Shewanella sediminis: Ssed_0842
Help
Entry
Ssed_0842 CDS
T00596
Name
(GenBank) diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)
Organism
sse
Shewanella sediminis
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
EAL
GGDEF
PAS_9
PAS
PAS_4
PAS_3
PAS_8
Cas10-Cmr2_palm2
GGDEF_2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ABV35453
UniProt:
A8FRI0
LinkDB
All DBs
Position
1003204..1005657
Genome browser
AA seq
817 aa
AA seq
DB search
MIDINVPQDTWLKWQASIDLITRISHCVGVLSVVDAENQLCAKISAGLKDEDTASYEAIS
LNIKETSERVSIALLWPSKAIFGELSFYLIEQTDKAEGPTDCLVQTKQLARLTADNIELQ
LAELYRQYRCQESQVRGRVSNGDVIDLQLFIDSLKEHVWMKDIEGRYVIFNRSVEKSWGK
TREEIMNKTDEELFVADLAEEFIQADTEAINKGEQITAGECEGQHAEIDRYWLETAKVPV
VTDDGCLKGVIGLSRNISQHKAVQEQLELSGRVFENSVEGVMITDRDGKIIETYGAFSEI
TGYSREEVLGKNPSMFSSGRHDKAFYDDLWTGLLHKGRWHGEIWNRRKNGAIFPQLVTLS
SMLGDDGLVRYFVAVFTDISAQKKNEEQLAHLAYHDPLTNLPNRMTLTAQIEQELRHAQY
QGSQLAIVFIDVDLFKQINDSFGHLMGDEILVELANRLTAQKGAEDTLARIGGDEFVVLF
PGGGGSEELTLALSKLREAFEQPFSVGENDQVRLTASMGVSVYPHDGKDGYTLLRNADAA
KHRAKQDSRNSYAFYTESLTLESREHLKLQSALHMALEEGNFHLVYQPKLNFNSLKTVGF
EALLRWRDPVLGDISPGVFIPIAEKIGLINAIGSWVLRAACLQGVKWIEQGKTFGRIAVN
IAGQQIKRSSFVEEVKQILNETGFPAQSLELEVTESFMMSDPEVAIRDLRVLGDLGIELS
VDDFGTGYSSLNYLKKLPIHKLKIDQSFVRDIPSDANNTAIAKAVIALGHALNLQVIAEG
VETEEQADFLRESGCDEVQGYLYSRPQLPEALQQFLY
NT seq
2454 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgattgatattaacgttcctcaagatacttggctaaaatggcaagcgtcaattgacctt
attacccgcatctctcactgcgtgggcgtattgagtgtcgtggatgcagagaatcaacta
tgtgcgaaaatcagtgcagggctaaaagatgaagacaccgcctcttacgaagccatttct
ctcaatattaaggaaaccagtgaaagggtctctattgccttactatggccatcgaaagcc
atctttggtgagctctctttctacttaatcgaacaaaccgataaagccgagggaccgacg
gattgtttagtacaaaccaagcaacttgcacggcttactgcggacaatatagaactacaa
ctggctgagctttatcgtcagtatcgttgccaagaatctcaggttagaggtcgtgtctct
aacggggatgttatcgatctacagctctttatcgatagtttgaaagaacatgtttggatg
aaagatattgaaggacgttacgtcattttcaaccgaagcgtcgaaaaatcatgggggaaa
acccgtgaagagatcatgaacaagacggatgaagagttatttgttgccgatttagctgaa
gagtttattcaagccgatacggaagccattaataagggcgagcagatcacggctggtgag
tgtgagggacaacatgccgaaatcgatagatactggttagagaccgcaaaagttcctgtg
gtgacagatgatggttgccttaagggggtcataggactctccagaaatatctctcaacat
aaggctgtacaagagcagttagagctttccggacgggtatttgaaaactctgtcgaaggg
gtgatgatcaccgaccgggatggcaagatcatagaaacttatggggctttctctgaaatt
accgggtattcgagggaggaggtgttaggtaaaaatcccagcatgttcagctccggtcga
cacgataaagccttctatgatgacctgtggacaggtttgttgcacaaggggagatggcac
ggtgagatctggaatcgacgcaagaatggcgccatcttcccgcagttggttacccttagc
tcgatgcttggtgatgatgggttggtgcgatatttcgttgccgtgtttacagatatttcg
gcgcagaagaaaaatgaagagcagctggcccaccttgcttaccatgatcctttaaccaac
ctgcctaacaggatgacgttaactgcccagattgagcaggagctccgtcatgctcagtat
caaggctctcagttggctatcgtgtttatcgatgtggacctgtttaagcagatcaatgat
agtttcggtcatcttatgggtgatgaaatcttggtggagctggccaacaggttaacggct
caaaaaggcgccgaggatacactggcgcgtattggcggcgatgaatttgtcgtgttgttt
ccagggggcggaggcagtgaagagctcactttagccctgagtaagttaagggaagcgttc
gaacagcctttttctgtcggggagaacgatcaggtcaggttgactgccagtatgggcgtc
tctgtttacccccatgatggtaaggatggttatacactgttaagaaatgcggatgctgct
aaacacagggctaagcaggacagtcgtaacagttatgctttttataccgagtcgctgacc
ttagagtcacgagagcaccttaagctgcaaagtgcactgcatatggctctggaggagggg
aacttccacctggtttaccagccgaaacttaactttaacagtcttaaaactgtgggtttc
gaggccttacttaggtggcgagaccctgttttaggcgatatttctcctggggtatttatt
cccatcgcggaaaaaataggtctgattaatgctattggcagctgggtgctgagagccgca
tgcctgcaaggcgttaagtggatcgagcagggcaaaacatttggtcgtattgcggtgaat
atcgccggtcaacagataaagcggagctcatttgttgaagaggtcaaacagatcctgaat
gagacaggctttcctgctcagtcgttggagcttgaggttaccgagagctttatgatgtcg
gatcccgaagtggctattcgtgatctcagggtgttaggtgacttaggcattgagctctct
gtcgatgattttggtaccggctattcttcacttaattacctgaaaaaactgcctattcat
aagttaaaaatcgatcagtcctttgtcagggatataccttctgacgctaataacaccgcc
atcgctaaggctgtgattgccctgggccatgccttgaatttacaagttattgcggaggga
gttgaaactgaggaacaagccgatttcttacgtgaaagcggctgtgatgaagtgcaggga
tacctctatagcaggcctcagttacccgaagcgttgcagcaatttttgtactga
DBGET
integrated database retrieval system