Pseudosulfitobacter pseudonitzschiae: SULPSESMR1_00476
Help
Entry
SULPSESMR1_00476 CDS
T04974
Name
(GenBank) collagen triple helix repeat (20 copies)
Organism
spse
Pseudosulfitobacter pseudonitzschiae
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
Collagen
BapA_N
HCBP_related
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ASM71310
UniProt:
A0A221JXE8
LinkDB
All DBs
Position
508055..511765
Genome browser
AA seq
1236 aa
AA seq
DB search
MSDTRLVADTPKDIRIAATQDEIRNYAKSSDNLIINLNDGDKITVEDFFLKGPNGEVSRL
LYADGTFTSVDGNVETLTSGGLGTGMDSGGTIAVAAGLAGLAGLAAASSGSDGALGETGA
TGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGA
TGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGATGETGA
TGETGATGDTGDSLLEPVTNLLDNVTDLLQDVVGLVDGLLGGDLLDPVTDVVDGLLGGGA
GDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGE
SLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGESLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGL
LDPVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGESLLD
PVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLD
PVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLD
PVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGDGLLD
PVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGESLLDPVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPV
TDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGESLLDPVTD
VVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTD
VVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTD
VVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTGLVDGLLGGGAGDGLLDPVTD
VVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTD
VVDGLLGGGAGEGLLDPVTGLVDGLLGGGAGDGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTD
VVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTGLVDGLLGGGAGDGLLDPVTD
VVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGEGLLDPVTDVVDGLLGGGAGDGLLDPVTD
VVDGLLGGGGGTPLDPVTDLIGGLFDGFDTSFDDAA
NT seq
3711 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcggacacacgccttgtagcagacaccccgaaagatattcggattgcagcaacgcaa
gatgagatcaggaattacgccaaatcttcggataatctgattattaatcttaatgacggt
gacaaaatcactgtagaggatttttttctgaaagggccaaacggggaagtcagccggttg
ctctacgcggatggaactttcacatctgtcgatggaaatgttgaaaccctgacatccggt
ggtctgggcacaggaatggactcgggcggaactatcgccgttgccgcgggcctcgcgggt
ctggcaggccttgccgctgcgtcgtccggctctgatggcgccttgggcgaaaccggcgcg
acaggcgaaaccggtgcaacgggtgaaaccggcgcgacaggcgaaaccggcgcgacaggc
gaaaccggcgcgacgggcgaaactggtgcgacaggcgaaactggtgcgactggtgaaacc
ggcgcgacgggcgaaactggtgcgacaggcgaaaccggcgcgacaggcgaaaccggcgcg
acgggcgaaactggtgcgacaggcgaaactggtgcgacaggcgaaaccggcgcgacgggc
gaaactggtgcgacaggcgagactggtgcgacgggcgaaaccggtgcgacgggcgaaacc
ggtgcgacgggcgaaaccggtgcgacgggtgaaaccggcgcgacgggtgaaaccggtgcg
actggcgaaactggtgcgacgggtgacaccggcgattcattgctcgaacccgtgacaaac
ctcctcgataatgtgaccgatcttcttcaggacgtcgttggattggtcgatggcctgctt
ggtggtgacctgctcgaccccgtgaccgatgtggtcgatggcctgctgggcggcggcgct
ggtgatggcttgcttgatcccgtgaccgatgtggttgatggccttttgggcggcggcgct
ggtgagggcctgctcgatcctgtgaccgatgtggttgatggcttgctgggcggcggcgca
ggtgatggcctgcttgatcccgtgaccgatgtggttgacggcctgctgggtggcggcgaa
agcctgctcgatcctgtgaccgatgtggttgatggcttgctgggcggcggcgctggcgag
gggctgcttgatcccgtgaccgatgtggtcgatggcctgctgggtggcggcgaaagcctg
ctcgatcctgtgaccgatgtggttgatggcttgctgggcggcggcgctggtgagggcctg
cttgatcccgtgaccgatgtggttgacggcctgctgggtggcggcgcaggtgatggcctg
cttgatcctgtgaccgatgtggttgatggcttgctgggcggcggcgctggcgagggtctg
cttgatcccgtgaccgatgtggttgacggcctgctgggtggcggcgaaagcctgctcgat
cctgtgaccgatgtggttgatggcttgctgggcggcggcgctggcgaggggctgcttgat
cctgtgaccgacgtggtcgacggccttttgggcggcggcgctggcgaggggctgctcgac
cctgtgaccgatgtggtcgatggccttctgggcggcggcgctggcgaggggctgcttgat
cccgtgaccgatgtggtcgatggccttctgggcggcggcgctggcgagggtctgctcgac
cccgtaaccgacgtggttgacggccttctgggcggcggcgcaggtgatggcctgcttgac
cctgtgaccgacgtggtcgatggcttgctgggcggcggcgctggcgagggtctgcttgat
cccgtgaccgatgtggtcgatggccttctgggcggcggcgctggtgatggcttgctcgat
cccgtgaccgatgtggtcgatggccttttgggcggcggcgctggtgagggcctgctcgat
cctgtgaccgatgtggttgatggcttgctgggcggcggcgctggtgatggcctgctcgac
cccgtgaccgacgtggtcgacggcctgctgggcggcggcgctggcgatggcctgcttgat
cccgtgaccgatgtggttgacggcctgctgggtggcggcgaaagcctgctcgatcctgtg
accgatgtggttgatggcttgctgggcggcggcgctggtgatggcctgctcgaccccgtg
accgatgtggtcgacggccttttgggcggcggcgctggtgatggcctgcttgatcctgtg
accgacgtggtcgacggccttttgggcggcggcgctggcgaggggctgctcgaccctgtg
accgatgtggttgacggcctgttgggtggcggcgaaagcctgctcgatcctgtgaccgat
gtggtcgatggccttctgggcggcggcgcaggtgatggcctgcttgatcctgtgaccgac
gtggtcgacggcctgttgggcggcggcgctggcgaggggctgctcgaccctgtgaccgat
gtggtcgatggccttctgggcggcggcgctggcgaggggctgcttgaccctgtgaccgac
gtggtcgatggcttgctgggcggcggcgctggcgagggtctgcttgatcccgtgaccgat
gtggtcgatggccttctgggcggcggcgctggtgatggcttgctcgatcccgtgaccgat
gtggtcgatggccttttgggcggcggcgctggtgagggcctgctcgatcctgtgaccgat
gtggttgatggcttgctgggcggcggcgctggtgatggcctgctcgaccccgtgaccgac
gtggtcgatggcttgctgggcggcggcgctggtgagggtctgctcgatcccgtcaccggt
ctggtcgatggccttctgggcggcggcgctggtgatggcctgcttgatcccgtgaccgat
gtggtcgacggccttctgggcggcggcgctggtgatggcctgcttgaccccgtgaccgat
gtggttgacggcctgttgggcggcggcgctggtgagggtctgcttgaccccgtgaccgat
gtggttgacggcctgttgggtggcggcgcaggtgatggcctgcttgaccctgtgaccgac
gtggtcgatggcttgctgggcggcggcgctggtgagggtctgctcgatcccgtcaccggt
ctggtcgatggccttctgggcggcggcgctggtgatggcctgcttgatcccgtgaccgat
gtggtcgacggccttctgggcggcggcgctggtgagggtctgctcgaccctgtgaccgat
gtggttgacggccttctgggcggcggcgctggtgagggcctgcttgatcccgtgaccgat
gtggtcgacggcctgctaggtggcggcgctggtgagggtctgctcgatcccgtcaccggt
ctggtcgatggccttctgggcggcggcgctggtgatggcctgcttgatcccgtgaccgat
gtggtcgacggccttctgggcggcggcgctggtgagggtctgcttgaccccgtgaccgat
gtggttgacggccttctgggcggcggcgctggtgagggcctgcttgatcccgtgaccgat
gtggtcgacggcctgctaggtggcggcgctggtgatggcctgctcgaccccgtgaccgac
gtggtcgatggcctgttgggcggtggtggcggcactccgcttgacccggtgaccgatttg
atcggtggtctgtttgacggttttgatacctcgttcgacgacgcggcctaa
DBGET
integrated database retrieval system
