Entry |
|
Symbol |
rpoC
|
Name |
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
|
KO |
|
Organism |
sprn Spiroplasma sp. NBRC 100390
|
Pathway |
|
Brite |
KEGG Orthology (KO) [BR:sprn00001]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
S100390_v1c00510 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:sprn03021]
S100390_v1c00510 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:sprn03400]
S100390_v1c00510 (rpoC)
Enzymes [BR:sprn01000]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
S100390_v1c00510 (rpoC)
Transcription machinery [BR:sprn03021]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
S100390_v1c00510 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:sprn03400]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
S100390_v1c00510 (rpoC)
|
SSDB |
|
Motif |
|
Other DBs |
|
LinkDB |
|
Position |
64625..68377
|
AA seq |
1250 aa
MIENNEKNNRMIKIGLANPEDIRSWSYGEVKKPETINYKTLKPERDGLFDEKIFGPTKNF
ECACGKYKKSKNKGKICERCGVEITEAIVRRERMGHIELEEPVSHIWMLKAAPSRIALIL
DMKTKELEEVVYFVSYIVLDSGDAKSLKQKMVLDLGNAKTSAATRQRLTKTLREILDTLE
QGTIAYEAGETMIEDLKNTSLPFSMDECAQFINRHTNARFGIGAEAVEILLKNLNIDDEI
EKIKQDLKDKKTQLDQNKLMKRLEVLDSLKKSGSRPEWMILRAVPVIPPDIRPIIQLDGG
RFTTSEINDLYRRIIIRNERLKKVKAMGAPSVIVNNEKRMLQEAVDALLDNERKARPVTG
KDKRPLKSLTSILKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIAIGPDLKMYQCGLPRDMAITLFK
PFVISKLVKDGLAANIKVAEKLILNQDDKVWEVLEEVIKSRPVLLNRAPTLHRLGIQAFE
PKLVKGKAIRLHPLVTTAFNADFDGDQMAVHVPITDEAVAEARSLMLGSRNILGPKDGKP
IVTPTQDMVLGNYYLTYEEKGQLGEGTIFKDLNEAVIAYETGAVALHALVAIPASGFVNK
KFKSEEMNDYIITTPGKIIFNQIFKEEFPYLNEPNVENLSALPARSLIKDNVNLIEYLEK
WEVNPPFKKKDLSNIIDRYFKIYGANKTAEMLDNMKNLGFKYSGKSGVTVSAGDVKVYDK
KQEEFKEADNKVKEINEYFKMGMLTSREKQHRIINVWSKVKDNIQTELEHVLREDPKNPI
FMMADSGARGNVSNFTQLVGMRGLMNNPKGDIIELPIKSSFREGLTVSEFFISTHGARKG
MADVALKTADSGYLTRRLVDVSQEIIITIKDCNARRGFVVSDIIEQKHSNIIVPLFDRLV
GRYNLKDIKLKNGKVIPANTLLSEEDSAAIVASDIKEVIIRSVLTCEAEKGICQRCYGKN
LATGMEVEIGEAVGTIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGGADITQGLPRIKELLDVTTP
KGSIAVISEIDGVISDIRDESGIHTIYVASDSDERKYKTQYNAVLRVKIGDKVVRGQKLT
EGSINIKELLEVAKIEDVHNYILKEVQRVYRLQGIEISDKYIEIIVKQMLNKVKIIDAGD
TELLPGEIVTIKRYRNETIKAVRSMKKPPTAKHVIFGIKKAPLESESFLSSASFQDTTRV
LVKAIIKGKVDRLEGLKENIMLGHLIPAGTGLKNPKDIITAGIAAKAEEY |
NT seq |
3753 nt +upstreamnt +downstreamnt
atgattgaaaataatgaaaaaaataatcgtatgattaagatcggtttagcgaaccccgaa
gatattcgcagttgatcatatggagaagtaaaaaaaccagaaacaattaattataaaact
ttaaaaccagaacgagatggtttatttgatgaaaagatttttgggccaactaaaaatttt
gaatgtgcttgtggaaagtataaaaaatcaaaaaataaaggaaaaatttgtgaacgttgt
ggggttgaaatcactgaagcaattgttcgccgtgaacgaatgggacacattgaattagaa
gaaccagttagtcatatttgaatgttaaaagcagcgccaagtcgaattgcgttaatttta
gatatgaaaacaaaagaactagaagaagttgtttattttgtgtcgtatatcgttttagat
tctggtgatgctaaatcattaaaacaaaaaatggttttagatttaggaaatgctaaaact
tcggcggcaactcgtcaacgtttaacaaaaaccttacgagaaattttagatacattagaa
caaggcactattgcttatgaagctggtgaaacaatgattgaagatttaaaaaatacttca
ttacctttttcaatggatgaatgtgcccagtttattaatcgtcatactaatgctcgattt
ggaattggagctgaagcagttgaaatattattaaaaaatttaaatattgatgatgagatt
gaaaaaattaaacaagatttaaaggataaaaaaacgcaattagatcaaaataaattaatg
aaacgtttagaagtgttagactcattaaaaaaatcaggttcacgcccagaatgaatgatt
ttacgagcagttccagttattccaccagatattcgtccaattattcaattagatggtggt
cgttttactacttcagaaattaatgatttatatcgtcgtattattattcgaaatgaacga
ttaaaaaaagttaaagcaatgggggctccaagtgttattgttaataatgaaaaaaggatg
ttacaagaagctgttgatgcattattagataatgaacgaaaagcacgtccagtaaccgga
aaagacaaacgaccattaaaatcattaacaagtattttaaaaggaaaacaaggtcgtttc
cgtcaaaacttattaggaaaaagagttgattattcagggcgttcagttattgcgattggt
cccgatttaaaaatgtatcaatgtgggttacctcgtgatatggcaattacattgtttaag
ccatttgttattagtaaattagtaaaagatggtttagcagcaaatattaaagttgcggaa
aaattaattttaaaccaagatgacaaagtatgagaagttttagaagaagtaattaaatca
cgaccagtgttattaaaccgtgccccaacattgcaccgtttaggaattcaggcttttgaa
ccaaaattagttaaaggaaaagcaatccgtttgcaccccttagtaacaacagcttttaat
gctgactttgatggtgaccaaatggcggttcatgtgccaattacagatgaagcagttgct
gaagcacgtagtttaatgttaggaagtcgtaatattttaggaccaaaagatgggaaacca
attgtaacgccaacccaagatatggtgttaggaaattattacttaacatacgaggaaaaa
ggacagttgggggaaggaacaatttttaaagatttaaacgaagcagttattgcttatgaa
actggagctgtagctttacatgccttagttgcaattcctgctagtggttttgttaataaa
aaatttaaatctgaggaaatgaatgattacatcattacaacaccaggaaaaattattttt
aaccaaatttttaaagaagagttcccatatttaaatgaaccaaatgttgaaaacttatca
gcattaccagcccgttcattgattaaagataatgttaatttaattgaatatttagaaaaa
tgggaagtaaatccaccatttaagaaaaaagatttatcaaatattattgatcgttatttt
aaaatttatggtgctaacaaaactgctgaaatgttagataatatgaaaaatctagggttt
aaatactcaggaaaatcaggagtaactgtttcagcgggcgatgttaaggtttatgataaa
aaacaagaagagtttaaagaagcagataataaggttaaagaaattaatgaatactttaaa
atgggaatgttaacaagtcgtgaaaaacaacaccgaattattaatgtgtgatcaaaagta
aaagataatattcaaacagaattagagcatgttttacgagaagaccctaagaatccaatc
tttatgatggctgattcaggagcacgggggaatgtttcaaactttacacagttagttgga
atgcggggcttaatgaataaccctaaaggagatattattgaattaccaattaagtcttcg
ttccgagaaggattaaccgtatcagagttctttatttcaacccatggggcgcgaaaagga
atggctgatgtggcgttgaaaaccgccgattcaggttatttaacaagacgtttggttgat
gtttcacaagaaattattattacaataaaagattgtaatgctcgtcgtggttttgttgtt
tctgatattattgaacaaaagcactcaaatattattgtgccattatttgatcgcctagtc
ggacgttataatttaaaagacattaaattaaaaaatggtaaagtaattccagctaataca
ttgttatcagaagaagatagtgcagcgattgttgctagtgatattaaagaagtaattatt
cgttctgttttaacttgtgaagctgaaaaaggaatttgccaacgttgttatgggaaaaac
cttgcaacaggaatggaagttgaaattggtgaagcagttggaacaattgccgcacaatca
attggagaaccagggacacagttaacaatgcgtactttccatactggaggggttgccggg
ggagctgatattactcaagggttaccacggattaaagaattattagatgttacaacacca
aaaggatcaattgctgttatttcagaaattgatggtgttattagtgacattcgtgatgaa
agtggaatccataccatttatgttgcgtcagatagtgatgaacgaaaatataaaacacaa
tataatgctgttttaagagttaaaattggtgataaagttgtccgtggtcaaaaattaacg
gaaggttcaattaacattaaagaattattagaagttgctaaaattgaagatgttcacaat
tatattttaaaagaagtgcaacgtgtttatcgtttacaaggaattgaaatttcagacaaa
tatattgaaattattgttaaacaaatgttgaataaagttaaaattattgatgcgggagat
actgaattattaccaggtgagattgtgacaattaaacgttatcgtaatgaaacaattaaa
gctgtccgctcaatgaaaaaaccaccaacagctaaacatgttatttttggaattaaaaaa
gcaccattagaatcagagtcattcttatcgtcagcttcattccaggatacaacgcgggta
ttagttaaagcgattatcaaaggaaaagttgatcgtttagaaggcttaaaagaaaatatt
atgttaggacatttaattccagctggaacaggattaaaaaatcccaaagatattattacc
gccggaattgctgctaaagctgaagaatattag |