Vagococcus intermedius: OL234_04295
Help
Entry
OL234_04295 CDS
T09229
Name
(GenBank) PD-(D/E)XK nuclease family protein
KO
K16899
ATP-dependent helicase/nuclease subunit B [EC:
5.6.2.4
3.1.-.-]
Organism
vie
Vagococcus intermedius
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
vie00001
]
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
vie03400
]
OL234_04295
Enzymes [BR:
vie01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
OL234_04295
DNA repair and recombination proteins [BR:
vie03400
]
Prokaryotic type
DSBR (double strand breaks repair)
HR (homologous recombination)
AddAB pathway proteins
OL234_04295
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
ADDB_N
PDDEXK_1
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
WEG74122
UniProt:
A0AAF0CWR3
LinkDB
All DBs
Position
919712..923299
Genome browser
AA seq
1195 aa
AA seq
DB search
MALEFIYGPASCHHEEPLVERARDFLIKDENNQVFYLVPNHVKFETEVAVLNDLHKLSPF
NKAKTMAMMRLQVFSFTRLAWYFLQNTEYYQDEQLTEAGNHMLIRKVLLDEAENLHVFKG
EVGQPGFIKQLAELFSELQEGKIEEPDIEELLSELGETAKENDFKKKLKEFYLLYQVYCQ
QLGQRQVGMTQSISYLAEYLKDYDLSNMMFVITGYSRFTAREKELVEILIRKAGEVKIDL
VLDRAHVTKPPEGLDMFFDTGKLYYELYQYARHNQVKLLRDYHLKCDQSQPLTQLDIAWR
ESQKLTPNKEVHQLSESCVHLWESETPFAEISQVAKEIRKLIASGYCRYQDIEILSRDLP
SYQALIEPVFSSHEIPFYLNSELEMRHHPLVEFLETLFLIKKRYFRYSDIMRFLRTELFV
PQEESLLSLKDWQYQRQCHRSQVDLTENVVLAYGYEGHAWVKEKDWVYVQYDFEESEERL
DENRKGQESSNVIRRHIRDYLVPFYDRLDQAKTGLEAAKLLYDFLLTSGVERELLYWRDQ
DIEKGHLDQAKIHEQTWQAFVILLDDYVKILGDEVFNFDDFYMIIKTGLEGLTYSKVPTT
LDQVTVSSLDLIHAQKNKVTFVIGTTDNVLPKKIENKTLLSDDERQLFSNSLTDGKFLSK
NTQSDLAKEPYIAYLAFHSTDGKLYITYPRSNDRVKEIKPSPYVNVIQHALNLEIEPRYN
SPSVEHFSLNQIGTYRTLLTDLVNLKRRALEEKQEIANTWQVLETILGKQPQYNLLSRKI
FKSLKHKNISEPLKPELVTSLYGETIYGSVSKIENFNQCQYKYFMTYGLKLRERDRFELS
PAATGDFYHDALDHLFKALITKKLVLSELTTSQLTELTEEVLQRILGDAKFTILTASNRM
NYIRYQLSETIKRVSRGLQRQSQIAGFSNVKTEVMFGQLVQEKGLNSLLIPLDNHKKMEI
RGKIDRLDKIETKDNTYLAVVDYKSSDHSFDYRDAYFGLAMQMITYLDVALQNAVSLIGT
EGVKPAGAFYLQVKNPILEGGTSEEQLESQLLKEFSYKGILLEDENLLDTLDPTVKSSGS
SSLVFPYKETKKGYKSTQFVSEEEVDLLIQHNRENFKKAGNAIFTGETAINPAYRDKKRV
ACEYCPFRSVCQFDVLLKENNYKRIDSLKKADAIKKMTPCSEKENKRGMLDDTDK
NT seq
3588 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggcattagaatttatctacggaccggcaagttgtcatcacgaagaacctttagttgaa
cgagctcgagattttttaattaaagatgaaaacaatcaagttttttatttagttccaaac
catgtcaaatttgaaacagaggtagctgttttaaatgatttacataaattgtcacctttc
aacaaagccaaaacaatggcgatgatgcgcttacaagtttttagttttacgcgtctagct
tggtatttcttacaaaatacagaatattatcaagacgagcagctaacggaagctggtaat
catatgctaataagaaaagtcttgttagatgaagcagaaaatcttcatgtttttaaagga
gaagtaggtcagccaggttttattaagcaattagcagagttatttagtgagttacaagaa
ggtaaaattgaggaacctgatatcgaggagctgcttagtgaattaggagaaacagctaaa
gaaaatgattttaagaaaaaactaaaagaattttacttattatatcaagtctactgccaa
cagttaggtcaaagacaagttggtatgacacagtcaatcagctatttagcagagtatcta
aaagactatgatttaagcaatatgatgtttgttattacaggctattcacgtttcactgcc
agagaaaaagaattagttgagatacttattcgaaaagctggggaagtaaaaattgattta
gtgttagatagagcccatgtcaccaaacctccagagggcttagacatgttttttgatacg
ggaaaactgtattatgaattatatcaatatgctcgccataatcaagtgaaactattgaga
gattaccatttgaaatgtgatcaatctcaaccgttaacccaactagatattgcttggaga
gagtcacagaagttaacccctaataaagaagttcatcaactatctgagtcatgtgtccat
ctttgggaaagtgaaacaccttttgcagagatcagtcaagtagcgaaagaaattagaaaa
ttaattgcaagtggctattgccgttatcaagatattgagattttaagccgagatttaccg
agttaccaggctttaatcgaacctgttttctctagccatgaaattcctttttatttaaat
agtgaattagagatgagacatcatcctttagttgagtttttagaaacattatttttaatt
aaaaaacgttactttaggtacagtgacatcatgcgatttttaagaacagaattgtttgtt
cctcaagaagaaagtctcttatcattgaaagactggcaatatcaacgacaatgtcatcgt
tcacaggttgatttgacggaaaatgttgtcttagcttatggttacgaaggtcatgcttgg
gttaaagaaaaagattgggtttatgttcaatacgattttgaagagtcagaggagcgactt
gatgaaaatagaaaaggtcaagaaagttccaatgttatccgacgccacataagggattat
ctcgttcctttttacgataggctagaccaagctaaaacagggttagaggccgccaaatta
ttatatgattttttattgacgagcggtgttgagcgagaattattatattggcgtgaccaa
gacattgaaaaagggcatttggatcaggcaaaaattcatgaacaaacatggcaagctttt
gttattttattagatgattatgtcaaaatattgggtgatgaagtatttaattttgatgat
ttttatatgataattaaaactggtttagaggggctgacttacagtaaagtaccaacaacc
ttagatcaagtaacggtttcttctttagacttaatccatgctcaaaaaaataaagttacc
tttgttattggtacaactgataatgtattacccaaaaaaattgaaaataaaacattatta
tcagatgatgaacgacaactgttttcaaattcattaacagatggcaagtttttaagtaaa
aatacgcagtctgatttggcaaaagagccttatatcgcgtatctagcttttcattcaaca
gatggcaaattatatatcacgtacccgagatcaaatgatcgagtaaaagaaataaaacca
tctccttatgttaatgttatacaacacgcacttaatttggaaattgaaccacgatacaat
agcccaagtgttgagcatttttccttgaatcagattggtacataccgaactttgttgaca
gatttggtcaatttgaaaaggcgggctttggaagagaaacaagagatagccaatacttgg
caagtactagaaacaatccttggcaaacaacctcagtataaccttttaagtagaaaaata
ttcaaaagtttaaaacataagaatatttcggagccattaaagccagagttagtaacgtct
ttgtatggcgaaacaatttatggttcggtttctaaaattgaaaactttaaccaatgtcaa
tataaatattttatgacctatggcttaaaattaagagaacgtgatcgatttgaattgagt
cccgcggctacgggtgatttttatcatgatgctttggaccatttatttaaagcattaatt
actaaaaagttagtattaagcgaattgacaacaagtcaattaaccgaactaacagaagaa
gtgttacaaagaattttaggtgacgctaaatttactattttaacggcaagtaatcgaatg
aattatattcgttatcaactcagtgaaacaataaaaagagtgagtcgtggtttacagcgt
caaagtcaaattgccggtttttcaaatgtgaaaactgaagttatgtttggtcagttagtt
caggaaaaagggttaaatagtttactcataccattagacaatcataagaaaatggagatt
agaggtaaaattgaccgattagataaaattgaaactaaggataacacttatttagccgtt
gtcgattataagtcaagcgatcatagctttgattatcgtgatgcttattttggtttagcc
atgcaaatgattacttacttagatgttgcgttgcaaaatgcggtttctctgattggaaca
gaaggtgttaaaccagcaggggctttttatttacaagtgaaaaatccgattttagaggga
ggaacttctgaggagcagttagagagtcagttactgaaagaattttcttataaaggtatt
ttattagaggatgagaacttattagataccttagacccgactgtaaaatcttctggaagt
agttctttagtatttccctataaagaaactaaaaaaggttacaaatcaacacaatttgtg
tcagaagaagaggttgatttactgattcaacataaccgtgaaaattttaaaaaagcaggt
aatgctatttttacgggagaaacagctattaatccagcctaccgggataaaaaaagagtg
gcctgtgagtattgtccgtttagaagtgtttgtcagtttgatgtattgttaaaagaaaat
aattacaaaagaattgatagtctgaaaaaagcagacgcgataaagaaaatgaccccatgt
tccgaaaaagaaaataagcgaggtatgctagatgacacagacaaataa
DBGET
integrated database retrieval system
