KEGG   ORTHOLOGY: K12573
Entry
K12573                      KO                                     
Symbol
rnr, vacB
Name
ribonuclease R [EC:3.1.13.1]
Pathway
map03018  RNA degradation
Brite
KEGG Orthology (KO) [BR:ko00001]
 09120 Genetic Information Processing
  09123 Folding, sorting and degradation
   03018 RNA degradation
    K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
 09180 Brite Hierarchies
  09182 Protein families: genetic information processing
   03019 Messenger RNA biogenesis
    K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
   03016 Transfer RNA biogenesis
    K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
Enzymes [BR:ko01000]
 3. Hydrolases
  3.1  Acting on ester bonds
   3.1.13  Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters
    3.1.13.1  exoribonuclease II
     K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
Messenger RNA biogenesis [BR:ko03019]
 Prokaryotic type
  Bacterial mRNA degradation factors
   RNA degradosome components
    Ribonucreases
     K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
Transfer RNA biogenesis [BR:ko03016]
 Prokaryotic type
  tRNA degradation factors
   K12573  rnr, vacB; ribonuclease R
Other DBs
COG: COG0557
GO: 0008997
Genes
ECO: b4179(rnr)
ECJ: JW5741(rnr)
ECD: ECDH10B_4374(rnr)
EBW: BWG_3891(rnr)
ECOK: ECMDS42_3621(rnr)
ECOC: C3026_22580
ECE: Z5786(vacB)
ECS: ECs_5155(rnr)
ECF: ECH74115_5695(rnr)
ETW: ECSP_5279(rnr)
EOI: ECO111_5035(rnr)
EOJ: ECO26_5345(rnr)
EOH: ECO103_4972(rnr)
ECOO: ECRM13514_5443(vacB)
ECOH: ECRM13516_5168(vacB)
ESL: O3K_22750
ESO: O3O_02635
ESM: O3M_22655
ECK: EC55989_4734(rnr)
ECG: E2348C_4502(rnr)
EOK: G2583_5006(rnr)
ELH: ETEC_4525
ECW: EcE24377A_4738(rnr)
EUN: UMNK88_5118(rnr)
ECP: ECP_4424
ENA: ECNA114_4395(rnr)
ECOS: EC958_4666(vacB)
ECV: APECO1_2213(rnr)
ECX: EcHS_A4422(rnr)
ECM: EcSMS35_4650(rnr)
ECY: ECSE_4476
ECR: ECIAI1_4412(rnr)
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EUM: ECUMN_4712(rnr)
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EOC: CE10_4918(rnr)
EBR: ECB_04046(rnr)
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EBD: ECBD_3855
ECI: UTI89_C4779(vacB)
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ECC: c5263(vacB)
ELO: EC042_4652(rnr)
ESE: ECSF_4065
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ELL: WFL_22085(rnr)
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STY: STY4725(rnr)
STT: t4419(rnr)
STM: STM4368(vacB)
SEO: STM14_5250(vacB)
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SEND: DT104_43561(rnr)
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SPT: SPA4185(rnr)
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SEI: SPC_4515(rnr)
SEC: SCH_4244(vacB)
SEH: SeHA_C4786(rnr)
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SEE: SNSL254_A4729(rnr)
SEW: SeSA_A4636(rnr)
SEA: SeAg_B4646(rnr)
SENS: Q786_21510
SED: SeD_A4765(rnr)
SEG: SG4208(vacB)
SEL: SPUL_4358(vacB)
SEGA: SPUCDC_4344(vacB)
SET: SEN4134(vacB)
SENA: AU38_21365
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SENL: IY59_21915
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SENB: BN855_44400(rnr)
SENE: IA1_21290
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SFL: SF4334(vacB)
SFX: S4602(vacB)
SFV: SFV_4337(vacB)
SFE: SFxv_4723(rnr)
SFN: SFy_6217
SFS: SFyv_6289
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SSN: SSON_4364(vacB)
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SDY: SDY_4410(vacB)
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ENS: HWQ15_10595(rnr)
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KLC: K7H21_25455(rnr)
REE: electrica_04628(rnr)
RTG: NCTC13098_06703(rnr)
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CYO: CD187_21605(rnr)
CSED: JY391_19890(rnr)
CAMA: F384_24030
CFAR: CI104_22500(rnr)
CIX: M4I31_21400(rnr)
CIB: HF677_021045(rnr)
CENS: P2W74_20685(rnr)
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SECT: A359_04850
SEHC: A35E_00223
MEN: MEPCIT_095(rnr)
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KPSE: IP581_02165(rnr)
KOB: HF650_02710(rnr)
KOO: O9K67_22295(rnr)
KIE: NCTC12125_03294(rnr)
KAS: KATP_41040(rnr)
KLU: K7B04_02715(rnr)
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SYM: K6K13_17300(rnr)
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PTF: PROFFT_A_06320(rnr)
PSHI: SAMEA2665130_2729(rnr)
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PVJ: LMA04_14580(rnr)
SUPE: P0H77_20580(rnr)
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YPV: BZ15_3191(rnr)
YPL: CH46_534(rnr)
YPS: YPTB0432(rnr)
YPO: BZ17_2132(rnr)
YPI: YpsIP31758_3646(rnr)
YPY: YPK_3791
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YPQ: DJ40_1971(rnr)
YPU: BZ21_3807(rnr)
YPR: BZ20_1675(rnr)
YPC: BZ23_4077(rnr)
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YEN: YE0384(rnr)
YEY: Y11_36191
YEW: CH47_3088(rnr)
YET: CH48_1210(rnr)
YEE: YE5303_29501(rnr)
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YFR: AW19_3760(rnr)
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YKR: CH54_2031(rnr)
YRO: CH64_3013(rnr)
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SMAR: SM39_4717(rnr)
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SPE: Spro_0438
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EPE: CI789_16100(rnr)
EHD: ERCIPSTX3056_098(rnr)
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ETD: ETAF_0314
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HIN: HI_0861
HIT: NTHI1030(vacB)
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HIE: R2846_1466(rnr)
HIZ: R2866_1531(rnr)
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HAP: HAPS_1499(vacB)
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PMP: Pmu_13900(rnr)
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MHQ: D650_5140(rnr)
MHAT: B824_5930(rnr)
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MVR: X781_4070
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APL: APL_1478(vacB)
APJ: APJL_1503
APA: APP7_1486(vacB)
ASU: Asuc_2063
ADP: NCTC12871_00168(rnr)
ALIG: NCTC10568_01744(rnr)
AART: NYR89_10330(rnr)
AGP: NYR63_07560(rnr)
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AAT: D11S_0398
AAN: D7S_00842
AACN: AANUM_0582(vacB)
ASEG: NCTC10977_00143(rnr)
AGJ: J5A60_07565(rnr)
GSS: NYR30_11265(rnr)
BTO: WQG_5140
BTRE: F542_16910
BTRH: F543_18620
BTRA: F544_5430
AVT: NCTC3438_00947(rnr)
RPNE: NCTC8284_03585(rnr_1)
RHAE: IHV77_08750(rnr)
MSEP: CEP49_07675(rnr)
PAET: NCTC13378_01790(rnr)
XFA: XF_1987
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TACT: SG35_010155(rnr) SG35_023445(rnr)
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GNI: GNIT_0643(rnr)
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SALH: HMF8227_00391(vacB)
AGZ: M0C34_05105(rnr) M0C34_16960(rnr)
AGQ: LQZ07_05280(rnr) LQZ07_07080(rnr)
ALKM: NKI27_03850(rnr) NKI27_19170(rnr)
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MFL: Mfl209
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HALH: HTSR_1584
HHSR: HSR6_1653
HAHS: HSRCO_0640(vacB)
SALI: L593_00875
HARA: AArcS_2354(vacB)
HMA: rrnAC2072(vacB)
HHI: HAH_2566(vacB)
NPH: NP_0874A(rnr)
NMO: Nmlp_1093
HUT: Huta_0142
HTI: HTIA_0153
HASV: SVXHr_1462(vacB)
HABN: HBNXHr_1447(vacB)
HMU: Hmuk_0272
HALL: LC1Hm_2802(vacB)
HDS: HSR122_2293(vacB)
HWA: HQ_3180A(rnr)
HWC: Hqrw_3723(rnr)
HVO: HVO_0388(vacB)
HME: HFX_0353(vacB)
HLN: SVXHx_0345(vacB)
HLA: Hlac_0359
HDF: AArcSl_1697(vacB)
HAAA: AArcCO_0294(vacB)
HTU: Htur_3094
NMG: Nmag_1295
NAT: NJ7G_2213
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Reference
PMID:9603904
  Authors
Cheng ZF, Zuo Y, Li Z, Rudd KE, Deutscher MP
  Title
The vacB gene required for virulence in Shigella flexneri and Escherichia coli encodes the exoribonuclease RNase R.
  Journal
J Biol Chem 273:14077-80 (1998)
DOI:10.1074/jbc.273.23.14077
  Sequence
[eco:b4179]
Reference
  Authors
Awano N, Rajagopal V, Arbing M, Patel S, Hunt J, Inouye M, Phadtare S
  Title
Escherichia coli RNase R has dual activities, helicase and RNase.
  Journal
J Bacteriol 192:1344-52 (2010)
DOI:10.1128/JB.01368-09
  Sequence
[eco:b4179]
LinkDB

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