KEGG   COMPOUND: C22268
Entry
C22268                      Compound                               
Name
5-Methylaminomethyl-2-selenouridine in tRNA
Formula
C11H18N3O8PSe(C5H8O6PR)n(C5H8O6PR)n
Structure
Comment
Generic compound in reaction hierarchy
hypermodified  uridine located in the wobble position of the anticodon (position 34) of tRNA
Reaction
Enzyme
Other DBs
PubChem: 405226443
LinkDB
KCF data

ATOM        50
            1   C1y C     9.8000  -19.3200
            2   C1y C    11.2000  -19.3200
            3   C1y C    11.6200  -17.9900
            4   C1y C    10.5000  -17.1500
            5   O2x O     9.3800  -17.9900
            6   O2b O    12.1800  -20.3000
            7   C1b C     8.6100  -20.0200
            8   R   R     9.8000  -15.9600
            9   O2b O     7.2100  -20.0200
            10  P1b P     5.8100  -20.0200
            11  O1c O     5.8100  -21.4200
            12  O1c O     5.8100  -18.6200
            13  O1c O     4.4100  -20.0200
            14  C1y C    19.1100  -19.6000
            15  C1y C    20.5100  -19.6000
            16  C1y C    20.9300  -18.2700
            17  C1y C    19.8100  -17.4300
            18  O2x O    18.6900  -18.2700
            19  O2b O    21.2800  -20.4400
            20  C1b C    17.9200  -20.3000
            21  O2b O    16.5200  -20.3000
            22  P1b P    15.1200  -20.3000
            23  O1c O    15.1200  -21.7000
            24  O1c O    15.1200  -18.9000
            25  C1y C    27.7900  -19.7400
            26  C1y C    29.1900  -19.7400
            27  C1y C    29.6100  -18.4100
            28  C1y C    28.4900  -17.5700
            29  O2x O    27.3700  -18.4100
            30  O1a O    30.1700  -20.7200
            31  C1b C    26.6000  -20.4400
            32  R   R    27.7900  -16.3800
            33  O2b O    25.2000  -20.4400
            34  P1b P    23.8000  -20.4400
            35  O1c O    23.8000  -21.8400
            36  O1c O    23.8000  -19.0400
            37  O1a O    12.6000  -17.0100
            38  O1a O    21.9100  -17.2900
            39  O1a O    30.5900  -17.4300
            40  C8y C    17.9900  -13.8600
            41  C8x C    17.9900  -15.2600
            42  N4y N    19.1800  -15.9600
            43  C8y C    20.4400  -15.2600
            44  N4x N    20.4400  -13.8600
            45  C8y C    19.1800  -13.1600
            46  Z   Se   21.6300  -15.9600
            47  O5x O    19.1800  -11.7600
            48  C1b C    16.8000  -13.1600
            49  N1b N    15.6100  -13.8600
            50  C1a C    14.4200  -13.1600
BOND        53
            1     1   2 1
            2     2   3 1
            3     3   4 1
            4     4   5 1
            5     1   5 1
            6     2   6 1 #Down
            7     1   7 1 #Up
            8     4   8 1 #Up
            9     7   9 1
            10    9  10 1
            11   10  11 2
            12   10  12 1
            13   10  13 1
            14   14  15 1
            15   15  16 1
            16   16  17 1
            17   17  18 1
            18   14  18 1
            19   15  19 1 #Down
            20   14  20 1 #Up
            21   20  21 1
            22   21  22 1
            23   22  23 2
            24   22  24 1
            25   22   6 1
            26   25  26 1
            27   26  27 1
            28   27  28 1
            29   28  29 1
            30   25  29 1
            31   26  30 1 #Down
            32   25  31 1 #Up
            33   28  32 1 #Up
            34   31  33 1
            35   33  34 1
            36   34  35 2
            37   34  36 1
            38   34  19 1
            39    3  37 1 #Down
            40   16  38 1 #Down
            41   27  39 1 #Down
            42   40  41 2
            43   41  42 1
            44   42  43 1
            45   43  44 1
            46   44  45 1
            47   40  45 1
            48   43  46 2
            49   45  47 2
            50   17  42 1 #Up
            51   40  48 1
            52   48  49 1
            53   49  50 1
BRACKET     1     5.4600  -22.6800    5.4600  -15.3300
            1    13.5800  -15.3300   13.5800  -22.6800
            1  n
 ORIGINAL  1    1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  38
 REPEAT    1
            2    23.4500  -23.0300   23.4500  -15.7500
            2    31.5000  -15.7500   31.5000  -23.0300
            2  n
 ORIGINAL  2   25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  40
 REPEAT    2

» Japanese version

DBGET integrated database retrieval system