Aliivibrio fischeri MJ11: VFMJ11_0258
Help
Entry
VFMJ11_0258 CDS
T00754
Name
(GenBank) RNA polymerase-associated protein RapA (ATP-dependenthelicase hepA)
KO
K03580
ATP-dependent helicase HepA [EC:5.6.2.-]
Organism
vfm
Aliivibrio fischeri MJ11
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
vfm00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
vfm03021
]
VFMJ11_0258
Transcription machinery [BR:
vfm03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
Other transcription-related factors
RNA polymerase-associated proteins
VFMJ11_0258
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RapA_C
Tudor_RapA
Tudor_1_RapA
Helicase_C
SNF2-rel_dom
ResIII
DEAD
AAA_34
Cas3-like_C_2
Flavi_DEAD
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
ACH64887
UniProt:
B5FGE9
LinkDB
All DBs
Position
I:263521..266430
Genome browser
AA seq
969 aa
AA seq
DB search
MSFALGQRWISDTESDLGLGTVVAVDDRTVSLLFAASEENRLYAKHDAPVTRVMFNKGDT
IESHEGWSLDVEDVIEEGGLLTYIGTRVDTDEANVVLRETLLSHQIRFNKPQDKLFAGQI
DRMDRFALRFRALQNQYEQHKSPMRGLCGMRAGLIPHQLFIAHEVGRRYAPRVLLADEVG
LGKTIEAGMIIHQQVLSGRAERVLIVVPETLQHQWLVEMMRRFNLHFSIFDEERCVEAYA
DSENPFDTAQFVLCSLDFIRKSKRRFEQVVEADWDLLVVDEAHHLEWNQTKPSREYQVIE
AIAEETPGVLLLTATPEQLGHESHFARLRLLDPDRFYDYDAFVEEERQYQPVADAVTALM
SGEKLSNDAKNRITELLSEQDVEPLFRIIESSAAEDEQAQARQELVDNLMDRHGTGRVLF
RNTRAAIKGFPQRNLNLMPMPLPSQYATSMRVATMMGGRMTDEARAMKMLYPEEIFQEFE
GDSATWWQFDPRVNWLLELLKENRNEKVLIIASRASTALQLEQALREREGIRGTVFHEGM
SIIERDKAAAYFAQEEGGAQVLICSEIGSEGRNFQFANQLVMFDLPFNPDLLEQRIGRLD
RIGQKRDIEIHVPYLQGTSQELLARWFDEGLNAFGETCPTGRAVYDKFADAIIAILATGK
SDGLESLIEESAALNKSLKAQLEQGRDRLLEVHSNGGDKAKEIAEQIAATDGDTNLVNFA
LNLFDTIGLNQDDKGENAIVVTPAENMLVSSYPGLPYEGCTITFDRETALSREDMNLISW
EHPMIQGGIDLVLTEGVGATAVSLLKNKALPAGTLLLELVYVVDAQAPKQSGIARFLPKT
PIRIMMDGKGNDLSAQVEFESFNRQLSPVNRHMASKLVNSVQKEIHGLIDKAEISMEERL
ESVRTDAEKEMKAALNSELERLQALKAVNPNIRDEELTQIETQMSELSGYIGKAQVQLDS
LRLIVVSHN
NT seq
2910 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgtcatttgctttgggacaacgttggatcagtgatacagaaagtgatttaggtttaggt
acggtagtggctgttgatgacagaaccgtatcattactttttgctgcatcagaagaaaac
cgtttatacgcaaaacacgatgcacccgttacccgagtgatgttcaataagggagatacc
attgaaagccatgagggctggtcacttgatgttgaagatgttattgaagaaggcggttta
ttaacttatatcggtactcgagttgatactgacgaagccaatgtggtacttcgtgagacg
ttattgagtcatcaaatccgttttaataaacctcaagataaattatttgcaggtcaaatt
gatcgtatggatcgatttgctttgcgtttccgtgcacttcagaaccaatacgaacaacac
aaaagcccgatgcgtggtttatgtggcatgcgtgctggattgatccctcaccaattattc
attgctcatgaagtgggtcgtcgttatgcgccacgtgttttattagccgatgaagtgggt
ttaggtaaaactatcgaagcgggtatgatcattcaccaacaggtgctttctggtcgtgca
gagcgcgtactgattgttgtacctgaaacactgcaacatcaatggttagttgaaatgatg
cgtcgttttaatcttcatttttctatctttgatgaagagcgttgtgttgaagcttatgca
gattctgaaaatccatttgataccgcacagtttgttttatgttctttggactttattcgt
aagagtaagcgtcgctttgagcaagtagtagaagctgattgggatctactggttgttgat
gaagcacatcacttagaatggaatcaaaccaagcctagtcgtgaatatcaagttattgaa
gcgattgcagaagaaacgccaggggtactactgctaacagcgacacctgagcaattaggg
catgagagtcactttgcgcgtttacgtctattagatcctgaccgtttttatgattatgat
gcatttgtagaagaagagcgtcaatatcaacctgtggctgatgctgtaacggcattaatg
agtggcgagaagctatcaaatgatgcgaaaaaccgtattactgaactgctttctgagcaa
gatgtagagccgctatttagaattattgaatcatcagcagctgaagatgaacaagctcaa
gctcgccaagaattagtggataacttaatggaccgtcatggtacgggtcgtgtgttattc
cgtaatactcgtgcagctattaaaggtttcccacagcgtaaccttaatttaatgccgatg
cctttaccatctcagtatgctacgtctatgcgtgttgcaaccatgatgggtggacgcatg
acggatgaagctcgtgcaatgaagatgctttatccagaagagatcttccaagagtttgaa
ggtgatagtgcgacgtggtggcagtttgacccgcgtgttaactggttgctagagctactg
aaagaaaaccgtaatgagaaggtgcttattattgcatctcgagcttcaacggcattacaa
cttgagcaagcattacgtgagcgtgaaggtattcgtggtacggttttccatgaaggtatg
tcaattattgaacgtgataaagcggcagcttacttcgcacaagaagaaggcggcgcacag
gtattgatttgttctgagattggttctgaaggtcgtaacttccagtttgctaatcaactt
gtcatgtttgatttaccgtttaaccctgacttacttgagcaacgtattggtcgtttggat
cgtattggtcaaaaacgcgatattgaaattcatgttccttatctacaaggtacatctcaa
gaattgcttgctcgttggtttgatgaaggtttgaatgcctttggtgaaacgtgtccaaca
ggtcgtgctgtttatgacaaatttgctgatgcaattattgctatcttagcaacaggtaaa
tctgatggcttagaatcattaattgaagagtcggctgcattaaataaatcgctaaaagca
caattagagcaaggtcgtgaccgtttattagaagtacattctaatggtggtgataaagcg
aaagaaattgcagagcaaattgcggcgaccgacggcgatacaaatcttgttaattttgca
ttaaacctatttgataccattggtttaaaccaagatgataaaggtgaaaatgccattgtt
gtcactccagcagaaaacatgttggtatcaagctacccaggtttaccttatgaaggttgt
actattacgtttgaccgtgaaacagcgctttctcgtgaagacatgaacttgatcagttgg
gaacacccaatgattcaaggtggtattgatcttgttttaaccgaaggggtaggggcaaca
gcggtttctttattgaagaataaagcattaccagcaggcactttattattagaactggtt
tatgtagtagatgcgcaagctcctaaacagagtggtattgctcgcttcttacctaaaacg
cctattcgtatcatgatggatggtaaaggtaatgatctttctgctcaggttgaatttgaa
agctttaaccgtcagctaagtccagttaatcgtcatatggcgagcaagttggttaattcg
gttcaaaaagagatccatggattaatcgataaagcggaaattagcatggaagagcgttta
gaaagcgttcgcactgatgctgaaaaagagatgaaagcagcacttaattcagagcttgaa
cgtttacaagctttgaaagcagtcaacccaaatattcgtgatgaagagttaactcaaatt
gaaactcaaatgagcgaactatctggttatattggtaaagcacaagttcagttagattca
ttacgtctaattgtagtgagccataattaa
DBGET
integrated database retrieval system
