Viruses: 956482
Help
Entry
956482 CDS
T40000
Symbol
RBSDVs1gp1
Name
(RefSeq) Rice black streaked dwarf virus; hypothetical protein (P1)
KO
K26713
Fijivirus RNA-directed RNA polymerase
Virus
10990
Rice black streaked dwarf virus
Taxonomy
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
VOG
VOG cluster
Motif
Pfam:
CPV_RdRP_pol_dom
CPV_RdRP_N
Motif
Other DBs
NCBI-GeneID:
956482
NCBI-ProteinID:
NP_620452
RS:
NC_003729
UniProt:
Q8UZ08
LinkDB
All DBs
Position
NC_003729:36..4430
Genome browser
AA seq
1464 aa
AA seq
DB search
MVERKFSRSAEICLKKFESIQQFRQKRQQQEASTDKSHSQNEKTKSPGPRTSDSKKDSST
RQNENSSKCSPNFQQAKDEYIQLLHSKDVALDLIIEKAEDIRNVFIGELPLTQEVIENNL
NDVAVVLNNASDLIFKLFQSDNGILQECVVPVNVIQKDIFPVLHPSEIFDYNGFGIDETN
NLAISPTIRYLPNWNVQKIRSTIDLLKNDSTVVKARNLASDFGLISNTLKRRLLIGIDRM
FNKLSIQHRFGTFESQIFSCFLMKQLLTEEQCYVNLPDCVRKSKFQKRGIDTVCWQYLRQ
ILLHYNCFPFYHHTHNARFGVLDSTKISIHTDLPVSCILPSVLHGLLNEIVSEMLCDLNS
DTALIYAKHLMNCSQQSTYQRQLDFKDDFRSWPKLCYDKIGYVLAVLYSSDMKPLEQRIE
YIDSEFWIDEKEKDTLELSVSKLPEYMKKFVVDSINNCVKLGNEVKSKMSSNQNILLSRD
LVNEEVISARLLASKNTEFLRWLTMTSTIVSNFGIYNKTSLLLEYEKSVGTKQDVMVSKP
DCKISIVTEQGMSIPLINDWSKVPILNEMSELFDQNWKSDLINEFENIDDFEKRFVTFLT
NKSGGQKSEEPTLSKELKGISNARVIAFALNRNDYHDEIKFIKMLMAYGKCAIRFQIDRR
ARVIVIVPNAIQSSELFLLLGFNALKTNKKHNEKLQLGNKIGNLLDARVQMCNTGDVSSV
KNSGDMKGMDAHTIPNLTLFLRNKMIEVLFELDPSKNCSRFFFSEDKEYTLKEKHPQFEE
IYNRKLRGVVIHAAKCLFYMFSMNMYLDDHFFADSQTVSDQTFQTGFFATSAQHTLFLSL
FLLNLERKFFSVLDNRLVSVMHSVMGDDVLEVIKNGVKFPEVVRKWLSLRKNDLSKLNYE
EELSLSRMYGVFLQQAALLGVYVPYPSRMSLFCDERSDTTKRHTLDMIKIIMDVISAKAQ
RSYGIDNGLSIGYSIWSCHRSSRYIYSNADKIKISKLIEMNKNFGFNFIVSHNVVEQSIR
FIYPFVTVMCSPISWPMLTFAMPDVSDSNKILTYRSKAFTSLNGDGAYMLINQMFFTSNE
QHMFQFVDYVKHQSKVVELKLNSNFLDWETRHKWGFTFGEHLLRFKRLRHLTESRKNELG
LGDIEVMVHNLNKYLDSNRVLMSFNSISVLKSHKIEVPYGSMYVNHNRSKIDQSLTVRAE
SLEERAFLDSVFLKHILDYNVIPKDSEVLKTHALCAVKLRIYGDFDYSCERDGVIEPSQD
AQFNILLPFLPGYHLNSAYGKLFSYSTLPTVHDRDISGTLGEITGSLGASFDVDAAIEFG
AHVYNVNPSLVDAAGTAIGIPQGLLNHYKNLVNAFVMNNFNLKYHSIFLNVKYFGLNGSL
KHFSQYGDYSSRLVRFDSINKLDRYHNVFVRDFIFAYIHELNGRRVYLDYSIHSLLLVMS
RGSIKYFTSHLSQLFNPMLTLEFD
NT seq
4395 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggtggaacgaaagttcagtagatctgcagaaatttgcttaaagaaatttgaatcaatc
caacaatttagacaaaagagacaacaacaagaagcaagcacagataaatcacattctcaa
aacgaaaaaactaaatcacccggcccccgtacttccgacagtaaaaaagattcttcaaca
cgacaaaatgaaaattcgtccaagtgtagtccaaattttcaacaagccaaagatgagtat
attcaattattacattccaaagatgttgcgctagatttaattattgaaaaagctgaagac
ataagaaatgtttttattggtgaacttcctctcactcaagaagtgatagaaaataacctt
aatgatgttgctgtagtcctgaataatgcaagtgatttaatttttaaattatttcaatca
gataatggaattcttcaagagtgtgttgttccagtcaacgtaatccaaaaagatattttt
cctgttttacatccttctgaaatttttgattataatggttttggaatagacgaaacaaac
aacttagcaatcagtcctaccattcgatatttacctaattggaatgttcaaaaaattcgt
agtaccattgatcttttgaaaaatgatagtacagttgtcaaagcaagaaatttagctagt
gattttggattgattagtaatactttgaaaagaagattgttaattggaatagatagaatg
tttaataaattaagcatacaacatagatttggaacgtttgagagtcagatttttagttgc
tttttaatgaaacagttattaacagaagaacaatgctatgttaatcttcctgattgtgtt
agaaaatcgaaatttcaaaaaagaggaatagacactgtttgctggcaatatttaagacaa
attcttcttcactataattgttttcctttttaccaccatacgcacaatgctagatttgga
gttttggacagtacgaaaatttctattcatacagatttgcctgtatcgtgtattcttccc
agtgttttacatggattattgaatgaaatagtttctgaaatgttgtgtgatttaaattct
gatactgctttgatatacgctaaacatctaatgaattgttctcaacaatcaacgtatcaa
agacaactcgattttaaagatgattttcgttcttggcctaaattatgttatgataagatt
ggatatgttttagcagtattgtattcatctgatatgaaaccattagaacagagaattgag
tatattgattctgaattttggatagatgagaaagaaaaggacacattagagttgagtgtt
agtaaattacctgaatacatgaaaaagtttgtcgttgattcaattaacaattgcgtaaag
ttagggaatgaggttaaatctaaaatgtcttctaaccaaaatattttattatctcgagat
cttgtaaatgaagaagtgatttcagcacgtttattagctagtaaaaacacagagtttctt
aggtggttaactatgactagtaccattgtttctaacttcggaatctataataagacgtca
ctgttattagagtatgaaaaatctgtaggtacaaaacaagatgtgatggtatccaaacct
gattgtaaaattagcattgtaactgaacaaggaatgagtatccctttaattaacgattgg
tcgaaagtacccattttaaatgaaatgtcagaactgtttgatcaaaattggaaatcagat
ttaattaatgaattcgaaaatatcgatgattttgaaaagagatttgtaacatttctgact
aataaatcaggtggacagaaaagtgaagaacctactctatcgaaagagttaaaaggcatt
tccaacgctagagttattgcatttgctttgaatagaaatgattatcatgatgagatcaaa
ttcattaaaatgttaatggcttatggtaagtgtgctataagatttcaaattgacaggaga
gctagagtaattgttattgttccgaacgctatacaatcaagtgaactctttttgttgtta
ggttttaatgctcttaaaactaataaaaagcataatgaaaaattgcagttgggaaacaaa
attggcaatctcttagatgctagagtgcaaatgtgtaatacaggtgatgttagttcagta
aaaaattcaggagatatgaaaggtatggatgctcataccattccaaaccttactttattt
ttaaggaataaaatgattgaagtgcttttcgaattggatccaagtaaaaactgttccaga
ttcttttttagtgaagataaggaatatactttgaaagaaaagcatcctcagtttgaagaa
atatacaatcgtaaattaagaggcgttgtcattcacgctgctaaatgtttgttttatatg
ttttcaatgaatatgtatttagatgatcatttctttgctgatagccaaactgtgtcagat
caaacatttcaaacaggattttttgctacttcagctcagcatacgttgttcttaagtttg
tttttacttaatttggagagaaaattcttttcggttcttgataataggttagtttcagtt
atgcattctgttatgggagatgatgttttggaagtgatcaaaaatggtgtcaaatttcct
gaagtagttcgcaaatggttgtccctacgtaaaaatgatttatcaaagttaaattacgaa
gaagaattatcattatctagaatgtatggtgtctttttacaacaagcagcattgttaggc
gtgtatgtaccttatccctccagaatgtcgttattttgtgatgaaagatctgatactacg
aagagacatacactagatatgattaaaataataatggatgtgatatcagctaaagctcaa
cgatcttatggtattgataatggattgagtattggttatagtatttggagttgtcatcga
agctcacgctacatttattctaatgctgataaaattaaaatatctaaattgattgaaatg
aacaaaaattttggttttaattttatagtgtcccacaatgttgtcgaacaatctattcgt
tttatatatccttttgttactgtcatgtgttctccgatttcttggcctatgttaactttc
gccatgccagatgtttccgatagtaataaaatattaacttatagaagtaaagctttcact
tctctcaatggtgacggtgcttacatgttgattaatcagatgttttttaccagtaatgaa
cagcatatgtttcaatttgttgattatgtgaaacatcaatctaaagtggtagaattaaag
ttaaattccaattttttggattgggagactagacacaaatggggtttcacgtttggagaa
catttgttacgtttcaaacgtcttcgtcatttgactgaaagcagaaaaaatgaattagga
ttaggagacatagaagttatggtacataatttgaacaaatatttagatagtaatagagtt
cttatgagttttaacagtatctcggttctaaaatcacacaaaattgaagttccatatgga
tcgatgtatgttaatcacaatcgttctaaaattgaccaatctttaactgttagagcagaa
tctttggaagaaagagcgtttctcgattcagtttttctcaaacatatattagattacaat
gttattcctaaagattcagaagtcttgaaaacacacgcactgtgtgctgtcaaattaagg
atttatggtgactttgattattcttgtgaacgtgatggagtaattgaacccagtcaagac
gctcagttcaacattttacttccttttttacctggttatcatctcaacagtgcttatggt
aaactattttcatactccactttgcctactgttcacgatagggatatttctggaactttg
ggagagattacaggatctttaggtgcttcatttgatgtcgatgctgcaattgaattcggt
gcacatgtttataacgtaaatcctagtttagttgatgccgctggcaccgctattggtatt
ccccaaggattgctcaaccactacaaaaatttagttaatgcttttgtgatgaataatttt
aacttgaaatatcattctatctttttaaatgtgaaatactttggtctcaatggaagttta
aaacatttttctcaatatggtgattactctagccgtttagttcgtttcgattcaataaac
aaattagatagataccataatgtattcgtacgtgatttcatttttgcttatattcatgaa
ttaaatggccgtagggtatatttagattatagtattcatagtcttttgctcgttatgtcc
cgaggttcaatcaagtactttacctctcacctctcacagttattcaatcccatgcttact
ctggagttcgactga
DBGET
integrated database retrieval system