KEGG   ORTHOLOGY: K14279
Entry
K14279            RNA       KO                                     
Symbol
U5snRNA
Name
U5 spliceosomal RNA
Pathway
map03040  Spliceosome
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09121 Transcription
   03040 Spliceosome
    K14279  U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03041 Spliceosome
    K14279  U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
  09184 RNA family
   03100 Non-coding RNAs
    K14279  U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
Spliceosome [BR:ko03041]
 Spliceosomal RNAs
  K14279 U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
Non-coding RNAs [BR:ko03100]
 Small non-coding RNA
  Small nuclear RNA
   K14279  U5snRNA; U5 spliceosomal RNA
Genes
HSA: 26831(RNU5A-1)
PTR: 112204343 112205798 112205799
GGO: 115930987 115930988 115935748
PON: 112129308 112129309 112130892 112134859
NLE: 115835808 115836562
MCC: 114680080 114680555
RRO: 115892448 115897754 115899862
MMU: 97418(Rnu5g)
CGE: 113833020 113835234 113835235 113836118
VVP: 112915081 112918291
UAH: 113241047 113254843 113254844
FCA: 111559272 111561019 111562012
AJU: 113599722 113599723 113599724
BTA: 112441916 112444363 112446153 112448637
BBUB: 112577891 112585357 112585903
OAS: 114110972 114112135 114112565 114117388 114117389
CDK: 116153768 116153769
DLE: 115802782 115802793 115803463
PCAD: 112063653 112066309
ECB: 111769808 111769809
DRO: 112299098 112312026
PALE: 112469890 112481814
LAV: 111752872 111752880
TMU: 111819686 111819899 111820246
SHR: 111720325 111720326 111720327 111720330
OAA: 114805592 114805614 114815308
GGA: 112532941 112532942
APLA: 113844399
TGU: 115496318
SCAN: 115483946 115485276
CCAE: 111933180 111942872
ETL: 114062980 114063023
FCH: 114015395
ACUN: 113483194
ASN: 112548776 112548995 112550724 112552075
PSS: 112544391 112544399 112544401 112547374
PBI: 112540358 112541702 112542005 112542006
PMUR: 114923528 114923529 114923530 114923531 114923767 114923768
PMUA: 114599997 114600000
PHYP: 113546885
EEE: 113585253
TRU: 115246555 115246562
MZE: 111500414 111500633
ONL: 112847733
OLA: 111946483 111946493 111946494 111946495 111946496 111946503 111946504 111946505 111946506 111946507 111946508 111946542 111946544 111946545 111946547 111946548 111946549 111946550 111946551 111946552 111946553 111946554 111946555 111947704
XMA: 111609961 111610054
XCO: 114149564 114152433
KMR: 112449796 112450365
AOCE: 111582457 111585309
SLAL: 111665116
OTW: 112216657 112224817 112224818 112247233
SALP: 111966970 111968290 111978826 112068166
ELS: 114829535 114829536 114829537 114829538 114829539 114829540 114829541 114829544 114829546 114829547 114830099 114839396 114839448
SFM: 114909448 114910452
PKI: 111848532 111848533
CIN: 113474399 113474402
SPU: 115920084 115927789 115927790
DME: Dmel_CR32880(snRNA:U5:38ABb) Dmel_CR32881(snRNA:U5:38ABa) Dmel_CR32914(snRNA:U5:14B)
DER: 113564364 6542306 6549090 6549092 6556200
DYA: Dyak_GE27269(Dyak_snRNA:U5:5) Dyak_GE27270(Dyak_snRNA:U5:6) Dyak_GE27271(Dyak_snRNA:U5:7)
DPO: Dpse_GA29993(Dpse_snRNA:U5:1)
DPE: 6594925
DWI: 6642437 6642586
DMO: Dmoj_GI25465(Dmoj_snRNA:U5:1) Dmoj_GI25466(Dmoj_snRNA:U5:2) Dmoj_GI25467(Dmoj_snRNA:U5:3)
DNV: 115563072 115563196
DHE: 111592678 111597205
LCQ: 111691090
AALB: 115258957 115259913
AME: 113218702 113219333
BIM: 112213397
CCAL: 113464546
OBB: 114875025
SOC: 113003287 113003288 113003515
MPHA: 114254353
HST: 112588372 112588373 112589331
OBO: 113562868 113562994 113563567
NVI: 116417500
BMAN: 114240233 114240234
TNL: 113501583 113503630
API: 115033491
CLEC: 112127366 112127391
PCAN: 112553811 112553813
LAK: 112041622 112041623 112041644 112042169
SMM: Smp_sma.U5-1.1.1 Smp_sma.U5.1.1
AMIL: 114959657 114959733 114977816
PDAM: 113672061 113678852
SCE: YNCG0044C(SNR7-L) YNCG0045C(SNR7-S)
AGO: AGOS_AgSNR7
LTH: KLTH0C01914r(SNR7)
ZRO: ZYRO0B15334r(SNR7)
CGR: CAGL0B02137r(SNR7)
DHA: DEHA2B02662r(SNR7)
YLI: YALI0F10145r(SNR7)
 » show all
Reference
PMID:21976061
  Authors
Yu AT, Ge J, Yu YT
  Title
Pseudouridines in spliceosomal snRNAs.
  Journal
Protein Cell 2:712-25 (2011)
DOI:10.1007/s13238-011-1087-1
Reference
PMID:6200827
  Authors
Branlant C, Krol A, Lazar E, Haendler B, Jacob M, Galego-Dias L, Pousada C
  Title
High evolutionary conservation of the secondary structure and of certain nucleotide sequences of U5 RNA.
  Journal
Nucleic Acids Res 11:8359-67 (1983)
DOI:10.1093/nar/11.23.8359
  Sequence
[hsa:26831]
LinkDB

DBGET integrated database retrieval system