KEGG   ORTHOLOGY: K18850
Entry
K18850                      KO                                     
Symbol
ycfD
Name
50S ribosomal protein L16 3-hydroxylase [EC:1.14.11.47]
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03009 Ribosome biogenesis
    K18850  ycfD; 50S ribosomal protein L16 3-hydroxylase
Enzymes [BR:ko01000]
 1. Oxidoreductases
  1.14  Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen
   1.14.11  With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor
    1.14.11.47  [50S ribosomal protein L16]-arginine 3-hydroxylase
     K18850  ycfD; 50S ribosomal protein L16 3-hydroxylase
Ribosome biogenesis [BR:ko03009]
 Prokaryotic type
  ribosomal protein modification factors
   K18850  ycfD; 50S ribosomal protein L16 3-hydroxylase
Other DBs
COG: COG2850
Genes
ECO: b1128(roxA)
ECJ: JW1114(ycfD)
ECD: ECDH10B_1200(ycfD)
EBW: BWG_0976(ycfD)
ECOK: ECMDS42_0949(ycfD)
ECOC: C3026_06790
ECE: Z1833(ycfD)
ECS: ECs_1573(roxA)
ECF: ECH74115_1569
ETW: ECSP_1488(ycfD)
EOI: ECO111_1476(ycfD)
EOJ: ECO26_1645(ycfD)
EOH: ECO103_1235(ycfD)
ESL: O3K_14920
ESO: O3O_10700
ESM: O3M_14895
ECK: EC55989_1241(ycfD)
ECG: E2348C_1269(ycfD)
EOK: G2583_1386(ycfD)
ELH: ETEC_1252
ECP: ECP_1123
ENA: ECNA114_1186(ycfD)
ECOS: EC958_1325
ECV: APECO1_210(ycfD)
ECY: ECSE_1194
ECR: ECIAI1_1166(ycfD)
ECQ: ECED1_1272(ycfD)
EUM: ECUMN_1372(ycfD)
ECT: ECIAI39_2028(ycfD)
EOC: CE10_1209(ycfD)
EBR: ECB_01126(ycfD)
EBL: ECD_01126(roxA)
EBE: B21_01134(ycfD)
EBD: ECBD_2471
ECZ: ECS88_1143(ycfD)
ECC: c1480(ycfD)
ESE: ECSF_1028
EKF: KO11_17080(ycfD)
EAB: ECABU_c13420(ycfD)
EDJ: ECDH1ME8569_1063(ycfD)
ELW: ECW_m1236(ycfD)
ELL: WFL_06040(ycfD)
ELC: i14_1350(ycfD)
ELD: i02_1350(ycfD)
ELP: P12B_c1978(ycfD)
ELF: LF82_2717(ycfD)
ECOJ: P423_06055
EFE: EFER_1802(ycfD)
ERUY: OSH18_04125(roxA)
STY: STY1269
STT: t1691
STM: STM1229(ycfD)
SEO: STM14_1407(ycfD)
SEY: SL1344_1167(ycfD)
SEJ: STMUK_1197(ycfD)
SEB: STM474_1227(ycfD)
SENI: CY43_06270
SPT: SPA1621(ycfD)
SEK: SSPA1506
SEI: SPC_2515(ycfD)
SEC: SCH_1180(ycfD)
SHB: SU5_01855
SENS: Q786_09115
SED: SeD_A2137
SEG: SG1892(ycfD)
SEL: SPUL_1033
SET: SEN1820(ycfD)
SENA: AU38_09425
SENO: AU37_09430
SENV: AU39_09435
SENQ: AU40_10530
SENL: IY59_09685
SEEP: I137_04735
SENB: BN855_12550(ycfD)
SENE: IA1_06065
SBG: SBG_1065
SBZ: A464_1165
SFL: SF1130(ycfD)
SFX: S1210(ycfD)
SFV: SFV_1146(ycfD)
SFE: SFxv_1283(ycfD)
SFN: SFy_1621
SFS: SFyv_1673
SFT: NCTC1_01184(ycfD)
SSN: SSON_1146(ycfD)
SBO: SBO_1911(ycfD)
SDY: SDY_2024(ycfD)
EEC: EcWSU1_00517(ycfD) EcWSU1_01722(ycfD)
CSK: ES15_2361
CTU: CTU_17050(ycfD) Ctu_1p00940(ycfD)
KPN: KPN_01134(ycfD) KPN_04743
KPU: KP1_0694 KP1_2135(ycfD)
KPX: PMK1_02199(ycfD_1) PMK1_03474(ycfD_2)
REE: electrica_03092(ycfD_1) electrica_04444(ycfD_2)
CRO: ROD_12171
CKO: CKO_01925
CSED: JY391_12725(roxA)
CAMA: F384_05590
CIX: M4I31_13930(roxA)
CIB: HF677_014195(roxA)
CENS: P2W74_10185(roxA)
EBT: EBL_c23760(ycfD)
AHN: NCTC12129_00642(ycfD_1) NCTC12129_02159(ycfD_4)
PSGC: G163CM_16020(roxA_1) G163CM_25050(roxA_2)
PSTS: E05_36430
YPE: YPO1632
YPK: y1792
YPH: YPC_1734
YPA: YPA_1892
YPN: YPN_1999
YPM: YP_1762
YPZ: YPZ3_2060
YPD: YPD4_2101
YPX: YPD8_2100
YPW: CH59_205
YPJ: CH55_207
YPV: BZ15_1919
YPL: CH46_3493
YRU: BD65_81
SMAR: SM39_1491
SMW: SMWW4_v1c20420(ycfD)
SRL: SOD_c18460(ycfD)
SPLY: Q5A_010090(roxA)
SMAF: D781_1857
SERF: L085_18560
PVZ: OA04_04780(roxA2) OA04_23980(roxA)
SGL: SG1080
SOD: Sant_2455(ycfD)
EAM: EAMY_1529(ycfD)
EAY: EAM_1512
ETA: ETA_19720(ycfD)
EPY: EpC_20960(ycfD)
EPR: EPYR_02253(ycfD)
EBI: EbC_16860(ycfD)
ERJ: EJP617_26280(ycfD)
EGE: EM595_1478(ycfD)
PAM: PANA_1510(ycfD)
PLF: PANA5342_2713(ycfD)
PAJ: PAJ_0855(ycfD)
PVA: Pvag_0932(ycfD)
PSTW: DSJ_10790
MINT: C7M51_00943(roxA)
MTHI: C7M52_01820(roxA)
PLU: plu2809
PAY: PAU_01732(ycfD)
PMR: PMI0883
PHAU: PH4a_13735
XBO: XBJ1_2837(ycfD)
XBV: XBW1_2466
XNE: XNC1_2711(ycfD)
XNM: XNC2_2609(ycfD)
XDO: XDD1_2482
XPO: XPG1_1348
PSI: S70_01480
PSX: DR96_3462
PRG: RB151_025300(ycfD)
ANS: ArsFIN_24560(roxA)
ETR: ETAE_2061
ETD: ETAF_1860
ETE: ETEE_0049
HIN: HI_0396
HIT: NTHI0517
HIP: CGSHiEE_01015(xseA)
HIU: HIB_05070
HIA: H733_0290
HDU: HD_1945
HAP: HAPS_1493(xseA)
HPAZ: K756_10800
HPAS: JL26_09350
HPAK: JT17_07005
PMU: PM0167
PMP: Pmu_11460
PMUL: DR93_1899
MSU: MS0559
MHT: D648_2610
MHAT: B824_24020
MHAE: F382_06820
MHAM: J450_08220
MHAO: J451_09405
MHAL: N220_01265
MHAQ: WC39_12800
MHAY: VK67_12805
MVI: X808_1780
MVG: X874_1860
APL: APL_1790
APJ: APJL_1826
APA: APP7_1876
AAT: D11S_1466
AAN: D7S_02035
AACN: AANUM_2290
BTO: WQG_3250
BTRE: F542_18710
BTRH: F543_20590
BTRA: F544_3660
XFA: XF_1552
XFT: PD_0761
XCC: XCC1489
XCB: XC_2747
XCP: XCR_1754
XCV: XCV1580
XAX: XACM_1508
XAC: XAC1537
XOM: XOO1927(XOO1927)
XOO: XOO2046
XOP: PXO_01200(jmjC)
XOR: XOC_1755
XAL: XALC_1666
XPH: XppCFBP6546_03745(XppCFBP6546P_03745)
SML: Smlt3195
SMT: Smal_2628
SMZ: SMD_2772
PSUW: WQ53_14480
PSD: DSC_07970
LEM: LEN_2306
LLZ: LYB30171_01487(roxA)
DKO: I596_2347
RBD: ALSL_0630
VSP: VS_1063
VSC: VSVS12_02093(ycfD)
VTA: A1662(ycfD)
VAQ: FIV01_05930(ycfD)
VSY: K08M4_10620(ycfD)
VFI: VF_1592(ycfD)
PPR: PBPRA1139(YCFD)
PAE: PA2630
PAEV: N297_2710
PAEI: N296_2710
PAEP: PA1S_12455
PAEL: T223_12605
PAEG: AI22_21455
PAEC: M802_2707
PAEO: M801_2576
PMY: Pmen_2403
PMK: MDS_2366
PPSE: BN5_1857
PCQ: PcP3B5_38090(ycfD)
PPU: PP_4017
PPF: Pput_1816
PPT: PPS_3427
PPI: YSA_08736
PPX: T1E_0543(ycfD)
PPUH: B479_17050
PPUT: L483_22495
PPUN: PP4_17360
PPUD: DW66_3874
PMON: X969_16330
PMOT: X970_15975
PSB: Psyr_3193
PSYR: N018_16050
PAST: N015_11160
PFL: PFL_3894
PPRO: PPC_3992
PFE: PSF113_2163(ycfD)
PFS: PFLU_3814
PFB: VO64_0904
PMAN: OU5_1182
PEN: PSEEN2197
PKC: PKB_3388
PCHP: C4K32_3981
PSES: PSCI_5419
PSEM: TO66_20185
PSOS: POS17_4014
PANR: A7J50_3449
PSET: THL1_2468
PSIL: PMA3_19630
PALL: UYA_11355
PDW: BV82_1240
PSEP: C4K39_5848
PSOA: PSm6_47450
PSA: PST_2307
PSTT: CH92_09155
MAQ: Maqu_1765
MHC: MARHY1541
MAD: HP15_2089
MBS: MRBBS_2377(ycfD)
MARJ: MARI_14540(roxA)
PAR: Psyc_1247
PALI: A3K91_1104
PSYA: AOT82_224
ACB: A1S_1541
ABM: ABSDF1707
ABY: ABAYE2093
ABN: AB57_1784
ABX: ABK1_2046
ABH: M3Q_1939
ABAD: ABD1_15490
ABAZ: P795_9465
ABAU: IX87_02420
ABAA: IX88_09720
ACC: BDGL_000930(xseA)
ACI: ACIAD1933
AGU: AS4_20290
AUG: URS_2872
AVB: RYU24_17930(xseA_2)
ABOU: ACBO_13990(xseA_1)
MCT: MCR_1176
MCS: DR90_735
SON: SO_2636
SDN: Sden_1825
SFR: Sfri_2263
SAZ: Sama_2065
SLO: Shew_1557
SSE: Ssed_2408
SHL: Shal_2301
SBK: SHEWBE_2365(ycfD) SHEWBE_2894(roxA)
SKH: STH12_01788(ycfD)
ILO: IL1313
CPS: CPS_2133
PHA: PSHAa1693
PSM: PSM_A1665
PSEO: OM33_10335
PSPO: PSPO_a1538
PART: PARC_a1817
PSEN: PNC201_09485(ycfD)
PAGA: PAGA_a1797
PSAZ: PA25_14050
AMAL: I607_08490
AMAE: I876_08790
AMAO: I634_08870
AMAD: I636_09300
AMAI: I635_09600
AMAG: I533_08870
AMAC: MASE_08470
AAUS: EP12_09190
GNI: GNIT_2133
GPS: C427_1996
PAT: Patl_2383
PIN: Ping_0960
FBL: Fbal_1997
MVS: MVIS_3307
MYA: MORIYA_4172(roxA)
CJA: CJA_2493
SDE: Sde_1674
SAGA: M5M_03170
MICC: AUP74_02592(ycfD)
MICT: FIU95_09265(ycfD)
MICZ: GL2_37800
LPN: lpg1901
LPH: LPV_2174
LPO: LPO_1971
LPM: LP6_1880
LPF: lpl1865
LPP: lpp1874
LPC: LPC_1351
LPA: lpa_02747
LPE: lp12_1840
LLO: LLO_1249
LFA: LFA_0747
LHA: LHA_1481
LCD: clem_07495(ycfD)
TMC: LMI_1867
TCX: Tcr_1132
HMAR: HVMH_1146
MEJ: Q7A_1245
MEC: Q7C_632
TGR: Tgr7_1850
TKM: TK90_1274
TNI: TVNIR_1569(ycfD_[H])
TVR: TVD_06805
GAI: IMCC3135_24690(roxA)
TBN: TBH_C1493
HCH: HCH_02330
CSA: Csal_2447
HEL: HELO_3068(roxA)
HAM: HALO3351
HCO: LOKO_02688(ycfD)
HBE: BEI_2461
HBP: HPTD01_46
ABO: ABO_1272
ALCA: ASALC70_04430(roxA)
ADI: B5T_01975
AXE: P40_09395
APAC: S7S_08885
TOL: TOL_1899
OAI: OLEAN_C18570(jmjC)
AHA: AHA_1412
ASA: ASA_1388
AVR: B565_1155
AMED: B224_1247
ASR: WL1483_1905(roxA)
TAU: Tola_1533
OCE: GU3_07355
KKO: Kkor_1045
KGE: TQ33_1262
CDIZ: CEDIAZO_01710(roxA)
ENM: EBS_1090
NMT: NMV_1952
CVI: CV_3581
PSE: NH8B_0809
AMAH: DLM_3072
LHK: LHK_02631
RSO: RSc1148
RSE: F504_1175
RSY: RSUY_15660(ycfD)
RPI: Rpic_0990
REH: H16_A1207(h16_A1207)
RME: Rmet_1072
CGD: CR3_0984(ycfD)
BMAL: DM55_312
BMAE: DM78_1972
BMAQ: DM76_291
BMAI: DM57_485
BMAF: DM51_1361
BMAZ: BM44_1696
BMAB: BM45_1258
BPS: BPSL2255
BPSE: BDL_3234
BPSM: BBQ_1058
BPSU: BBN_1185
BPSD: BBX_1635
BPK: BBK_2703
BPSH: DR55_2266
BPSA: BBU_3308
BPSO: X996_1911
BUT: X994_182
BTE: BTH_I1910
BTQ: BTQ_2005
BTJ: BTJ_314
BTZ: BTL_1614
BTD: BTI_1382
BTV: BTHA_1713
BTHE: BTN_3155
BTHM: BTRA_1834
BTHA: DR62_3300
BTHL: BG87_1814
BOK: DM82_1859
BOC: BG90_2853
BSAV: WS86_07295
BVE: AK36_1796
BCJ: BCAL2163
BCEN: DM39_2165
BCEW: DM40_2731
BCEO: I35_2091
BAM: Bamb_2127
BMU: Bmul_1183
BMK: DM80_2875
BMUL: NP80_2210
BCT: GEM_1336
BCED: DM42_2996
BDL: AK34_1015
BCON: NL30_12315
BUB: BW23_2824
BLAT: WK25_10125
BTEI: WS51_20805
BSEM: WJ12_10550
BPSL: WS57_29045
BMEC: WJ16_10790
BSTG: WT74_10935
BGU: KS03_3203
BGO: BM43_213
BUK: MYA_1874
BUL: BW21_1528
BXE: Bxe_A1614
BXB: DR64_3772
BPH: Bphy_1402
BFN: OI25_2910
PNU: Pnuc_0850
PNE: Pnec_0989
PARD: DN92_05985
PPNO: DA70_07075
PPNM: LV28_23605
PPUL: RO07_17925
PSPU: NA29_19280
PAPI: SG18_16670
HYF: DTO96_101453(roxA)
CABA: SBC2_13640(roxA)
CABK: NK8_18170
BPE: BP1567
BPC: BPTD_1549
BPER: BN118_2761
BPET: B1917_1490
BPEU: Q425_14310
BPAR: BN117_1419
BPA: BPP2264
BBR: BB1659
BPT: Bpet3471
BAV: BAV2591
BHO: D560_0099
BHM: D558_0096
BHZ: ACR54_01193(ycfD)
TEA: KUI_0588
TEG: KUK_0457
TAS: TASI_0635
TAT: KUM_0388
PUT: PT7_0175
AMIM: MIM_c12300
BPSI: IX83_05625
AFQ: AFA_04390
ODI: ODI_R3081
RFR: Rfer_2644
POL: Bpro_3175
PNA: Pnap_1191
PVAC: HC248_02030(roxA)
AJS: Ajs_1005
ACRA: BSY15_2755
AAV: Aave_1332
AAA: Acav_1349
VEI: Veis_2658
DAC: Daci_5092
CTES: O987_06290
CTEZ: CT3_12270
RTA: Rta_25740
LIM: L103DPR2_01426(ycfD)
LIH: L63ED372_01447(ycfD)
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Reference
  Authors
van Staalduinen LM, Novakowski SK, Jia Z
  Title
Structure and functional analysis of YcfD, a novel 2-oxoglutarate/Fe(2)(+)-dependent oxygenase involved in translational regulation in Escherichia coli.
  Journal
J Mol Biol 426:1898-910 (2014)
DOI:10.1016/j.jmb.2014.02.008
  Sequence
[eco:b1128]
LinkDB

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