KEGG   Sinocyclocheilus rhinocerous: 107717204
Entry
107717204         CDS       T04916                                 
Name
(RefSeq) collagen alpha-1(I) chain-like
  KO
K06236  collagen type I alpha
Organism
srx  Sinocyclocheilus rhinocerous
Pathway
srx04510  Focal adhesion
srx04512  ECM-receptor interaction
srx04518  Integrin signaling
srx04820  Cytoskeleton in muscle cells
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:srx00001]
 09130 Environmental Information Processing
  09133 Signaling molecules and interaction
   04512 ECM-receptor interaction
    107717204
   04518 Integrin signaling
    107717204
 09140 Cellular Processes
  09144 Cellular community - eukaryotes
   04510 Focal adhesion
    107717204
  09142 Cell motility
   04820 Cytoskeleton in muscle cells
    107717204
 09180 Brite Hierarchies
  09183 Protein families: signaling and cellular processes
   00536 Glycosaminoglycan binding proteins [BR:srx00536]
    107717204
Glycosaminoglycan binding proteins [BR:srx00536]
 Heparan sulfate / Heparin
  Extracellular matrix molecules
   107717204
SSDB
Motif
Pfam: Collagen COLFI VWC VWC2L_2nd
Other DBs
NCBI-GeneID: 107717204
NCBI-ProteinID: XP_016379370
LinkDB
Position
Unknown
AA seq 1273 aa
MFSFVDIRLALLLSATVLLARGQGEDDRTGGSCTLDGQVYNDRDVWKPEPCQICVCDSGT
VMCDEVTCEDTTDCLNPVIPHDECCPVCPDDEFQEPSVEGPRGPAGEKGDRGPRGLPGER
GRSGPPGAAGARGNDGAAGAAGPPGPTGPAGSPGFPGGPGTKGEVGAQGSRGAEGPQGTR
GEPGNPGPAGAAGPAGNNGADGAPGLKGAPGASGIAGAPGFPGPRGPPGAAGAAGAPGPK
GNTGEVGTPGSKGEAGAKGEAGAQGVQGPPGPPGEEGKRGARGEPGSAGTRGPPGERGAP
GGRGFPGADGSAGPKGATGERGGPGAVGPKGATGEPGRNGEPGMPGSKGMTGSPGSPGPD
GKTGTPGASGQDGRPGPPGPLGARGQPGVMGFPGPKGAAGEAGKPGERGVMGALGATGAP
GKDGDVGAPGAPGTAGPAGERGEQGPAGPPGFQGLPGPQGSTGEPGKSGEQGLPGEAGAL
GPVGSRGDRGFPGERGAPGPAGPAGARGSPGSAGNDGAKGDAGAPGASGAQGPPGLQGMP
GDRGSAGLPGLKGDRGDQGAKGADGALGKDGIRGMTGPIGPPGPAGAPGDKGETGAPGLV
GPNGARGPPGERGETGSSGPAGFAGPPGADGLPGAKGEPGDNGAKGDAGLPGPAGATGTP
GPQGPVGSTGPKGARGAAGPPGATGFPGAAGRVGPPGPAGNAGPPGPSGVPGKEGQKGNR
GETGPSGRTGEVGAAGPPGAPGEKGAPGAEGPSGSSGIPGPQGIAGQRGIVGLPGQRGER
GFPGLSGPSGEPGKQGPSGPSGERGPPGPMGPPGLAGSPGEPGREGTPGNEGSAGRDGAA
GPKGDRGETGTAGTPGAPGPPGSSGPLGPAGKTGDRGESGPGGPAGPAGPSGPRGPAGPA
GARGDRGETGEAGERGMKGHRGFTGMQGPPGPPGPSGEPGPAGASGTGGPRGPAGSSGAA
GKDGMSGLPGPIGPPGPRGRTGEIGPAGPPGPPGLAGPPGPSGGGFDIGFIAQPQEKAPD
PFRSYRADDANVMRDRDLEVDTTLKSLSQQIESIISPDGTKKNPARTCRDLKMCHPDWKS
GEYWIDPDQGCNQDAIKVYCNMETGETCVYPTESSIPKKNWYTSKNIKEKKHVWFGEAMT
DGFQFEYGSGDSKPEDVNIQLTFLRLMSTEATQNITYHCKNSIAYMDQASGNLKKALLLQ
GSNEIEIRAEGNSRFTYSVTEDGCTSHTGAWGKTVIDYKTTKTSRLPIIDIAPMDVGAPN
QEFGIEVGPVCFL
NT seq 3822 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atgttcagctttgtggatattcgattggcgctgttgctcagcgcaacggtgcttttggca
agaggacaaggcgaggatgatcgcacaggtggcagctgcacattggacggccaggtctac
aatgacagggacgtctggaaaccagagccatgccaaatctgcgtgtgcgacagcggcacc
gttatgtgcgacgaggtgacctgcgaggacacgaccgactgcctcaacccagtgattccc
cacgacgagtgctgccccgtctgcccagacgacgaattccaggagcccagtgttgaggga
ccaagaggtcctgccggtgagaagggtgacaggggtcctcgtggtctgcctggcgagaga
ggccgctctggtcctcctggtgctgctggtgctcgtggtaacgatggtgccgctggagct
gctggtcctcctggcccaactggccctgctggttctccaggattccctggtggccctgga
actaagggagaggttggtgctcagggatctcgtggtgcagagggaccccagggaacccgt
ggtgagcctggtaaccctggacctgctggtgctgctggacccgctggtaacaatggagct
gatggtgcccctggtcttaagggtgctcctggtgcttctggtattgctggtgctccaggt
ttccctgggcctcgtggtcctcctggagctgctggagctgctggtgcccctggccctaag
ggtaacactggtgaggttggcacccctggttccaaaggagaggctggtgctaagggagag
gctggtgcccaaggagttcagggtccccctggcccccctggtgaggaaggcaagagagga
gctcgtggtgaacccggttctgccggtacccgcggaccccctggtgaacgtggtgctcct
ggtggtcgtggtttccctggtgctgatggatctgcaggtcctaagggtgccactggtgag
cgtggaggccctggagctgttggacctaagggtgccactggtgagcctggccgcaatggt
gaacctggtatgccaggatccaagggtatgactggtagccctggcagccctggacctgat
ggaaagaccggaactcctggtgcttctggacaagatggccgccctggaccacctggcccc
cttggagccagaggacagcctggtgtcatgggattccctggacctaagggtgctgctggt
gaggctggcaaacctggtgagagaggtgtgatgggtgctcttggtgccactggcgctccc
ggtaaagatggtgatgttggtgcccctggtgctcctggaactgctgggcctgctggtgag
agaggtgaacagggacctgctggtcctcctggattccagggtctgccaggacctcagggt
tcaactggtgagcctggcaagtctggtgagcagggtcttcctggagaggctggagctctt
ggacctgttggatccagaggtgacagaggattccctggtgagcgtggtgcccctggccct
gctggtcctgctggtgcccgtggttctcctggttcagctggtaatgatggtgccaagggt
gatgctggtgccccaggtgcctctggtgctcagggtcctcccggacttcaaggaatgcct
ggcgaccgtggttctgctggtctgccaggtcttaagggtgacagaggtgaccaaggtgcc
aagggtgctgatggtgcccttggtaaagatggcatccgtggtatgaccggaccaattgga
cctcctggacctgctggagctcctggtgacaagggagagactggtgctcctggacttgtt
ggacctaatggtgcccgaggaccacctggtgagcgtggagagactggttcttctggaccc
gctggatttgctggacctcctggtgccgatggtctgcctggtgctaagggagagcctgga
gacaatggtgctaagggtgacgctggtcttccgggacctgcaggagcaactggtaccccc
ggacctcagggtcctgttggttctactggacccaagggtgcccgtggtgctgctggtcct
cctggtgctactggtttccctggtgctgctggcagagttggtccccctggccctgctgga
aatgctggacccccaggaccttctggagtccctggtaaggagggccagaaaggtaaccgt
ggtgagactggaccttctgggcgcactggtgaagttggtgctgctggaccacctggtgcc
cctggtgagaaaggagctcctggagccgagggtccttctggctcttctggtatccctgga
cctcaaggtattgctggtcagcgtggtattgttggtctccctggacaaagaggcgagcgt
ggtttccctggtctctccggcccatctggagagcctggcaaacaaggaccttctggtccc
tctggtgaacgtggacctcctggacccatgggaccccctggattggctggatctcctggt
gagcctggtcgtgagggaactccaggtaatgagggttctgctggacgtgatggtgctgct
ggccccaagggtgaccgtggtgagactggcactgctggcactcccggtgctcctggacct
cctggttcttctggaccccttggccctgctggaaagactggtgatcgtggagagtctggc
cctggtggtcctgccggtcctgctggcccttctggtccccgtggacccgcaggacccgct
ggagctcgtggagacaggggtgagactggtgaggctggcgagagaggcatgaagggacac
agaggatttaccggaatgcagggacccccaggacctcctggaccctctggagaacctgga
cctgctggagcttctggaaccggtggacctagaggcccagctggatcttctggagccgct
ggtaaggatggtatgagcggacttcctggacccattggacctcctggaccccgtggtcgc
actggagaaattggaccagctggacctcctggacctcccggactcgctggacctcctgga
ccctctgggggtggatttgatatcggcttcattgcccagccacaggagaaggcccctgat
cccttccgttcctaccgtgccgatgatgccaatgtgatgcgcgaccgtgacctcgaggtt
gacaccaccctcaagtccctgagccaacagattgagagcatcatcagcccagatggcacc
aagaagaatcctgcacgcacttgccgtgacctgaagatgtgccacccagactggaagagc
ggcgagtactggattgaccctgaccagggctgcaaccaggatgccatcaaggtctactgc
aacatggaaactggcgagacctgcgtctacccaactgagtcctccattcccaagaagaac
tggtacacaagcaagaacatcaaggagaagaagcacgtatggtttggagaggccatgacc
gatggcttccagttcgagtatggcagcggggactctaagcctgaggatgttaacattcag
ctcaccttcctgcgcctcatgtccactgaggccacccagaatatcacataccactgcaag
aacagcattgcatacatggaccaggcttctggcaacctgaagaaggctcttctgctgcag
ggctccaacgagatcgagatcagagcagagggcaacagccgcttcacatacagtgtcact
gaggatggttgcacgtcgcacaccggtgcatggggcaagacagtcattgactacaaaaca
acgaaaacatcccgtctgcctattattgacatcgcccctatggacgttggtgcacctaat
caggaatttggcattgaagttggcccagtctgcttcttgtaa

DBGET integrated database retrieval system