KEGG   PATHWAY: sfon03040
Entry
sfon03040                   Pathway                                
Name
Spliceosome - Salvelinus fontinalis (brook trout)
Description
After transcription, eukaryotic mRNA precursors contain protein-coding exons and noncoding introns. In the following splicing, introns are excised and exons are joined by a macromolecular complex, the spliceosome. The standard spliceosome is made up of five small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), U1, U2, U4, U5, and U6 snRNPs, and several spliceosome-associated proteins (SAPs). Spliceosomes are not a simple stable complex, but a dynamic family of particles that assemble on the mRNA precursor and help fold it into a conformation that allows transesterification to proceed. Various spliceosome forms (e.g. A-, B- and C-complexes) have been identified.
Class
Genetic Information Processing; Transcription
Pathway map
sfon03040  Spliceosome
sfon03040

Other DBs
GO: 0005681
Organism
Salvelinus fontinalis (brook trout) [GN:sfon]
Gene
129810723  [KO:K12849]
129810791  [KO:K12877]
129810812  [KO:K12841]
129810847  [KO:K12887]
129810950  lsm4; U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 [KO:K12623]
129811182  [KO:K14279]
129811275  [KO:K12822]
129811298  [KO:K12893]
129811507  hnrnpua; heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U isoform X1 [KO:K12888]
129811567  [KO:K12868]
129811609  [KO:K12886]
129811786  [KO:K12860]
129811838  aqr; RNA helicase aquarius [KO:K12874]
129812763  [KO:K12868]
129812772  [KO:K09564] [EC:5.2.1.8]
129813000  [KO:K12860]
129813259  [KO:K12893]
129813280  [KO:K12822]
129813583  [KO:K12626]
129813688  [KO:K12850]
129813755  [KO:K12878]
129813849  [KO:K12884]
129813864  [KO:K12875]
129813956  sf3a2; splicing factor 3A subunit 2 [KO:K12826]
129814338  [KO:K21123]
129814444  puf60a; poly(U)-binding-splicing factor PUF60a [KO:K12838]
129814636  [KO:K14280]
129814879  [KO:K11095]
129815292  [KO:K12892]
129815557  [KO:K12892]
129815597  snrpe; small nuclear ribonucleoprotein E [KO:K11097]
129815705  snrpb; small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' [KO:K11086]
129815753  lsm3; snRNA-associated Sm-like protein LSm3 [KO:K12622]
129816349  [KO:K12821]
129816444  cwc15; protein CWC15 homolog [KO:K12863]
129816544  [KO:K12879]
129816619  [KO:K12828]
129816715  [KO:K12741]
129816790  [KO:K12836]
129817063  [KO:K14276]
129817148  [KO:K12816]
129817243  [KO:K12888]
129817250  sf3b6; splicing factor 3B subunit 6 [KO:K12833]
129817607  [KO:K12869]
129817775  [KO:K12893]
129817791  [KO:K12822]
129818363  snrpd3l; small nuclear ribonucleoprotein D3 polypeptide, like [KO:K11088]
129818637  [KO:K21123]
129818771  [KO:K12886]
129819206  [KO:K14277]
129819208  [KO:K14277]
129819212  [KO:K14277]
129819217  [KO:K14277]
129819221  [KO:K14277]
129819230  [KO:K14279]
129819234  [KO:K14279]
129819235  [KO:K14279]
129819236  [KO:K14279]
129819688  [KO:K12837]
129819710  srsf7a; serine and arginine rich splicing factor 7a [KO:K12896]
129819880  snrnp40; U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein [KO:K12857]
129819906  [KO:K11087]
129819988  [KO:K12831]
129819997  [KO:K12859]
129820051  [KO:K12827]
129820132  [KO:K12897]
129820241  [KO:K12900]
129820266  [KO:K12893]
129820276  ddx39b; DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 39B [KO:K12812] [EC:5.6.2.7]
129821129  [KO:K12828]
129821247  [KO:K12741]
129821340  [KO:K12821]
129821409  [KO:K12824]
129821604  [KO:K14276]
129821605  [KO:K14276]
129821607  [KO:K14276]
129821608  [KO:K14276]
129821609  [KO:K14276]
129821610  [KO:K14276]
129821611  [KO:K14276]
129821612  [KO:K14276]
129821613  [KO:K14276]
129821614  [KO:K14276]
129821615  [KO:K14276]
129821616  [KO:K14276]
129821618  [KO:K14276]
129821619  [KO:K14276]
129821621  [KO:K14277]
129821772  [KO:K13098]
129821817  [KO:K11091]
129822036  [KO:K12896]
129822126  [KO:K11096]
129822160  [KO:K03283]
129822204  [KO:K12890]
129822554  [KO:K12856]
129822732  [KO:K12838]
129822924  [KO:K12842]
129823206  [KO:K11093]
129823238  [KO:K12624]
129823387  [KO:K14276]
129823388  [KO:K14276]
129823389  [KO:K14276]
129823390  [KO:K14276]
129823391  [KO:K14276]
129823896  [KO:K12867]
129824179  thoc1; THO complex subunit 1 [KO:K12878]
129824245  [KO:K12884]
129824258  [KO:K12875]
129824347  [KO:K12826]
129824412  [KO:K12850]
129824477  [KO:K12626]
129824864  [KO:K06063]
129824944  [KO:K12869]
129825095  [KO:K12837]
129825304  [KO:K12816]
129825390  [KO:K12888]
129825396  [KO:K12833]
129825438  [KO:K12891]
129825466  [KO:K12822]
129825517  srsf5b; serine and arginine rich splicing factor 5b isoform X1 [KO:K12893]
129825641  [KO:K12881]
129825725  [KO:K14276]
129825726  [KO:K14276]
129825740  [KO:K14276]
129825842  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
129826024  [KO:K12886]
129826164  [KO:K11088]
129826208  [KO:K12825]
129826251  [KO:K12854] [EC:5.6.2.6]
129826367  [KO:K12847]
129826545  snrnp27; U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein [KO:K12846]
129826669  [KO:K12866]
129827441  thoc3; THO complex subunit 3 [KO:K12880]
129827659  [KO:K10599] [EC:2.3.2.27]
129827682  [KO:K12885]
129827912  [KO:K12882]
129828655  [KO:K12891]
129828769  [KO:K12845]
129828830  sf3b5; splicing factor 3B subunit 5 [KO:K12832]
129828980  [KO:K12834]
129829220  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
129829221  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
129829246  [KO:K12852]
129829266  [KO:K14279]
129829277  [KO:K14279]
129829281  [KO:K14279]
129829282  [KO:K14279]
129829283  [KO:K14279]
129829489  [KO:K11099]
129829570  [KO:K03283]
129829713  [KO:K12741]
129829974  [KO:K12864]
129829994  [KO:K11095]
129830149  [KO:K12861]
129830247  ppih; peptidyl-prolyl cis-trans isomerase H isoform X1 [KO:K09567] [EC:5.2.1.8]
129830331  [KO:K12893]
129830348  [KO:K12845]
129830364  ddx23; probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 [KO:K12858] [EC:5.6.2.7]
129830468  [KO:K14279]
129830469  [KO:K14279]
129830470  [KO:K14279]
129830471  [KO:K14279]
129830478  [KO:K14279]
129830486  [KO:K14279]
129830487  [KO:K14279]
129830488  [KO:K14279]
129830712  [KO:K12893]
129830725  [KO:K12857]
129830821  rp9; retinitis pigmentosa 9 protein [KO:K19604]
129830883  [KO:K12897]
129830960  [KO:K12900]
129831031  [KO:K12827]
129831092  [KO:K12859]
129831100  [KO:K12831]
129831293  [KO:K12837]
129831901  snrpd2; small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 [KO:K11096]
129831945  [KO:K03283]
129831999  [KO:K12890]
129832079  [KO:K12856]
129832253  [KO:K12896]
129832422  [KO:K11091]
129832461  taf15; TATA-binding protein-associated factor 2N isoform X1 [KO:K13098]
129832574  [KO:K14276]
129832832  [KO:K12867]
129832946  [KO:K03283]
129832947  [KO:K03283]
129832948  [KO:K03283]
129832978  [KO:K03283]
129833005  [KO:K12852]
129833242  [KO:K12866]
129833261  [KO:K12891]
129833272  [KO:K12881]
129833295  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
129833407  [KO:K12835] [EC:5.6.2.7]
129833480  [KO:K12837]
129833556  [KO:K12835] [EC:5.6.2.7]
129833973  [KO:K14276]
129833979  [KO:K14276]
129834440  [KO:K12815] [EC:5.6.2.6]
129834914  snrpa1; U2 small nuclear ribonucleoprotein A' [KO:K11092]
129835105  [KO:K12820] [EC:5.6.2.6]
129835223  acin1b; apoptotic chromatin condensation inducer 1b isoform X1 [KO:K12875]
129835389  [KO:K12829]
129835708  [KO:K12884]
129836370  smndc1; survival of motor neuron-related-splicing factor 30 [KO:K12839]
129837251  [KO:K12813] [EC:5.6.2.6]
129837693  [KO:K12843]
129837782  [KO:K12881]
129837823  [KO:K12837]
129837832  [KO:K12876]
129837849  ccdc12; coiled-coil domain-containing protein 12 [KO:K12871]
129837963  [KO:K12844]
129838027  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
129838140  [KO:K12900]
129838444  [KO:K12840]
129838631  [KO:K11098]
129838747  [KO:K11094]
129838956  [KO:K14278]
129838957  [KO:K14278]
129839123  [KO:K12896]
129839309  [KO:K13025] [EC:5.6.2.7]
129839477  [KO:K12896]
129839540  [KO:K13025] [EC:5.6.2.7]
129839798  [KO:K12881]
129839849  [KO:K11094]
129839989  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
129840044  [KO:K14280]
129840053  [KO:K14280]
129840054  [KO:K14280]
129840214  [KO:K12836]
129840254  [KO:K12897]
129840921  [KO:K12820] [EC:5.6.2.6]
129840970  [KO:K12862]
129841119  [KO:K10599] [EC:2.3.2.27]
129841343  [KO:K10599] [EC:2.3.2.27]
129841535  [KO:K12862]
129841861  [KO:K12843]
129841905  [KO:K12844]
129842238  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
129842468  [KO:K14276]
129842469  [KO:K14276]
129842470  [KO:K14276]
129842471  [KO:K14276]
129842614  [KO:K14276]
129842616  [KO:K14276]
129842617  [KO:K14276]
129842618  [KO:K14276]
129842619  [KO:K14276]
129842620  [KO:K14276]
129842621  [KO:K14276]
129842622  [KO:K14276]
129842623  [KO:K14276]
129842624  [KO:K14276]
129842975  [KO:K14280]
129844049  [KO:K14276]
129844050  [KO:K14276]
129844051  [KO:K14276]
129844052  [KO:K14276]
129844053  [KO:K14276]
129844054  [KO:K14276]
129844055  [KO:K14276]
129844056  [KO:K14276]
129844057  [KO:K14276]
129844058  [KO:K14276]
129844059  [KO:K14276]
129844061  [KO:K14276]
129844062  [KO:K14276]
129844063  [KO:K14276]
129844064  [KO:K14276]
129844065  [KO:K14276]
129844066  [KO:K14276]
129844067  [KO:K14276]
129844277  [KO:K12892]
129844293  ppil1; peptidyl-prolyl cis-trans isomerase-like 1 [KO:K12733] [EC:5.2.1.8]
129844367  [KO:K14277]
129844368  [KO:K14277]
129844780  [KO:K12873]
129844838  [KO:K12873]
129845726  [KO:K14276]
129845727  [KO:K14276]
129845729  [KO:K14276]
129846033  [KO:K14276]
129846034  [KO:K14276]
129846035  [KO:K14276]
129846036  [KO:K14276]
129846037  [KO:K14276]
129846039  [KO:K14276]
129846040  [KO:K14276]
129846041  [KO:K14276]
129846043  [KO:K14276]
129846044  [KO:K14276]
129846045  [KO:K14276]
129846046  [KO:K14276]
129846047  [KO:K14276]
129846373  [KO:K14276]
129846481  [KO:K14277]
129846492  [KO:K12741]
129846949  [KO:K12625]
129846979  [KO:K14277]
129846991  [KO:K14277]
129846994  [KO:K14277]
129846997  [KO:K14277]
129846999  [KO:K14277]
129847000  [KO:K14277]
129847002  [KO:K14277]
129847349  [KO:K14277]
129847350  [KO:K14277]
129847473  [KO:K14277]
129847474  [KO:K14277]
129847640  [KO:K14280]
129847641  [KO:K14280]
129847642  [KO:K14280]
129847643  [KO:K14280]
129847644  [KO:K14280]
129847645  [KO:K14280]
129847651  [KO:K14279]
129847802  [KO:K12625]
129847941  [KO:K14277]
129848576  [KO:K14277]
129848577  [KO:K14277]
129848770  [KO:K14276]
129848771  [KO:K14276]
129848772  [KO:K14276]
129848773  [KO:K14276]
129848774  [KO:K14276]
129848775  [KO:K14276]
129848776  [KO:K14276]
129848778  [KO:K14276]
129848779  [KO:K14276]
129848780  [KO:K14276]
129848781  [KO:K14276]
129848782  [KO:K14276]
129848830  [KO:K12892]
129848938  [KO:K14276]
129848939  [KO:K14276]
129848940  [KO:K14276]
129848941  [KO:K14276]
129848942  [KO:K14276]
129848944  [KO:K14276]
129848945  [KO:K14276]
129848946  [KO:K14276]
129848947  [KO:K14276]
129848948  [KO:K14276]
129848952  [KO:K14280]
129848981  [KO:K14277]
129849298  [KO:K14276]
129849299  [KO:K14276]
129849300  [KO:K14276]
129849301  [KO:K14276]
129849302  [KO:K14276]
129849303  [KO:K14276]
129849304  [KO:K14276]
129849305  [KO:K14276]
129849306  [KO:K14276]
129849426  [KO:K11097]
129849464  [KO:K14279]
129849470  [KO:K14277]
129849474  [KO:K14276]
129849475  [KO:K14276]
129849476  [KO:K14276]
129849477  [KO:K14276]
129849478  [KO:K14276]
129849497  [KO:K14277]
129850179  [KO:K14276]
129850180  [KO:K14276]
129850181  [KO:K14276]
129850182  [KO:K14276]
129850332  [KO:K14276]
129850384  [KO:K14276]
129850385  [KO:K14276]
129850481  [KO:K14280]
129850482  [KO:K14280]
129850483  [KO:K14280]
129850604  [KO:K14276]
129850605  [KO:K14276]
129850616  [KO:K14277]
129850617  [KO:K14277]
129850628  [KO:K14277]
129850635  [KO:K14277]
129850636  [KO:K14277]
129850637  [KO:K14277]
129850686  [KO:K14276]
129850712  [KO:K12845]
129850746  [KO:K14276]
129850747  [KO:K14276]
129850748  [KO:K14276]
129850832  [KO:K14277]
129850844  [KO:K14277]
129850855  [KO:K14277]
129850856  [KO:K14277]
129850857  [KO:K14277]
129850909  [KO:K14277]
129850910  [KO:K14277]
129850916  [KO:K14277]
129850917  [KO:K14277]
129850918  [KO:K14277]
129850930  [KO:K14277]
129850941  [KO:K14277]
129850945  [KO:K14277]
129850946  [KO:K14277]
129850947  [KO:K14277]
129850973  [KO:K14277]
129850976  [KO:K14279]
129851357  isy1; pre-mRNA-splicing factor ISY1 homolog [KO:K12870]
129851621  [KO:K14276]
129851624  [KO:K14278]
129851625  [KO:K14278]
129851627  [KO:K14278]
129851628  [KO:K14278]
129851629  [KO:K14278]
129851630  [KO:K14278]
129851631  [KO:K14278]
129851632  [KO:K14278]
129851633  [KO:K14278]
129851634  [KO:K14278]
129851635  [KO:K14278]
129851636  [KO:K14278]
129851637  [KO:K14278]
129851639  [KO:K14278]
129851640  [KO:K14278]
129851641  [KO:K14278]
129851642  [KO:K14278]
129851643  [KO:K14278]
129851645  [KO:K14278]
129851646  [KO:K14278]
129851647  [KO:K14278]
129851648  [KO:K14278]
129851649  [KO:K14278]
129851650  [KO:K14278]
129851651  [KO:K14278]
129851652  [KO:K14278]
129853202  [KO:K12886]
129853345  [KO:K12825]
129853402  [KO:K11088]
129853511  [KO:K12854] [EC:5.6.2.6]
129853620  [KO:K12847]
129853654  [KO:K21123]
129854274  [KO:K12815] [EC:5.6.2.6]
129855497  [KO:K12877]
129855543  [KO:K12849]
129855715  [KO:K11093]
129855751  [KO:K12820] [EC:5.6.2.6]
129856214  [KO:K14276]
129856225  [KO:K14276]
129856236  [KO:K14276]
129856248  [KO:K14276]
129856259  [KO:K14276]
129856313  [KO:K14278]
129856354  [KO:K14276]
129856368  [KO:K14276]
129856380  [KO:K14276]
129857170  [KO:K12837]
129857439  [KO:K12813] [EC:5.6.2.6]
129857494  [KO:K12839]
129857496  [KO:K12876]
129857697  [KO:K12900]
129857915  [KO:K12872]
129857993  [KO:K10599] [EC:2.3.2.27]
129858025  [KO:K12885]
129858144  [KO:K12882]
129858470  slu7; pre-mRNA-splicing factor SLU7 [KO:K12819]
129858743  [KO:K14280]
129858745  [KO:K14280]
129858964  [KO:K12842]
129859290  [KO:K12624]
129859354  [KO:K12838]
129859710  [KO:K12897]
129860228  [KO:K14276]
129860229  [KO:K14277]
129860232  [KO:K14277]
129860233  [KO:K14277]
129860533  [KO:K12891]
129860581  [KO:K12741]
129860771  pqbp1; polyglutamine-binding protein 1 [KO:K12865]
129860838  [KO:K11095]
129860848  [KO:K12864]
129860909  [KO:K12861]
129861138  [KO:K12893]
129861293  snrpg; small nuclear ribonucleoprotein G [KO:K11099]
129861314  [KO:K03283]
129861466  prpf6; pre-mRNA-processing factor 6 [KO:K12855]
129861517  [KO:K14276]
129861518  [KO:K14276]
129861520  [KO:K14276]
129861521  [KO:K14276]
129861522  [KO:K14276]
129861524  [KO:K14276]
129861525  [KO:K14276]
129861526  [KO:K14276]
129861527  [KO:K14276]
129861528  [KO:K14276]
129861529  [KO:K14276]
129861530  [KO:K14276]
129861531  [KO:K14276]
129861532  [KO:K14276]
129861533  [KO:K14276]
129861535  [KO:K12834]
129861536  [KO:K14276]
129861537  [KO:K14276]
129861538  [KO:K14276]
129861539  [KO:K14276]
129861545  [KO:K14279]
129861548  [KO:K14279]
129861549  [KO:K14279]
129861584  [KO:K14276]
129861585  [KO:K14276]
129861586  [KO:K14276]
129861587  [KO:K14276]
129861589  [KO:K14276]
129861591  [KO:K14276]
129861592  [KO:K14276]
129861593  [KO:K14276]
129861594  [KO:K14276]
129861595  [KO:K14276]
129861997  [KO:K11098]
129862233  prpf18; pre-mRNA-splicing factor 18 isoform X1 [KO:K12817]
129862538  sf3b3; splicing factor 3B subunit 3 [KO:K12830]
129862969  [KO:K14277]
129862974  [KO:K14277]
129862982  [KO:K14278]
129862986  [KO:K14277]
129862997  [KO:K14277]
129863009  [KO:K14277]
129863021  [KO:K14277]
129863025  [KO:K14279]
129863026  [KO:K14279]
129863027  [KO:K14279]
129863028  [KO:K14279]
129863033  [KO:K14277]
129863045  [KO:K14277]
129863055  [KO:K14277]
129863056  [KO:K14277]
129863057  [KO:K14277]
129863058  [KO:K14277]
129863059  [KO:K14277]
129863061  [KO:K14277]
129863062  [KO:K14277]
129863064  [KO:K14277]
129863070  [KO:K14277]
129863072  [KO:K14277]
129863080  [KO:K14277]
129863083  [KO:K14277]
129863085  [KO:K14277]
129863088  [KO:K14277]
129863089  [KO:K14277]
129863093  [KO:K14277]
129863094  [KO:K14277]
129863342  [KO:K12842]
129863524  [KO:K12872]
129863824  prpf4; U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 [KO:K12662]
129863868  [KO:K11088]
129863958  [KO:K11984]
129864201  [KO:K12890]
129864785  [KO:K11098]
129864927  lsm8; LSM8 homolog, U6 small nuclear RNA associated [KO:K12627]
129865197  [KO:K12840]
129865486  [KO:K12875]
129865519  [KO:K12829]
129865591  [KO:K14279]
129865595  [KO:K14279]
129866642  [KO:K11098]
129867257  [KO:K12887]
129867294  snu13a; SNU13 homolog, small nuclear ribonucleoprotein a (U4/U6.U5) [KO:K12845]
129867295  [KO:K12841]
129867378  [KO:K12623]
129867623  smx5; smx5 isoform X1 [KO:K12621]
129867913  [KO:K12890]
129867953  zmat2; zinc finger matrin-type protein 2 [KO:K12848]
129868014  ddx46; probable ATP-dependent RNA helicase DDX46 [KO:K12811] [EC:5.6.2.7]
129868058  [KO:K03283]
129868072  [KO:K12896]
129868073  fus; RNA-binding protein FUS isoform X1 [KO:K13098]
129868170  [KO:K11096]
129868252  [KO:K12824]
129868522  [KO:K12879]
129868543  [KO:K12863]
129868671  [KO:K12872]
129868904  [KO:K11984]
129868948  [KO:K12842]
129869395  ncbp2; nuclear cap-binding protein subunit 2 isoform X1 [KO:K12883]
Reference
PMID:19239890
  Authors
Wahl MC, Will CL, Luhrmann R
  Title
The spliceosome: design principles of a dynamic RNP machine.
  Journal
Cell 136:701-18 (2009)
DOI:10.1016/j.cell.2009.02.009
Reference
PMID:10978320
  Authors
Morris DP, Greenleaf AL
  Title
The splicing factor, Prp40, binds the phosphorylated carboxyl-terminal domain of RNA polymerase II.
  Journal
J Biol Chem 275:39935-43 (2000)
DOI:10.1074/jbc.M004118200
Reference
PMID:17537823
  Authors
Chen YI, Moore RE, Ge HY, Young MK, Lee TD, Stevens SW
  Title
Proteomic analysis of in vivo-assembled pre-mRNA splicing complexes expands the catalog of participating factors.
  Journal
Nucleic Acids Res 35:3928-44 (2007)
DOI:10.1093/nar/gkm347
Reference
PMID:19733268
  Authors
Ritchie DB, Schellenberg MJ, MacMillan AM
  Title
Spliceosome structure: piece by piece.
  Journal
Biochim Biophys Acta 1789:624-33 (2009)
DOI:10.1016/j.bbagrm.2009.08.010
KO pathway
ko03040   

DBGET integrated database retrieval system