KEGG   ORTHOLOGY: K12608
Entry
K12608                      KO                                     
Symbol
CAF16
Name
CCR4-NOT complex subunit CAF16
Pathway
map03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K12608  CAF16; CCR4-NOT complex subunit CAF16
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K12608  CAF16; CCR4-NOT complex subunit CAF16
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Eukaryotic type
  mRNA degradation factors
   3'-5' decay
    Ccr4-NOT complex
     K12608  CAF16; CCR4-NOT complex subunit CAF16
Other DBs
COG: COG1131
Genes
ATH: AT1G03905(ABCI19) AT5G02270(ABCI20) AT5G44110(ABCI21)
ALY: 9299686 9307037 9325545
CRB: 17877256 17881527 17897398
CSAT: 104708921 104725053 104734230 104738895 104754513 104760535 104761331 104768392 104771568
EUS: EUTSA_v10003252mg EUTSA_v10008378mg EUTSA_v10014095mg
BRP: 103836597 103839200 103847464
BNA: 106402276 106416513 106433562 111200407 125577912 125605109
BOE: 106303943 106308355 106309554 106313863 106316451
RSZ: 108817472 108819015 108826971 108836099 108856855
THJ: 104801149 104827018
CPAP: 110807651 110826211
CIT: 102608334 102620284
CIC: CICLE_v10012095mg CICLE_v10021439mg
PVY: 116109296 116109297 116143119
MINC: 123201484 123217037 123217727
TCC: 18597751 18613115
GRA: 105761826 105767860
GHI: 107898830 107944005 107955520 107958639
GAB: 108467481
HSYR: 120126932 120152111 120153021 120202832
DZI: 111295933 111305307 111311946
EGR: 104431810 104456885
RARG: 115729385 115740270
GMX: 100782386 100788503
GSJ: 114369255 114382593
PVU: 137829963 137830104
VRA: 106772015 106772836
VAR: 108324214 108324955
VUN: 114189833 114191117
VUM: 124819441 124826344
CCAJ: 109795045 109804726
APRC: 113871215 113871261
MTR: 11410061 25484242
TPRA: 123887628 123901679
CAM: 101495531 101502544
PSAT: 127091502 127091870
VVO: 131638913 131644031
LJA: 130717612 130718188
ADU: 107465119 107473729
AIP: 107618761 107625021
AHF: 112710695 112727078 112739526 112776082
LANG: 109336662 109346230
PCIN: 129296059 129300414 129320341
QSA: O6P43_006883 O6P43_007400 O6P43_010488
FVE: 101292560 101307408
AANS: 126785032 126793178 126799739
RCN: 112164441 112170002 112183674 112191543
PPER: 18766506 18775362
PMUM: 103334456 103344438
PAVI: 110757475 110766062
PDUL: 117632783 117638744
MDM: 103431247 103435729 103450832
MSYL: 126594118 126624202
PXB: 103928229 103928771
PCOX: 137725784 137745134
ZJU: 107407504 107425756
MNT: 21389103 21401837
CSAV: 115712885 115720668
CSV: 101212096(ABCA19) 101215594
CMO: 103497632 103501708
BHJ: 120083783 120087004
MCHA: 111024482 111025483
CMAX: 111467898 111488216
CMOS: 111456494 111462046
CPEP: 111780555 111807585
RCU: 8261831 8280776
MEAN: 126657552 126682795
JCU: 105636300 105644518
HBR: 110635970 110654275
MESC: 110620529 110627298
POP: 7454357 7454929 7471958 7497548
PEU: 105110636 105122454 105128738
PALZ: 118052823 118053380
PNZ: 133687790 133691583 133693595
JRE: 108987765 108995958
CILL: 122274250 122305355
CAVE: 132165703 132170815
AGLU: 133852771 133858146
QSU: 111984800 112019249
QLO: 115960301 115982085
TWL: 119998321 120010268 120013171
VVI: 100259555 100260023
VRI: 117917453 117931261 117931262
SLY: 101253419(ABCI8) 101256419(ABCI2)
SPEN: 107022294 107031770
SOT: 102589975 102594788
SSTN: 125867055 125870317
SDUL: 129882749
CANN: 107853184 107871166
LBB: 132598475 132610516
NTA: 107771077 107789982 107801396 107813735
NSY: 104211671 104246373
NTO: 104085590 104102345
NAU: 109217082 109229166
INI: 109161422 109190497
ITR: 116014760 116022954
SIND: 105163431 105168979 105172450
OEU: 111409991
EGT: 105952134 105956589 105978162
SSPL: 121762824 121765840 121792301 121799448
SMIL: 130997515 131014240
SHIS: 125218970 125223226
APAN: 127244170 127246291
HAN: 110864972 110920849 118479578
ECAD: 122578135 122593083
LSV: 111893703 111911575
CCAV: 112506888 112527470
DCR: 108209404 108222708
CSIN: 114309717 114315931
RVL: 131321147 131325828
AEW: 130763073 130786202
DLT: 127798430 127809378 127810205
BVG: 104887251 104890670
SOE: 110779144 110792800
CQI: 110701207 110730685 110735121 110736536
ATRI: 130796927 130804061
MOF: 131154375 131156146
NNU: 104600900 104607075
MING: 122068770 122069334
TSS: 122642722 122670926
PSOM: 113327021 113332570 113349504 113349907
OSA: 4331095 4332655
DOSA: Os02g0810300 Os03g0316900
OBR: 102706734 102710667
OGL: 127764657 127765066
BDI: 100822673 100843774
ATS: 109742870 109747892
TDC: 119285530 119290652 119318442 119324047
TAES: 123085701 123092303 123097640 123128901 123139468
TUA: 125515317
LPER: 127295539 127305433
LRD: 124680709 124693454 124693548
SBI: 8066991 8084685
ZMA: 100191337 100282925
MFLO: 136467984 136475152 136532297 136546014
SITA: 101769340 101786765
SVS: 117835260 117841495
PVIR: 120645831 120652568 120657562 120691775
PHAI: 112876907 112878104
PAUA: 133912377 133916221 133920962
PDA: 103701030 103721732
EGU: 105044967 105055716
MUS: 135607102
ZOF: 122027054 122029431 122036065 122053354
DCT: 110099273 110112849
PEQ: 110017961 110030121
AOF: 109843845 109850835
MSIN: 131230344 131236350 131240409
ACAK: 137951745 137958469 137962231
NCOL: 116252694 116255097
ATR: 18431414 18447164
CJF: 131031670 131063597
SMO: SELMODRAFT_100336 SELMODRAFT_119272 SELMODRAFT_73877(SmABCI2) SELMODRAFT_90072(SmABCI1)
PPP: 112278380 112286187
CRE: CHLRE_13g580300v5 CHLRE_17g731050v5
VCN: VOLCADRAFT_80390 VOLCADRAFT_83674
MNG: MNEG_12967 MNEG_1428
CSL: COCSUDRAFT_28337 COCSUDRAFT_31176
CVR: CHLNCDRAFT_139944 CHLNCDRAFT_26750
APRO: F751_0592 F751_2435
OLU: OSTLU_36765 OSTLU_40034 OSTLU_94637
OTA: OT_ostta01g01320 OT_ostta09g00130
BPG: Bathy01g01220 Bathy10g04210
MIS: MICPUN_109515 MICPUN_85209
MPP: MICPUCDRAFT_14737 MICPUCDRAFT_17567
SCE: YFL028C(CAF16)
SEUB: DI49_1627
SPAO: SPAR_F00350
AGO: AGOS_AFR152C
ERC: Ecym_1500
KLA: KLLA0_F08833g
KMX: KLMA_20309(CAF16)
LTH: KLTH0G18326g
VPO: Kpol_1035p32
ZRO: ZYRO0F03234g
CGR: 2889987(GVI51_K12309)
NCS: NCAS_0C03820(NCAS0C03820)
NDI: NDAI_0G03160(NDAI0G03160)
TPF: TPHA_0D00450(TPHA0D00450)
TBL: TBLA_0D02530(TBLA0D02530)
TGB: HG536_0B06590
TDL: TDEL_0C00680(TDEL0C00680)
KAF: KAFR_0C03470(KAFR0C03470)
KNG: KNAG_0E03270(KNAG0E03270)
ZMK: HG535_0D05750
SLUD: SCDLUD_000665
DHA: DEHA2F12936g
PIC: PICST_70378
PGU: PGUG_00917
SPAA: SPAPADRAFT_62822
LEL: PVL30_000627(CAF16)
LBG: 92205655(LODBEIA_P04590)
CAL: CAALFM_C108430WA(CAF16)
CTP: CTRG_03156
COT: CORT_0A06500
CDU: CD36_07940
CTEN: 18247935(CAF16)
CLU: CLUG_01128
CLUS: A9F13_09g01892
CAUR: CJI96_0003280
ASAU: 88173375(PUMCH_002310)
PPA: PAS_chr1-4_0366
PKZ: C5L36_0D00500
BNN: FOA43_000487
BBRX: BRETT_003098
OPA: HPODL_03640
YLI: 2910197(YALI2_D00439g)
SLB: AWJ20_2867(CAF16)
NCR: NCU04097
NTE: NEUTE1DRAFT127329(NEUTE1DRAFT_127329)
SMP: 10801085(SMAC4_04489)
PAN: PODANSg8941
PPSP: QC763_0041780(CAF16)
PPSA: QC764_0042450(CAF16)
TTT: THITE_2108595
MTM: MYCTH_2314846
CTHR: CTHT_0061890
RTHE: 98124533(VTJ83DRAFT_3503)
MGR: MGG_09520
PGRI: PgNI_01566
TMN: UCRPA7_7868
SSCK: SPSK_09512
FGR: FGSG_07165
FPU: FPSE_03220
FPOA: FPOAC1_010940
FVN: FVRRES_11958
FVR: FVEG_07998
FOX: FOXG_01635
NHE: NECHADRAFT_101582
FFC: NCS54_01136400
FKR: NCS57_01126800
FMU: J7337_002948
TRE: TRIREDRAFT_53818
TRR: M419DRAFT_125618
TATV: 25780640(TrAtP1_011171)
TASP: 36616230(TrAFT101_008918)
MAW: 19249416(CAF16_1)
MAJ: MAA_09985
MBRN: 26243470(G6M90_00g107590)
PCHM: VFPPC_13882
CMT: CCM_01393
AMUS: LMH87_004349
PLJ: 28889993(PLICBS_009331)
PTKZ: JDV02_005227(CAF16)
VAL: VDBG_03361
VDA: VDAG_09965
CFJ: CFIO01_10530
CLUP: CLUP02_07690
CHIG: CH63R_04027
CDET: 87941060(CDEST_04557)
ELA: UCREL1_9502
PFY: PFICI_08088
SSL: SS1G_08753
BFU: BCIN_16g02120
MBE: MBM_08274
PSCO: LY89DRAFT_682941
GLZ: GLAREA_10269
ANI: ANIA_06512
AFM: AFUA_6G05080
ACT: ACLA_095470
NFI: NFIA_051650
AOR: AO090701000030
ANG: An15g00220
AFV: AFLA_004518
ALUC: AKAW2_60663S(CAF16)
ACHE: ACHE_50250S(CAF16)
APUU: APUU_10774S(CAF16)
PCS: N7525_002064
PDP: PDIP_18740
POU: POX_c04480
TMF: EYB26_009648
TRG: TRUGW13939_07243 TRUGW13939_08762
CIM: CIMG_02622
CPW: 9696668(CAF16)
URE: UREG_03135
ABE: ARB_04298
TVE: TRV_05409
PBL: PAAG_03640
PBN: PADG_06190
AJE: HCAG_06877
BGH: BDBG_09405
PNO: SNOG_16144
PTE: PTT_01447
PTRR: 6348053(PtrM4_086860)
BZE: COCCADRAFT_35716 COCCADRAFT_4989
BSC: COCSADRAFT_41602
BOR: COCMIDRAFT_31597
AALT: CC77DRAFT_931446
ADAC: 96083760(ACET3X_003438)
ARAB: EKO05_0007677
ZTR: MYCGRDRAFT_99061
PFJ: MYCFIDRAFT_41214
FFU: CLAFUR5_03504
CBET: CB0940_02461
BCOM: BAUCODRAFT_104610
NPA: UCRNP2_4458
TML: GSTUM_00006126001
SPO: 2541846(caf16)
SOM: SOMG_03823(caf16)
CNE: CNE04760
CNB: CNBE4760
CNG: CNAG_02059
CGI: CGB_E6340C
CDEU: CNBG_5208
CDEP: 91089601(L203_105392)
KMG: 30160231(I203_104635)
KNE: 92180892(IAR55_003634)
TMS: TREMEDRAFT_69861
TASA: A1Q1_06696
CCAC: CcaHIS019_0211290(CAF16)
PPL: POSPLDRAFT_35709 POSPLDRAFT_99826
TVS: TRAVEDRAFT_143097
DSQ: DICSQDRAFT_104565
PCO: PHACADRAFT_250733
SHS: STEHIDRAFT_120358
HIR: HETIRDRAFT_62942
PSQ: PUNSTDRAFT_51337
ADL: AURDEDRAFT_141577
FME: FOMMEDRAFT_169136
GTR: GLOTRDRAFT_136147
RSX: RhiXN_00526
LBC: LACBIDRAFT_188794
CCI: CC1G_00284
ABP: AGABI1DRAFT113502(AGABI1DRAFT_113502)
ABV: AGABI2DRAFT191849(AGABI2DRAFT_191849)
PCUB: JR316_0005080
MPR: MPER_10986
MRR: Moror_17048
MORE: E1B28_008008 E1B28_008012 E1B28_012682
SCM: SCHCO_02621549(SCHCODRAFT_02621549)
CPUT: CONPUDRAFT_81684
SLA: SERLADRAFT_435668
WSE: WALSEDRAFT_59838
WIC: J056_002463
UMA: UMAG_03153
PFP: PFL1_05482
SGRA: EX895_005829
MGL: MGL_1852
MRT: MRET_1957
PGR: PGTG_07187
PTRC: PtA15_11A72
PSTR: Pst134EA_017934
MLR: MELLADRAFT_93120
RIE: OCT59_014185
PFA: PF3D7_1434000
PFH: PFHG_00251
PREI: PRSY57_1433300
PGAB: PGSY75_1434000
PLAG: 39744278(PADL01_1434000)
PYO: PY17X_1012400
PCB: PCHAS_1011700
PBE: PBANKA_1010800
PVV: PVVCY_1001570
PKN: PKNH_0420600
PVX: PVX_084835
PCY: PCYB_132490
PMAL: PMUG01_13026300(CAF16)
PBRS: 92372987(MKS88_004900)
PREL: PRELSG_1317100(CAF16)
PCOT: PCOAH_00007960
TGO: TGME49_305770
BBES: BESB_017850
PTI: PHATRDRAFT_32559
FCY: FRACYDRAFT_141642 FRACYDRAFT_274686
TPS: THAPSDRAFT_23811
AAF: AURANDRAFT_4640 AURANDRAFT_5221 AURANDRAFT_5390
PIF: PITG_08314
PSOJ: PHYSODRAFT_490630
SPAR: SPRG_09357
TBR: Tb927.6.2810
TBG: TbgDal_VI2580
TCR: 511501.30 511753.100
LMA: LMJF_30_1330(ABCH3)
LIF: LINJ_30_1390
LDO: LDBPK_301390
LMI: LMXM_29_1330
LMAT: 92513802(LSCM1_03757)
LBZ: LBRM_30_1450
LPAN: LPMP_301390(ABCH3)
LOI: 92358030(LSCM4_02060)
LEIS: 94178201(GH5_02696)
LENR: 94170293(CUR178_03045)
LEIN: 94187106(JIQ42_03427)
PHET: 94289032(JKF63_02931)
EHX: EMIHUDRAFT_216987 EMIHUDRAFT_45550 EMIHUDRAFT_456116
GTT: GUITHDRAFT_65510
 » show all
Reference
PMID:11113136
  Authors
Liu HY, Chiang YC, Pan J, Chen J, Salvadore C, Audino DC, Badarinarayana V, Palaniswamy V, Anderson B, Denis CL
  Title
Characterization of CAF4 and CAF16 reveals a functional connection between the CCR4-NOT complex and a subset of SRB proteins of the RNA polymerase II holoenzyme.
  Journal
J Biol Chem 276:7541-8 (2001)
DOI:10.1074/jbc.M009112200
  Sequence
[sce:YFL028C]
LinkDB

DBGET integrated database retrieval system