Vibrio atlanticus: VS_1394
Help
Entry
VS_1394 CDS
T00812
Name
(GenBank) putative hemolysin-type calcium-binding region
Organism
vsp
Vibrio atlanticus
SSDB
Ortholog
Paralog
GFIT
Motif
Pfam:
LapA
HemolysinCabind
Calx-beta
VWA
VWA_2
VWA_CoxE
CotE
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
CAV18557
UniProt:
B7VNI1
LinkDB
All DBs
Position
1:1519948..1525599
Genome browser
AA seq
1883 aa
AA seq
DB search
MSLGIYMDMTVLNASGALALGQRIVISIDGTIKVLEDGQPLQAGDVVLESQNVNSESQIS
VKRFTPQGKDGDEVELDQDIENIFAALEEGQDPTELGEEFATAAGVSGSSLVSSGTIERD
GDETIPVTEFVTTGFEGLGLSRTQSLSLLDLFRAVEVEPTVSIEDSQIINEGSTAIFEVS
LSKVASGDVSVTLETLYGTATADDITSIVVKDAAGNVVTPNADGSYTVPAGETKLVVEVA
TKDDGTFEGDEKLSLKVTGATGVTGTGTGELTIKDDGTGPVDPTDPTLPVNPDDRPTVSI
EDSKVINEGSTASFDVSLSKAASVDVSVTLETLYGTATADDINSVVVKDAAGNVVTPNAD
GSYTVKAGETKLVVEVATKDDGTYEGDEKLSLKVTGAAGVIGTGTGELTIKDDGKGPVDP
TNPNPDDRPSVSIEDSKVINEGSTASFDVSLSKAASVDVSVTLETLYGTATADDISSIVV
KDAQGNVVTPNADGSYTVKAGETKLVVEVATKDDGTYEGDEKLSLKVTGVTGVNGTDTSD
LTITDDGTGPVDPGTPNPDDRPSVSIEDSKSINEGSTASFDVTLTKAAAVDVTVDIDTLY
GTATAEDITSIVVKDSAGQVVTANADGSYTVKAGETQLTVEVATKDDATYEGDEKLSLKV
TGVTGVNGTDTSDLTITDEDVTIKVHDAAPVDEGDKASFKVTLNEASSEKQYVKFEATTN
GYDTEFDDIDTNSLTYEYKDTNGVFQVANVVNGYVEIPAGRTELRVTVQTVQDDKFEWTE
RFGLHIVDTKSQVGGTSSIDEANSDLKGQGTIKLDHTDNPTLTLTNANAVDEGSTAVFDG
QLSKVSEASIEMKVEFEFSNGVGKANLEDLAADISKPFAGVTVTYVSGGVIKTISVNEVD
GTFTLPARVTDFKVNVDTVNDNRFETSEDFGIKLSEIPFQSSTDASKDVIINHGQHGVSA
TGSINEDASDKPAISVSDALAVKEGGVLEYSVALTGSSDIEVKYSFNFPNSSDVKKADIS
FTDGVKLSADKQFIIVPKHVSNFKVIVPTLDDVLVENTENYTISIGGDTGTGSILDNEVA
PIVTNQSVSLSEEGLMNGISDNNGLPTDSTDAYSIQGDLVITDANNNLHDTVFSETSTIN
ITTSTGQPLTSSGSLVTWNVSNGGHTLVGSANGQNVIEATLTSDGHYEIHLKGPVDHTNV
NGEDSLVLQIPVIAKDTSGLTSTGGQISVSIEDDQPVAKNIDISVSPETKSNTNVQLILD
TSGSMSNSSNGKLAIMKAAVSKMLDQYHDMGDVRVQLIDFNSRSTRLEFNGRAWMTVSEA
KYLVNRLTAGGGTDYDDAVKKARQSWDHDEHLQLDNANNVSYFISDGKPQDGHDDATISD
NEETKWANHLISNGITSQSIGINSSGSLNDSGQIDRVSYDGTKGSSSGADTDAIIIKDAN
GLSDVLTQSIIKTVSGHLTQDGGFGADGGYVSQLVIDGVTFNFDGSTISSTGQNSKISFT
KNESTNELKVTVDGKYTLSIDMDTGSYKFGGKPQARPETVDFDYTLKDGDGDTSSSHISF
DVMGSKGSVDVSSTGKMIDSVKVLHDNLSWIGSPAVTNGQAGYNKIVDNVDINKGVSINV
GDAGDAVWTGQGDDVIYLGDSHAVLDQNTGQASNQDAINTYIKDVFTQGRDSNVILNPNQ
GEDSEIAATNNSTANLDVAHGGGGSDYIYGEGGSDVIFGGSGDDVIDGGEGNDGLRGGTG
HDTLKGGSGDDILIGGIGNDILTGGSDDDIFKFVDQGSGVRHGEKDTITDFTKGDDKIDI
SDLLHTDSSDSINSLLQSSKIGISLEGADNMSTADLKLTVTDGGKTQEIILQDSAEQFDS
YITNGSISDVSGLLNDILKIYDN
NT seq
5652 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgagtttagggatttatatggacatgacagtattgaatgcgagcggtgcattagcatta
ggtcaacgcattgttatttcgatagatggcacaatcaaggtcctagaagacggccagcca
ttacaagctggggatgtcgttttagaatcccaaaatgtaaattctgaatctcagatttca
gttaagcgctttacgccacaaggaaaagatggcgatgaagtggaacttgaccaagacatt
gaaaatatttttgccgctttagaagaagggcaagaccctacagagttaggcgaagagttc
gcaactgctgctggtgtaagtggatcgagcttagtaagcagtggaaccatcgagcgtgat
ggtgacgaaaccatcccagttaccgaatttgtaacaactggtttcgaaggcttgggtttg
tctcgtactcaaagtttaagtttgcttgatttgttccgtgcagttgaagttgaaccaaca
gtaagtattgaagacagccaaattattaatgaaggctcaacagcaattttcgaagtaagt
ctaagtaaagttgcgtcaggtgatgtgagcgttacgctagagaccctttacggtacagca
actgcggacgacatcacaagtatcgttgtgaaagatgccgcaggtaacgtagtgactcca
aacgctgacggctcttacaccgtgccagcgggtgaaactaagctggttgttgaagtcgca
accaaagacgacggcacgttcgaaggcgatgagaaactgagcctaaaagtgacgggcgca
accggcgtgacaggcactggtacgggtgagctgaccattaaagatgatggcacaggtcct
gtagacccaaccgatcctactctgccagtgaatcctgatgaccgcccaacggtgagcatc
gaagacagtaaagttattaacgaaggctcgacagcgagctttgatgtgagcttaagcaaa
gcagcatcagtcgacgtgagcgtaacgctagaaaccctttacggcacagcaacagcggac
gacatcaacagcgttgttgtgaaagatgccgcgggtaacgtagtgacaccgaacgctgac
ggctcttacaccgtcaaagcgggtgaaacgaagttagttgttgaagtcgcaaccaaagac
gacggcacgtatgaaggcgatgagaaactgagccttaaagtgacgggcgcagccggcgtc
attggcacgggaaccggtgagctgaccatcaaagatgatggtaaaggtcctgttgatcca
accaatccaaatccagatgaccgcccatcggtgagtatcgaagacagcaaagttattaac
gaaggctcgaccgcgagcttcgatgtgagcttaagcaaagctgcatccgtcgacgtgagc
gttacgctagaaaccctttacggcacagcaacagcggacgatatctctagcattgttgtg
aaagatgcccaaggtaacgtagtaacaccaaacgctgacggctcttacaccgtcaaagca
ggtgaaactaagctggttgttgaagtggcgactaaagacgacggtacgtacgaaggcgac
gagaaactgagcctgaaagtgacgggcgtgacgggcgttaacggcacggacaccagtgac
ttaaccatcaccgatgacggcaccggcccggtcgaccctggcactccaaacccagacgat
cgcccatcggtgagcatcgaagacagcaagagcatcaacgaaggctcaacggcgagcttt
gacgtgacgttgaccaaagcggcagcggtggatgtgacggttgatattgacacgctttac
ggcacagcgacggcagaggacatcacgagcatcgtggtgaaagactcggcaggtcaggtt
gtgacggcgaacgcagatggctcttacacggtgaaagcgggtgaaacccaactgactgtc
gaagtggcgaccaaagacgacgcgacgtacgaaggcgacgagaaactgagcctgaaagtg
acgggcgtgacgggcgttaacggcacggacaccagtgacttaaccatcaccgatgaggac
gtaactatcaaagtccatgatgctgcgcctgtcgatgaaggagataaagcatcctttaaa
gtgacattaaatgaagcctcttctgaaaaacagtatgttaaatttgaagcgacaacgaat
ggttacgataccgaatttgatgatattgataccaatagcctaacttacgaatataaagat
actaatggtgtattccaggttgctaatgtcgttaacggttatgtagaaattccagcagga
agaactgagcttcgtgtaacggttcaaaccgtgcaagacgataaatttgaatggactgaa
cgttttggactacacattgtagatacaaaatctcaggtcggcggaacgtcaagtattgat
gaagctaattctgatctgaaaggtcagggtacaatcaagttagatcatacagataaccct
acgcttacattgacgaatgctaatgctgttgatgaaggaagcacggccgtatttgatggg
caactatcgaaggtgtctgaagcgtcgattgagatgaaagtcgagtttgaattttctaat
ggcgttggcaaagcaaaccttgaggatttagccgcggacattagtaaaccgtttgctggg
gttacagtcacttatgtttctggcggagtgattaagactatttcggtaaatgaagtggat
ggcacattcacgcttcctgcgagagttacggatttcaaagttaatgtagatacagtaaat
gataaccgtttcgaaacatcagaagactttgggattaagttgagtgagatacctttccaa
tcttcaactgatgctagtaaagatgtaatcattaatcacggtcagcatggtgtatcagct
acgggctctataaatgaagatgcttctgataaacccgcaataagtgtgtccgatgctctt
gctgttaaagaaggtggtgtgttggagtacagcgttgcacttacaggttcttctgatata
gaagttaaatattcatttaacttcccaaatagtagtgatgttaaaaaagcagacatttcg
tttacggatggcgttaaactgagtgctgataaacaatttattatagtgcctaaacatgta
tctaactttaaggtcattgttcctacattagatgatgttcttgtagaaaataccgaaaac
tacacgatcagtattggcggtgatacaggtactggctcaatactagataatgaagttgct
cctattgttacgaatcagtcggtaagcctgtctgaagaaggtttaatgaatggtatctct
gataataacggtttacctacagattcaacggatgcttattcgattcagggtgacctagtt
attaccgacgctaataataacttgcatgacacagtatttagtgaaacaagcacaattaac
attacaacatctacaggtcagcctcttacatcaagtggtagccttgttacttggaatgta
tcgaacggtggtcacacgctggttggttcggctaatggacagaatgtgattgaagcgacg
ttgactagtgacggacattacgagattcatttaaaagggccagttgatcatacgaacgtt
aacggtgaagatagtctagttcttcagattcctgtaatagctaaagacacgtcgggtctg
acaagcactggtgggcagatatcggtctcgatagaagatgatcaacctgttgcgaaaaat
atagacatctctgtttcgcctgaaactaagtcaaatactaacgttcagctgattcttgat
acatcgggttctatgagtaatagttctaacggtaaacttgctattatgaaggctgctgta
tctaagatgctcgatcagtatcatgatatgggtgatgtaagagtccagttaatagatttc
aatagtagatcgactcgtttagagtttaatggtcgcgcttggatgacagtatctgaggct
aaatatttagttaatagactgactgcaggtggtggtaccgattatgatgatgcggttaaa
aaagctcgtcaatcttgggaccatgatgaacacttgcaactagacaatgcaaataatgtc
agctatttcatctcagatggtaagcctcaagatgggcacgacgatgcaacaattagtgat
aatgaagaaacaaaatgggctaatcaccttatatctaacggtattacatcccaatctata
ggtatcaatagtagtggtagcctaaacgactccggacaaattgatagagtgtcttatgat
ggcacgaaaggaagttcgtcaggagcagatactgatgcaattattattaaagatgcaaat
ggattatctgatgtgcttactcaatctatcattaaaacagtgtccggccatttaactcaa
gatggtggctttggcgctgatggtggttatgttagtcagttagttattgatggcgtaact
tttaattttgatggttcaactatcagttctacaggacagaactctaagatcagctttacc
aaaaatgaatcaacaaacgagttaaaagttacggtcgatggcaagtacactttgagtatc
gatatggatacgggttcgtacaaatttggtggcaaaccacaagctagacctgaaaccgta
gacttcgattacacattaaaagatggtgatggtgatacaagtagcagtcatatttcattt
gatgtaatgggttcaaaaggcagcgtagatgtgtcgtctacaggcaagatgatcgattct
gttaaagttcttcatgataatttgagttggataggatcacctgcagtaaccaatggacaa
gcgggttacaacaagattgtagacaatgttgatatcaacaaaggtgtttcaatcaatgtt
ggtgatgctggcgatgctgtttggactggccagggtgacgatgtcatttatcttggtgat
agtcatgctgtcttggaccaaaatactgggcaagcgtctaaccaagatgcgatcaacact
tatattaaagatgttttcactcaaggtcgcgattcgaacgtaatacttaaccctaaccaa
ggtgaagatagtgagatagctgctactaataacagtacagcaaacttggatgttgctcat
ggtggcggcggtagtgactatatctacggagaaggtggctcagacgttatattcggtggg
tcaggcgatgacgtcattgatggcggtgaaggtaacgatggtcttcgaggcggtacgggt
cacgatacacttaaaggcggatctggcgatgatattcttatcggtggtattggtaacgat
attttaaccggcggtagtgatgatgatatcttcaagtttgtcgaccaaggttctggtgtt
cgtcatggtgagaaagacacaattacagactttactaagggtgatgataaaatagatatt
tccgatctacttcatacagattcttctgacagtattaatagcctacttcaaagcagtaag
attggtatttctcttgaaggtgcagataatatgtcaacggcagatcttaagttgactgtg
acagatggtggaaaaactcaggagatcatattgcaagatagcgctgaacaatttgatagt
tatatcactaacggttcaatttcagatgtgagtggactattaaacgatatattgaaaatt
tacgataactaa
DBGET
integrated database retrieval system