KEGG   PATHWAY: csin03040
Entry
csin03040                   Pathway                                
Name
Spliceosome - Camellia sinensis (tea plant)
Description
After transcription, eukaryotic mRNA precursors contain protein-coding exons and noncoding introns. In the following splicing, introns are excised and exons are joined by a macromolecular complex, the spliceosome. The standard spliceosome is made up of five small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs), U1, U2, U4, U5, and U6 snRNPs, and several spliceosome-associated proteins (SAPs). Spliceosomes are not a simple stable complex, but a dynamic family of particles that assemble on the mRNA precursor and help fold it into a conformation that allows transesterification to proceed. Various spliceosome forms (e.g. A-, B- and C-complexes) have been identified.
Class
Genetic Information Processing; Transcription
Pathway map
csin03040  Spliceosome
csin03040

Other DBs
GO: 0005681
PDB: 5O9Z 5Z56 6FF7 8I0W
Organism
Camellia sinensis (tea plant) [GN:csin]
Gene
114255763  [KO:K14280]
114255775  [KO:K12856]
114255807  [KO:K12879]
114255891  [KO:K12881]
114255897  [KO:K03283]
114256006  [KO:K12741]
114256026  [KO:K11093]
114256040  [KO:K12831]
114256042  [KO:K12837]
114256304  [KO:K12891]
114256465  [KO:K11094]
114256480  [KO:K13106]
114256573  [KO:K11095]
114256591  [KO:K14280]
114256649  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114256675  [KO:K12842]
114256752  [KO:K12825]
114256798  [KO:K14276]
114256922  [KO:K14280]
114257016  [KO:K12733] [EC:5.2.1.8]
114257223  [KO:K14280]
114257435  [KO:K12859]
114257452  [KO:K12881]
114257454  [KO:K12859]
114257859  [KO:K12858] [EC:5.6.2.7]
114257955  [KO:K11984]
114257956  [KO:K12839]
114258066  [KO:K12868]
114258190  [KO:K12741]
114258287  [KO:K13174]
114258679  [KO:K12622]
114258879  [KO:K12896]
114258934  [KO:K14279]
114259213  [KO:K12890]
114259256  [KO:K14280]
114259308  [KO:K12847]
114259356  [KO:K12830]
114259440  [KO:K12881]
114259663  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114260932  [KO:K14280]
114261175  [KO:K12872]
114261223  [KO:K10599] [EC:2.3.2.27]
114261802  [KO:K12896]
114261905  [KO:K11088]
114261928  [KO:K14276]
114261929  [KO:K14276]
114262083  [KO:K03283]
114262120  [KO:K12741]
114262352  [KO:K14280]
114262353  [KO:K14280]
114262608  [KO:K12836]
114262906  [KO:K12741]
114263721  [KO:K14276]
114263725  [KO:K14276]
114263730  [KO:K14276]
114264220  [KO:K03283]
114264605  [KO:K14277]
114264606  [KO:K14277]
114264607  [KO:K14277]
114264674  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114264852  [KO:K14276]
114264853  [KO:K14278]
114264854  [KO:K14279]
114264996  [KO:K12876]
114265637  [KO:K12891]
114266064  [KO:K12741]
114266605  [KO:K14280]
114267130  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
114268005  [KO:K12863]
114268307  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114268309  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114268436  [KO:K12623]
114268677  [KO:K12860]
114268707  [KO:K12846]
114268799  [KO:K12821]
114268846  [KO:K14279]
114268847  [KO:K14279]
114268848  [KO:K14279]
114268849  [KO:K14279]
114269599  [KO:K03283]
114270156  [KO:K12621]
114270241  [KO:K12624]
114270467  [KO:K03283]
114270723  [KO:K14277]
114270725  [KO:K14277]
114270741  [KO:K12623]
114270983  [KO:K14277]
114270985  [KO:K14277]
114270986  [KO:K14278]
114270987  [KO:K14278]
114271021  [KO:K12891]
114271375  [KO:K12623]
114271709  [KO:K12627]
114271732  [KO:K12626]
114271744  [KO:K12662]
114272100  [KO:K12813] [EC:5.6.2.6]
114272144  [KO:K14277]
114272145  [KO:K14277]
114272146  [KO:K14277]
114272147  [KO:K14276]
114272148  [KO:K14276]
114272149  [KO:K14276]
114272219  [KO:K12878]
114272440  [KO:K14279]
114272500  [KO:K12831]
114272784  [KO:K12891]
114273153  [KO:K11095]
114273280  [KO:K13175]
114273745  [KO:K12624]
114273988  [KO:K12860]
114274044  [KO:K12855]
114274266  [KO:K12833]
114274271  [KO:K14279]
114274442  [KO:K12816]
114274456  [KO:K12844]
114274553  [KO:K11086]
114274694  [KO:K12880]
114274726  [KO:K12861]
114274785  [KO:K13098]
114274798  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114275057  [KO:K12847]
114275843  [KO:K14280]
114276249  [KO:K12865]
114276418  [KO:K14280]
114276513  [KO:K12733] [EC:5.2.1.8]
114276536  [KO:K12882]
114276937  [KO:K14280]
114277098  [KO:K12900]
114277250  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
114277362  [KO:K12829]
114277382  [KO:K12819]
114277576  [KO:K03283]
114277578  [KO:K03283]
114277743  [KO:K12625]
114278341  [KO:K12891]
114278400  [KO:K12812] [EC:5.6.2.7]
114278492  [KO:K28527]
114278644  [KO:K13095]
114278692  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
114278932  [KO:K12845]
114278959  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114279037  [KO:K14280]
114279256  [KO:K12741]
114279394  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
114279652  [KO:K11092]
114279826  [KO:K14276]
114279828  [KO:K14277]
114279912  [KO:K14280]
114280349  [KO:K12833]
114280564  [KO:K11091]
114280607  [KO:K14280]
114280641  [KO:K12825]
114280829  [KO:K12827]
114281062  [KO:K14278]
114281063  [KO:K14279]
114281064  [KO:K14279]
114281065  [KO:K14279]
114281066  [KO:K14279]
114281067  [KO:K14279]
114281073  [KO:K12873]
114281290  [KO:K12836]
114281559  [KO:K12733] [EC:5.2.1.8]
114281568  [KO:K14277]
114281807  [KO:K12897]
114282198  [KO:K14280]
114282295  [KO:K12812] [EC:5.6.2.7]
114282677  [KO:K12741]
114282770  [KO:K12893]
114283031  [KO:K12848]
114283267  [KO:K03283]
114283307  [KO:K12831]
114283347  [KO:K12881]
114283446  [KO:K12891]
114283524  [KO:K11096]
114283531  [KO:K12890]
114283791  [KO:K14280]
114283792  [KO:K14280]
114283958  [KO:K12834]
114283967  [KO:K12832]
114284018  [KO:K14280]
114284034  [KO:K12873]
114284152  [KO:K12812] [EC:5.6.2.7]
114284216  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114284298  [KO:K14276]
114284299  [KO:K14276]
114284300  [KO:K14276]
114284301  [KO:K14276]
114284501  [KO:K12840]
114284678  [KO:K12812] [EC:5.6.2.7]
114284703  [KO:K12811] [EC:5.6.2.7]
114284731  [KO:K14280]
114284975  [KO:K11099]
114284981  [KO:K12741]
114285437  [KO:K12824]
114285641  [KO:K14280]
114285776  [KO:K14276]
114285777  [KO:K14276]
114285778  [KO:K14276]
114286390  [KO:K12741]
114286558  [KO:K11096]
114286565  [KO:K12890]
114286628  [KO:K12872]
114287001  [KO:K12837]
114287114  [KO:K12852]
114287374  [KO:K12891]
114287469  [KO:K12834]
114287512  [KO:K12849]
114287684  [KO:K11087]
114287785  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
114287815  [KO:K12627]
114288122  [KO:K12891]
114288329  [KO:K12850]
114288330  [KO:K12850]
114289293  [KO:K14280]
114289352  [KO:K12890]
114289485  [KO:K12834]
114289530  [KO:K11088]
114289553  [KO:K12890]
114289734  [KO:K12896]
114290003  [KO:K12874]
114290106  [KO:K12893]
114290174  [KO:K12893]
114290183  [KO:K12741]
114290291  [KO:K12876]
114290292  [KO:K14280]
114290293  [KO:K14280]
114290294  [KO:K14280]
114290379  [KO:K14278]
114290380  [KO:K14279]
114290502  [KO:K14280]
114290725  [KO:K12621]
114290980  [KO:K12831]
114291144  [KO:K12870]
114291690  [KO:K12813] [EC:5.6.2.6]
114291863  [KO:K12741]
114292058  [KO:K14277]
114292059  [KO:K14277]
114292217  [KO:K12828]
114292329  [KO:K12820] [EC:5.6.2.6]
114292333  [KO:K12741]
114292689  [KO:K12862]
114293121  [KO:K14277]
114293400  [KO:K14280]
114293476  [KO:K13095]
114293485  [KO:K13095]
114293941  [KO:K12813] [EC:5.6.2.6]
114293944  [KO:K12813] [EC:5.6.2.6]
114293984  [KO:K12733] [EC:5.2.1.8]
114294087  [KO:K12891]
114294116  [KO:K03283]
114294196  [KO:K12875]
114294241  [KO:K14280]
114294246  [KO:K14280]
114294289  [KO:K11098]
114294389  [KO:K12860]
114294683  [KO:K12821]
114295153  [KO:K06063]
114295404  [KO:K12891]
114295421  [KO:K28450]
114295679  [KO:K12881]
114295681  [KO:K14276]
114295767  [KO:K14277]
114296191  [KO:K14280]
114296234  [KO:K03283]
114296410  [KO:K14280]
114296477  [KO:K12812] [EC:5.6.2.7]
114296515  [KO:K11099]
114296599  [KO:K14276]
114296600  [KO:K14276]
114296601  [KO:K14276]
114296811  [KO:K12881]
114297226  [KO:K12836]
114297298  [KO:K13108]
114297328  [KO:K12872]
114297384  [KO:K03283]
114297517  [KO:K12741]
114298235  [KO:K12896]
114298256  [KO:K14280]
114298257  [KO:K14280]
114298513  [KO:K11096]
114298760  [KO:K14280]
114299134  [KO:K14280]
114299722  [KO:K12864]
114299731  [KO:K12627]
114300391  [KO:K12860]
114300402  [KO:K12860]
114300506  [KO:K11093]
114300613  [KO:K12812] [EC:5.6.2.7]
114300793  [KO:K13095]
114300903  [KO:K11097]
114301028  [KO:K12876]
114301029  [KO:K12876]
114301051  [KO:K12826]
114301345  [KO:K12857]
114301378  [KO:K12891]
114301447  [KO:K14276]
114301448  [KO:K14276]
114301449  [KO:K14276]
114301450  [KO:K14276]
114301472  [KO:K12741]
114301980  [KO:K14280]
114302411  [KO:K12820] [EC:5.6.2.6]
114302531  [KO:K12623]
114302672  [KO:K12891]
114302945  [KO:K14276]
114302984  [KO:K14280]
114303185  [KO:K12741]
114303220  [KO:K12863]
114304019  [KO:K12835] [EC:5.6.2.7]
114304022  [KO:K12820] [EC:5.6.2.6]
114304118  [KO:K12900]
114304750  [KO:K13095]
114304772  [KO:K13095]
114305591  [KO:K12891]
114306852  [KO:K14277]
114307385  [KO:K14280]
114307479  [KO:K12837]
114307745  [KO:K14280]
114307746  [KO:K14280]
114308238  [KO:K12833]
114308304  [KO:K03283]
114308394  [KO:K11087]
114308395  [KO:K11087]
114308530  [KO:K14279]
114308934  [KO:K14280]
114308935  [KO:K14280]
114308988  [KO:K14278]
114309127  [KO:K11092]
114309224  [KO:K12863]
114309239  [KO:K11095]
114309245  [KO:K12900]
114309527  [KO:K12741]
114309653  [KO:K14280]
114309981  [KO:K14276]
114309982  [KO:K14276]
114309983  [KO:K14276]
114310360  [KO:K14276]
114310363  [KO:K14276]
114310529  [KO:K12863]
114310578  [KO:K13098]
114311250  [KO:K12881]
114311261  [KO:K14279]
114311262  [KO:K14279]
114311263  [KO:K14279]
114311264  [KO:K14279]
114311265  [KO:K14279]
114311454  [KO:K12818] [EC:5.6.2.6]
114311487  [KO:K14276]
114311960  [KO:K11097]
114312250  [KO:K12876]
114312305  [KO:K12840]
114312552  [KO:K12897]
114312700  [KO:K14280]
114312809  [KO:K14276]
114312810  [KO:K14276]
114312811  [KO:K14276]
114313242  [KO:K11092]
114313282  [KO:K12869]
114313906  [KO:K14279]
114313908  [KO:K14279]
114314062  [KO:K14279]
114314431  [KO:K12741]
114314663  [KO:K12893]
114314765  [KO:K11087]
114314938  [KO:K13101]
114315122  [KO:K13176]
114315494  [KO:K12890]
114315505  [KO:K14280]
114315760  [KO:K12891]
114316269  [KO:K12741]
114316546  [KO:K14279]
114316547  [KO:K14279]
114316746  [KO:K14280]
114316747  [KO:K14280]
114316968  [KO:K12854] [EC:5.6.2.6]
114317227  [KO:K12854] [EC:5.6.2.6]
114317456  [KO:K13025] [EC:5.6.2.7]
114317550  [KO:K12865]
114317653  [KO:K12817]
114317712  [KO:K14276]
114317713  [KO:K14276]
114317714  [KO:K14276]
114317734  [KO:K12863]
114317889  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
114317892  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
114317925  [KO:K14278]
114318372  [KO:K09567] [EC:5.2.1.8]
114318822  [KO:K14276]
114318823  [KO:K14280]
114318824  [KO:K14280]
114318825  [KO:K14280]
114318826  [KO:K14276]
114318827  [KO:K14276]
114318828  [KO:K14280]
114318829  [KO:K14280]
114318883  [KO:K12900]
114318891  [KO:K12858] [EC:5.6.2.7]
114318896  [KO:K12836]
114318942  [KO:K12741]
114319038  [KO:K12897]
114319124  [KO:K14276]
114319146  [KO:K12871]
114319202  [KO:K14280]
114320158  [KO:K12867]
114320282  [KO:K12896]
114320289  [KO:K12822]
114321063  [KO:K12833]
114321092  [KO:K12837]
114321095  [KO:K12831]
114321214  [KO:K11098]
114321215  [KO:K11098]
114321752  [KO:K11091]
114321862  [KO:K12741]
114321953  [KO:K14277]
114322071  [KO:K28527]
114322273  [KO:K12891]
114322482  [KO:K11086]
114322535  [KO:K12829]
114322947  [KO:K12823] [EC:5.6.2.7]
114323060  [KO:K12741]
114323126  [KO:K11095]
114323274  [KO:K12843]
114323287  [KO:K12830]
114323312  [KO:K14279]
114323313  [KO:K14279]
114323427  [KO:K12845]
114323616  [KO:K12815] [EC:5.6.2.6]
114323643  [KO:K14277]
114323918  [KO:K13107]
114323981  [KO:K13095]
Reference
  Authors
Wahl MC, Will CL, Luhrmann R
  Title
The spliceosome: design principles of a dynamic RNP machine.
  Journal
Cell 136:701-18 (2009)
DOI:10.1016/j.cell.2009.02.009
Reference
  Authors
Morris DP, Greenleaf AL
  Title
The splicing factor, Prp40, binds the phosphorylated carboxyl-terminal domain of RNA polymerase II.
  Journal
J Biol Chem 275:39935-43 (2000)
DOI:10.1074/jbc.M004118200
Reference
  Authors
Chen YI, Moore RE, Ge HY, Young MK, Lee TD, Stevens SW
  Title
Proteomic analysis of in vivo-assembled pre-mRNA splicing complexes expands the catalog of participating factors.
  Journal
Nucleic Acids Res 35:3928-44 (2007)
DOI:10.1093/nar/gkm347
Reference
  Authors
Ritchie DB, Schellenberg MJ, MacMillan AM
  Title
Spliceosome structure: piece by piece.
  Journal
Biochim Biophys Acta 1789:624-33 (2009)
DOI:10.1016/j.bbagrm.2009.08.010
Reference
  Authors
Bertram K, Agafonov DE, Dybkov O, Haselbach D, Leelaram MN, Will CL, Urlaub H, Kastner B, Luhrmann R, Stark H
  Title
Cryo-EM Structure of a Pre-catalytic Human Spliceosome Primed for Activation.
  Journal
Cell 170:701-713.e11 (2017)
DOI:10.1016/j.cell.2017.07.011
Reference
  Authors
Zhang X, Yan C, Zhan X, Li L, Lei J, Shi Y
  Title
Structure of the human activated spliceosome in three conformational states.
  Journal
Cell Res 28:307-322 (2018)
DOI:10.1038/cr.2018.14
Reference
  Authors
Haselbach D, Komarov I, Agafonov DE, Hartmuth K, Graf B, Dybkov O, Urlaub H, Kastner B, Luhrmann R, Stark H
  Title
Structure and Conformational Dynamics of the Human Spliceosomal B(act) Complex.
  Journal
Cell 172:454-464.e11 (2018)
DOI:10.1016/j.cell.2018.01.010
Reference
  Authors
Zhan X, Lu Y, Shi Y
  Title
Molecular basis for the activation of human spliceosome.
  Journal
Nat Commun 15:6348 (2024)
DOI:10.1038/s41467-024-50785-0
KO pathway
ko03040   

DBGET integrated database retrieval system