Entry |
|
Symbol |
recD
|
Name |
(GenBank) exodeoxyribonuclease V subunit alpha
|
KO |
|
Organism |
ssab Spiroplasma sabaudiense
|
Pathway |
|
Brite |
KEGG Orthology (KO) [BR:ssab00001]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03440 Homologous recombination
SSABA_v1c05290 (recD)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:ssab03400]
SSABA_v1c05290 (recD)
Enzymes [BR:ssab01000]
3. Hydrolases
3.1 Acting on ester bonds
3.1.11 Exodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
3.1.11.5 exodeoxyribonuclease V
SSABA_v1c05290 (recD)
DNA repair and recombination proteins [BR:ssab03400]
Prokaryotic type
DSBR (double strand breaks repair)
HR (homologous recombination)
RecBC pathway proteins
SSABA_v1c05290 (recD)
|
SSDB |
|
Motif |
|
Other DBs |
|
LinkDB |
|
Position |
complement(599763..601967)
|
AA seq |
734 aa
MSTKKYRGFLSKFLFINESGWGIGLFIDEDNKNHQMRIKGPIGQMQTKIIYEIQGNLEDH
PKYGQALEVSSFKIADSTTIKQAIGFLSSDLFPTIGKKTAEQIVDFLGVDAIKKIRQDPE
IIKTVPDISHSAIEIITSVVNRVDQEQELVEIFTMNGLRLPFLNQMLKWHDDKNELLEIF
KTDFYSYSRKNSFQPFLEVDRVSLYFGVEKYGVVRISAWIYEIIKEILFTTGHTFTTSEV
LIAETRKRLQVSRETVIEALVFCKNQKTLVFDNHKIYSDESWSDEEEIITTIKTITSRAN
LKPTLENFSEDDLIQEIEQEIETSFKIPNFQYDDFQRAALKSFLSSNILILTGGPGTGKT
MVINGMVRLYQKIYGSQNFALGAPTGRAASRITETTNFKATTIHKLLKASGDDVFEINAS
NPLDLDLIILDEASMLSNHLFADFLRGTSPVKKLVLVGDVEQLPSVSYGNLFEDLITANK
FPTIKLTKIFRQKERNGIIELATAISQGQPQNLEFENLKNIHFLFEENNQINSENLIKTY
QALVAKQPVGNLNYLQVICPYYKGELGINNLNTIIQKKFNGNLLKGDKIFKKGEMKFAIN
DKVMYLKNDSTLELSNGDMGIINLLKFENKKFTSALVEFNNRDIVLKNSNFSELTLSYAI
SVHKSQGSEYNNVILILDPSSNNYFLTKKIIYTAITRAKENLYIIGSQESFWKGLEKITA
SRKTTLVEKIQKNF |
NT seq |
2205 nt +upstreamnt +downstreamnt
atgagtactaaaaaatatcgcgggtttttatcaaaatttttatttattaatgaaagtggc
tgaggaattggtctgttcattgatgaggataataaaaatcatcaaatgcgaattaaagga
ccgattggtcaaatgcaaacaaaaatcatttatgaaattcaaggaaatttagaagaccat
ccaaaatacggccaagctcttgaggttagttcttttaaaatcgctgactcaacaacaatt
aaacaagcaattgggttcttgtcatctgatttattcccaacaattggtaaaaaaaccgca
gagcaaattgttgattttttaggggttgatgccataaaaaaaattcgtcaagaccctgaa
atcattaaaactgtcccagatatttcacacagtgcaattgaaataattacaagtgtggtt
aatcgagtggatcaggagcaagaactagttgagattttcacaatgaacggtttgcgactg
ccatttttaaatcaaatgctaaagtgacatgatgataaaaatgagctcctagaaattttc
aaaacagatttttatagttactcgcgaaaaaatagctttcaaccatttttggaagttgat
cgggtttccctttattttggggttgagaaatacggggtcgttcgaatttcagcttgaatt
tatgaaattattaaagagattttatttacaactggacatacttttactacttctgaggtt
ttgattgctgaaacaagaaagcgcttgcaagtttctcgagagactgttattgaagctttg
gtgttttgtaaaaatcaaaaaactttagtttttgataatcacaaaatttactcagatgaa
agttgaagtgatgaggaagaaattattactacaatcaaaacaattacatcgcgagctaat
ttaaaaccaacacttgaaaattttagtgaagatgatttaatacaagaaatcgaacaagaa
atcgaaactagttttaaaattccaaattttcaatatgatgattttcaaagagcagcattg
aaatcatttttaagttctaatattttaattttaactgggggaccaggaactggtaaaact
atggtaattaatgggatggtgcggttataccaaaaaatttatggatctcaaaattttgct
cttggggcaccgacgggtcgagcagcaagtcgtatcacagaaacaactaattttaaggca
acaacaattcataaactattgaaagctagtggagatgatgtttttgaaattaatgccagc
aatcctttagatttagatttaataattttagatgaagccagtatgctaagtaatcattta
tttgcagattttttacgagggacaagccctgttaaaaaactagttttagttggtgacgtg
gaacaacttcccagtgttagttatgggaatttatttgaggatttaattactgctaataaa
tttccaacaattaaattaacaaaaatttttcgtcaaaaagaacgcaacggaattattgaa
ttagcaactgccatttctcaaggacaaccccaaaatcttgaatttgaaaatttgaaaaac
attcattttttatttgaagaaaataatcaaatcaattcagaaaatttaattaaaacttat
caagctcttgtggcaaaacaacctgttggtaatttaaactacttgcaagtgatttgtcca
tattataaaggggagttggggattaataatttaaacacgataattcaaaaaaaatttaat
ggaaatttactaaaaggtgataaaatttttaaaaagggagaaatgaaatttgcaataaac
gataaagtgatgtatttaaaaaatgactcaactcttgaactttcaaatggtgatatggga
ataatcaacctcttaaaatttgaaaataaaaaattcactagtgcccttgtagaatttaat
aatcgtgatattgtcttgaaaaacagcaatttctcagaattgactttgagttatgcaatt
agtgttcacaaaagccagggaagtgaatataacaatgtgattttaatcttagaccctagt
tctaataattattttttaacaaaaaaaattatttatacagcaattacaagagctaaagag
aatctctacattataggtagccaagagtcattttgaaaaggtttggagaaaataaccgct
tcgagaaaaacaactcttgtagaaaaaatccaaaagaatttttag |