Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus Pel: WP0554
Help
Entry
WP0554 CDS
T00719
Symbol
rpoBC
Name
(GenBank) DNA-directed RNA polymerase, beta/beta' subunits
KO
K13797
DNA-directed RNA polymerase subunit beta-beta' [EC:
2.7.7.6
]
Organism
wpi
Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus Pel
Pathway
wpi03020
RNA polymerase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
wpi00001
]
09120 Genetic Information Processing
09121 Transcription
03020 RNA polymerase
WP0554 (rpoBC)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03021 Transcription machinery [BR:
wpi03021
]
WP0554 (rpoBC)
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
wpi03400
]
WP0554 (rpoBC)
Enzymes [BR:
wpi01000
]
2. Transferases
2.7 Transferring phosphorus-containing groups
2.7.7 Nucleotidyltransferases
2.7.7.6 DNA-directed RNA polymerase
WP0554 (rpoBC)
Transcription machinery [BR:
wpi03021
]
Prokaryotic type
Bacterial type
RNA polymerase
Core subunits
WP0554 (rpoBC)
DNA repair and recombination proteins [BR:
wpi03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
DNA-directed RNA polymerase complex (RNAP)
WP0554 (rpoBC)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
RNA_pol_Rpb2_6
RNA_pol_Rpb1_1
RNA_pol_Rpb1_5
RNA_pol_Rpb1_2
RNA_pol_Rpb2_3
RNA_pol_Rpb2_7
RNA_pol_Rpb2_2
RNA_pol_Rpb1_3
RNA_pol_Rpb2_45
RNA_pol_Rpb1_4
RNA_pol_Rpb2_1
RPOC_hybrid
Biotin_lipoyl_2
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
CAQ54662
UniProt:
A0AAI9EGC5
LinkDB
All DBs
Position
complement(594197..602716)
Genome browser
AA seq
2839 aa
AA seq
DB search
MVDSSYMCASSAFVPRVSYSRSIDLKDSLLDLVKVQKGSYNSFTPNNESNERLEAIFHTI
FPISDPLHRATIEFLNCRVDDLKYSESECIKRGITFSAQVIASIRLVIMQDGVSLEKYQE
IKEDDDHSKLATVIKSAEEQEVRFCELPMMTDKGTFIINGVEKVIVSQMHRSPGVFFDSD
RGKTYNSGKLIYSARVIPYRGSWLDIEFDVKDHLYFHIDRKRKLPISVLLKALGLSNNDI
LNKFYEKIEYIKHKSGWRVPFSPDKFKGVRLPFDLKNVEGNVLLKANVRITSKLAKNLYD
NGLKEYLIPYDSICGLFLAEDLIDSASSTKVLSAGESIKLEDIKKLELLSIDKISVLNID
NVSVGPYILNTLFLDENMSYENALYEIYKVLRPGEVPILKIVEEFFRNLFFSSEYYDLSN
IGRLKLNSCLGLNYEENLTTLTHEDIIEIIRKIVLLRDGQGSVDDIDHLANRRVRSVGEF
IENQFRTGLLKLGRAVVDSMSTSSLDKVSPSDFINPKVLTNVLRDFFNSSQLSQFMDQTN
PLSEITHKRRLSALGPGGLTRERAGFEVRDVHPTHYGRICPIETPEGQNIGLINSLAIYA
RINKYGFIESPYRKVVNKVVTDQIEYLSAIDEGLYYIADTSAKLDENNCFVDDMLYCRYA
GTFVMVNSNQVSYIDLSPKQVISVAASLIPFLENDDANRALMGSNMQRQAVPLLKPTAPL
VATGMESFVASGSGAVVLAKRGGIVDSSDSNSIVIRAFDKGGINYLDVDIYHLRKFQRSN
HNTCINQKPLVHVGDCVKEGDVIADGPAINNGELALGQNLLVAFMSWQGYNFEDSIIISS
EVVKKDLFTSIHIEEFECVVHDTPLGSEKITRAIPGVNEENLYHLDDSGIVKVGTRVGPG
YILVGKVTPKHSLSLPPETKLLMTIFGEKSFDCVDSSLYTSPDIEGIVIDVQVFTRRGEE
ENERAFLIKQKEANDFEKERDHIINVINQYFYDELRKILINSGSQDRESINFIEREGWWD
IGLKNQSISKQVESLKKDFDEKVSHAIANFKRKVEKLHEGYDLPQGVSMSVKVFIAVKHS
LQPGDKMAGRHGNKGVISRVVPVEDMPYLEDGTPIDIILNPLGVPSRMNVGQILETHVGW
ACKKLGEKVGNILDEINKIKRAFCEAIRSLSDDDFEKFAALYLDNKKFEDINDDEITASI
LDTPNKDELNNELTTLVENYFNSCKDAHSSLRHFLIEVYSCGSNLSICNNIRDINDNHLI
EFAYKLRDGIPVTAPVFEGPKDEQIVKLFELAGLDNSGQVVLYDGCSGEKFDRKVTVGYM
YMLKLHHLVDGKIHARSVGPYSLVTQQPLGGKSHFGGQRFGEMECWALQAYGAAYTLQEM
LTVKSDDINGRVKIYESVIKGDSNFECGIPESFNVMIKELRSLCFNVDLKQNDIVIEDIS
HTNIAQSFNEVSISIASPESIKRMSYGEITDVSTANYRTFKVEKGGLFCPKIFGPVNDDE
CLCGKYKKRRHRGRICEKCGVEVTSSKVRRERMGHIELASPVAHIWFLKSLPSRIGALLD
MSLRDIESILYSDNYVVIDPLVSSFEKGEIISEKAYNEAKDSYGVDSFIAMQGVEAIREL
LIRLDLHEIRKNLRQELESVASEMRRKKIIKRLRIVENFIKSGNRPEWMILTAIPILPPD
LRPLVSLESGRPAVSDLNHHYRTIINRNNRLRKLLSLNPPEIMIRNEKRMLQEAVDSLFD
NSRRNALVNKAGATGYKKSISDMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPTLKLNQCG
LPKRMALELFKPFVYSRLKIYGMAPTIKFASKLIRAEKPEVWDMLEEVIKEHPVLLNRAP
TLHRLGIQAFEPVLIEGKAIQLHPLVCTAFNADFDGDQMAVHVPISLEAQLEARVLMMSI
NNVLSPSNGRPIIVPSKDIVLGIYYLTLQQLKKDDLPLFCAFCEVEHSLNNGTLHIHSHI
KYKMEHINSDGNIQYKTICTTPGRLILWQIFPKHENLSFDLINQVLTVKEITSIVDLVYR
SCGQSATVVFSDKLMTLGFEYATFSGTSFSRCDMVIPETKATHVDYTRGEIKKFSAQYQD
GLITKSERYNKVIDEWSKCTDIIANDMLKAISLYDENSKYNSIYMMVSSGARGSTSQMKQ
LAGMRGLMTKPSGEIIETPIISNFREGLNVFEYFNSTHGARKGLADTALKTANSGYLTRR
LVDVSQNCIVTKHDCKTKNGLIVRAIVEGSTIVASLESVVLGRTAANDIYNPVTKELLLK
AGQLIDEGKVKQINIAGLDVIKIRSPLTCEISPGVCSLCYGRDLATGKIVSIGEAVGVIA
AQSVGEPGTQLTMRTFHIGGVMTRGVESSNIIASINARIKLNNSNIIIDKNGNKIVISRS
CEVVLIDSLGSEKLKHSVPYGAKLYVNEGELVKIGDKVAEWDPYTLPIITEKSGTISYQD
LKDGISITEVMDESTGISNRVVKDWKLYSGVANLRPRIALLDDNEKVITLSSGVEACYFI
PVGAVLNVQDGQKVHAGDVITRTPRESVRTRDITGGLPKVIELFEARRPKEHAIVSEIDG
YVMFSEKDRRGKRSIVIKPVDKQASPVEYLVSRSKHVIVNEGDFVRKGDLLMDGDPDLHD
ILRVLGLEALAHYMISEIQQVYRLQGVRIDNKHLEVILKQMLQKVEITDPGDTMYLIGEN
IDRLEIDRENDAMNNSGKRPAHYLPILQGITRASLETNSFISAASFQETTKVLTEAAFCG
KSDPLSGLKENVIVGRLIPAGTGLIMNKVKTLSLCENIDKYEKYFDIETYDEKLLSDNSY
QLHSDEEESVVASHYDQSN
NT seq
8520 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atggttgattcttcttatatgtgtgcttctagtgcttttgttcctagagtttcttattcc
aggtcgattgatttaaaagattctttgttggatttggttaaagtccaaaaggggtcatat
aattcctttactcctaataatgagagtaatgaaagacttgaagctatctttcatacaatt
tttccaatatctgatcctttgcatagggctactatcgaatttttgaattgtagggtagat
gatcttaagtatagtgaatctgaatgtataaaacgtggtataactttttctgctcaggtt
attgcttctatacgtcttgttattatgcaggatggtgtttctcttgaaaaatatcaagag
attaaagaagatgatgatcattctaagcttgcaactgttataaaatctgctgaagagcag
gaggttcgcttttgtgaactgcctatgatgactgataaaggtactttcatcatcaatggc
gtagagaaagttatcgtttcacaaatgcatagatctcctggagtgttttttgatagtgat
aggggaaaaacttacaattctggcaaattgatctattctgctagagttattccttataga
ggttcttggcttgatattgagtttgatgttaaagatcatttgtattttcatattgataga
aagagaaagttgccaatatcagttttattaaaggctttgggcttatcaaataatgacata
cttaataaattttatgaaaaaatagagtatataaaacataaaagtggctggagagtacct
ttttcccctgataaattcaagggagtgaggcttccttttgatttaaagaatgttgaaggc
aatgtgttacttaaagccaatgttcgtattacttcaaaattagctaaaaatctatatgat
aacggattgaaagagtatctaattccttatgattctatatgtggtttatttcttgcagaa
gatttaatagatagtgctagttctacaaaagtcttatctgctggtgaatctataaaatta
gaggatataaaaaagcttgaattattatctatagataaaatatcagtgttgaacatagat
aatgtttctgttggaccttacatattaaacacacttttcttagatgaaaacatgtcttat
gagaacgctctatatgaaatatataaggttttgcgtcctggtgaagttcctattttaaag
atagtagaggagttttttcgtaatcttttcttcagttcggaatattatgatttgtctaac
attggtagattaaaacttaactcttgccttgggttaaattatgaggaaaatttaactact
ttaacacatgaagacattattgaaattataagaaaaatagtattgttacgtgatggtcaa
ggatctgtagatgatattgatcatttagcaaatagaagagtccgttcagttggagagttt
atagaaaatcaatttagaactggattattaaaattgggacgggcagtagttgattctatg
tctacttctagtttagataaagtctctccatctgattttataaatccaaaagtgttaacc
aatgtcttaagagattttttcaactcttcccaattatctcaatttatggatcagactaat
ccattatctgaaataacacataaaagaaggttgtcagcgttaggtcctggtggtttaaca
agagagagggcgggatttgaagtgcgtgatgttcatccaactcattacggaagaatttgc
cctattgaaactcctgaggggcagaatataggcttaattaatagcttagctatatacgct
cgtattaataaatatgggttcattgaaagtccttataggaaagtagttaataaggttgtt
actgatcaaattgagtatctgtctgctatagatgaaggtttatattatatagccgatacc
agcgcaaagcttgatgagaacaactgctttgttgatgatatgttatactgtaggtatgct
ggtacctttgtaatggtaaatagtaatcaagtaagttacattgatttatctcctaagcag
gtaatatcggttgctgcttctttaattccatttttagaaaatgatgatgctaatagagcg
ttaatgggttcaaatatgcagcgtcaagctgtacctttattgaagcctactgctcctttg
gttgctactggcatggaatctttcgtagcttctggctctggtgctgtagttttagcaaaa
cgtggtggcatagttgacagctcagatagtaactctatagttatacgtgcttttgacaaa
ggaggaattaactacttggatgtagatatttatcatctaagaaaatttcagcgttctaac
cataatacttgtattaaccagaaaccactggtgcatgtaggtgattgtgttaaggaaggt
gatgtgatagctgatggtcctgctattaataacggtgaattggcacttggccaaaacttg
ctagtcgcttttatgtcttggcaaggttataattttgaagactcaatcattatttctagt
gaagttgttaaaaaagatctatttacttctattcatatagaagaatttgaatgtgttgta
catgacactcctttagggtcggaaaaaataactcgtgccatacccggtgttaatgaagaa
aatctttatcacttggatgatagtggtatagtaaaggttggtacaagagttggtccaggt
tatattttggtggggaaagttacacctaagcattctctttcattgcctcctgagacaaaa
ttgttaatgacaatttttggtgaaaagtcatttgattgtgtggattcctctttatataca
tctccagatattgaagggatagtgattgatgtgcaggtctttacacgcagaggggaagaa
gaaaacgaaagggcgtttcttattaaacaaaaagaggcaaacgactttgagaaagaacga
gaccatataatcaatgttattaatcaatatttctatgatgaattaagaaaaatccttatt
aattctggctctcaagatcgagaaagtattaattttattgaacgtgagggatggtgggat
ataggattgaaaaaccaatctatttctaagcaagttgagagcttaaaaaaagattttgat
gaaaaagtatcacatgcgatagcaaactttaagcgaaaagtagaaaaattgcatgaaggc
tatgatctgcctcaaggtgtgtcgatgtcagtaaaagtttttattgctgtaaaacatagt
ttgcagccaggggataaaatggctggtagacatggaaataaaggtgtgatttctcgagtt
gttccagtagaagatatgccttatttagaagatggtactcctattgatattattcttaac
cctcttggcgttccttcgcgaatgaatgtaggtcaaatattggaaacgcatgtaggttgg
gcttgtaaaaaattaggagaaaaagtaggcaatattcttgatgagatcaataaaatcaaa
cgtgctttttgtgaggcaattagatctctcagtgatgatgattttgaaaaatttgcagca
ttatatcttgataataaaaaatttgaggatattaatgatgatgaaataacggcttctatt
ttagatacgcctaataaggatgaattaaataatgaattgactacattagtagagaattat
ttcaactcttgtaaagatgcacacagtagtttacgtcacttcctgattgaggtttatagt
tgtggcagtaatttatctatttgtaataacattcgcgatattaatgataatcacctcatt
gaatttgcgtataagttgcgtgatggcattcctgttactgcacctgtatttgaaggtcca
aaagatgaacaaatagtaaagctatttgaacttgctggattggataactctgggcaagtt
gtattatatgatggttgctcgggtgagaagtttgatcgcaaagttacagttggttacatg
tacatgcttaagttgcatcacttagtagatggtaaaattcatgcgcgttcagtaggacct
tatagcttagttactcaacaacctcttggaggaaagtctcattttggtggtcagcgtttt
ggtgaaatggaatgttgggcattgcaagcctatggtgctgcttacactttgcaggaaatg
ttaactgtgaagtctgatgatattaatggcagggttaagatttatgaatcggtaataaaa
ggtgacagtaactttgaatgtggaattcctgaatcctttaatgtcatgataaaagagttg
cgttccttgtgttttaatgtggatttgaagcaaaatgacatagtaattgaagatatatct
catactaacatcgcgcaatcttttaatgaggttagcatttccattgctagccctgaaagt
attaaacgtatgtcttatggagagataacagatgtttcaactgcaaactaccgtacattc
aaagttgagaaaggtggattattttgtcctaaaatttttggtcctgtcaatgatgatgaa
tgtttatgtggaaagtacaaaaaaagaagacataggggccgtatatgcgaaaaatgtgga
gtagaagttacatcttctaaagtaagaagagaaagaatgggtcatatagagcttgcatct
cctgttgctcatatatggtttttgaagtcacttccttcaagaattggagcattattagat
atgtctcttagagatatcgaaagtattttgtatagtgataattatgttgtaatagatcct
cttgtttcctcttttgaaaaaggtgaaattattagtgagaaagcttataatgaagctaaa
gatagctatggggtcgatagctttatagctatgcaaggtgttgaagctataagagaattg
ctaatacgccttgatttacatgaaattaggaagaatttaagacaggagttagagtctgtt
gcttctgaaatgagaagaaagaaaattataaagagattacgtattgttgaaaattttatc
aagtctggaaacagacctgagtggatgatacttacagctatacctattttaccacctgac
ttgcgtcccttggtatcgcttgaaagtggtcgacctgcagtttctgatttaaatcatcat
tatagaactattattaatcgaaataatagattgagaaaattgttaagtttaaatcctcct
gagattatgattcgtaatgagaaaagaatgttacaagaggcagttgattctctttttgat
aatagtcgtcgtaatgctctggtaaataaagctggcgctactggatataaaaagtctatt
agcgatatgctgaaaggaaagcaaggtcgtttccgtcagaatcttttaggaaaaagggta
gattattctggacgttctgtaatagttgttggtccaactttgaaactaaatcagtgtgga
ttaccgaaaagaatggctcttgagctattcaagccttttgtttactcaaggcttaaaata
tatggaatggctccaactattaaatttgctagtaagttaataagagcagaaaagccagaa
gtttgggatatgcttgaagaagtaataaaagagcatcctgttttgctaaatagagcgcct
acgctacataggcttggtattcaggcttttgagccagtccttattgaaggtaaagcaata
cagcttcatccacttgtttgtacagcatttaacgctgactttgatggtgatcaaatggca
gtacatgtgccaatttcattggaagctcaacttgaagctagagtgttgatgatgtcaatt
aataacgttttaagtccttctaatggaagaccgattatagttcctagtaaagatatagtg
cttggtatatactacctaactttacagcaacttaagaaggatgatttaccacttttttgt
gctttttgtgaagttgagcattccttaaacaacggtactctgcatattcattctcatata
aagtacaaaatggaacacatcaatagcgatggaaacattcagtataaaactatttgtaca
actcctggacgtttaatattatggcagatttttcctaaacatgagaatctaagcttcgat
ttaataaatcaggtattaacagttaaggaaataactagtattgttgatttagtatatcgt
agctgcggtcaaagtgctacagtggtattttctgataaattgatgacacttggctttgag
tatgctacattttctggtacttcttttagtcgttgcgatatggtcatacctgaaactaaa
gctacacacgttgattatacaaggggtgaaattaagaaattttctgcacagtatcaagac
ggactaatcactaaaagtgagaggtataataaagttatagatgagtggtctaagtgcaca
gatataatagcgaatgatatgttaaaagcgatatctctgtatgatgaaaatagtaagtac
aattcaatatatatgatggttagctccggtgcaagaggttctacttcccagatgaagcag
ttagcaggaatgcgagggttaatgaccaaaccttctggtgaaattatagaaacacctata
atttctaattttcgcgaaggattaaatgtatttgaatactttaattctactcacggtgcg
cgtaaaggtttagctgatactgcacttaaaactgcaaactctggatacttaactcgtcgc
ttggttgatgtatctcaaaattgcatagttacaaaacatgactgtaaaacgaaaaatggc
cttattgtaagagctatagttgaaggtagtactatagttgcatctctagagagtgttgta
ctgggtagaacagctgcaaatgatatatataacccagtaaccaaagagttattattaaaa
gcagggcaactaattgatgaaggtaaagtaaagcaaatcaacattgcaggtcttgatgtt
ataaaaattagatcgcctttaacttgtgaaataagtcctggtgtgtgttctttgtgttat
ggaagagaccttgcaactggtaaaattgtttcaataggtgaagcagttggtgttatcgct
gctcaatctgttggagagccaggtactcagttaacgatgcgtactttccatataggtggg
gtaatgactagaggtgttgaatcctcaaatattatagcttctattaatgctagaataaaa
ttaaacaatagtaatataattatagataaaaacggaaataaaattgtgataagccgttcc
tgtgaagtcgttttaattgatagccttggtagtgaaaaattgaagcacagtgtgccttat
ggtgctaaactttatgtaaatgagggtgagttagtaaaaattggtgataaagttgcagaa
tgggatccgtatacactacctattattacggaaaagagtggtacaatatcttaccaggat
ttaaaagatggaatttcaatcactgaagtgatggatgaatctacagggatatcaaataga
gtagtaaaagattggaaattgtactctggtgtagctaatttacgtcctcgtattgcactg
cttgatgataatgaaaaagtaataacactttcaagtggtgtggaagcatgttactttata
ccagttggtgcagtgcttaatgtacaggatggccaaaaggttcatgcaggtgatgttatc
acaagaacgccgagagagtcagttagaactcgtgatattactggtggcttgcctaaggtt
atagaattatttgaagcacgtcgtcctaaagagcatgctatcgttagtgaaatagatggc
tatgtaatgttctctgaaaaagaccgtagaggaaaacgcagtatagtaattaaacctgta
gataagcaagcttctccagttgagtatttagtatcaagaagtaagcatgtaatagttaat
gaaggtgattttgtgcgtaaaggtgatttattgatggatggcgatcctgatcttcatgat
attctacgtgtgcttgggttagaagcgttagcacactatatgatttctgaaatacagcaa
gtttatagattgcaaggtgtgcgcatagataacaagcatttagaagtgatcttaaagcaa
atgctacaaaaagtagaaattaccgatcctggtgatactatgtacttaattggagaaaat
attgacaggctggaaattgatagagaaaatgatgctatgaataactctggaaaacgacct
gctcattatcttcctattctgcagggaattactagagcaagccttgaaactaattccttt
atttctgctgcctctttccaagaaacaacaaaagtacttacggaagcagcattttgcgga
aagagtgatcctttgagtggcttaaaagaaaatgttatagtaggaaggttaattcctgct
ggtacgggtctgattatgaataaggtgaaaacactttcgctttgtgaaaatatagataaa
tatgaaaaatattttgatattgagacttatgacgaaaaattgctgagtgataatagttat
caattacattctgatgaagaagagagtgtggtggcatcgcactatgatcagtcaaattga
DBGET
integrated database retrieval system
