaattggacccgaacatttattacctgaaaagctc
ttgccaagtttattacagatcaagcctcaagaaattgaccaagccattgcacttattttg
gctgaagtattgattccaggttcccaaggcttgaaccaaggattaacatttgctaacaat
ttaccggaatccaacgctaaaggcgctcaactccaagcaagttttagagctatcgaagct
ggtggacaattgaacattaattggtatgaagttttcaactatgtctcacaatatttattt
gaatcttcccaaaggaatatccaaccttcattagcaagcattactcaattcttatcatct
ttggattttaaacaagaaccaattgatatctttttgaattatgaatggtggtttaacaag
acattgttgtatattttgcatactttagattcatctcaaggtggttatgatatttcatta
ctgaagaacttggcttattgtttcgaagaagacaagaatgaaccacctcaacaacaacaa
caatcaccccagcctccgccaagaaacatcttgaagtttatcaatattggcaaattggaa
cttcaagtaatcaccaagattcaacaacaacagcaacaacaacaacaattgagtgaacaa
gatagaaagttaaatgtatttttaaatcagcttttcgaacacgattatagagtgttccca
gagtatattcttgctgccgcattgactgtagtggaaaagtcacaattcataaatgattta
attgatactttattttcattattaatggacggtgacagtgttgcattacccaaagttctc
aaattattgaaagaatcaggattggtccttggtaaattgtgtgattattacaagattaga
aagactgtggaggcaggtggtaaaatcatgagactggcctctagtattggattagttcaa
gatatattggatgtattttggcaagctgatattaaattagcggtgaaacttttagtggaa
gccagcctttatggatatgactataaactggttattgaatctaaacttaaggataatcaa
ttaaaggctcaattttatcaagcattattagaggctgttgacgaacgtgcccaaaaggat
tacgagaagggacaacagcaacaacagcaacagggtcaaccacagccgattccaacaaac
catgtatttttgaaaatcccaattgtatattacttgttggaaaaattgaaatctagtaat
gggttaattgattctgaaaaattgaagaatttacaattgtcattgttaactacttatcca
agattgatcaactttggaaatggtcatgatgaagctattcttgccaatgaagaaaagtcc
ccattcttccctcaaaatgttgaacttgaaatgaagacttactattccaaaatgtataac
aaggaagttgaaattaaggatattgttgatatgttggtcaagatgaaggttagtgatgaa
ccacatcatcaagatgtatttgcatgtatgattcattcattattggatgaatacaagttc
ttttccgagtacccattgtccgcattggcttctacttcgttattatttggtgcattatta
gagaaggatttaatccagggtactacattgacagttgcattgaacttcatctgggaatca
tgtaatcaaccacaagattctcatcttttcaagttcgcggttcaatcattgtacaatttc
aagtcaagattacatgaatatcctatttactgtaaacatttattggaatgtcgttcatta
tctgctcatgctaagatgtatcaaattgtcaaggatgcagccaatggtatcccatgtgct
gctggaactggtggtgcaagccaaagtcaaactggtactcctgaacccactggtccaaaa
tatcaatcaatcacggtggtggataagactattgggtacactaaacaagaagagcctact
gaaagtgttagagataagttattgttcagtgtgaacaatatgacaagtgacgatcttaga
ttgaatgaaattaaagagtttttaactgaaaattactttgcatggttttctaattatttg
gtggttgatcgtgccaaggctgaacccaacaatcatgaattgtattcgaaattggttaaa
gagtttgataatgtcattttctttgagtatgtgttgaatacgtcgttaaaggaagtagat
tacattgttcgtaatttcaaggattctagaaatgaaagaaatcaattgaagaatttaggt
gcttggttaggaagaattacattagctgatgataaaccattgagaagagatcatattgtc
ttgaaatttttgttagttgaatcatatgatttcaaatctttatcgttgatgattccattt
gtctgcaaagtgcttgatcaagctcaacactcaaagattttcagaccacccaatccatgg
attttgggtattcttaaggttttagctgagctttatgaatgtgccgacttgaaattacaa
ttgaagtttgaaattgaagttttgttgaattctttccatatgaagatcactgatattgaa
ccaagcacactaattagaagtcacaatccaaacccaactgcattggctgctatgtttggt
attcatccagaaactgtcactcttgctaatgaaatttctcgtttgaatttggaatctcaa
cctttggaaaacgttcaagtaccattccctcaaccacagattgtggaatcgaaattccca
ggtcaagttcaagttccattacctgcagagcaacagcaacaaccacagcaggcacaggtt
cctgtgttggacacctcatttagcaccttacttggtacttccatctttactcaacatgcc
aatttgagaagagcattccaagcatcgttgtctagggcagttcgtgaatgcgcccttcct
attcttagtcgtgtttctgaagcagtattaactaccactgaagcattgattagaaaggat
ttttccactgaacgtgatgttactaagcttcgtaacagttatcaaaaattggcccagcaa
ttatcacatagtatggttctttgtagtggaagaaagttattggctgaaactatcgaagct
actttattgcagttattaggtaacaatccaaatgaaattcctatggttgaattaaacaat
gccattaatgccaatgtgggattatgtgtggatattgtcgataaaattgccagtgataac
attgccgaattgattgatgaaaagatgcaaaagtacttgtatgtgcgtgaacatcatcca
cctagtgaaccatttgttgaagaaggaacttcagaatattctcttagattacctgagcct
ttaggattgaattcaaatggattgagtgcgcaacaattgagaatttatgaaacttttggc
gataatgctaatattagacctgctgaagtggctggcgctgctgccactactgttggtgct
gtcgctggcactgctgctgctgctgctgtagctgttgattctgcaattcagccagctgtt
gttccacctccacaacaacaagtggttcctgaagaagctggtgtttcatttgaacaatta
tttgcggcaatcactgctaattgtgaaaaggctgttcaattagtgtcggaagttacagaa
accagattgagtgatttaccaccaacccatccaatcatgacttgtttgacgcaagcattg
gcgattgcccaactgaatactctcaagtatcctgagttgttattgaaggcagcacaatat
gctgtgaattgtttatttacccagactcatgaaaaccccatgtgcaatgaaatttatgta
gttgttcttgataaattatgtgaatattctccatccacggctaaagatgttacttggtgg
cttgttcattcatctgatcaacggaaatttaatatgccggttattttgtcgttggttaaa
gtgcaattggttcaaccaactaaattggatacttcaattggtaaattgatcaatgagtct
caaaaccccgtggttgtcaagtttgctgcagggttattgtataatattttcagttctgaa
gaagttagaccaattgcattaagatcagagtttgggtatactattgatgcattatctaaa
tatcacggggatgaaactgaagaacataaagttgctcaagaggctgttaataagttgttt
gctaagttagacgaagagaagaaggtggatggtggtgatgtgactaaccaactttacgga
caattgggttatatcttcagtgaatggattaaattgttgaaccatggtgaggattgtcat
gaattacaggacgaatttattcatgggttgattgaggaagaaattttaactaatccaaga
tatttccaagtattttttaaggctggtattgagatttcggttactgcctttgctactgaa
catgagattagaagcagaactcaacatgagacttatcttgctgttgacagtttggccaaa
ttgattgttaagattgttttgagcattgaaggcgaaggacaagctatggactatttcaag
aagattctcagtgttattttgttggtattgatcaacgatcatgaagctgctagaagtgcc
aatgttggtgctaccagtggtaattggaatgaacgggcttatttccgtttcttctcgtcg
ctcttgtctatttggagtgatgttggcgaggctacttctcaattagatcaagaattcttt
gtattcattggtgaagtgttttattcaattcaacctatcatcttaccaggattgacattt
gcttgggtttctttgatttctcatagaatgtttttgcctaaattgttggaattgccagaa
aagcaaggatatcctactgtggttaagttattgatggcagttttgaaattccagctggta
tatggtaaggatgctaataatcatgatgtgattaatgttattttcaaagcggttaaccga
gtctttattggtattttacacgattatcctgaattcttggttgaatgtcactatcaatta
gttactgctattcctagtggatacacccaattgagaaacattgtattatcggctgttcct
gctaacgtatcagttcctgatccgtttactcaaggattgaaggttgagaggttgcctgag
atcaacgacagtcctgtgattaactatttgcctgtggaagatttggtcaaggctggatta
aagaagccggttgagaatttcttgcgtattccttcttcggcattgattagaaccatctac
agtgggtttaagttgagtcaaccaaaggatggcgatgtgcactacaatgtcaagttgatc
aatgcgttggtgttgcatgttggtatatctgccgttgacgaaagaaacacaccagccagt
attggcggtggacgcgggtttaataccaagagcagtcaagttacattgttggttgattta
atgaactacggtctggttgagttcaagttccatatgattaatgctattgccaaccagttg
aggtatccaaacagtcacacgcattggtttattggcatcattttgcatttctttagttcg
aacagtatttggggaaatgccaatgtcaaggttgaggtgcaagagatcatcactcgagtg
ttgttggaaagaagaattgtgtgcaagccacatccgtggggattgactattgtgtttacg
gagttggtcaagaatggagattacgggttctttgaattgctgtttgttaagaatagtgtt
gaggagattaagaacatatttgatgctttggctattaatgtcaagggcggcaaccccggg
gatgtgtag
DBGET
integrated database retrieval system
