KEGG   ORTHOLOGY: K00768
Entry
K00768                      KO                                     
Symbol
E2.4.2.21, cobU, cobT
Name
nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase [EC:2.4.2.21]
Pathway
map00860  Porphyrin metabolism
map01100  Metabolic pathways
map01240  Biosynthesis of cofactors
Module
M00122  Cobalamin biosynthesis, cobyrinate a,c-diamide => cobalamin
Reaction
R04148  nicotinate-nucleotide:dimethylbenzimidazole phospho-D-ribosyltransferase
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09100 Metabolism
  09108 Metabolism of cofactors and vitamins
   00860 Porphyrin metabolism
    K00768  E2.4.2.21, cobU, cobT; nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
Enzymes [BR:ko01000]
 2. Transferases
  2.4  Glycosyltransferases
   2.4.2  Pentosyltransferases
    2.4.2.21  nicotinate-nucleotide---dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
     K00768  E2.4.2.21, cobU, cobT; nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
Other DBs
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HAHE: ENC22_04010(cobT)
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Reference
PMID:7883701
  Authors
Chen P, Ailion M, Weyand N, Roth J
  Title
The end of the cob operon: evidence that the last gene (cobT) catalyzes synthesis of the lower ligand of vitamin B12, dimethylbenzimidazole.
  Journal
J Bacteriol 177:1461-9 (1995)
DOI:10.1128/jb.177.6.1461-1469.1995
  Sequence
[stm:STM2016]
Reference
  Authors
Cheong CG, Bauer CB, Brushaber KR, Escalante-Semerena JC, Rayment I
  Title
Three-dimensional structure of the L-threonine-O-3-phosphate decarboxylase (CobD) enzyme from Salmonella enterica.
  Journal
Biochemistry 41:4798-808 (2002)
DOI:10.1021/bi012111w
LinkDB

KEGG   ENZYME: 2.4.2.21
Entry
EC 2.4.2.21                 Enzyme                                 
Name
nicotinate-nucleotide---dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase;
nicotinate mononucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase;
nicotinate ribonucleotide:benzimidazole (adenine) phosphoribosyltransferase;
nicotinate-nucleotide:dimethylbenzimidazole phospho-D-ribosyltransferase;
CobT;
nicotinate mononucleotide (NaMN):5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
Class
Transferases;
Glycosyltransferases;
Pentosyltransferases
Sysname
nicotinate-nucleotide:5,6-dimethylbenzimidazole phospho-D-ribosyltransferase
Reaction(IUBMB)
beta-nicotinate D-ribonucleotide + 5,6-dimethylbenzimidazole = nicotinate + alpha-ribazole 5'-phosphate [RN:R04148]
Reaction(KEGG)
R04148
Substrate
beta-nicotinate D-ribonucleotide [CPD:C01185];
5,6-dimethylbenzimidazole [CPD:C03114]
Product
nicotinate [CPD:C00253];
alpha-ribazole 5'-phosphate [CPD:C04778]
Comment
Also acts on benzimidazole, and the clostridial enzyme acts on adenine to form 7-alpha-D-ribosyladenine 5'-phosphate. The product of the reaction, alpha-ribazole 5'-phosphate, forms part of the corrin-biosynthesis pathway and is a substrate for EC 2.7.8.26, adenosylcobinamide-GDP ribazoletransferase [4]. It can also be dephosphorylated to form alpha-ribazole by the action of EC 3.1.3.73, alpha-ribazole phosphatase.
History
EC 2.4.2.21 created 1972
Pathway
ec00860  Porphyrin metabolism
ec01100  Metabolic pathways
Orthology
K00768  nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase
Genes
ECOb1991(cobT)
ECJJW1969(cobT)
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VPRVpar_1456 Vpar_1457 Vpar_1602
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VRM44547418_01551(cobT_1) 44547418_01552(cobT_2) 44547418_01699(cobT_3)
VDNNCTC11831_01572(cobT_1) NCTC11831_01573(cobT_2) NCTC11831_01750(cobT_3) NCTC11831_01764(cobT_4)
VNKVEIT17_14250(cobT_1) VEIT17_14260(cobT_2) VEIT17_16090(cobT_3) VEIT17_16230(cobT_4)
VRGOKW85_07590 OKW85_07595(cobT) OKW85_08475 OKW85_08550
VORVEIS_14360(cobT_1) VEIS_14370(cobT_2) VEIS_15980(cobT_3) VEIS_16130(cobT_4)
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SANLKZO11_05135(cobT) KZO11_08410(cobT)
SGRFSGFS_084090 SGFS_092380
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SSXSACTE_0960 SACTE_1599
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STSUB7R87_04535 B7R87_07475
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SGXH4W23_07680(cobT) H4W23_10975(cobT)
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SSPBCP982_09105(cobT) CP982_12700(cobT)
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Reference
1  [PMID:14253445]
  Authors
FRIEDMANN HC.
  Title
PARTIAL PURIFICATION AND PROPERTIES OF A SINGLE DISPLACEMENT TRANS-N-GLYCOSIDASE.
  Journal
J Biol Chem 240:413-8 (1965)
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  Authors
Friedmann HC, Fyfe JA.
  Title
Pseudovitamin B 12 biosynthesis. Enzymatic formation of a new adenylic acid, 7-alpha-D-ribofuranosyladenine 5'-phosphate.
  Journal
J Biol Chem 244:1667-71 (1969)
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  Authors
Fyfe JA, Friedmann HC.
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Vitamin B 12 biosynthesis. Enzyme studies on the formation of the alpha-glycosidic nucleotide precursor.
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  Authors
Cameron B, Blanche F, Rouyez MC, Bisch D, Famechon A, Couder M, Cauchois L, Thibaut D, Debussche L, Crouzet J
  Title
Genetic analysis, nucleotide sequence, and products of two Pseudomonas denitrificans cob genes encoding nicotinate-nucleotide: dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase and cobalamin (5'-phosphate) synthase.
  Journal
J Bacteriol 173:6066-73 (1991)
DOI:10.1128/JB.173.19.6066-6073.1991
  Sequence
Reference
5  [PMID:11441022]
  Authors
Cheong CG, Escalante-Semerena JC, Rayment I.
  Title
Structural investigation of the biosynthesis of alternative lower ligands for cobamides by nicotinate mononucleotide: 5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase from Salmonella enterica.
  Journal
J Biol Chem 276:37612-20 (2001)
DOI:10.1074/jbc.M105390200
  Sequence
[stm:STM2016]
Reference
6  [PMID:12101181]
  Authors
Cheong CG, Escalante-Semerena JC, Rayment I.
  Title
Capture of a labile substrate by expulsion of water molecules from the active site of nicotinate mononucleotide:5,6-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (CobT) from Salmonella enterica.
  Journal
J Biol Chem 277:41120-7 (2002)
DOI:10.1074/jbc.M203535200
Other DBs
ExplorEnz - The Enzyme Database: 2.4.2.21
IUBMB Enzyme Nomenclature: 2.4.2.21
ExPASy - ENZYME nomenclature database: 2.4.2.21
BRENDA, the Enzyme Database: 2.4.2.21
CAS: 37277-76-2
LinkDB

KEGG   REACTION: R04148
Entry
R04148                      Reaction                               
Name
nicotinate-nucleotide:dimethylbenzimidazole phospho-D-ribosyltransferase
Definition
Nicotinate D-ribonucleotide + Dimethylbenzimidazole <=> Nicotinate + N1-(5-Phospho-alpha-D-ribosyl)-5,6-dimethylbenzimidazole + H+
Equation
Reaction class
RC00033  C00253_C01185
RC00063  C03114_C04778
Enzyme
Pathway
rn00860  Porphyrin metabolism
rn01100  Metabolic pathways
rn01240  Biosynthesis of cofactors
Module
M00122  Cobalamin biosynthesis, cobyrinate a,c-diamide => cobalamin
Brite
Enzymatic reactions [BR:br08201]
 2. Transferase reactions
  2.4  Glycosyltransferases
   2.4.2  Pentosyltransferases
    2.4.2.21
     R04148  Nicotinate D-ribonucleotide + Dimethylbenzimidazole <=> Nicotinate + N1-(5-Phospho-alpha-D-ribosyl)-5,6-dimethylbenzimidazole + H+
Orthology
K00768  nicotinate-nucleotide--dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase [EC:2.4.2.21]
Other DBs
RHEA: 11199
LinkDB

DBGET integrated database retrieval system