Ureaplasma parvum serovar 3 ATCC 700970: UU188
Help
Entry
UU188 CDS
T00040
Symbol
rpoC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase beta' chain
KO
K03046
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
uur
Ureaplasma parvum serovar 3 ATCC 700970
Pathway
uur03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
uur00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
UU188 (rpoC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
uur03021
]
UU188 (rpoC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
uur03400
]
UU188 (rpoC)
Enzymes [BR:
uur01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
UU188 (rpoC)
Transcription machinery [BR:
uur03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
UU188 (rpoC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
uur03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
UU188 (rpoC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb1_4
Peptidase_M23
Apocytochr_F_C
GT-D-like
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
AAF30595
UniProt:
Q9PQV5
LinkDB
All DBs
Position
229931..233848
Genome browser
AA seq
1305 aa
AA seq
DB search
MSQKGIKSLTISIASPEQILNWSKGEITKPETINYKSLKPEPNGLFDESIFGPSKDYECY
CGKYRKVKHKGKICERCHVEITESIVRRERMGHIELAAPVAHIWFTKELPSPSKISLLLD
ITYKEVDQVVYFVNYIVLDEGNNVYDGKSIFNKKEVLDLTSPKNSIRSRNKLRRTLRNIQ
ERIEDELNHEREALIQDFDYRLAVTYDQMLKDSNIPFSVKDVMAFIEKHTGVRFGIGAEA
IRELLEKLNLEEEHEKIKQAIQNSPNAYDQKTKRLLRRLECVRWIKDSGSKPEWMVMTRI
PVTPSETRPIISLDGGRFTTSDTNNFYRKIIIRNERLKQMQATDAPEILLDNEKRLLQEA
VDSLFDNNSRKKPVVGKDKRPLKSLSNHLKGKQGLFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPELK
MYEVGIPALMILKLFRPYIISELIRKRDELGNEIQPICANIKLAEQKILAQDNEIWPVVE
KVIKQRPVILNRAPTLHRLGIQAFEPKMVDGKAIRLHPLVTTAFNADFDGDQMAVHIPLS
KEAVAEARSILLASWHILGPKDGKPIITPTQDMILGIYYLTKEKFPQVIEEMMAKDPTQA
RVEFINNFHIFSTQDEAIRAYKLKTIRINDVIGITTKAFNNKTFSKEGILVTTVGKIIFN
QAFPVNFPYINDVKNLYGENQFEIIGMHESILDYLKAYNLKEPLTKKTLSTVIDYLYKVS
EIEVVPQTMDKIKALGFKYSMISATSISAFDIPSYDQKYEYFKETDELVSKLREFYLDGK
LTDDERYTKVVQAWSQTKDKVTHDIEKLINSNEYKDNPIVIMAKSGARGNTSNFTQLAGM
RGLMSKSYNYDQKNNNGVIKDTIEIPIKHSFIEGLSVSEYFNSSFGARKGMTDTAMKTAK
SGYMTRKLVDSTQAVVIKDHDCGTKEGIIVREIRNTKDNTSIESLKDRIVGRYSINTIYD
TKNKLIIESDKLITSEIANIIQNSGIREVEVRSPLHCASLYGVCQKCFGLDLSTNKLIET
GTAIGVIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGDTNITQGFERIKQLFDCIQPQENEKAVIS
QVKGTVERIEKDSNTNGYNVVIKYNKDNYVNYPTRSNAVLRVKTGDEIIAGQKITEGSID
VNDLLKYAGIENVRHYIIKEVQKVYRMQGIEISDKYIEVIISQLTNKITITNPGDSGLFV
GETISINEFTEVAQNMLVNKKKPPSAINQVFGLDHAPSKSGSFLSAASFQDTKKILTDAA
ARSQKDMLIGLKENVILGNLIPAGTGLKDVEEVIAYGEEMYKKQY
NT seq
3918 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagtcaaaaagggattaaatcattaacgatttccattgcttcacctgaacaaatttta
aattgatcaaaaggtgaaatcactaaacctgaaacaattaattacaaatcattaaaacca
gaacctaatgggttgtttgatgaaagtatttttgggccttcaaaagattatgaatgttat
tgtggaaaatatcgtaaagtaaaacataaaggtaaaatttgtgaacgttgtcatgttgaa
attactgaatcaattgtacgtcgtgaacgaatgggacatattgagttagctgctcctgtt
gcccatatttgatttacaaaagaattaccttcgccatcaaaaatctcattattattagat
attacatataaagaagttgatcaggtagtttattttgttaattacattgttttagatgaa
ggaaataatgtatatgatggtaaatcaatttttaataaaaaagaagttttagatttaaca
tcaccaaaaaattcaattcgatcacgtaataaattacgtcgaacattacgtaatattcaa
gaacgaattgaagatgaattaaatcatgaacgtgaagcattaattcaagattttgattat
cgtttagctgtaacatatgatcaaatgttaaaagattctaatattcctttttcagtgaaa
gatgtaatggcttttattgaaaaacatacaggcgttcgttttggtattggtgctgaagct
attcgtgaattattagaaaaactaaatcttgaagaagaacatgaaaagattaaacaagca
attcaaaattcacctaatgcttatgatcaaaaaacaaaacgcttattgcgtcgtttagaa
tgtgtaagatgaattaaggattcaggttcaaaaccagaatgaatggtaatgacaagaatc
cctgtcacaccatctgaaacaagaccaattatttctttagatggcggtcgttttacgacc
tctgacacaaataatttttatcgtaaaatcattattcgtaatgaacgtttaaaacaaatg
caagcaacagatgctcctgaaattttattagataatgaaaaacgtttattacaagaagca
gttgattcattatttgataataattcacgtaaaaaaccagttgtaggtaaagataaacgt
cctttaaaatcattgtcaaatcatcttaaaggaaaacaaggattatttagacaaaattta
ttaggaaaacgtgttgactattcaggtcgttctgtaattgttgttggtcctgaattaaaa
atgtatgaagtaggaattcctgctttaatgattttaaaattatttagaccatatattatt
tctgaattaatacgtaaacgtgatgaattaggtaatgaaattcaaccaatttgtgccaat
attaaattagcagaacaaaaaattcttgcgcaagataatgagatttgacccgttgttgaa
aaagttattaagcaacgtcctgtaattttaaaccgtgcaccaaccttacaccgtttaggg
atccaagcttttgaaccaaaaatggtggacggtaaagctattcgtttacatcctctagtt
acaaccgcttttaatgcggattttgacggagaccaaatggctgttcatatccccttatcc
aaagaagcagtggctgaagcacgatcaattttattagcctcatgacatattcttggtcca
aaagatgggaaacctatcattacacccacacaggatatgattttaggtatttattattta
acaaaagaaaaatttccacaagtaattgaagaaatgatggctaaagatccaacgcaagcg
agagttgaatttattaataattttcacattttttcaacacaagacgaagctattcgtgct
tataaattaaaaacaattcgtattaatgacgtaattggaattacaacaaaagcttttaac
aataaaacatttagtaaagaaggtattttggttacaacggttggaaaaattatcttcaac
caagcttttcctgttaattttccatatattaatgatgttaaaaatctatatggcgaaaat
caatttgaaattattggaatgcatgaaagtattttagattatttaaaagcctataattta
aaagaaccattaactaaaaaaactttatcaacagtaattgattatttatataaagtttct
gaaatcgaagtcgtaccacaaacaatggataaaattaaagctttaggatttaaatattca
atgatttcagcgacaagcatttctgcctttgatattccatcttatgatcaaaaatatgaa
tattttaaagaaactgatgaattggtttcaaaacttcgtgaattctatttagatggtaaa
ttaactgatgatgagcgatatactaaagttgttcaagcttgatcacaaacaaaagataaa
gttactcatgatattgaaaaactaattaattctaatgaatataaagataatccgattgtg
attatggcaaaatcaggagctcgtggaaacacgtcaaactttacacagttagcaggaatg
cgtggtttaatgtcaaaatcatataactatgaccaaaaaaataataatggtgttattaaa
gatacaattgaaattccaattaagcattcatttattgaaggattatcagttagtgaatac
tttaattcatcatttggagcacgtaaagggatgactgatacggcgatgaaaaccgcaaaa
tcaggttatatgacacgtaagttagttgattcaacacaggctgttgtaattaaagatcat
gattgtggcacaaaagaaggtattattgttcgtgaaattcgaaatacaaaagataataca
tcaattgaatcactaaaagatcgtattgttggaagatatagtattaatacaatttatgat
acaaaaaataaattaattatcgaaagtgataaattaattacaagcgaaatagctaatatc
attcaaaattcaggtattcgtgaagttgaggttcgttctccattacattgtgcatcactt
tatggtgtttgtcaaaaatgttttggtttagatctatcaacaaataaattaattgaaacc
ggtacagcgattggagtaattgcagcgcaatcaattggtgaacctggaacacagttaaca
atgcgtactttccatactggaggggttgctggtgatacgaatattactcaagggtttgaa
agaattaaacaattatttgattgcattcaaccacaagaaaatgagaaagcagttatttca
caagtaaaaggaactgttgaacgaatcgaaaaagattcaaacaccaatggttataatgtt
gtaattaaatataataaagataattatgtaaattatccaacacgttcgaatgctgtatta
cgtgttaaaacaggagatgaaattattgctggtcaaaaaattactgaaggatcaattgat
gttaatgatttactaaaatatgcaggtattgaaaatgtgcgtcattacattattaaagaa
gttcaaaaagtttatcgtatgcaaggaattgagatttcagataagtatattgaagtaatc
atttcacaacttacaaataaaattacaattacaaatccaggagattcaggattatttgtt
ggagaaacaattagtattaatgaatttactgaagtggctcaaaatatgcttgttaataag
aaaaaaccaccaagtgcaattaatcaagtatttggtttagaccatgcgccaagtaaatca
ggttcattcttatctgctgcttcgttccaagatactaagaaaatattaactgacgctgct
gcgcgttcacaaaaagatatgttaatcggcttgaaagaaaacgttattctaggaaattta
attcctgctggaacaggattaaaggatgttgaagaagtgattgcttatggtgaagaaatg
tataaaaagcaatactaa
DBGET
integrated database retrieval system
