KEGG   Viruses: 9725463
Entry
9725463           CDS       T40000                                 
Symbol
ToChSV_s1_gp1
Name
(RefSeq) Tomato chocolate spot virus; polyprotein
Virus
661101  Tomato chocolate spot virus
SSDB
Motif
Pfam: RdRP_1 RNA_helicase
Other DBs
NCBI-GeneID: 9725463
NCBI-ProteinID: YP_003097229
RS: NC_013075
UniProt: C7EXM2
LinkDB
Position
NC_013075:139..6606
AA seq 2155 aa
MAFSKFYNKRVSDQMESSTSSSSSFFGELTGSIAKFSRAIGNITSVSQKISDHLDELKPS
ISDASTSFVSTCSTVNKVLDKINALIEPFLKAYSFLATMYKSIKDMVLKLFEGLSSKIKL
GFSWVLKKSEDVDVVVYGFLVFAISMLVLLYVCPSNIVEGVSSTVKNIFFIVGNMFSSLY
NLDWFPKWAERFTLVAQASMLPGESVSHTPTSQLMSTILAFGISTLVFIAVPGRPNGLNN
PLSKILYSTGSGAQQCNQLFTLYRNMKDCTSQAFSWVLEIIVDMFGFKNPILSAISATLA
TDLFEWMKEVDAVCDPATRLENFANKAFPTKLNHLREQALKISAYIATHPVAAFMSHRVS
AAINQLEKVYAESCRHMGVGQYRIEPFMVQWFGASGCGKSTSMRLFINDVLDRMGEPKLN
RLYAVSKRDAYWSNYAHQTAILMDDMGALRDGAGQCQDIKDLIDIKSTQPAPLPMAAVED
KGRHFTSKYIFATSNLISAPAQCGLTYPDAFERKRDILVECIKDGKFSTEDPTGHLKFNI
VESRRPHAITHRGLSYSDLLDYVVAKCQVHAEVSKQLFEAESGIASKTAQVQVSSKEVVA
SVDGARLKTKQDNPILSPVVIDDNDRIIYSRELTVEALKFAYQGSMDPEELFPHDHHKQA
LFDSLDADHKQVFLKWRTDMLYRGADAEQYRWLVQNIPDDYIMHFKSFIYASTICEKKLS
VQTEMRTGFAHKCIDADVDTLICIEQMPPFVQFLYTAFVRYWCNKVSKQPSESWVKVCYH
KIIDYIQEAWWNMPYALRLLIKAGLIIMALNGVFGCITAFLACWQSNTFPSASGRGGVTN
ESNSISSKKNFGKNKLKNMLVGQGAQSLTQDWASEDGFVNHSLKKNLVVLRLGEGVYFRG
TYVCSGWIMTVAHAFHNVRDGTPFTIVHPNSRSKVQYNAREAKVIEGQDIILLRVGDPDG
PKPDIRKHFPRKDEVCFTKGSQGLCCRAVASTDPRNGNLELLKMPVMMSKGYTVKVEYEL
DTSSFKICSQNSYEYHMNGENGDCGTLLLLPSVQNKQPMIVGIHCASYDGIAAERGFISS
NATAIYREQLEDLPVGPVKAAMVRCDILKSIRSREAALFEENQVSFLGTVPQELAATVPH
KSTLRRSQLFEAFGPAETAPSILTVNDKRGEGFDPYVAGVMKYNETAHNFDEGIAKMAFE
TLKCALLPVMKNQKVPGGMPCARDEDVVLNGIDGWDYYDGMELSTSCGYPFNKMGMGLNK
REFVETTGVGDRVELKRSTPVFEAWEELDVQVRKGVHVDLFTTQCAKDERLPLEKIYGKR
KTRLFEILPFHYNMLVRKYFLDFSATLMSSHNAIPCKVGIDPTSSEWSLLANGFRAVSNI
GFSADYSSFDGRAPVFIFQWFCDLVDDYYGSATGSPESNARHALLMMASCHYTLCEDKVF
RLVGGMPSGFALTVIFNSLLNEFYMRYAFISLLRRPHIAARAIGVKPHDFNQLFVAVYGD
DNLVAVPLHLQWYSLPNIAQELDMVNVVIKNGLDKSMDVNEVQFQDLSELTFLSRGFKRH
ALGYHMAPLKWVSIIEPMYWIRPAPGCPDAQAMMENVETGIREAFHHGQVAYEKLVADVQ
EALNERGFRATIFPSYLEVEQEWIAKVTGNADVMTICEMARAAISYTPLEPGSKVENFER
DLNWFAPNIGFCSARTASHYSWDDETIVVNCTGAKKSNWVRGPANWKDFEGQMWPYTISA
ILDAQRSKAAEGKAIVNTIFVCGNGYAVGPVCAALMALATRQFCAEDIIVRLRTIANVLD
LNTYPGGCAQYFLQCVPHGDKVAQAGISLHSSFAHQGFELGNFRIIRGDISKTTALRMPY
VVGPNGGWGNFSTQELTTLLSYLGKGYAELVSRNTKLTLYFKNMSQEDVQQLITFVKLQG
YYPSEVTVGQLKNFVDAEQLVSKRKEGTLHRVVFTKRVLGSTWKLNGDNIMSTLSAESLF
PGPLSASVLKVLLSKHTRNMSCQNIGLALKIYLLNFHHITAEMLEKFENMFQRKLPDKLL
FETLVWLEESFRSQIVIDHSVLQRFNKNLFKAREHGFSLHPEMINMNAVDALVFTLRENF
LDSEKTYCVAPELNLGAFLFLTILGLSKQDSDILQDVQSTFVRNCQSILTNYQEP
NT seq 6468 nt   +upstreamnt  +downstreamnt
atggctttctcaaagttctataacaaaagagtgagtgatcaaatggagtcttctacatca
tcatcttcttctttctttggtgagttgacaggttccattgctaagttttctagggcaatt
ggtaacattacttctgtttcccagaagatttcagatcatctggacgaactcaaaccctct
ataagtgatgcttccacatctttcgtatctacctgtagcactgtgaacaaagtgttagat
aaaataaacgctttgatagaacctttcctcaaagcgtattcgtttttagccactatgtac
aaatcaattaaagatatggtcctcaagttatttgagggcctttctagtaaaataaagtta
ggcttttcctgggttttaaaaaagagtgaagatgtagatgtagttgtatatggattttta
gtttttgccatttctatgttggttcttttgtatgtgtgtccatcaaatattgtggagggt
gtttctagtactgttaaaaatattttctttatagttggtaacatgttttctagtttgtac
aatttagattggttcccaaaatgggctgagaggtttactctggtggcgcaagccagtatg
ttacctggtgaatcggtgtctcatacgccaacctcgcaactcatgtcaaccatcctggca
tttggaatatcgactctggtgttcatagctgtgccaggacgacccaatggattaaacaac
ccgctatccaagatcttgtattcaacaggtagtggagctcaacagtgcaatcaactcttc
acgctttaccgcaacatgaaggattgtacttcacaagcattttcttgggttcttgagatt
atagtggacatgtttggatttaagaacccgatattgtctgctattagtgctaccttggcc
acagatctatttgaatggatgaaagaagtggatgctgtgtgtgatccagccacgcgtctt
gaaaattttgccaacaaggcttttcccacaaagctcaatcatttaagagaacaagctctc
aaaatctcagcatatattgcaacgcatccagttgctgcattcatgagtcatcgcgttagt
gcagcaattaatcagcttgaaaaagtgtatgctgagagctgcagacacatgggagtcgga
caatacaggattgagccctttatggtgcaatggtttggagctagtggctgtggcaagtca
acatccatgagattgtttataaatgatgtgctcgatagaatgggagagcctaaactcaac
cgtctctatgcagtgagtaagagagatgcgtactggtcaaattatgcgcatcaaacagcc
attcttatggatgacatgggagctttgcgcgatggtgcgggtcaatgtcaagatatcaaa
gatctcattgacatcaagtcaacgcagcctgcaccgttacctatggctgctgtggaggat
aaagggaggcactttacttccaagtatatctttgcgacctccaatctgatttctgctcca
gcccagtgtggcctcacctatcctgatgcttttgagcgcaaaagggacatcctggtggaa
tgcatcaaggatggaaaattctcaactgaagaccccactggccatctcaaattcaatatt
gttgagagcaggcgaccacatgccatcacacaccgtggtttgtcttacagcgatttgttg
gactacgtggtggcaaagtgtcaggttcatgctgaagtttccaagcaattgtttgaggct
gaatctggcattgcgagcaaaacagcccaggtacaagtgtcctcaaaggaagtggtggca
tctgttgatggggccaggcttaaaacaaaacaggacaatcccattttgtcaccagttgtc
atagatgataatgataggataatttattcaagagagctgacagtggaagctctcaagttt
gcctatcaagggagcatggacccagaggaactttttccacatgatcaccacaagcaggct
ctctttgattctcttgatgcggaccacaagcaagtgtttctcaaatggagaacagacatg
ctctaccgaggggctgatgctgagcagtatagatggttggtgcagaatattcctgatgat
tatataatgcactttaaaagcttcatttacgcatcaactatctgtgagaagaaattgtcg
gtgcagactgagatgagaactggatttgcgcacaagtgcattgatgctgatgttgacaca
ctcatatgcattgaacagatgcccccttttgtccaatttctttacactgcctttgttaga
tactggtgtaacaaagtttcaaagcagcccagtgaatcatgggtgaaggtatgttatcat
aagataattgattacattcaagaagcttggtggaacatgccttatgctcttagattgctt
atcaaggcaggcttaataataatggctctaaatggagtttttggttgcattacagcattt
ctggcctgttggcagagcaacacatttccaagtgcgtctggaaggggaggcgtgacaaat
gagtccaacagcatatccagcaagaaaaattttgggaaaaataagctcaagaacatgtta
gttggccaaggagctcaaagtttgacacaagattgggcatcagaagatggatttgtcaac
cacagtctaaagaagaatcttgtcgtcttacgacttggggaaggtgtatatttccggggg
acctatgtgtgttctggctggattatgactgttgctcatgcttttcacaatgttcgtgat
ggtacaccttttaccatagtccatccgaattcaaggtcaaaagtgcagtacaatgccaga
gaggctaaggtgatagagggtcaggacatcattctgctgagagttggcgatcctgatggt
ccaaagcctgacataagaaaacactttcctcgcaaggatgaagtgtgttttaccaaaggg
tctcaaggactgtgttgcagggcggtggcatcaacagatccaagaaatggaaatctagag
ctactcaaaatgccagtcatgatgtcaaagggctacactgtgaaagttgagtatgaattg
gacacatctagcttcaagatatgttcccagaactcctatgagtaccatatgaatggggaa
aatggtgactgcggaacgttgctgttgttacccagtgtgcagaacaaacagcccatgatt
gttggcatacactgtgcatcttacgatggtattgcagctgaacgtggctttatttcctcg
aatgcaacagcaatctacagagagcagctggaagatttacctgttggacccgtcaaagct
gccatggttcgctgtgatatccttaagtccatcagaagtagagaagctgccttgtttgag
gagaatcaagtttcatttcttggcactgttccacaagaattggcagcaaccgtcccacac
aagtcaacactcagaagaagccagctgtttgaggcttttggacctgcagaaacagcacca
tcaatactcaccgtcaatgacaagaggggtgagggctttgatccatatgttgctggggtc
atgaaatacaatgaaacagcacacaattttgatgaaggaattgccaagatggcctttgag
accctcaaatgtgctttgttgcccgtcatgaaaaatcaaaaggtgccaggcggaatgcca
tgcgctcgtgacgaagatgttgtgctcaacggtattgatggttgggattattacgatggt
atggagctgagcacttcatgtggttatccctttaacaagatgggtatgggtctcaacaaa
agagagtttgtggaaaccactggtgtgggggaccgcgttgagctcaagcgatcaacacct
gtgtttgaagcgtgggaggagttggatgttcaagtgagaaaaggcgtccatgtggacctg
ttcaccactcagtgtgctaaagacgagcgcctcccacttgagaaaatatatgggaagaga
aagacacggttgtttgagattcttcctttccattacaatatgctcgtcagaaagtacttt
cttgatttttcagcaactctcatgtcctcgcacaatgcaattccatgcaaagtaggaatt
gatcccacgagttctgaatggtcgctcctagccaatgggtttagagcagtctctaacatt
gggttctcagcagactattcaagctttgatggtcgtgctccagtgtttattttccagtgg
ttttgcgatcttgttgatgactactatggttctgctactgggagtcctgaatcaaatgcc
cgccatgctctactcatgatggcctcatgtcactataccctttgtgaggacaaggttttc
agactggttggaggcatgccgtcaggttttgcactaacagtgatcttcaactcattactg
aatgaattctatatgcggtatgctttcatttcacttttgcgaaggccgcacattgcagca
cgagcgattggtgtaaaaccacatgattttaaccagcttttcgttgctgtgtatggagat
gacaaccttgttgctgttcccttgcacttgcagtggtattcattgcccaacattgcacaa
gaactggatatggtaaatgttgtaattaaaaacggtttggacaaatcaatggatgtgaat
gaggtgcagtttcaggatttgtctgaactgacttttctgagcagagggttcaagagacat
gctctgggctaccatatggcaccgcttaagtgggtatccataatagaaccaatgtattgg
atacgaccagcacccggttgtcctgatgcacaggcaatgatggaaaatgttgaaactggc
ataagagaggcctttcatcatggtcaagttgcatatgagaaattggtggcagatgtgcaa
gaagcactgaatgaacgtggatttcgtgccacaattttcccttcctacctggaagtcgaa
caagaatggattgccaaggttactggaaatgctgatgtgatgacaatctgcgaaatggca
agagctgcgatttcatacaccccgttagagcctgggagcaaagtggaaaacttcgaaagg
gatttgaattggtttgctccaaacataggcttctgttctgcacgaactgcttctcactac
agttgggatgacgaaaccattgtggtaaattgcacaggtgcaaagaagagcaattgggtg
agaggccctgcaaactggaaggattttgaaggacaaatgtggccatacacaatttctgcg
attctggatgctcaacgcagcaaagctgcggaaggaaaggccattgtaaacaccatattt
gtctgtggtaacgggtatgcagtaggacctgtgtgtgctgcacttatggctttggcgact
aggcagttttgtgctgaggacattattgtaaggttgcgcacaattgctaatgtgctggat
ttgaacacataccctggaggttgtgcacagtacttcctacagtgcgtcccccatggtgat
aaagtggcacaagctggtatttcgctgcacagcagttttgcacatcaaggttttgaattg
ggcaatttcagaataatccgtggtgacatctcaaagactactgccttgagaatgccatat
gtggttggacccaatggaggctgggggaatttttcgacgcaggaactcacaaccctccta
tcttatctcggaaaaggctatgctgaacttgtgagtcgcaacacaaagttgactctctat
ttcaaaaacatgagccaagaggatgtccaacagctgatcacctttgtcaagttgcagggt
tactatcctagcgaagtcacagtgggccaactcaaaaattttgttgatgcagagcaactg
gtgtccaagcgcaaggagggaactcttcaccgtgttgtgttcaccaaaagagtgcttgga
tcgacatggaaattaaatggtgacaacatcatgtcaaccttatctgcggaaagcctgttt
cctggtcccttgtctgcttctgtactgaaagtattgctgagcaagcataccaggaacatg
agctgtcagaatattggcttggctctcaagatttatcttctcaatttccatcatatcact
gcggagatgcttgagaaatttgagaacatgtttcaaagaaagttgcctgataagttgctt
tttgaaacactggtttggttagaggaaagctttcgttctcaaatagttattgatcattct
gtactgcagcgcttcaataaaaatctgttcaaggcaagggagcacggattttctttgcac
cctgaaatgatcaacatgaatgcagtggatgcactcgttttcacactaagagaaaatttt
ctcgattcagaaaagacctactgtgtggcaccagagttgaaccttggggccttcctcttt
ttgacaatcttgggcctcagcaagcaagacagtgacatccttcaagatgtccagtccact
tttgttagaaactgtcaatccatccttacaaattatcaggagccttga

DBGET integrated database retrieval system