Xylocopilactobacillus apis: KIMC2_08050
Help
Entry
KIMC2_08050 CDS
T09716
Symbol
mfd
Name
(GenBank) transcription-repair-coupling factor
KO
K03723
transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) [EC:
5.6.2.4
]
Organism
xak
Xylocopilactobacillus apis
Pathway
xak03420
Nucleotide excision repair
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:
xak00001
]
09120 Genetic Information Processing
09124 Replication and repair
03420 Nucleotide excision repair
KIMC2_08050 (mfd)
09180 Brite Hierarchies
09182 Protein families: genetic information processing
03400 DNA repair and recombination proteins [BR:
xak03400
]
KIMC2_08050 (mfd)
Enzymes [BR:
xak01000
]
5. Isomerases
5.6 Isomerases altering macromolecular conformation
5.6.2 Enzymes altering nucleic acid conformation
5.6.2.4 DNA 3'-5' helicase
KIMC2_08050 (mfd)
DNA repair and recombination proteins [BR:
xak03400
]
Prokaryotic type
SSBR (single strand breaks repair)
NER (nucleotide excision repair)
TCR (transcription coupled repair) factors
TRCF (transcription-repair coupling factor)
KIMC2_08050 (mfd)
BRITE hierarchy
SSDB
Ortholog
Paralog
Gene cluster
GFIT
Motif
Pfam:
DEAD
TRCF
CarD_TRCF_RID
UvrB_inter
Helicase_C
ResIII
Cas3-like_C_2
UB2H
REGB_T4
Motif
Other DBs
NCBI-ProteinID:
BDR56243
UniProt:
A0AAU9DMV5
LinkDB
All DBs
Position
834901..838365
Genome browser
AA seq
1154 aa
AA seq
DB search
MKIHNNIFNFLKKQGFYQQIDESLESSGRHLFTGIQGSVASFIFARDAEINNNQTIILVP
SIDEIFSLSDELSNFISEDEIYSFPSEEILFSPDLTASPENQRSRALFLHALVTGKKGFF
FLTPQSLMRTISDPNTFKSAGFEINLNSKISLEEFINRLDKAGLKKNPRVEKLGEYAVRG
DIIDFFTFGSSTPIRLELFDSDVDSIRSFDLDSQRSLDQVERVQIIPISDRIIDQKKVKE
FISSKKPTRVQSYLKEYIENEHQLENFPYIEKLIGNHTISDYLSLTSTVFVSEYAHIIDS
LGDINEQITQLKDRLNNEGHYFKRDFVEKNFVEFFKQIKNRQIFISNIKRGIGNLSFKTV
NNILDRTIPSFVDNLESFETFLEENKSRKSTVVLCLPEKSQHDSAKKLIDDLDLNLFEAD
KDSIQPHKINMVSDNFYHGFDLVNENIILISQNELYSSKKKRRRRLNFLSKNSRKITNFS
ELKVGDYVVHINHGIGRFIGITTETHGGVSRDYITIQFAGSGKLYVPVNQIQFIQKYQSD
NGTAPKLNKLGSAEWRKTQSNVAKRIDDMADELIERYAERQTKKGFAFSPHSSYETEFAD
AFSYVETPDQDRSIKEVLGDMEKSVPMDRLLVGDVGFGKTEVAMRAAFKAILDHKQVAVL
APTTILVQQHYNSFIDRFRNFPVTIEMISRFRTNKEIKDVIQRIKNGDVDIVIGTHRLLS
KDVKFKDLGLLVIDEEQRFGVRHKERLKELKNNVDVLTLTATPIPRTMQLATLGIMDLSL
IETAPPDRYPVMTYVSEFSIDLIQDAIERELRRNGQVFYLHNRVSDIEQTVVFLKGLFPN
AEIGYADGQMSESQLENTMLDFLEGRFDILVTTTIVEIGVDIPNVNTLIVENADRFGLST
LYQLRGRIGRSNRIAYAYLTYQANRSINETSEKRLSAIRDFTELGSGYKLALTDLSIRGA
GNILGKEQHGFINAVGFDLFLQMLSDAIQSKMGKTSRYHTKSIVELEWSNYISDDYIPDS
SEKIEMYQKILHSKTSEEVDDLLDEMIDRFGEPPISVLNLLNTARIKIEANQAGILKITS
INDSIRIQFSPVMSSILNQSVLEKILVDEKFKIKLSLADKGYSIIVMNPGNKITSDEFLQ
FVIKIKNLVVEKEK
NT seq
3465 nt
NT seq
+upstream
nt +downstream
nt
atgaaaattcataacaatattttcaattttttaaaaaagcaaggattttatcaacaaata
gatgaaagtcttgaaagttcaggccgtcatcttttcacaggtattcaaggatcagttgca
agttttatttttgctcgcgatgcggaaattaataataatcaaacgataattttggttcct
tcaatcgatgaaatcttttctttgtctgatgaattaagtaatttcatttctgaagatgaa
atctattcttttccttcagaagagatattattttctcccgaccttactgcttcaccggaa
aatcaaaggtctcgagctttgtttttgcatgctttagtgactggaaaaaaaggatttttc
tttttaactcctcaaagtttaatgcgtacaatttctgatccaaatacatttaaaagtgcc
ggatttgaaataaatttaaacagtaaaatctcattagaagaatttattaatagacttgat
aaagctggattaaagaaaaatccaagagttgaaaagttgggagagtatgcagtcagagga
gatattattgacttctttacttttggctcttctactcctattcgacttgaattatttgat
agcgatgtagattcaattcgttcttttgatcttgattctcagcgttcactggatcaagta
gaacgagttcaaataattcctattagcgatcgaattattgatcaaaaaaaagttaaagaa
tttattagttcaaaaaagcctacgagggttcaatcatatttaaaagaatatattgaaaat
gaacatcaattagagaattttccatatatagaaaaactcattggaaatcacacaatttct
gattatctttcattaacttcgaccgttttcgtttcagagtatgctcatatcattgattct
ttgggagatataaatgaacagataactcaacttaaagatcgattaaacaatgaaggccat
tattttaaacgagattttgttgaaaaaaattttgtggaattttttaaacaaattaaaaat
cgtcaaatttttatctctaatattaaaagagggattggtaacctttcttttaaaactgtt
aataatattttggatcgaacaattccaagctttgtcgataatttagaatcttttgagact
tttttggaagaaaataaatctcgtaaatcaacggtagttttatgcttgcctgaaaaaagt
caacatgattcggctaaaaaattaatcgacgacctagatcttaatttatttgaagccgat
aaagattcgattcaacctcataaaataaacatggttagtgataatttttatcatggattt
gatttagttaatgaaaatattattttaatcagtcaaaatgaactctattcttctaagaaa
aaacgtcgccgacgcttgaactttttatccaaaaattcacgtaaaattactaatttttct
gaattaaaagtgggagattatgtagttcatataaatcatggaattgggagatttattgga
atcactaccgaaactcatggaggtgtgagtagagattacattacaatccagtttgctgga
agcgggaaattgtatgttcctgtcaatcagattcaatttattcaaaaatatcagtcagac
aatggtacggcccctaaattaaataaattaggaagtgctgaatggcgcaaaactcaaagt
aatgtagcaaaacgaattgacgatatggctgatgaactgattgaaagatacgctgaacgt
caaactaaaaaagggtttgctttttcgccgcacagttcatatgaaactgaatttgcagat
gctttttcctatgttgaaactcctgatcaagatcgatcgataaaagaagttcttggtgat
atggaaaaaagcgttccaatggatcggcttttagttggagatgtaggttttggaaaaaca
gaagttgcaatgagagcagcgtttaaggcgatccttgatcataaacaagtagcagttttg
gcgccgaccacgattttggttcagcagcactataattcttttattgatcgctttcgcaat
tttcccgtgacaattgaaatgatttcacgttttcggacaaataaagaaattaaagatgtc
attcaaagaataaagaatggcgatgtagatattgtgattggaactcatcgtcttttatca
aaagatgtcaaatttaaagatcttggtttattagtaattgatgaggaacagcgatttgga
gttcgacataaggaacgtttaaaagaattaaaaaataatgttgatgtcttaactcttact
gcaactcctattcctagaacaatgcagctggccacgttagggattatggatttatcgtta
attgaaacagctccgccagatcgttatccagtaatgacgtatgttagtgagtttagtatt
gatttaattcaggatgcaattgaacgtgaattacgaagaaatgggcaagttttttattta
cataatcgagttagcgatattgaacaaactgttgtctttttaaaaggcttgtttccaaat
gcagaaattgggtatgctgatggccaaatgagtgaatctcagctggaaaatacaatgctg
gattttttagaaggtcggtttgatattttggttacaaccacgattgttgaaatcggagtc
gatattccaaatgttaatactttaattgttgaaaatgccgatcgatttggattgtctact
ctttatcagcttcgaggacgcattggccgttcaaaccggattgcctatgcatatttaaca
tatcaggcaaaccgttcaattaatgaaacctctgaaaaaagacttagtgcaattagagat
tttacggaattaggttcagggtataaattggctttaactgacctttcaatcaggggtgcg
gggaatattttaggaaaagaacaacatggttttattaatgcagttggttttgatttattt
cttcaaatgctttcagatgcaattcaaagtaaaatgggaaaaactagtagatatcacact
aaatcaatagtcgaacttgaatggtcaaattatatttctgacgattatattcctgatagt
agtgaaaaaattgagatgtatcaaaaaattcttcattcaaagacaagtgaagaagttgat
gatttacttgatgaaatgatcgatcgctttggtgaacccccaatcagtgttttaaattta
ctcaatactgctcggataaaaattgaagcaaaccaagctggaattttaaaaattacttca
ataaatgattcaattagaatccaatttagtccggtaatgtccagtatcttaaatcaatcg
gttttagaaaaaatacttgttgatgaaaagtttaaaattaaattgagcttagcagacaaa
gggtatagtataattgttatgaatccaggtaataaaattactagtgatgaatttttgcaa
tttgtaattaaaattaagaatctggttgtggaaaaagaaaaatga
DBGET
integrated database retrieval system