| Entry |
|
|---|
| Symbol |
rpoC
|
|---|
| Name |
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
|
|---|
| KO |
|
|---|
| Organism |
sulg Sulfurimonas lithotrophica
|
|---|
| Pathway |
|
|---|
| Brite |
KEGG Orthology (KO) [BR:sulg00001]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
FJR48_10040 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:sulg03021]
FJR48_10040 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:sulg03400]
FJR48_10040 (rpoC)
Enzymes [BR:sulg01000]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
FJR48_10040 (rpoC)
Transcription machinery [BR:sulg03021]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
FJR48_10040 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:sulg03400]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
FJR48_10040 (rpoC)
|
|---|
| SSDB |
|
|---|
| Motif |
|
|---|
| Other DBs |
|
|---|
| LinkDB |
|
|---|
| Position |
complement(2005400..2009917)
|
|---|
| AA seq |
1505 aa
MSKLVPIEVTENDRPKDIKQLQFRLAAPEKVLSWSNGEVKKPETINYRTLKPERDGLFCA
KIFGPVRDYECLCGKYKKMRYKGVVCEKCGVEVTSTKVRRTRMGHIELVTPVAHIWYVSS
LPSRIGTLLGIKMKDLERVLYYEAYIVEQGGEAYYDADGKTPVLKYDVLNEEQYRTLVQR
FGELGFKARMGGEVVRDLLEEIDLVDAFTQLKEDIEETKSEAKKKTIAKRLKVIESFLNS
GNNPAWMMLTVLPVLPPDLRPLVSLDGGKFAVSDVNDLYRRVINRNQRLKRLVELEAPEI
IVRNEKRMLQESVDALFDNGRRANAVKGANKRPLKSLSEIIKGKQGRFRQNLLGKRVDFS
GRSVIVVGPSLQMHECGLPKKMALELFKPHLIAKLEDKGHATTVKAAKKMIEDQTNEVWE
CLAEIVDGYPVMLNRAPTLHKLSIQAFHPKLIDGKAIQLHPLVCSAFNADFDGDQMAVHV
PLSSAAIAEAKVLMMASMNILHPASGKAIATPSQDMVLGIYYITLDKNGVKGSNKLFANV
DEVKIAFEHDALDLHAKIRTRVDGRIIYTTAGRLLLKDILPDFVPAELWNKVMKKRAIGE
LVDYVQKHGGIGVTAGFLDRLKDLGFKQATKAGVSISIDDVKIPDAKYAKIEESKNKVIE
IQKQFEAGLLTEQERYNKIIDVWTDTNNTVAAQMMELVEGDKEGFNSIHMMADSGARGSA
AQIRQLAGMRGLMAKPSGDIIETPIISNFKEGLNVVEYFISTHGARKGLADTALKTANAG
YLTRKLVDVAQNVKIVEHDCHTHEGIEISDISDQNTLIESLEDRLNGRVLADDIIDPISN
EILYAEGTLIDEVSAKIISEAGIKTAHIRTPTTCKSEDGICALCYGVNLATGHIVRTGEA
VGITAAQSIGEPGTQLTLRTFHVGGTASSTAQERQVVAEKEGFIRYYNLNTYESKDGKNI
VANRRNAAVLLVEPKIKAPFAGKVKIETIHDEVLVSIKGDKDTQRYSLRKNEIAKPNELA
GVSGQIEGKYYFPYESGSSVSEDESIVETIKDGWNVPSRIPYASELLVDNGAPVTQKIYA
KEEGNVKYFLLKGDYLERFEGLKEGYEVKEKGLFAAVIDNNNREAVRHYIARGSVIVAND
DASVEATTLLAKPASDESVVIAEWDPYSNPIISESNGVVKFEDIIVGTTASEQLDELTGK
TRLMINDHISSEFKPTVVLATQDGELLRYAIESKSSIYVEDGATVKVADIIAKTPKALQK
SSDITGGLPRVSELFEGRRPKATALISEIDGVVSFGKMLRGKVRIVINSDAGIVKEYFVD
KSHSPVVNAGDFVHAGERLTTGIISSHEILRISGVKALYNYLVSEVQQVYRSQGVNIADK
HIEVIFTQMLRQIKIIKSGDTKFIEGDLVSKSKFKAENEKITRLGGRPAIAEPFLVGITR
AAVAADSIISAASFQDTTKVLTEAAVSAKIDDLNDLKENVIIGRTIPVGTGIYKDQEILL
SSEDE |
|---|
| NT seq |
4518 nt +upstreamnt +downstreamnt
atgagtaaattagtacctattgaagtaactgaaaatgacagaccaaaagatataaaacag
ctacaatttcgtttagctgcacctgaaaaggtattatcatggtcaaacggtgaggttaaa
aagcctgaaactattaactatcgtacattaaaacctgagcgtgacggtctgttttgtgca
aaaatcttcggtcctgtacgtgactatgagtgtctttgtggaaaatataaaaagatgcgt
tacaaaggtgttgtatgtgagaagtgtggtgttgaagtaacaagcactaaagttcgtcgt
actcgtatgggtcacatcgaacttgttactcctgtagcacatatctggtatgtgtcttca
ttaccttcacgtatcggtactctacttggtatcaaaatgaaagatttagagcgtgtactt
tattatgaagcatatatcgttgagcaaggtggagaggcatattatgatgccgacggtaaa
acacctgtacttaaatacgatgtattaaacgaagagcagtaccgtacattagttcaaaga
ttcggtgaattaggctttaaagctcgtatgggtggtgaagtagttcgtgatttactagaa
gagatagacttagttgatgcatttacacaattaaaagaagatattgaagagactaagagt
gaagctaagaaaaaaacaattgctaaacgtttaaaagtaatcgagtctttcttaaactcc
ggaaataatcctgcgtggatgatgttaactgtattaccggttcttccacctgatttacgt
ccacttgtatcacttgacggtggtaagtttgcagtgtctgatgttaatgatttatatcgt
cgtgttatcaacagaaatcagcgtcttaagcgtctagttgaactagaagctcctgagatt
attgttagaaacgagaagcgtatgcttcaagaatctgtagatgcactttttgacaacggt
cgtcgtgcaaatgcggttaaaggtgctaacaagcgtccacttaaatcattaagtgaaatt
atcaaaggtaagcaaggacgttttagacaaaacttacttggtaagcgtgttgacttctct
ggacgttctgtaatcgttgttggaccaagccttcagatgcacgagtgtggattacctaaa
aaaatggcacttgaactgttcaagccacacttaattgcaaaactagaagacaaaggtcat
gcgactactgttaaagctgctaagaaaatgattgaagaccaaacaaatgaagtttgggaa
tgtttagcggagattgttgatggttatcctgtaatgcttaaccgtgcacctacacttcac
aaactatcaatccaagcattccatccaaaactgattgatggtaaagctattcagcttcac
ccattagtttgttctgcatttaatgccgacttcgatggtgaccagatggcggttcacgta
cctttaagctcagctgcaattgctgaagcaaaagtacttatgatggcatctatgaacatc
cttcaccctgcaagtggtaaagctattgcgactccgtcacaagatatggtacttggtatc
tattatattactttagataaaaacggtgttaaaggaagtaataaactttttgcaaacgta
gatgaagtaaaaattgcgtttgagcacgatgcacttgatttacatgcaaaaatccgtaca
cgtgttgatggtcgtatcatttatacgactgcaggacgtttacttcttaaagatatttta
cctgactttgttccagcagaactttggaataaagttatgaaaaaacgtgctatcggtgag
cttgttgattatgttcaaaaacacggtggtataggtgtaacagcaggtttcctagacaga
cttaaagacttaggtttcaaacaagctacaaaagccggtgtatctatatctattgatgat
gttaagattccagatgctaaatatgctaaaattgaagagtctaaaaacaaagttatcgag
attcaaaaacaatttgaagccggtttattaactgagcaagaacgttataataaaatcatc
gacgtttggactgatacaaacaatactgttgcggctcaaatgatggaacttgttgaaggt
gataaagaaggttttaactctatccacatgatggctgattccggtgcgcgtggttctgct
gcacagattcgtcagcttgcaggtatgcgtggtcttatggctaaaccaagcggtgatatt
attgagactccgattatctcaaactttaaagagggtctaaacgttgttgagtactttatt
tctactcacggtgctcgtaaaggtcttgccgatactgcacttaaaacggcaaatgcgggt
tacttaactcgtaaacttgttgacgttgcacaaaatgttaagatagttgagcatgattgt
catactcacgaaggtattgagatttcagatatttctgatcaaaacacactaatcgaatct
ttagaagacagattaaacggacgtgttttagctgatgatataatcgatccgatctcaaat
gagattctttatgcagagggtactttaatcgatgaagtttctgcaaaaatcatctcagaa
gcaggaatcaaaaccgcacacattagaactccgactacttgtaaaagtgaagacggtatt
tgtgcactttgttatggtgttaaccttgcaaccggtcacattgttcgtaccggtgaggct
gtaggtattacggcagctcagtcaatcggtgagcctggtactcagcttacactacgtact
ttccacgttgggggtactgcatctagtacggctcaggagcgtcaagttgtagctgagaaa
gaaggttttatccgttactataacttaaatacttacgagtcaaaagacggtaaaaatatt
gttgcaaacagacgtaatgcggctgtattacttgttgagccgaaaataaaagctccgttt
gcaggtaaggtaaaaattgaaactattcatgatgaagttttagtttctataaagggagat
aaagatactcaacgttattcactacgtaaaaacgagatagctaaaccaaatgagcttgct
ggtgtatctggtcagattgagggtaaatactacttcccgtatgaatcaggttcaagtgta
tctgaagatgaatctatcgttgagactattaaagacggttggaacgttccaagccgtatc
ccttatgcatctgagttgttggttgataacggtgcacctgtaactcaaaaaatatatgcc
aaagaggaaggtaatgttaaatacttcctacttaaaggtgactatttagagagatttgaa
ggacttaaagagggttatgaagttaaagaaaaaggtctttttgctgctgtaatcgataac
aataaccgtgaagcggttcgtcactatattgcacgtggttccgtaatagttgcaaatgat
gatgcgagtgtagaagctactacattgcttgcaaaacctgcaagtgacgagtcggttgta
atagctgagtgggatccgtactctaatccgattatctctgagtctaacggtgtagttaaa
tttgaagatattatagtcggtactacggcaagcgagcagttagatgaattaactggtaaa
actcgtttaatgattaacgatcacatctcaagtgaatttaaaccgactgttgttttagct
acacaagacggtgaacttttacgttatgcgattgagtctaaatcatctatttatgttgaa
gacggtgctactgttaaagttgcggatataattgctaaaacgccaaaagcacttcaaaaa
tcttcggatattacagggggtcttccacgtgtatctgagctatttgaaggtcgtcgtcca
aaagctactgcacttatttccgagattgacggtgtagttagttttggtaagatgttacgc
ggtaaggtacgtattgttatcaacagtgatgctggtatcgtaaaagaatactttgtagat
aaatcacactcacctgttgtaaatgcaggtgactttgttcacgcaggtgagcgtctgact
acgggtataatatcttctcatgagattttacgtattagcggtgttaaagcactttataac
taccttgtgtctgaagttcagcaagtttaccgttctcaaggggttaacattgccgataag
catattgaagttatctttactcagatgttacgtcagattaagattatcaaatcgggtgat
actaagtttattgaaggtgatttagtatctaaaagtaaatttaaagccgagaatgaaaaa
atcactcgtcttggcggtcgtcctgcgattgccgagccgttcttagtcggtataacacgt
gcggcagttgcggctgattctattatctctgcggcttcgttccaagatactactaaagtt
cttactgaggctgcggtttcagctaagatagatgatctaaatgatcttaaagagaatgtt
attataggtcgtacgattcctgttggtaccggtatctacaaagaccaagaaattctactt
tctagcgaagacgaatag |
|---|
