Viruses: 80558306
Help
Entry
80558306 CDS
T40000
Symbol
QLL95_gp1022
Name
(RefSeq) Cotonvirus japonicus; capsid protein
Virus
2811091
Cotonvirus japonicus
Taxonomy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
VOG
VOG cluster
Motif
Pfam:
Capsid_N
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
80558306
NCBI-ProteinID:
YP_010841709
RS:
NC_079139
LinkDB
All DBs
Position
NC_079139:complement(675656..682351)
Genome browser
AA seq
2231 aa
AA seq
DB search
MAGGLIQLVANSNSAQNYWLNDNPQITLFKTVFRRHTPFACELVPVLFNTTINFGTSGTA
TLLTNGDLIHRIFIVFDIPKLSAMHLDSKNADIVKVINSVTNIDNNFFKKLKECIYGSYV
EYDRLFNLLDHSLLKYESDKKYLTNIIEELRNYKVVKKSYIKSFIDPPITINNLESDSLL
KDIVKTNLPFVNNDINNDINNDINIEFDNFKLELLDIFLKTKPEHFPIYELIKFMLLSDN
NIFKKLPVIVNNRLGTTILYSTVFQNLITNPEIIITFNVISMEPKQQSLKEFLNLKQKYI
QENLNYYNSINETSNILDQYNTENKDLSVDFAETDIFRNLENMDIYDYGPGFHQILNTFN
VIIEALNHLKTSIPIIIMKPFEISNQDTNSSCNIYTDNYSSVLTSTQYNATIDPNYKYNF
MLKSCQNTTTNNNDFMSINLNSTNDIIYNNVNNNYLNFFNDQVNKMFNNIQNNFDILSES
YREKLFTATHNLFFNKSLPMSNIYGYISPTTSYQQTNKFVVNNVFNINVWFLYFFKYLDQ
IDENDFGDYFQENTHNKLSLNGLILLKNIITLLKINIEYYMYDISYLMNDLYQSCLSDNP
TDTMKTYVPLSFDEYSNGINTKKDLVVITHIHHRNILPDIREIFDFINEFSLKISKECVC
KYLDVNIGHVDDIEILIIRNIVGLFYNNIYDYFLGVYNNFNFESVIRQSKNFNLNEIDNT
PIKTYVINFLNGKNNKCQQISTNNVLDQMEFYFVSEMIHVRELQKMYHNVFSNKELINQN
VGFTHKSILDYVNQILSDVTYKNKLYYATNNIHRYNGQAYSQTSYMSRFNQIINPPIIDP
FSCYDNDAYKIDKRCYDHNISMDNLPPISDPVNYNIPVCWTKNQIFTNNKYVESMQKKKE
NKENKEKEIDFYKLKHQIFFENRIIPSNSCVSEYQWNLLRAIKLTKRLIELHPVIDHQLL
HWLHTSVIFLLNHTQPFMHDIQSEHFNFINKNNNNLSIMDILDQYCQQLNKSIIDVNFIF
EEDFLKETNNILMEIMNYINTESSNNETFSPKTQKNSLPIIDYKITDLINNNKYISCVIK
KNINPNDNIIDKINELKNNYLSQYYIYSKNFDVLKNISNIDDCDNIFNNKNISDIKEFII
DIVNEPRNDFCEYIEDELSAKNSKGINKITTRDIIDNINWIFDLMKRLYDYCQNNNILEK
FMQQLKKIHHVFIDKLLLYQEISSFVDTLGNKYINESDIDKISKIASKYGVDYQEYYNYS
LNNIMPIYNDNITLGKFNGNNIIQNITIKNDLDYFIQKIHKFNVKNNINVTITNMIFNDT
SLSQHLELLNIFKEIPSEYYSYILFFLEYCSSHKFNITLIKNPLNFINQAGNINKLISDN
AFNIENIFRNLLNYLWDNNNLSSYLNKTIDKIIADFSDKKYKNLDTNFIPENDKSYDIYR
ATLDKYINTINQLSQPIDNKINNIIDSKIHLINDSINIISNDIINLNQQIEVINDLKERI
SNILHRNKKARTAWIKKLAHFLVDEVSIYCNDELIDLHKSDWINTRHKLSSSDNHKNGYD
KMIGNIKYLTTYNDEDKMSYTLMLPLTFYFNNYLASSLPLNASTNIKYNINVRLKKLEEV
TYKDEYSVFINPDTGLPQIPNLKNVHLMCEYIYLSEQERKVFITNRLQYIIDELQYENTS
INDKNLEEIYKIGTTKKFYHVLKNGEKTRQEKFTDGIFMEKNKINVDNSELINRNNNIVT
FYKNKSGLNFTRTISDNLNVNKYTHKKRAIIENHFNNPAKMMIILVKSDKHTNPLIRSYN
SDYFPGERQWNNYGLYPKYDLSQIRAIKYEYYTQLKNKIQNLEDEKYGFINIINHVLIDV
ENNEKIPKLLEYIHRIKDAYRNYHDIIFDNVNTEKLKQNLLQMKINHNIINKNILLEIIN
SICYHFNCGLPTIDDINNTFTQFISNFDIENPNVTKTILESVILDILRLYILNNGSSEIY
DLVDQFYTRYNEYETNLLIKEITENIDINTSEYNFYNIMSNLKKNFKNISEHTREKISLI
MDRLSLVPEKEINYMNNMHIKNITYKDVINQILSENNCNYTNLVPNYIIDIVTDKMTKQL
NNLLDTEHITTTSYTNLLKKHPKINPLISGYIKCNNVNIMPENSNSIMWSEIPSNRHFNH
SSSTGLNVYSWAIKPFREQISGSFNLSRIDKCTTICEVHPYISNENPATILTIVLGINMI
NYISGMCGKAW
NT seq
6696 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggctggaggattaatacaattagttgctaattcaaattctgctcaaaattactggctg
aatgataatcctcaaattactttatttaaaactgtttttagacgtcatactccatttgct
tgtgaattagttcctgtattatttaatacaacaataaattttggcacatcaggaactgct
acattgttaactaatggagatttaatacataggatttttattgttttcgacatacctaaa
ttatcagcaatgcatttggatagtaaaaatgcagacattgtcaaagtaataaattctgta
actaatattgacaataatttttttaaaaaattaaaagaatgtatatatggatcatatgta
gagtacgatagattatttaatttgttggatcatagtttattaaaatatgaatcagataaa
aaatatttaacaaacattattgaagaattgcgcaattataaagttgtaaaaaaatcttat
attaaatcttttattgacccaccaataacaataaataatttagaatctgatagtttattg
aaagacattgtaaaaacaaatcttccatttgttaacaatgacattaacaatgacattaac
aatgacattaacattgaatttgataattttaaattagaattattagatattttcctgaaa
acaaaacctgaacattttcccatttatgagttaattaaattcatgttattatcagacaat
aatatttttaaaaaattacctgttattgtgaataatagattaggaacaacaattttatat
tcaacagtatttcaaaatctcattacaaatccggaaattataataacatttaatgtgatt
tcgatggaaccgaaacaacaatctctaaaagaatttttaaatttaaaacaaaaatatatt
caagaaaatttaaattattataattccataaacgaaacttctaacattcttgatcaatat
aataccgaaaacaaagatttatcagtggattttgcggaaactgatatttttcggaattta
gaaaatatggatatatatgattatggtcctggatttcaccagatattaaatacatttaat
gtaataattgaagcattgaatcatttgaaaacaagtattccaataataattatgaaacct
tttgaaatttcaaatcaagacacaaatagttcttgtaatatttatactgataattactca
tcagtattaacgtcaacacaatataatgccacaattgatcctaattataaatataatttt
atgttaaaatcatgtcaaaatacaacaacaaataataatgattttatgtcaataaatttg
aactcaacaaatgacattatttacaataatgtgaataataattatttaaatttttttaat
gatcaagtcaataaaatgtttaataatattcaaaataattttgatattttatcagaatct
tatcgtgagaaactttttactgcaacacataatttatttttcaataaaagtttaccaatg
tcaaatatatacggatatatttcaccaacgacatcatatcagcaaacaaataaatttgtg
gtgaataacgtatttaatattaatgtctggtttttatattttttcaaatatttagatcaa
attgatgagaatgattttggtgattattttcaagaaaatactcataataaattaagttta
aacggtttaatactactaaaaaatattattacattactaaaaatcaatattgaatattac
atgtatgatatttcttacttaatgaatgatttataccagtcgtgtttgtctgataatcct
actgatacaatgaaaacttatgttccattgtcttttgatgaatattctaacggtattaat
actaaaaaagatttagtggtgattacacatattcatcatcgaaatattttacctgacata
agagaaatattcgattttattaatgaattttcactaaaaatttcaaaagaatgtgtttgt
aaatatttagatgtaaatattggtcacgtagatgatattgaaatattaattatacgtaac
attgttggattattttataataatatttatgattattttcttggagtatacaataatttt
aattttgaatctgttattaggcaaagcaaaaattttaatctcaatgaaattgacaataca
cctattaaaacatatgtaataaattttctcaatggcaaaaataataaatgtcagcaaatt
tccacaaataatgttttagatcaaatggaattttattttgttagtgaaatgatccatgtg
agagaattacaaaaaatgtatcataatgtattctctaacaaagaacttattaatcaaaat
gtcggattcactcacaaatcaattcttgattatgtcaatcaaatattatctgatgttact
tacaaaaataaattatactatgcaactaataacatacatagatataatggtcaagcttat
tcacaaacttcttatatgtcaagatttaatcaaatcataaatccaccaataattgaccca
ttttcttgttatgataatgacgcttataagattgacaaacgttgttatgatcataatatt
tcaatggataatttaccacctattagtgatcctgttaattataatataccagtatgttgg
acaaaaaatcagatatttactaataacaaatatgttgaatcaatgcaaaaaaagaaagaa
aataaagaaaataaagaaaaggaaattgatttttataaattaaaacatcaaatatttttc
gaaaatcgaataataccatcaaatagttgtgtatctgaatatcaatggaatttattgcgc
gctataaaattaactaaaagattaatagaattacatcctgtcattgatcatcaattgttg
cattggcttcacacatcagtcatatttttattaaatcatacacaaccttttatgcatgat
attcaatctgaacattttaattttatcaataaaaataacaataatttatcaatcatggat
attttggaccaatattgtcagcaattaaataaaagtattattgatgttaactttattttt
gaagaagattttttaaaagaaacaaataatatactcatggaaataatgaattatattaac
acggaatcttcaaataatgaaacattttctcctaaaacccaaaaaaattcacttcctatt
atcgattataaaattactgatttaattaataataataaatatatttcgtgcgttataaaa
aaaaatataaatcccaatgataacattattgataaaattaatgaattgaaaaataactat
ttatcacaatattacatttattcaaaaaattttgacgttttgaaaaatatatcgaacatt
gatgattgtgataatatttttaataataaaaacatatcagacatcaaagaatttattatt
gatatagtgaatgaacctcgtaatgatttttgtgaatacattgaagatgaattatcagca
aaaaattccaaaggcataaataaaataactactcgagacatcattgataatattaattgg
atatttgatttaatgaaacgtctttatgattattgccaaaataacaatattttagaaaaa
tttatgcaacaattaaaaaaaatacatcatgtattcattgataaattgttattgtaccaa
gaaattagtagttttgttgatactttgggaaataaatatattaatgagtcagatattgat
aaaatttcaaaaatagcttcaaaatatggtgttgattatcaagaatattataattattca
ttgaataatattatgccgatttataatgacaatataacactgggaaaatttaatggcaat
aatattattcaaaatataacaattaaaaatgacttggattatttcattcaaaaaattcat
aaatttaacgtgaaaaataatataaatgtcacaattaccaatatgatatttaatgacacg
tcattatcacaacatcttgaattattaaatattttcaaagaaattccatcagaatattat
tcgtatattttattttttttggaatattgttcgagtcataaatttaatattaccttaata
aaaaatcctttaaattttataaatcaagcgggaaatatcaacaaattaatatctgacaat
gctttcaatatcgaaaatatttttagaaatttattaaattatttatgggacaataataat
ttatcatcatatttaaataaaaccatcgataaaattattgcagatttttctgataaaaaa
tataaaaacttagatacaaattttataccagaaaatgataaatcatatgatatttatcgt
gctactttagataaatatataaatacaataaatcaattgtctcaaccaattgataataaa
attaataatattattgatagtaagatacatttaattaacgattcaataaatattatttcg
aatgatattattaatctaaatcaacaaatagaagttattaatgacctcaaagaaagaata
tcaaatattttacatagaaataaaaaagccagaacagcatggataaaaaaattggcacat
tttttagttgatgaagttagtatttattgtaatgatgaattgattgatttgcataaatct
gattggataaatactagacataaattatcttctagtgataatcataaaaatggttatgat
aaaatgattggaaatataaaatatttaacaacttataatgacgaagataaaatgtcatac
actttaatgttaccactaacattttatttcaataattatttggcatcaagtttaccatta
aacgccagtactaatattaaatataatataaatgtacgccttaaaaaattagaggaagtg
acttacaaagatgaatattcagtatttattaatccagacacaggattaccacaaatacct
aatctaaaaaatgttcatttaatgtgtgaatacatttatttatctgaacaagaaagaaaa
gtatttattactaatagattacaatatattattgatgaattacaatatgaaaatacaagt
atcaatgataaaaatcttgaagaaatatataaaataggcacaacaaaaaaattttatcat
gtgttaaaaaacggagaaaaaactcgccaagaaaaatttaccgatggaatatttatggag
aaaaataaaataaatgttgataattcagaattaatcaatcgaaataataatattgtcaca
ttttataaaaataaatctggattaaattttacaagaacaatatctgataatttaaacgtc
aataaatatacacacaaaaaaagagcaataattgaaaatcattttaacaatcctgcaaaa
atgatgattattcttgtaaaatcagataaacacactaatccgttaatcagatcatataat
agtgattattttccaggagaacgacaatggaataattatggtttgtatcctaaatacgat
ttatcacaaatacgagcaataaaatatgaatattatacacaattaaaaaataaaatacaa
aatttggaagatgaaaaatatggttttattaatattatcaatcatgtgttaattgatgtt
gaaaataatgaaaaaatacccaaattattagaatatattcatcgcataaaggacgcctat
cgtaattatcatgatattatatttgataatgtgaacacagaaaaattaaaacaaaattta
ttacaaatgaaaataaatcataatatcataaataaaaatatacttttagaaataataaat
agtatttgttaccactttaactgtggacttcccaccattgacgatattaataacacattt
actcaatttatttctaattttgatattgaaaatcctaacgtcaccaaaacgatattggaa
tcagtcattttagatatacttagattatatatattaaataatggatcaagtgaaatatat
gatttagtagatcaattttacactagatataacgagtatgaaactaatttattaataaaa
gaaattaccgaaaatattgacattaacacatcagaatataatttttacaatataatgtcg
aatttaaaaaaaaattttaaaaatatatctgaacatacacgggaaaaaatatccttgata
atggacagattatctttggttcctgaaaaggaaattaattatatgaacaatatgcacata
aaaaatataacttacaaagatgttataaatcaaattttatcagaaaataattgtaattac
actaatctagttccaaattatattattgatatagtcactgataaaatgactaaacaatta
aataatttattagatacagagcatattacaacaacatcatatacaaatttattaaaaaaa
catccaaaaatcaatcctttaatatcaggttatataaaatgcaataatgttaatattatg
ccggaaaatagtaattcaataatgtggtcagaaataccatcaaatcgacattttaatcat
agttccagtacaggattaaatgtatattcttgggctatcaaaccttttcgcgaacaaata
tcgggatcatttaatttatctcgaatagataaatgcacaacaatttgtgaagtacatcca
tatatttctaatgaaaatcctgcaacaattttaacaattgttttaggcataaatatgata
aattatatatcaggaatgtgtgggaaagcttggtaa
DBGET
integrated database retrieval system
